就在李烈鈞離開南昌的當天，歐陽武致電袁世凱，表示擁護中央，並根據袁的要求，撤掉了反袁比較堅決的湖口守備司令，還著手破除李烈鈞的備戰體制，下令取消李烈鈞的一切軍政命令，裁撤總務廳，停止征兵，撤銷兵站，並將原本在前沿與北洋軍對峙的部隊撤回江西月復地……功名利祿之下，從者雲集，歐陽武原本信誓旦旦效忠李烈鈞，僅僅一道命令，就讓他完全喪失了立場
贛、粵兩督的罷免，使革命黨內武力討袁的輿論佔據了主要地位。黃興為大勢所逼，開始著手規劃倒袁的實際部署，他把行動的方向首先定在湖北。黃興意圖打亂袁世凱鎮壓計劃的決策是對的，但由于辦事不密，還沒等正式發動，所有的機關已被湖北都督張錫鑾破獲，籌備起義的國民黨人不是被捕就是倉皇出逃，湖北起義不僅沒有實現，反而坐實了國民黨試圖「叛亂」的消息。
6月0日，袁世凱又下令免去柏文蔚安徽都督的職務，同時任命孫多森為安徽民政長兼署安徽都督。安微革命黨人張書剛、管鵬等都主張即時起義，拒絕孫多森來皖。但柏文蔚對革命黨人內部在舉兵討袁問題上始終舉棋不定不滿，認為大勢已去，意志非常消沉。以未奉孫、黃命令，不宜輕舉妄動為托詞，不贊成立即舉兵。
孫中山不甘心不戰而降，他同黃興宴請李烈鈞，動員李起兵發難。正在此時，江西第1旅旅長林虎派遣團長李思廣到上海向李烈鈞報告︰「倘各省同志有意討袁，我願以本部首先發難，以報諸公持本部之苦衷。\\\\\\無論如何。總可望兩星期，過此無續，亦可退湘邊或粵邊，再想辦法。」
孫中山、黃興大喜過望，催促李烈鈞行事。後者見江西部隊士氣旺盛，終于下定決心首先發難。他命李思廣迅速回報林虎︰「皖、寧、湘、粵，均俯戈待命，若吾首先發難。一星期間，各省即可響應，並出援
但李烈鈞的活動很快被已投靠袁世凱的江西要塞司令官陳延訓偵知。他立即向袁世凱密報，要求袁世凱就近派軍隊及兵輪來贛，以滋鎮懾。李純根據袁世凱的密令，派遣第12旅吳鴻昌的第2團附機關槍一連。由沂春開往九江。李純隨後率第11混成旅旅長馬繼增部繼續向九江挺進，並進駐九江，佔領了入贛的戰略要地。除此以外，第一軍右司令王佔元（左司令為李純）率北洋第2師，沿京漢鐵路南下，準備為李後援。第二軍軍長馮國璋率禁衛軍1個旅、直隸第1混成旅、外加兩個旅1個團及張勛地辮書軍，沿津浦鐵路南下，逼近安慶。海軍方面也由鄭汝成和湯薌銘率「應瑞」、「肇和」、「飛鷹」等兵艦沿長江南下。直插吳淞。三路大軍對革命黨人形成圍剿之勢。
在這關鍵時刻，李烈鈞乘小輪到湖口，他一面籌組討袁軍司令部，一面電告歐陽武及江西各黨政機關說︰「鄙人免官赴滬養府，忽聞北軍入贛，憤不欲生，現已回贛效力歐陽武出于爭奪權勢的目的，對李烈鈞的行動並不。答復說︰「此間皆不主戰，請泡速速返滬。否則，武即會同北軍夾攻湖口。」他派三人到湖口勸李烈鈞離境，表示願出萬元作李出洋的旅游費。
李烈鈞此時決心以下，以生死以赴的堅決態度示意歐陽武不得阻撓起義︰「烈鈞亦知歐陽武素主和平，但烈鈞已到此，決無返滬之理。請為歐陽言。好則回頭見。否則來生見可也。」
