第三章反叛朝廷發動靖難
（1）采取行動
建文元年（1399年）七月五日，朱棣毅然采取行動，殺張昺、謝貴等。隨後，命張玉、硃能等人迅速擊敗了城內的守軍，奪北平九門（正陽門、崇文門、宣武門、德勝門、安定門（安貞門）、阜成門、朝陽門、東直門、西直門），控制了北平。然後，朱棣上書建文帝，指齊泰、黃子澄為奸臣，並援《祖訓》（「朝無正臣，內有奸惡，則親王訓兵待命，天子密詔諸王統領鎮兵討平之」）起兵，以道衍為謀士，稱其師為「靖難之師」。這年朱棣40歲。從此，拉開了叔佷相爭4年的序幕。
朱棣以入京除奸為名，發動了「靖難之役」。經過4年的戰爭，在1402年打敗其佷子恭閔惠帝（建文帝）的統治集團，奪取了明朝政權，建元永樂，是為明成祖。
戰爭之初，建文帝憑借其軍事、政治、經濟上的優勢，集中強大兵力，分進合擊，準備迅速將燕軍包圍于北平地區而殲滅之。由于洪武時期的功臣已經被朱元璋殺戮殆盡，因此建文朝廷只得派一些年輕將領掛帥，與朱棣的燕軍（又稱北軍）作戰。但由于朝廷軍（又稱南軍）兵力強大，雙方還是處在一個拉鋸戰的形勢下。北方諸將大多是燕王舊部，後來歸順燕王參戰的人也越來越多。燕軍先後下通州、薊州、懷柔等城，取得了初步勝利，為南下奠定了基礎。後來通過真定（今河北正定市）之戰、北平之戰、白溝河之戰、東昌之戰、夾河之戰等戰役，逐漸取得了軍事上的主動權，為最後揮師南下，一舉攻克南京做好了充分準備。
北平之戰。建文元年（1399年）八月底，建文帝拜太祖舊將耿炳文為征虜大將軍，此時耿炳文已是65歲的老將了，率師30萬討伐朱棣。先鋒抵雄縣，被燕軍打敗，9千人全部戰死。在真定（今河北正定）之戰中，南軍又大敗。建文帝又以勛戚（有功勛的皇親國戚）李景隆代替耿炳文，調兵50萬進駐河間（今屬河北），再次北征伐燕，並築壘九門，圍攻北平。
李景隆，小字九江，是明朝開國名將李文忠（李文忠是朱元璋的外甥，後收為養子）的兒子，是一個白面書生。洪武十九年（1386年）襲爵，曾掌管左軍都督府事，累官至太子太傅。建文帝即位，甚被信任重用。燕王起兵反朝廷，長興侯耿炳文與燕兵作戰失利，他代為大將軍，率兵50萬與燕兵交戰。由于李景隆不懂兵法，又妄自尊大，對許多功臣老將棄而不用，兵敗勢在必然。
十月，朱棣親自率精騎突襲大寧（內蒙古寧城縣境），合並寧王朱權所屬三衛兵馬，得其部朵顏三衛騎兵，兵力驟增。當時，朱棣為引誘李景隆軍倉促來攻，只留下燕王妃和世子朱高熾，以及少部兵力守北平，自己率主力繞道襲取大寧。李景隆聞朱棣北去，乘虛帶領兵馬前來圍攻北平，但未能攻下北平。朱棣回師北平東20里鄭村壩，與守城兵馬配合作戰，大敗李景隆軍隊。
這一戰中，守城的燕王妃和世子朱高熾作用不可低估。他們以城中老弱殘兵堅守北平城，燕王妃也激勸將校士民的妻子參戰，組成一批女兵，披上鎧甲，登城拒守，面對李景隆數十萬大軍的攻擊而巋然不動，有力地牽制住了南軍，終于堅持到朱棣回師，保住了燕王朱棣的根據地。假設北平被攻佔，朱棣將面對另一番景象，勝負的天平尚不知會傾向哪邊。
白溝河之戰。建文二年（1400年）四月初一，李景隆率軍60萬人自德州分兵兩路，大舉北伐。（此時，建文帝被迫罷兵部尚書齊泰、太常寺卿黃子澄職，以緩和燕師的攻勢）朱棣率軍10萬人迎戰，兩軍會戰于白溝河(今河北雄縣境內)。經過數日激戰，燕軍大敗李軍，斃傷10余萬人，乘勝攻克德州。李景隆擁眾10余萬人退守濟南。燕軍跟蹤追擊，進圍濟南，遭到山東參政鐵鉉與都督盛庸的頑強抵御，圍城3月而不下，敗還。九月，建文帝命鐵鉉為山東市政使，改命盛庸代替李景隆。十二月，盛庸率師與燕軍會戰于東昌（今山東聊城），燕軍大敗，主將張玉戰死，被迫還師北平。
