4月25日，劉飛揚與日本首相大畏重信簽訂《京師協定》。協定規定︰一、日本賠償南洋聯合艦隊和北洋水師的損失三千萬兩，賠款由英美法三國擔保，在7月份前付清。
二、日本不再支持清國的逆後，廢除與逆後簽訂的所有條約。
三、清國的商品在日本免稅，清國在日本的公司稅率為日本本國公司的百分七十。
四、清國人在日本有領事裁判權。
《京師協定》雖然並不能讓劉飛揚滿意，但這已經是中國第一個對外國簽的有利于自己的條約。
同時，六國調停團也承諾督促俄國不得支持逆後，在6月前，俄國從中國撤走所以的軍隊，並廢除與逆後簽定的條約。
4月27日，朝庭批準了《京師協定》。
此後，慈禧逃往俄國，國內的慈禧勢力在劉飛揚和李鴻章的打擊下，紛紛或潰敗、或請降，觀望的官僚也終于只能唯一的選擇。
這個時候，光緒好像看到他可以號令天下，改良派渴望一施胸中抱負的日子好像也到了。
從6月起，光緒在改良派的計劃和建議下開始進行「新政」。
「新政」的主要內容有四項，第一就是籌措軍餉，訓練新軍。
編練「新軍」是光緒和改良派「新政」的主要內容之一。朝庭對此要投入了巨大財力，花費了很大力氣。1899年6月29日，光緒下諭全國停止武科科舉考試；7月11日命令各省仿北洋、兩江籌建武備學堂；9月12日下諭全國各省裁汰舊軍，編練「常備新軍」。編練「新軍」的工作在全國鋪開。
為了在全國推行編練「新軍」計劃，朝庭于1899年10月4日設立練兵處，任軍機大臣、政務督辦兼任兩江總督劉飛揚，總理練兵事務，李鴻章為會辦練兵大臣，載灃襄同辦理。練兵處的實權為劉飛揚所掌握，淮軍的控地的練兵事務由李鴻章掌握，而朝庭實際對「新軍」並沒有控制權。
劉飛揚下令各省設立督練「新軍」公所，為各省領導編練「新軍」的機構。劉飛揚計劃在1901年9月前，包括南洋新軍在內，全國練兵六十萬，替代原有的八旗、綠營等舊軍。同時，頒布了《陸軍學堂辦法》，新建廣州海軍軍官學堂、成都陸軍軍官學堂、長沙陸軍軍官學堂、保定炮兵學堂、大同騎兵學堂，改造天津武備學堂等，並把南京原南京陸軍軍官學堂升級為陸軍高級軍官學堂。
1900年1月17日，劉飛揚提議把兵部改為陸軍部，將練兵處並入其中。朝庭同意，並任劉飛揚為尚書，統一指揮全國「新軍」。
變法的第二個內容就是振興商務、獎勵實業。
1899年6月27日，朝庭設立商部，倡導官商創辦工商企業。接著，頒布了一系列工商業規章和獎勵實業辦法，如︰欽定大清商法、商會章程、鐵路簡明章程、獎勵華商公司章程、礦務章程、公司注冊章程、試辦銀行章程等。這些章程規定，允許自由發展實業，獎勵興辦工商企業，鼓勵組織商會團體。這些章程和做法，都有利于民族工商業的發展，有利于社會經濟的繁榮。
變法的第三個內容就是廢除科舉、育才興學。
改良派推行「新政」的另一個重要內容是廢科舉，辦學堂，派留學。1899年9月4日，朝庭命令各省城書院改成大學堂，各府及直隸州改設中學堂，各縣改設小學堂，並多設蒙養學堂。10月5日，頒布學堂科舉獎勵章程，規定學堂畢業生考試後可得進士、舉人、貢生等出身。1900年2月13日公布推廣學堂辦法。3月15日頒布《欽定學堂章程》。1900年6月13日又頒布《重訂學堂章程》，詳細規定了各級學堂章程及管理體制，以法令形式要求在全國推行。與普通學堂並行的還有專業教育，包括師範學堂及各類實業學堂，在學制上自成系統，一套完整的學校制度隨之建立。1900年9月2日，光緒皇帝詔準劉飛揚、康有為奏請停止科舉，興辦學堂的折子，下令「立停科舉以廣學校」，使在中國歷史上延續了1300多年的科舉制度被最終廢除，科舉取士與學校教育實現了徹底的月兌鉤。10月6日，清廷下諭設立學部，為專管全國學堂事務的機構。
朝庭在推行「新政」過程中，把「獎留學」與「改學堂，停科舉」並提，要求各省籌集經費選派學生出洋學習，講求專門學業。對畢業留學生，分別賞給進士、舉人等出身。對自備旅費出洋留學的，與派出學生同等對待。為統一管理留學生工作，清政府分別在1900年10月14日和1900年10月22日派出總監督赴歐洲和美國。
變法的第四個內容，也是最難的地方，就是改革官制、整頓吏治。
改革官制是變法「新政」的一項重要內容，其中包括「裁冗衙」、「裁吏役」、「停捐納」，對統治機構作了一些改變。1900年7月24日，朝庭撤銷總理各國事務衙門，改設外務部，「班列六部之首」，任李鴻章為部長。1901年2月24日裁河東河道總督，其事務改歸河南巡撫兼辦。3月6日裁詹事府及通司歸設商部管。1900年12月12日裁雲南、湖北兩省巡撫，由雲貴總督、湖廣總督兼管。1901年9月4日裁奉天府尹，由巡撫兼管；裁奉天府丞，改為學政。10月8日設警察部。12月6日設學部，裁國子監。除裁並增設行政機構外，朝庭還下令「停捐納」、「裁陋規」、「定度支」。1901年9月19日，宣布停止報捐實官。
光緒和改良派推行「新政」，原想緩和國內矛盾，維持和鞏固其統治。但實行的結果卻適得其反。
首先，由于舉辦「新政」，朝庭允許地方自行籌款，而朝庭每年要向各省攤派5300萬兩，這些都以捐稅的名目直接或間接轉嫁到老百姓的身上，百姓不勝負擔，自發斗爭更為廣泛。有的地方由「抗洋捐」發展到武裝起義，使整個社會動蕩不安。其次，「新政」雖然裁撤了一些中央和地方的衙門，裁汰了一些冗吏，但又出現了新舊機構重疊，如軍機處和督辦政務處、戶部和度支處並存等。1901年7月，光緒的上諭也承認，實施「新政」以來，規模雖俱，而實效未彰。再次，由于「新政」的目的與施行後出現的新生力量的發展要求背道而馳，引起了頑固勢力和改良派之間以及滿人內部對待改良派的種種紛爭。這就加劇了改良派與舊勢力和滿人之間的矛盲，也開始引起了朝庭內部各政治派別之間的斗爭。
「新政「推行期間，劉飛揚緊緊抓住練兵、籌餉兩項要政，奏請撥款1000萬兩，編成全國新軍。同時，還擔任參預政務、督辦鐵路等要職，他勢力開始從兩江和華北向全國擴散，羽翼遍布朝廷內外，其黨佔據要津，成為聲勢顯赫，左右朝政，繼曾國藩、李鴻章之後的大清朝的又一個權臣。
第二百零七章開始「新政」
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