（3）軍師輔佐
在北平(今北京)期間，他得到眾多忠臣猛將的指導下，迅速成長為了一位合格的軍事指揮家，多次受命參與北方軍事活動，兩次率師北征，並在對元朝的作戰中取得了重大的勝利，自己的軍事實力得到了加強，提高了他在北方軍隊中的影響，到洪武末年，朱棣已經成為北方最強的藩王。
有一則故事說︰朱棣在北平當燕王時，認識了一個叫道衍的和尚（實際上朱棣和道衍，早在南京就認識了，是一同來北平就藩的）。有一次道衍見到朱棣，就說︰「要是我幫助你，保準讓大王你戴上一頂‘白’帽子。」其實，戴「白帽子」一事，早在南朝劉宋時期就發生過。當時的湘東王劉彧（宋明帝）就是被人帶上白帽子推上皇位的。朱棣一听就明白了，「王」字頭上加「白」字不就是「皇」字嗎？于是他就將道衍留了下來。兩人作過一幅對聯。
朱棣說上聯︰天寒地凍，水無一點不成冰。
道衍說下聯︰國亂民愁，王不出頭誰作主。
上聯是說，天氣寒冷，加一點水就能結成冰（水字上加一點為「」）。下聯是說，國家混亂，親王不出頭掌控，誰做主呢（王字出頭為「主」）？道衍的的意思是，燕王你不挑頭干大事，有誰配作這個「一國之主」呢？沒多久，朱棣就在北平起兵，後來打敗了建文帝，做了皇帝。道衍也當了家宋濂、高啟等交友，又從靈應宮道士席應真習道家《易經》、方術及兵家之學。
洪武十五年（1382年），朱元璋選高僧侍諸王，為已故馬皇後誦經薦福。姚廣孝以薦入選，後來隨燕王朱棣至北平（今北京）住持大慶壽寺。從此經常出入燕王府，參與奪位密謀，成為朱棣的重要謀士。朱棣「靖難」稱兵前，他曾推薦相士袁珙以佔卜等方式，並通過對當時政治、軍事形勢分析，促使燕王朱棣堅定信心；又于王府後苑訓練軍士，打制軍器，作好軍事準備；建文元年（1399年）六月起兵前夕，計擒北平布政使張昺、都指揮使謝貴。靖難之役中，他留守北平。十月，輔佐燕王世子率萬人固守北平，擊潰朝廷數十萬北伐之師。此後，仍多贊謀帷幄，終使朱棣奪得皇位。朱棣即位後，初授官僧錄司左善世，永樂二年（1404年）再授為太子少師，復其姓，賜名廣孝。晚年，姚廣孝既厭懼官場爭斗的凶險，又不甘心放棄畢生事業的追求，故雖然受官，卻未改變僧人身份，主要承擔太子、太孫的輔導講讀，及主持《永樂大典》、《明太祖實錄》等書的修纂。其博通精深的學識和修養對皇太孫（即明宣宗）有較大影響，對《永樂大典》的完成也起了很大作用。
（4）初展雄才
洪武二十三年（1390年），這一年元旦剛過，燕王朱棣就接到太祖朱元璋的命令，讓他和晉王分別統帥兵馬合擊蒙元丞相咬住和平章乃兒不花。朱棣同他的三哥晉恭王朱?，一同去討伐蒙古乃兒不花的。朱棣親自出馬，在風雪交加的迤（y ）都山突襲乃兒不花，乃兒不花知道無法抵抗，只好前往朱棣軍中請降。就這樣，朱棣第一次大規模出征就兵不血刃大獲全勝，收服了蒙古大將乃兒不花的10000余人。而另一路他的三哥、晉王生性怯懦，不敢深入蒙古月復地，結果一無所獲。