夾河之戰。建文三年（1401年）春，盛庸率軍20萬人駐德州，吳杰、平安駐真定，互為犄角，伺機出擊。（建文帝于三年又恢復了齊泰、黃子澄的職務）二月，朱棣的燕軍再度南下。三月，在夾河（今河北武邑境）大敗盛軍，斬首10余萬人。又在 （g o）城打敗了吳杰等部，斬首6萬余人。此時，建文帝又采用緩兵之計，下詔赦燕王罪，企圖使其懈怠；同時發兵斷其糧道，以迫其北歸，伺機殲滅。朱棣識破此計，于六月中旬，遣都指揮使李遠率輕騎6000人南下，連克濟寧、沛縣等地，焚盛庸軍糧船數百艘、糧數百萬石，京師(今南京)大為震驚。七月，盛庸乘燕軍南下，令平安率萬騎攻北平；大同守將房昭回攻保定。朱棣聞訊，率軍回援，大敗其軍，還師北平。
在這3年多的戰役中，南北軍互有勝負。朱棣北軍雖然勝多負少，但損失也很慘重，而朝廷有足夠的能力不斷充實南軍的力量，北軍在河北、山東一帶所攻下的城邑，很快又被朝廷兵所奪回，重新佔據。到建文三年年底，朱棣起兵3年，僅佔據了北平、保定、永平（今天的河北省唐山市）3府，地盤相當的狹小，這與他起兵時的願望也大相徑庭。他深感南軍兵多勢眾，曠日持久，攻防俱難，明朝的疆域那麼大，像這樣打下去，還不知道要打什麼時候，奪取大明江山的前景變得渺茫起來。
也許是天意，就在這關鍵時刻，有內臣自京師前來告密。這是一個在南京被責罰的宦官，逃到北平後，把南京的虛實情況告訴朱棣，朱棣听了大喜。
朱棣知南京空虛可圖，決計改變戰略。問策于道衍，道衍說︰「毋下城邑，疾趨京師。京師單弱，勢必舉。」意思是︰不要再攻打這些城池了，趕緊直取南京，南京勢力單薄，必能成功。于是，朱棣就此定下長驅直入的方針。
建文四年（1402年）正月，朱棣率北軍南下。朱棣誓師曰︰「頻年用兵，何時已平？要當臨江一決，不復返顧矣。」四月，連破何福、平安師。五月，克泗州、揚州。建文帝遣慶成郡主慶陽公主︰蒙城王（仁祖朱世珍弟壽春王之子）女，嫁黃琛。太祖愛其謹厚，配以王女。至建文時，改封慶成郡主。至燕軍，乞割地求和，朱棣冷笑道︰「我連太祖封給我的燕王都不要了，還要什麼割地呢？」下令不許。六月，江防都督僉(qi n)事陳瑄以舟師（即水軍)叛附于燕，燕軍渡江，下鎮江，直逼南京。
建文四年（1402年）六月十三日，燕軍進抵南京金川門（今南京下關區），守將谷王朱橞（hu ）、曹國公李景隆開門迎降，建文帝朱允炆于宮中**死(一說出走為僧)。朱棣取得了靖難之役的最後勝利。
當燕軍渡江，攻陷京師（今南京）時，建文帝見警報迭傳，宮內大亂，于是他下令縱火焚毀皇宮，後、妃等宗室皆被殺或令自殺。朱棣率軍殺入宮中，搜尋了3天，始終沒有找到建文帝的蹤跡。追問內侍，都說不知，只知文帝下令縱火後就不見了蹤影，未知死活。只在灰燼中發現了幾具燒焦了的殘骸，據內侍說是建文帝、馬皇後的尸體。朱棣命人從灰燼撥出建文帝殘骸，已是滿身焦爛，四肢不全，分不清男女，只得下令以天子禮殮葬建文皇帝（墓葬始終無考）。恢復周王橚、齊王榑爵位。殺齊泰、黃子澄、方孝孺，並夷其族。
建文四年（1402年）六月十七日，朱棣在南京南郊大祀天地以後即帝位。並詔︰「今年以洪武三十五年為紀，明年為永樂元年。建文中更改成法，一復舊制。」這年朱棣43歲。十一月，立妃徐氏為皇後。從此，朱棣開始了他22年的皇帝生涯。
朱棣贏了，他得到了大明江山，他黃袍加身，當上了皇帝；建文帝輸了，他丟了江山，生死不明。人間的機遇總有它的規則，也許這個皇位從一開始就應該是朱棣的，因為朱棣比朱允炆更具有王者風範！那麼一個篡位的而得天下的皇帝采取了什麼政策來鞏固自己的皇位呢？
永樂二年（1404年）四月，置東宮官屬。道衍為太子少師，復共姓姚，賜名廣孝。立子朱高熾為皇太子，封朱高煦漢王，朱高燧趙王。
朱棣即位之初，對洪武、建文兩朝政策進行了調整，提出「為治之道在寬猛適中」的原則。他利用科舉制及編修書籍等籠絡地主知識分子，宣揚儒家思想以改變明初嗜佛之風，選擇官吏力求因才而用，為當時政治、經濟、軍事、文化等方面的發展奠定了思想和組織基礎。他在施仁政同時，也大肆殺戮，主要的目的是為了進一步強化君主**，清除建文余黨。朱棣用了近11年的時間，采用恩威並施的手段，從而穩定了他的江山社稷。