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生物的基因表達不是雜亂無章的，而是受著嚴密、精確調控的，盡管王石現在對調控機理的奧妙所知還不多，但已經可以認識到，不僅生命的遺傳信息是生物生存所必需的，而且遺傳信息的表達調控也是生命本質所在。
在收集了大量的實驗數據後，夢想對《虛擬微觀世界》這個程序進行了升級。增加很多在實驗中總結出來的一些規律，雖然還不能百分百地復原實際的實驗過程，但是模擬的準確性已經有了很大的提高。要知道一個分子機器雖然簡單，但部件數量也是相當不少的，而且還有某些設計不能實現的情況下，重新構造設計的問題，這就又增加實驗的數量。要知道每個構件的實現背後，有幾百組基因序列需要實驗。所以在整個過程中，夢想收集了龐大的實驗數據。對這些數據進行分析的方法是假設和數理統計。
為了完成這些部件的制作，夢想科技的整個生物部門整整干了一年半時間。而在這一年半時間里，王石為這個項目投入了差不多20億。可以，這個由幾千個原子構成的分子機器，是世界上造價最高昂的微粒之一。
這個收獲很重要，但另一個收獲的重要性與它不相上下，那就是《虛擬微觀世界》的改進。改進的程序運算速度大大加快，已經可以運行更大規模的系統了。如對轉基因植物的研究。
運用科學手段從某種生物中提取所需要的基因，將其轉入另一種生物中，使與另一種生物的基因進行重組，從而產生特定的具有優良遺傳性狀的物質。這是轉基因的定義。
基因的表達就象蜘蛛一樣復雜精密，這就象一段程序源代碼的編譯一樣，而轉基因的形象喻就是在這段源程序中插入一些其他程序的部分代碼。很顯然，這樣的做法是這個源程序再也不能被正常編譯執行了。問題是由于這是大規模開展的，你插這樣一段，他插那樣一段，還有人在插其他的某一段代碼。當這樣的操作數量規模達到一定程度的時候，就會有一定的機率生產能編譯執行的程序，且這個程序有另一些程序的功能，把這個源程序挑選出來，這就是轉基因工程。
從本質上來講，轉基因與生物進化的原理是一樣的，只是在這里，人類代替上帝進行了對物種進行了變異，人類代替上帝進行了選擇。
而這個選擇也不是那麼容易的事情，為了標明基因重組與原有物種的區別，一般會在新加入的基因中加入抗生素抗體的基因作為標記，這樣在選擇的時候就有一個選擇的標準。選擇就是加入抗生素，由于原有物種無抗體基因，將會被殺死，然後變異部分中由于絕大部分由于種種原因，抗體基因沒有被表達，沒有生成抗體，所以也將被殺死。最後生存下來的就是抗體基因被表達出來的，生成了抗體的個體，這就是選擇的原理。在這里，抗生素抗體是否產生就是被選擇與否的一個標準。
這就有一個問題，先不管這復雜的代謝絡，就是這個抗生素抗體，就是一個大麻煩，你天天無緣無故吃那大把的抗生素抗體，當有一天你生病正好要使用這種抗生素的時候，你只能內牛滿面了。
現在市面上轉基因的糧食很多，如西紅柿基本上是轉基因的，而大豆色拉油也大部分采用進口轉基因大豆。（寒一個，若是可能，只吃媽媽打的菜油。）
在這里不得不提一個公司，那就是惡名昭著的孟山都公司，絡上有種法是它是生化危機的中保護傘公司的原形。
孟山都公司是美國最大的生物技術公司。該公司在基因工程玉米、大豆和棉花開發上處于世界領先地位。該公司在全球種植的轉基因大豆面積達到近60億英畝，其在華爾街上市的股票長期被人看好。
而與它的耀眼之處相對，卻是一長串惡劣的負面事件。阿根延的大豆事件，德國的女乃牛死亡事件等等，一系列事件顯示了轉基因作物的不安全性。
按照常理來講，雜交水稻和轉基因水稻都是一種進化現象。但是在這里，由于水稻雜交對于個體來講，整個代謝過程很大程度上是相同的，所以在基因交換過程中，基因的表達也會較穩定。而轉基因水稻就這一樣，由于是兩個物種間的基因交換，所以代謝絡肯定相差很大。誰也不能保證不會生成意料之外的東西。
有很多例子明這一點，轉基因作物種植後既有具有原先設定的功能，也有許多後來沒有預料到的後果。如基因作物的產量降低，病蟲害產生抗體，作物本身產生有害物質。
孟山都的一種轉基因玉米，由于在基因中加入了定時炸彈，當這種作物種植幾代後，種子的基因就會被破壞而無法種植，從而不得不購買種子。而且這種玉米只認自家的農藥。這簡直是一種紅果果的陰謀啊！
而當這種作物經過一定規模的種植後，由會物種的擴散，如通過傳播花粉，流通種子等很快全面侵入整個生態系統。這種擴散很難被控制。再加上上面的那個定時炸彈，這簡直就是一場災難。
很顯然，這種技術要弄出來並不困難，但是要發現它卻很難。就象恐怖分子放置炸彈很容易，但是要把它找出來，卻要花很大的代價一樣。
要是這些公司在主糧作物上做手腳，如會讓嬰兒弱智的蛋白質的基因加入進去，你很難檢測得到，你只會得到這個作物產量有多高，怎麼防蟲抗病等等一些好的數據。等到大規模商業化後，杯具已經種下了，而等到你明白過來以後，已經來不及。
王石現在做的就是先對這些物種的基因進行測序，通過對這些轉基因作物進行模擬，看看在整個代謝過程中生成了哪些東西，然後對這些物質進行分析，以確認這些物質的作用。
由于分子機器的完成，生物部就對這些轉基因作物發起了攻關，夢想下發的任務書就是對轉基因作物的進行測序，其實這些作物的基因序列，公司可以通過某些渠道獲得，但是王石不相信這些數據，要以事實話，那就是由公司自己對這些作物重新進行測序。這個測序就是為了將這些作物數字化。
每測序完成一個作物，王石就在《虛擬微觀世界》上構建出它的完整結構，讓它在這個世界中生長。完成整個生命的代謝過程。然後通過與正常作物的較，挑選不一樣的部分再繼續研究，對于新出現的不明物質重點關注。
很顯然，這些里面總會有一些後門存在的。借助于夢想的強大運算能力，王石可以把整個模擬生長周期控制在一天之內，這就讓王石有了對這些後門進行研究的機會。在模擬生長的過程中，所有生成的物質和反應過程都會被記錄，通過與正常物種生長周期的較，找出所有不同的地方，然後對這些部分進行研究。
王石希望通過這樣的手段，找到這些炸彈。因為很顯然事實就是，這些提供轉基因種子的公司不是慈善機構。它不可能做一些無益的事。又送種子，又送技術。世界上的一切都是以利益為核心旋轉著的。更加上這些公司的前科已經多不勝數了。
要知道美國人自己就沒有被批準轉基因作物的作為主糧。歐洲已經全面禁止轉基因作物。
ps︰閑人不是反對轉基因作物，而是反對受外國勢力控制的轉基因作物，這核彈更可怕。
再ps︰磕磕踫踫又擠了一章，若是真難以下咽的話，請投黑票吧！！我不介意的。