蕭寶卷身邊的那幫寵信之徒也對徐孝嗣漸漸厭憎。西豐忠憲侯沈文季以年紀大且有病在身為由，不參與朝政，侍中沈昭略對他說︰「叔父你才60歲，身為僕射而不管事，你想以此而免禍自保，豈能辦得到呢？」沈文季笑著不吭聲。
十月二十三日，蕭寶卷把徐孝嗣、沈文季、沈昭略3人召入華林省，沈文季上了車子，回過頭來說︰「此行恐怕有去無回了。」蕭寶卷指使外監茹法珍賜他們毒酒。沈昭略憤怒不已，罵徐孝嗣說︰「廢掉昏君，另立明主。這是從古到今的憲章**，全因你這做宰相的無能，以致我們才有今日。」接著把酒甌砸到徐孝嗣臉上，並且說︰「我讓你死了也做一個破了面的鬼！」徐孝嗣喝藥酒，一氣喝了一斗多才死去。徐孝嗣的兒子徐演娶了武康公主為妻，另一個兒子徐況娶了山陰公主為妻，但是都受父親牽連而被殺。
當初，太尉（相當于今武裝部隊總司令）陳顯達因自己曾經是高帝蕭道成、武帝蕭賾時候的舊將，所以在明帝蕭鸞之時，心存疑懼，也非常低調，不敢張揚，經常乘坐一輛破破爛爛的車子，外出時扈從（隨侍人員）也只選10多個老弱病殘的人。一次，他陪侍明帝蕭鸞宴飲，酒酣之時，啟奏明帝要借用一下枕頭，明帝命令別人給他一個。枕頭拿來後，陳顯達用手模著枕頭說︰「我年老體衰，享受的榮華富貴已經足夠了，只欠一個枕頭枕著而死，所以特意來向陛下乞求一個。明帝听了陳顯達這一番言語，不禁失色，對他說︰「您喝醉了。」陳顯達以自己已經年屆70，而請求辭官，但是明帝不予準許。
到了東昏侯即位之後，陳顯達越發不願意住在建康，被派做江州刺史，他十分高興。陳顯達曾經得病，但是他不讓醫治，不久自己好了，可是他心中卻非常不高興。
陳顯達知道蕭寶卷多次誅殺大臣，又知徐孝嗣等皆死，並將派兵襲擊江州（今江西九江）。遂于永元元年（499年）十一月十五日在潯陽（今江西九江西南）起兵。命令長史庾弘遠等人給朝廷中的新貴們送去一封信，信中列舉了蕭寶卷的罪惡行徑，並且說道︰「準備擁立建安王蕭寶寅為帝，待京中諸害一除，就西迎建安王登基。」
二十四日，朝廷任命護軍將軍崔慧景為平南將軍，督率諸路軍隊攻擊陳顯達，後軍將軍胡松、驍騎將軍李叔獻統領水軍佔據梁山，左衛將軍左興盛督率前鋒軍隊駐扎在杜姥宅（台城南掖門外。由于東晉成帝司馬衍杜皇後的母親裴穆相當長壽，當地百姓都稱她為「杜姥」,又稱其宅為杜姥宅）。
十二月，陳顯達從尋陽（今江西九江市）發兵，在采石（今安徽當涂西北）打敗了胡松，消息傳到建康（今南京），朝中一片震驚，惶恐不安。十三日，陳顯達到達新林（今南京西南），左興盛統率諸路軍隊抵擋陳部。陳顯達在長江岸邊設置了許多火堆，夜間率軍偷渡過江，去襲擊宮城。十四日，陳顯達帶領數千人馬登上落星岡（南京長江南岸），駐守在新亭的諸路軍隊得知之後，拔腿往回跑，宮城之內大為恐懼，只好閉門設守。陳顯達騎馬執槊，帶領幾百名步兵，與朝廷軍隊開戰，兩次交戰，陳顯達大勝，親手斬殺好幾人，但是不幸的是手中的槊折斷了。這時，朝廷軍隊開過來了，陳顯達抵抗不住，只好逃跑。陳顯達逃到西州（今南京西郊）之後，騎官趙潭用手中之槊投刺他，陳顯達中槊墜馬，被趙潭斬首，終年72歲。陳顯達的幾個兒子也都伏法被斬。
