崔慧景失敗之後，巴陵王蕭昭冑、永新侯蕭昭穎、蕭子良故防閣（相當于警衛員）桑偃、巴西太守蕭寅等秘密合謀，要立巴陵王蕭昭冑為帝。此時蕭寶卷渾然不知，整日在剛建成芳樂苑里玩嬉，好幾個月都不出外。桑偃等人就在一起商議，準備招募壯士100多人，讓他們從萬春門進去，突然地去把蕭寶卷收拾掉，蕭昭冑認為這樣不可行。不久，事情敗露蕭昭冑兄弟以及桑偃等人都伏法被誅。
雍州刺史張欣泰同其弟前始安內史張欣時密謀策劃，想勾結胡松以及從前的南譙太守王靈秀、直將軍鴻選等人誅殺蕭寶卷身邊的寵幸之徒，並且廢去蕭寶卷。蕭寶卷派遣中書舍人馮元嗣監督軍隊去援救郢城。七月初二，茹法珍、梅蟲兒以及太子右率李居士、制局監楊明泰在中興堂為馮元嗣送行，張欣泰等派人懷中藏刀在座席上砍殺了馮元嗣，馮元嗣的腦袋墜落在裝水果的盤子中，接著又砍向楊明泰，剖破了他的月復部，梅蟲兒幾處中傷，手指頭全被砍掉，李居士、茹法珍等人則往宮中逃去。王靈秀去石頭迎接建安王蕭寶寅，他率領著城中的將吏們，以便展示兵力，又把車子去掉車輪，讓蕭寶寅坐在上面，命人抬著前行，文武官員數百名在前頭喝唱開道，浩浩蕩蕩地向朝廷走去，數千名老百姓全都空著雙手跟隨在後面。張欣泰聞知已經開始行動了，急忙騎馬入宮，希望乘茹法珍等人在外面之機，蕭寶卷能把城中布置防御的事情完全委托給他自己，以便里外相應。但是，不久茹法珍就從中興堂逃回來了，他命令人關閉城門，配兵守護，但是沒有發給張欣泰武器，鴻選在殿內也不敢行動。蕭寶寅到達杜姥宅之時，天已經黑了，城門也已經關閉了。城門的守兵發箭射外面的人，這伙人就把蕭寶寅扔下潰逃而去。蕭寶寅也逃走了，3天之後，方才穿著武服來到草市尉司自首，草市尉馳馬去報告蕭寶卷，蕭寶卷召蕭寶寅進宮訊問他，蕭寶寅痛哭流涕地說︰「那天不知道什麼人逼使我上車，就把我弄去了，實在是身不由己。」蕭寶卷听得笑了，沒有為難蕭寶寅，恢復了他的爵位。張欣泰等人在事情敗露之後，同胡松一起伏法被誅。
導游說，接連幾次有人想取蕭寶卷而代之，蕭寶卷基本沒有察覺，但是事情也沒有成功。也該蕭寶卷多活幾日。
中興元年（501年）七月二十七日，蕭寶卷任命程茂為郢州刺史，薛元嗣為雍州刺史。但是就在這一天，程茂、薛元嗣獻出郢城，投降了蕭衍。郢城剛被圍之時，有士人百姓男女近10萬人，關閉城門200多天，城內瘟疫流行，人人浮腫，每十個人之中就有七八個死去，尸體堆積在床底下，而活人睡在床上，家家戶戶都是這樣。程茂、薛元嗣等人商議出城投降，讓張孜寫信給蕭衍。青州人治中房長瑜過去曾在張沖幕府中任過吏員，他對張孜說︰「令尊前使君赤膽忠心，氣貫長虹，郎君您唯一應當做到的就是坐鎮堅守，使該城不要丟失，以不負已故令尊大人的重托。如果天運不濟，我們就只好月兌去戎裝，听候安排，到黃泉之下去找使君大人。現在，你听從其他人的計策，欲出城而降，這不但使郢州的男女老少對你失去景仰之情，恐怕蕭衍也不會瞧得上你。」張孜不能听從房長瑜的勸諭，還是寫信給蕭衍，獻城投降。蕭衍任命韋睿為江夏太守，代理郢府事務。韋睿收埋死者，安撫還活著的人，于是郢人得以安定。
九月，蕭寶卷委任李居士為江州刺史，冠軍將軍王珍國為雍州刺史，建安王蕭寶寅為荊州刺史，輔國將軍申冑監管郢州，龍驤將軍、扶風人馬仙監管豫州，驍騎將軍徐元稱監管徐州軍事。這一天，蕭衍的前軍已經到達蕪湖，申冑的朝廷軍兩萬人棄姑孰而走，蕭衍佔領了姑孰。十七日，蕭寶卷委任後軍參軍蕭誕為司州刺史，前輔國將軍魯休烈為益州刺史。
