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隨著夢想工業的快速發展，廣告公司和影視公司都有大量的現金流入。其實特技公司也不少，只不過相對較起來就差了點。而夢想科技則象一個無底黑洞一樣，消耗著公司的資金。
由于公司重組後，成為股份公司，有明顯非常嚴格的財務制度，所以公司不可以把所有資金都這樣投入到這樣的吸金黑洞當中，所以能投入的部分只能是王石的分紅部分，當然由于王石分配的股份都是自己的管理層，王石的話還是相當管用的，王石的分紅走公司內部渠道進入夢想科技。
出于保密考慮，對于夢想科技的實驗室的大部分員工都是不清楚公司在做什麼研究，只清楚自己當前的課題，就算是生物部部長李輝杰也只知道這些一些大體情況，不清楚這些課題的最終目的。當然若是有心把這些東西與微電子部門的課題聯系起來的話，那才有可能把這個復原出來，但相對來，概率也不是很高。
現在生物實驗室正在測試這些由夢想設計出來的基因序列是否可行，能否表達出來，生成設計中的蛋白質。很顯然，這一步是相當關鍵的，當這一步跨出去後，這個分子機器的制作就成功一大步了。
而同時，微電子實驗室也在進行相關部件研發，對探針的陣列化已經完成，因為這個較簡單，大家知道有部分納米材料是生長出來的，就象探針使用的碳納米管，一般就是這樣制備的，也相對較容易大規模制作。但是用作動能傳置的電磁波發生裝置和對電磁波進行調制的裝置卻踫到了難以逾越的障礙。那就是如何精確控制每一個波形，以讓那個對應的分子部件共振起來，這是個重要的難關。
在公司重組後，夢想工業園區也算落成了。主要由原先開始的辦公大樓和新建的三幢新建築組成，其中牛牛廣告公司仍然使用老的辦公大樓，而幻境影視公司和超現實特技公司佔據了西首兩幢大樓，而夢想科技則在老辦公大樓背後。其中以幻境影視樓的規模最大。而夢想科技則大部分在地下，地面部分才三層，而地下部分達到了五層。所以重要的部門均在地下三層以內。
整個部門的保衛工作相當嚴密。由于公司的崛起，也引起了不少窺視。（妄想迫害癥？？）所以就在公司一開始組建的時候，王石就相當注意這個安全問題，因為王石覺得以手上這些技術的發展潛力，必然會引來一些不必要的麻煩。
這段時間，王石倒也不再宅在家里，而是每天吃住在實驗室，家里的機房被封鎖起來了。當然那個培訓班也只有貓兩三只。王石倒是給培訓班配了一個計算機老師。
隨著實驗的進行，一個個基因序列被證明不能實現，或者偶爾成功一個兩個的記錄。時間飛快的過去。其實夢想設計的部件已經考慮了很多方面，但她畢竟是考慮的方面是有限的。這也導致了在《虛擬微觀世界》模擬成功的一系列基因串，在現實中卻很難實現，主要有基因不轉錄，轉錄序列沒有按設計分段，就算轉錄成功，但大部分沒有按照設計進行正確折疊。就象電腦中的文件操作現象一樣，如文件沒有被復制，如文件被復制了從開始50字節後開始的部分。又如如果這個文件是程序源代碼，但編譯環境配置不正確，從而沒有被正確編譯。
而夢想在這個過程中扮演了重要的角色，雖然對于每個部件來講，夢想通過模擬計算，提出了n多的方案，但是還是出現了相當多所有方案都不被實現的情況，在這種情況下，就需要或者提出新的方案，也就是新的基因序列。或者修改部件，再做n多的方案。就象撤捕魚一樣，廣種薄收。若是沒有夢想的話，這個情況可想而知。
而與此同時，微電子部門也在進行艱苦的攻關。對于如何控制一個精確的波形，由電路來產生這個思路已經被證明為不可能了，這個主要是由于對于這個層面來講，已經要考慮量子效應的影響了。所以實際上精確控制已經被證明為不可能了。那怎麼辦呢？王石想了一個辦法，那就是將已經實現的部件，按照以後裝配的形式固定起來，然後設計一個通用電磁波發生裝置，頻率在部件理論共振區域周圍由低到高逐漸提高，同時觀察這個部件的運動情況。將這個頻率的一個脈沖進行記錄，然後需要控制時，通過放大功率後，發出這個脈沖，讓部件接受這個脈沖電場的作用，作出對應的運動。
經過這一步，從理論上來講，關于微電子方面的配合已經算是基本上完成了。現在就等這些蛋白質做成的部件出來，進行最後的組裝了。這需要時間。
五個月後。分子機器完成了，盡管夢想已經對這個模型進行了計算機模擬，但是實測結果還是讓王石大吃一驚。
先，機器的生存周期大大高于預期，根據夢想計算，分子機器的平均生存周期之了300秒。但是實際裝配的分子機器已經平均壽命已經達到了4000多秒了。而且按照王石估計，降低環境溫度的話，平均生成時間還將大大延長。所以，可以很確定的事，就是當環境溫度低到一定以下，分子機器的壽命將不成為問題。很顯然的事實是，由于分子熱運動，分子機器在常溫下會不斷受到其他粒子撞擊，從而導致分子機器的失效。當溫度低到一定程度的時候，那麼這種撞擊將會大大減少，所以分子機器的生存周期就會得到保證。在這種情況下，很自然的，低溫環境就是這分子機器的天然工作場所了。
夢想是這次制造的主角，她不僅通過顯微鏡操作完成了第一個分子機器的裝配，而且在通過了測試了，控制分子機器也進入了裝配程序。由于所有部件都已經被制造完成，所以這個裝配工作是較容易的。這里就有個問題，這個分子機器又沒有眼楮，它怎麼進行裝配呀？這個其實也很簡單，其實這個時候，那個x射線衍射儀就要大顯身手了。x射線大家都知道。x射線是一電磁波，當然光也是一種電磁波。所以x射線有波的一些特性。其中包括衍射。
在這里，一個要利用x射線的穿透性，一個要用到它的衍射特性。打個簡單的方。大家都知道光的衍射實驗是通過一束平行光射向兩條有間距的平行條縫。然後在背面會形成明暗相間的干涉條紋。通過記錄這些條紋信息和其他信息，就能計算出兩個條縫的空間位置。這就是衍射儀的原理。只不過它是記錄空間原子的位置罷了。
當然實際情況就復雜多了，而且普通衍射儀只能測量晶體之類的物質，不過通過夢想的努力，對算法進行了改進，形成了對液體和氣體的支持。
現在夢想就在一邊通過顯微鏡，一邊通過已經完成的分子機器進行制造。可以想象，這個速度會越來越快。
分子機器可以做什麼？王石回答不出來，但是按照規劃設計，首先被制造的肯定是基因硬盤，王石將由基因排列組成的存儲方式稱作基因硬盤。
基因硬盤的設計是這樣的，在一個工作面基板上，將一條基因筆直布置在基板上，基板的功能就象觸模屏。然後就是布置分子機器在這些基因上進行讀寫操作。夢想通過電磁波發出控制命令。分子機器讀到的信息則通過工作面基板被夢想收集。這個工作環境就在液氮的環境中，那些需要的各種分子成分就懸浮在這樣的液體環境中。
通過一定的算法，對數據進行校驗儲存，保證數據的安全性後。基因硬盤就這樣制造出來了。