朱棣初戰告捷，《明史本紀成祖一》中記載︰「太祖大喜，是後屢帥諸將出征，並令王節制沿邊士馬，王威名大振。」太祖賞賜寶鈔100萬錠，對他更加信賴。三月，燕王朱棣再次率師出塞北征。軍行至徹徹兒山與蒙古軍隊發生戰斗。蒙軍首領孛林帖木兒等數十人被俘。明軍乘勝追至兀良哈禿城，又與蒙軍哈刺兀等發生戰斗，明軍再次取勝。
朱元璋為徹底消滅元朝殘余勢力，統一漠北(今蒙古高原大沙漠以北地區)，統一大明帝國，明太祖朱元璋曾8次派兵北征蒙古胡元。最後一次，也就是洪武二十九年（1396年）三月，朱元璋得知大寧衛（今內蒙古寧城)北有故元蹤跡，便命燕王朱棣選精卒自北平(今北京)抵大寧，沿河南北偵察元兵所在，相機進擊。兵至徹徹兒山(今地不詳)，果遇元兵，大敗之，擒其將索林帖木兒等數十人。追至兀良哈禿城(今地不詳)，遇故元哈剌兀，又大敗之，遂凱旋而歸。從此，朱棣在武力上奠定了通往皇帝寶座的良好基礎。
在這期間，洪武二十八年（1395年）三月，秦王朱樉薨（古代稱帝王､諸侯之死為薨）。洪武三十一年（1398年）三月十二日，晉王朱?病逝。朱元璋這時已經71歲了，他十分痛心。
這時朱棣的大哥即太子朱標早在洪武二十五年（1392年）就去世了，二哥秦王朱樉、三哥晉王朱?也相繼死去，這時朱棣不僅成為諸王中年最長者，而且在實力上，其他諸王也無法與他相匹敵。燕王朱棣的地位在穩步上升，這不僅有他個人的努力，而且上天也給了他機會。從這個意義上來講朱棣是個幸運兒，他從排行第四晉升為第一。這年朱棣36歲。
（5）裝病避難
除了歷史原因和建文帝削藩的現實狀況以外，直接導致朱棣反叛建文帝朝廷的還有「三怒」。洪武三十一年（1398年）六月二十四日，朱元璋崩于南京西宮。朱棣听說朱元璋的死訊，帶領軍隊赴京奔喪。即將到達淮安。齊泰與朱允炆商議隨即派人帶了敕符根據太祖遺詔勒令諸王返回自己的封國。據《明史本紀成祖一》中記載︰「三十一年閏五月，太祖崩，皇太孫即位，遺詔諸王臨國中，毋得至京師。王自北平入奔喪，聞詔乃止。」朱棣見到這個敕符大怒，仍要下令進舟。只因見到江口已經設兵把守，才沒有下令。時諸王子皆赴京奔喪吊，朱棣被阻，也無可奈何。道衍對燕王說︰「大王以至孝渡江，奈何有違詔命，反為不孝也。願殿下養成龍虎之威也。他日風雲感會，羽翼高舉，則大江只投鞭可斷也，今日何得屑屑于此哉！」
「投鞭斷流」一語，最早大約出自東晉時前秦宣昭帝苻堅之口，當年在淝水之戰中，苻堅率軍向建康進軍時狂妄地宣稱︰「以吾之眾旅，投鞭于江，足斷其流。」道衍這一番話深深打動了朱棣的心。朱棣心想，現在渡江條件不成熟，不僅不能成就大事，反而會留下不孝之名，來日方長，于是朱棣帶兵返回了北平。
為此，朱棣憤恨不已，自己的父皇去世，兒子的奔喪權利都沒有，卻被佷皇兒擋在京城之外。此乃一怒。