蕭寶卷誅殺了陳顯達之後，越發驕橫恣意。他漸漸開始喜歡出外游走，但又不想讓人看見，每次出外，總是事先把所要經過地方所住的人家趕走，只留下空房子。他出游時，先由尉司敲著鼓沿途走一大圈，居民們凡是听到鼓聲，就應立即跑開，連衣服和鞋都來不及穿好，違反禁令的人就被隨手殺掉。一月之中，蕭寶卷要出去20多次，而且從來不說個具體的去處，東西南北，無處不去。他還常常在夜間三四更時分出游，弄得鼓聲四出，火光照天，幡儀兵戟橫路。這時，士人民眾們喧叫奔路，前後相隨，老人小孩驚慌失措，哭喊成一片，擁擠在路上，但是處處禁止通行，所以都不知道何處可以經過。就這樣，搞得建康城的百姓無法從業，連去打柴割草都無路可行，紅白喜事不能按時進行。一些孕婦不能把孩子生在家里，甚至有的人抱病躲逃，結果死在路上，得不到殯葬。
蕭寶卷還讓人在小巷和田間小道懸掛布幔以成為高高的屏障，並且布置人手執兵器守護，稱作是「屏除」，也叫做「長圍」（這就相當于我們今天重要領導出行時的「一保」、「二保」的架勢）。有一次，東昏侯來到沈公城，有一個婦人因臨產而沒有躲逃，于是剖開產婦的月復部看是男孩還是女孩。又有一次，蕭寶卷來到定林寺（今南京江寧區方山），有一個老和尚因年老患病不能離去，藏在草叢中，他就命令隨從用箭射老和尚，百名弓手一起發射。蕭寶卷臂力過人，能拉開三斛五斗力的弓。蕭寶卷還喜好「擔幢」又叫頂方（古代的一種雜技。表演者須有大膂力）的游戲，做白虎幢高7丈5尺，左臂右臂來回擔玩，不過癮又將幾十斤重的白虎幢移到牙上擔玩，折掉了好幾顆牙齒，仍舊擔玩不已。蕭寶卷自制擔幢校具，表演時穿的服裝上飾以金玉，每次表演侍衛站滿兩側，使出各種技能把戲，從來不感到不好意思。蕭寶卷跟東冶營兵俞靈韻學騎馬，經常穿著編織的衣褲，不穿外服，頭戴薄金制的帽子，手執七寶槊（槊是十八般兵器中的重型兵器之一，多用于馬上作戰），戎裝束褲，冒著雪，遇上陷坑，也不避開，總是一躍而過。
蕭寶卷又選擇那些善于長跑的無賴痞子500人，稱為逐馬左右，經常讓他們隨馬而跑。他或者在市中自己親近寵幸的人家中游玩，從這家轉到那家，來回轉悠，能轉遍全城。他或者去郊外射野雞，布置了射雉場296處，奔走往來，從一處到另一處，忙得沒有閑暇之時。
永元二年（500年）正月，按例皇帝在大年初一接見群臣；但是蕭寶卷直到吃過飯之後方才出來露面，朝賀之禮剛一完畢，就立即回殿內西廂屋就寢去了。從巳時（上午9時至上午11時）到申時（下午3時正至下午5時），群臣百僚們站著等待皇帝前來，都站得腰腿僵直，無法堅持而倒地，肚子也餓的咕咕著叫。所以，等到起來朝見時，只好敷衍一通，匆匆收場。
南齊豫州刺史裴叔業得知蕭寶卷數番誅殺大臣，心中替自己不安。陳顯達反叛之後，裴叔業派遣司馬遼東人李元護率領兵馬去解救建康，而實質上則持騎牆觀望態度，陳顯達失敗之後，李元護又回去了。朝廷懷疑裴叔業有異謀，裴叔業也派遣使者去建康觀察消息動靜，眾人對他更加懷疑了。于是，裴叔業就派遣裴芬之以及他的哥哥的女婿杜陵人韋伯昕帶著降書去投降北魏。初七，北魏派遣驃騎大將軍彭城王元勰和車騎將軍王肅統領步、騎兵十萬前去受降，任命裴叔業為使持節，都督豫、雍等5州諸軍事，征南將軍，豫州刺史，並封他為蘭陵郡公。
三十日，蕭寶卷下詔令討伐裴叔業。二月十六日，朝廷任命衛尉蕭懿為豫州刺史。二十八日，北魏任命彭城王元勰為司徒，並且兼任揚州刺史，坐鎮壽陽(今安徽壽縣)。北魏派遣大將軍李丑、楊大眼率領兩千騎兵入壽陽，又派遣奚康生率領羽林兵1000急馳趕赴壽陽。二十九日，裴叔業病死。
三月十五日，朝廷派遣平西將軍崔慧景統率水軍討伐壽陽，蕭寶卷令人在所經過之處兩旁懸掛高幔，走出瑯邪城（建康城北，今南京西北，幕府山南麓）為征軍送行。蕭寶卷身著武服，坐在樓上，傳召崔慧景一人騎馬進入他的所謂屏障長圍之內，沒有一人相隨。崔慧景進去之後，只與蕭寶卷說了幾句話，就拜辭而出。崔慧景出來之後，心里異常得意。