蕭衍攻克江、郢二州之後，蕭寶卷照樣游騁玩樂，他對茹法珍說︰「等他（蕭衍）來到白門（建康南門即宣陽門）前時，再與他決一死戰，以定勝負。」蕭衍到了建康附近，蕭寶卷才召聚兵力，準備固守，他命人從建康的左、右尚方（尚方署，制辦和掌管宮廷飲食、御刀劍等珍貴器物的宮署）和東、西冶（冶煉場所）當中挑選囚徒充配軍隊，對不能讓其活著的囚徒，在朱雀門內日斬百余人。
蕭衍派遣曹景宗等人進駐江寧。二十五日，江州刺史李居士從新亭挑選了精悍騎兵1000人到江寧。曹景宗剛到江寧，營壘還沒有來得及修建，而且由于行軍日久，士兵們的甲衣都穿破了。李居士因此而輕敵，率領朝廷軍擊鼓吶喊直沖上去。曹景宗奮而反擊，大敗朝廷軍，一直追到了皂莢橋（在建康南郊新亭附近）。于是，王茂、鄧元起、呂僧珍也進據赤鼻邏（建康南郊城防工事)，新亭城主江道林領兵出戰被生擒。蕭衍到了新林，命令王茂向前推進，佔據越城（今中華門外長干里一帶），鄧元起佔據道士墩（建康城南郊據點），陳伯之佔據籬門（用竹籬做成的門），呂僧珍佔據白板橋（城防工事，在秦淮河畔石壩街、大中橋一帶）。接著，呂僧珍大敗李居士的軍隊。李居士請示蕭寶卷，要火燒長江南岸村舍的房屋以開闢戰場，從大航（朱雀門外跨秦淮河的浮橋叫朱雀航，又稱大航）以西，新亭（今安德門菊花台一帶）以北的房屋全被燒光。蕭衍的幾個弟弟都從建康自動出來奔赴蕭衍的軍隊。
十月十三日，蕭寶卷派遣征虜將軍王珍國、軍主胡虎牙率領精兵10萬多人布陣于朱雀航南邊，宦官王寶孫持白虎幡督戰，他打開浮橋，斷絕了後路，以作背水一戰。蕭衍的軍隊稍微後撤，王茂下了馬，手持單刀，直向前去，他的外甥韋欣慶手執鐵纏槊左右掩護，沖擊蕭寶卷的軍隊，立刻就沖破了他們的陣營。曹景宗乘機縱兵攻進，呂僧珍放火焚燒了敵方的營地，將士們全部拼力死戰，戰鼓和殺喊之聲震天動地。王珍國等眾軍抵抗不住，王寶孫狠罵諸位將帥，直閣將軍席豪氣紅了眼，突陣而死。席豪是一員驍將，他陣亡之後，士卒們土崩瓦解，跳進秦淮河中死去的無以計數，尸體堆積的與橋面齊平。蕭寶卷的軍隊見狀，全都潰散而逃。蕭衍的軍隊長驅直進，到了宣陽門（今中山東路以南的淮海路一帶）。
十七日，蕭寶卷的寧朔將軍徐元瑜獻出東府城投降。青、冀兩州刺史桓和入城增援，駐扎在東宮。十八日，桓和欺騙蕭寶卷，聲稱出戰，借機率部投降。光祿大夫張放棄石頭回宮。李居士獻出新亭投降蕭衍，瑯邪城主張木也投降。二十一日，蕭衍坐鎮石頭（石頭城），命令各路軍隊攻打建康的6個城門。
蕭寶卷命人放火燒了城內的營署、官府，驅逼士人和百姓全部進入宮城，關閉宮門，作最後的拒守。
早先，崔慧景攻逼建康之時，蕭寶卷拜鐘山神蔣子文為假黃鉞、使持節、相國、太宰、大將軍、錄尚書事、揚州牧、鐘山王。到蕭衍率兵到來之時，東昏侯又尊蔣子文為靈帝，迎接他的神像進入後堂，讓巫師祈禱求福。到了城門關閉之後，蕭寶卷將城中的軍事全部委托給王珍國。兗州刺史張稷來守衛京師，蕭寶卷又讓張稷任王珍國的副手。
當時，城中的兵卒還有7萬人，蕭寶卷向來喜好軍陣，與身邊的黃門、刀敕以及宮人們在華光殿前演習戰斗，假作受傷的樣子，讓人用木板抬去，用這種形式來作為詛咒制勝。蕭寶卷還經常在殿中著戎服，騎著馬出入，用金銀做成鎧甲和頭盔，全都裝飾以翡翠。他仍舊晝眠夜起，一如平常那樣。他听到外面的擊鼓吶喊之聲，就披著大紅袍，登上景陽樓的屋頂觀望，差點被弩機射中。