建文帝即位後，便采納齊泰、黃子澄建議，實行削藩，利用或有或無的罪名先對那些較小較弱的藩王采取行動。一口氣先後削廢周、湘、代、齊、岷5個藩王，又陳兵河北，意在圖燕。湘王朱柏**死，齊王朱榑（f ）、代王朱桂、岷王朱楩（pi n）有罪，都被廢為庶人。燕王便成了下一個目標，但朝廷在行動上很小心謹慎，不急于動手，可是，這樣一來反而給了燕王做準備的機會。《明史本紀成祖一》中記載︰「泰、子澄密勸帝除王，帝未決。」建文帝的謀士齊泰、黃子澄暗地里勸建文帝除掉朱棣，但是建文帝猶豫不決。雖然燕王尚未被削，但是他的周圍已經布滿了建文帝的諸多眼線，北京也被朝廷的重兵包圍，形勢岌岌可危，朱棣隨時有生命之虞。此乃二怒。
面對這種狀況，朱棣並沒有坐以待斃，他在秘密進行謀反計劃。私下里他精心培養了一批死士，用現在話說就是一批敢死隊。還在燕王府里打造兵器，但這些工作進行得都十分隱秘。他在王宮後苑修建了很大的地下室，圈以高大的圍牆，圍牆下埋著缸甕，以防止聲音傳到外面。同時養了許多鴨鵝，用鴨鵝的叫聲掩飾打造兵器和操練的聲音。
但是他還有一個心病，就是他的3個兒子還在南京。據《永樂大帝朱棣傳略》，建文即位，棣使3子入京打探。詭言（謊稱）︰「因太祖小恙，來京與祭。」建文帝正疑燕王謀反，立刻召見。彼此問答，除高煦有矜色外，兩世子執禮甚恭，稍覺寬心。然兵部尚書齊泰擬留3子作為質信，3子皆不得月兌。燕王正防著這一著，急遣人馳奏，只說自己病危且死，速遣3子北歸。3子得以返燕，燕王滿臉堆笑，並語3子道︰「我父子重得相聚，真是天助我了。」
當時建文帝並不準備放歸朱棣的3個兒子，後來在徐增壽（徐達幼子，朱棣的王妃、徐達長女徐儀華的弟弟）的蠱惑下，建文帝竟然將朱棣的3個兒子放了回來。有人說，小舅子徐增壽早已經暗中通燕王朱棣了。
同時，朱棣真的在北平裝瘋賣傻來迷惑建文皇帝。不久北平就紛紛傳言燕王瘋了，人們經常可以看到他在大庭廣眾之下亂跑、亂喊，有時躺在大街上昏睡。幾個月後，毫無顧忌的燕王開始造反，建文帝真是後悔莫及。
建文元年（1399年）六月，燕山護衛百戶倪諒向朝廷告發燕王準備舉兵造反。建文帝大驚，密令都指揮使謝貴、布政使張昺（b ng）捉拿燕王府官屬，伺機逮捕朱棣。此乃三怒。這「三怒」成為朱棣起兵反叛朝廷的直接導火線。
朱棣得知事情緊急，立即與道衍商量謀劃，令指揮張玉、硃（zh ）能，悄悄帶領800百勇士入燕王府守衛。並命人埋伏在端禮門兩側，然後派人請張、謝前來。張、謝懷疑有詐，不肯前往燕王府。朱棣又命人拿著朝廷要抓捕官屬的名單前去，這樣二人才相信。在燕王府，張、謝的隨從被攔截在大門外。朱棣拄著拐杖坐著，設宴行酒。他拿起一塊西瓜，放在嘴邊，欲嘗又止，對二人說︰「現在平民百姓，兄弟宗族之間，還知道相互體恤。我身為天子近親，卻朝不保夕。既然這樣，天下還有什麼做不得呢？」說完，憤怒地將西瓜摔到地上。埋伏的勇士見到暗號，一擁而上，將張昺、謝貴擒獲。
朱棣通過裝瘋賣傻避開了建文帝削藩的板斧；通過小舅子徐增壽的內線，接回了3個兒子，消除了後顧之憂；又在危急時刻，听從道衍的計謀，智擒都指揮使謝貴、布政使張昺。也就是說，這時他已經是萬事俱備，只欠東風了。