朱元璋建軍的思想是軍隊朱家化和文官治軍。全國的軍事力量以衛所為基本單位，每衛所數千人，每所數百人，分駐地方。一有兵事，則由兵部派出總兵官去指揮都指揮使和衛所兵作戰，作戰完畢則交出軍權。這樣，都指揮使、都督府和總兵，都無法全面控制，有指揮權的平時不和軍隊在一起也無固定的下屬，軍權牢牢掌握在皇帝的手中，此所謂「將不專兵，兵不私將」。
朱元璋吸收前朝軍將擁兵自重的教訓，搞得這一套分權制度可謂用心良苦，確實明朝在大部分時間沒有多少將領能擁兵叛亂，但帶來的後果是運轉效率低下，指揮不參與軍隊的訓練和管理，在那樣的冷兵器時代必然嚴重影響軍隊的戰斗力。
強制的軍事屯田，世代不得月兌籍，軍餉微薄，戰時做炮灰，平時做苦力，逃亡則采取連坐，強制親戚家人相代。朱元璋曾經得意的說︰「養兵百萬，不費人民一粒米」，照他的儉樸，這話還有一定的道理，但到了後來的皇帝，對人民還是一樣的橫征暴斂，不過是把該正常支出的軍費換為自己的享樂費用，代價是軍人的困苦罷了。這種又要馬兒跑，又要馬兒不吃草的做法，到了明中後期就顯露出來，首先是軍隊訓練荒廢，戰斗力嚴重下降。
其次，社會風氣嚴重不正常，軍事由文官統領，武官為跑腿而已民，一個社會把軍人輕賤到如此程度，遇有戰亂，能指望他們保家衛國嗎？
清君在燈下翻看著《練兵紀實》，原來國家軍隊戰斗力直線下滑的原因，戚老前輩盡已備述。但統治階級也只是臨時抱佛腳，一旦風浪過去，就又是不思進取，都想做一個老好人，關起門來做神仙，每日飲酒作樂罷了。
是夜，驚天動地的喊殺聲將人們從睡夢中驚醒，耳畔又听到了隆隆的炮聲，那響聲是從秦淮河傳來的，店老板道︰「一定是官軍與倭寇打起來了！」
清君道︰「妹子，你在此處陪伴楚楚姑娘，我們要去支援軍兵！」
君惜也想去，清君又說︰「小妹，你在此地用處也很大，萬一有些游兵散勇來傷害百姓，你也可以幫助他們。抗擊倭寇不是說每一個人都要上前方的！」
君惜不再固執，幾人騎上快馬向秦淮河奔去，那嘶殺聲音越來越近，遠處的夜空被火光照得通明，雙方打得都很凶，尤其是倭寇個個手執雙刀，如虎入狼群一般，更加上王十目率領的一些漢奸敗類對官兵也構成了很大的威脅，這些人都非常熟悉明軍的作戰方法，使得明軍極其不利，雖然在數量上遠遠超過了倭寇，但在氣勢上遠遠不及這些倭寇，總兵陳大成將軍也親自督戰，但明軍逐漸有敗退之象。
清君等紛紛跳上敵船，揮動兵器，如入無人之境地，頓時擊落無數倭寇，那些倭寇的頭子雙劍小泉，趕忙派人開弓射箭，那些箭如飛蝗一般向清君等人飛來，清君和不敗、不可道、煙波漁隱左手各執一個倭寇，右手不斷將箭打落水中，那擋箭的倭寇都快被射成馬蜂窩了，陳大成見有四位大俠如此英勇助戰，也指揮軍士奮不顧身的向前，士氣大增，殺得倭寇且戰且退。
陳大成命令道︰「再多發射些神火飛鴉，不要讓倭傷了幾位壯士的性命！」