開始之時，蕭寶卷與左右心月復一起分析，以為陳顯達一戰即敗，崔慧景圍城很快就逃走，于是認為蕭衍的軍隊也會這樣的，所以敕令太官備辦柴火和糧米，夠百日之用就行了。但是，在大桁（大航）之敗以後，城中民心慌亂，人人自危。茹法珍等人擔心士人和百姓們逃潰，所以關閉城門而不再出戰。但是，等到蕭衍的長圍已經布置好，塹柵堅固之後，再派兵出擊，屢戰屢敗。
蕭寶卷極其吝嗇錢財，梁王蕭衍的軍隊已攻打到城外，太監茹法珍跪在地上請求他賞賜將士抵抗，他不但不肯，反而還說︰「反賊難道就只捉我一個人嗎？為什麼偏偏向我要賞賜？」這又不禁使人想起西晉司馬炎的白痴兒子，晉惠帝司馬衷來。當他在听到大饑之年人食樹草而不得時，說了一句舉世著名的痴話︰「沒飯吃也不要緊嘛，為何不吃肉糜（肉粥）呢？」。如果說，蕭寶卷在宮苑之中開辦農貿市場（是否充當小刀手）可以算作與民同樂；那麼他不獎勵抵抗的士兵，則是昏庸之極，那句與「肉粥」差不多的痴話，則是他自私而又無知的真實寫照。
本來後堂之中儲放了幾百塊木料，有人向蕭寶卷啟奏要拿去做城防之用，他卻不給，想留下來蓋宮殿時使用。蕭寶卷又督促御府制作了300人使用的精制兵器，準備等蕭衍之圍解除之後，出外游玩時，衛士們用以驅趕士民。至于金銀雕鏤物品，蕭寶卷亦讓趕制，並限定時間要比平時快出一倍。
看看，都到了這步田地了，蕭寶卷心里想的還是如何摳門、如何瀟灑、如何作樂，什麼國家、社稷統統拋于腦後，這樣的君主又如何能夠長久？
茹法珍和梅蟲兒給蕭寶卷出主意說︰「大臣們不忠誠，以致城圍不能解除，所以應該將他們全部殺掉。」王珍國和張稷懼害大禍臨頭，王珍國就派自己的親信給蕭衍獻了一塊明鏡，以示自己的心意，蕭衍則截斷金子作回報，表示願意和他同心共事。兗州中兵參軍張齊是張稷的心月復，王珍國就通過張齊秘密地與張稷策謀，要一同殺掉蕭寶卷。于是，張齊在夜間將王珍國帶到張稷那里，兩人湊在一起謀密定計，張齊親自在旁邊手執蠟燭。他們密謀好之後，又將計策告訴了後舍人（皇宮內廷總管）錢強。
永元三年（501年）十二月初六夜間，錢強秘密令人打開雲龍門，王珍國和張稷帶兵沖入殿中，御刀（御前侍衛）豐勇之做內應。當晚蕭寶卷在含德殿吹笙歌作《女兒子》為樂府《清商曲辭》名。當時，三峽地區民間歌舞在西漢時的巫山一帶流傳，酈道元的《水經注》及郭倩的《樂府詩集》均名為《女兒子》，作樂方罷，尚未熟睡，听到有軍隊闖進來的聲音，連忙從北門逃出想跑回後宮，太監黃泰平舉刀砍傷了他的膝蓋，他摔倒在地，還罵道︰「奴才要造反嗎？」（廢話！痴話！）隨即腦袋被張齊砍落，終年19歲。眾人用浸過油的黃絹包起他的首級（油過的黃絹透明易于辨認），然後派遣國子博士範雲等人送給梁王蕭衍。蕭衍派張弘策先進去清理宮中，封存了府庫和各種圖籍。其時，宮城中珍寶之物到處都是，張弘策嚴加管束部曲，做到秋毫無犯。潘貴妃（又稱潘玉兒）以及寵臣茹法珍、梅蟲兒、王之等41人全被收拘，交給主管官吏處理。
十九日，蕭衍進駐閱武堂，下令大赦天下。蕭衍又下令︰「凡是錯誤的規章，荒謬的稅賦，過分的刑罰和勞役，全部廢除。」潘玉兒的姿容極其美麗，蕭衍久仰潘玉兒的美色，本想將她留下，侍中、領軍將軍王茂說︰「使齊國亡掉的正是這個女人，您如果留下她，恐怕要招來外界的議論。」于是，蕭衍下令將潘玉兒勒死在獄中，寵臣茹法珍等人也被誅殺。蕭衍命令把兩千宮女分賞給將士們。
有關潘玉兒的死還有一說︰當時蕭衍將潘玉兒賜給部下田安，潘玉兒對蕭衍說︰「昔者見遇時主，今豈下匹非類。死而後已，義不受辱。」自縊而死，死後形狀潔美如生。蘇東坡《和楊公濟梅花》詩雲︰「月地雲階漫一尊，玉奴終不負東昏。」對潘玉兒的死，導游也深感痛惜，如果當時蕭衍收納了她，也許她就不會自殺了。
據說「三寸金蓮」，的典故就是從潘玉兒一雙柔軟無骨的美足而來。「起來玉筍尖尖女敕，放下金蓮步步嬌」。自五代的南唐開始，纏足出現在中國的歷史中。南唐後主李煜的嬪妃，美麗多才，能歌善舞，李後主專門制作了高六尺的金蓮，用珠寶綢帶纓絡裝飾，命宮嬪娘以帛纏足，使腳縴小屈上作新
月狀，再穿上素襪在蓮花台上翩翩起舞，從而使舞姿更加優美，李煜看後十分喜歡，稱其有凌雲之態。
對金蓮描寫，要數明朝的風流才子唐寅（唐伯虎）所作《掛歌》最為有名︰「第一嬌娃，金蓮最佳。看鳳頭一對堪夸。新荷月兌瓣月生牙，尖度縴柔滿面花。覺別後，不見她，鳧何日再交加？腰邊摟，肩上架，背兒擎住手兒拿。」《醒世恆言-喬太守亂點鴛鴦譜》中︰「那女子的尖尖趫趫、鳳頭一對，露在湘裙之下。」明代大學士廖道南有《裹足》︰「白練輕輕裹，金蓮步步移；莫言常在地，也有上天時。」雖然有的描寫不夠健康，但卻將金蓮寫得活神活現，妖冶迷人。
當初，海陵王被廢之後，王太後出宮居住在鄱陽王的舊宅中，號為宣德宮。蕭衍以宣德太後（即原文惠太子妃王寶明）的名義，命令追封被廢的涪陵王蕭寶卷為東昏侯，褚皇後以及太子蕭誦並黜為庶人。蕭衍被任命為中書監、大司馬、錄尚書事、驃騎大將軍、揚州刺史，封為建安郡公，並且依照晉代武陵王司馬遵承制之例，行使皇帝的權力，百官群僚們向蕭衍致敬。王亮被任命為長史。十二日，改封建安王蕭寶寅為鄱陽王。
關于南齊的亡國，唐李商隱「齊宮詞」作了高度概括︰「永壽兵來夜不扃，金蓮無復印中庭。梁台歌管三更罷，猶自風搖九子鈴。」這首詩是李商隱（857年）任鹽鐵推官，游江東，至白下。憑吊齊、梁舊事，有感于兩朝皆務浮華享樂所作。
導游說，蕭寶卷的一生也夠慘的，16歲做了皇帝，19歲就嗚呼了，雖然風光了一陣子，也就3年的皇帝命，死後被連降三級淪為侯，還被蕭衍授予「東昏」這個謚號，這個待遇有極大的諷刺意義，古今都比較罕見，可憐一代帝王，頭被砍了還不知道怎麼回事。怨誰呢？怨他頭腦中少一根筋。據說被砍掉頭顱的皇帝，永世不能再投人，東昏侯啊，你下輩子該怎麼辦呢？
據說蕭寶卷死後，追謚為東昏侯，但陵墓仍按皇帝的級別修造。葬江蘇丹陽建山鄉金家、王家、陳家附近。陵南向。1968年發掘。墓室內有「羽人戲龍」、「羽人戲虎」、「竹林七賢」等磚刻壁畫。陵前800米處有石獸1對，東為天祿，西為麒麟，均為公獸。天祿身長2.38米，高2.25米，頸高1.2米，體圍2米；頭部已殘，失去3足，身上雕飾已漫漶不清。麒麟身長2．13米，高1.9米，頸高1.05米，體圍1.65米；吻部及足已失。兩獸相距23米，均昂首挺胸，張口伸舌，非常生動。
《列傳》選錄︰
東昏褚皇後，褚令璩，河南陽翟（今河南禹縣）人，太常澄女也。建武二年，納為皇太子妃。明年，謁敬後廟。東昏即位，為皇後。帝寵潘妃，後不被遇。黃淑儀生太子誦，東昏廢，並為庶人。