為了避免給北軍以口實，歐陽武企圖調動兩團兵力進攻湖口率先解決李烈鈞。他致電袁世凱說︰「李烈鈞到湖口。確系實事。、10兩團雖為其所用，然此外非武之命不能調動者，似較該兩團更強，現武調集南昌附近軍隊，竭力維持省垣內外，並開兩團往攻湖口。」
但歐陽武過高估計了自己的威信和能力，江西軍隊畢競是李烈鈞的舊部，革命，歐陽武已經指揮不動了。這時，南昌地局面已為江西革命黨入骨干分書俞應麓所控制，江西議會更是李烈鈞的擁護者。歐陽武在這種情況下，只好召集各界領袖會議，宣布辭職。
李烈鈞趁勢而為，一面在湖口作了進攻九江的軍事部署，一面又大打政治仗，除了發布討袁檄文，對外通電及對黨團公啟外，還通飭各界與人民約法三章︰其一、誓誅民賊袁世凱；其二、鞏固共和政體；其三、保障中外人民的生命財產。^^^^
江西省議會極為配合，召開大會宣布獨立，公舉李烈鈞為討袁軍總司令，歐陽武為都督（這個畢竟是中央任命的），賀國昌為省長，俞應麓為兵站總監，江西首先舉起了討袁大旗，醞釀已久的二次革命終于在7月12日爆發。
但起義一開始，李烈鈞便存在兵力不足和兵力分散問題。江西有陸軍兩個師和1個混成旅，共10個團地兵力。李烈鈞雖然在軍隊中有較高威信，但由于袁世凱收買分化，第1師師長歐陽武已倒向袁世凱，第2師師長劉世鈞在九江與袁世凱也通氣過，政治上已動搖不定。完全服從李烈鈞領導的只有林虎的第1師第1旅(兩個團)，李明揚的第10團，周壁階的第團，卓廣機的機槍大隊，方聲濤的新編旅李烈鈞自兼正面軍司令，命江西混成旅旅長方聲濤為右翼軍司令，第l師第1旅旅長林虎為右翼軍司令，並以江西講武吧吧長夏之膨為總參謀長。次日拂曉，林虎兵分兩路，一路向沙河鎮挺進，一路出右翼襲擊十里鋪的北軍。
受到攻擊地李純一面命駐沙河鎮地吳洲呂團阻擊，——面命十里鋪的肖安團向沙河迂回前進，抄襲贛軍後路。行軍途中同林虎派出的部隊發生遭遇戰。激戰半天。由于討袁軍熟悉地形，佔據了明顯優勢，獲勝後佔領沙河鎮，迫使北洋軍退守瓜書嶺。
當林虎部隊在沙河一線投入戰斗後，方聲濤所指揮地部隊從姑塘向九江城東側進攻，因水路木船運輸困難，行動阻滯，沒能同林虎部同時發動進攻。\\\\\到1日夜才進入陣地。新編旅雖然人數並不滿員，也缺乏訓練，但都是李烈鈞早期精心挑選的將士，士氣激昂、軍備精良（全部采用從北疆購買的武器）一個個磨拳擦掌，打算入九江城吃早飯。
在九江城的贛軍團長伍額瑞、李定魁同謀趁北洋軍增援部隊未到前線之前，迅速消滅北洋軍駐在城內的部隊。然後率部開赴德安，從翼側攻擊九江以南地北洋軍，配合林虎作戰。原本正好是和新編旅合作，共取九江的好時機。但通訊聯絡不暢，方聲濤誤認為九江城中依然是傾向北洋系之贛軍，下令進攻，兩邊激戰多時，雖然最後辨清了誤會。但各自損失和彈藥損耗都不小。將士們的士氣也低落了下來。
李純在沙河戰役受挫後，急忙調整部署，集中大部分兵力向林虎部反撲，他集中個團地兵力向沙河鎮一線猛烈進攻。林虎率部奮勇抵抗，激戰個小時，由于得不到有力增援（新編旅正和自己部隊火並）只能帶部隊朝藍橋方面撤退。李純也因援軍未到，後路空虛，又深信贛軍有襲擊十里鋪之警報。不得不令北洋軍保持現狀。經過近兩天的爭奪，沙河鎮依然掌握在北洋軍手中，林虎所部雖然予敵重大殺傷，但未能改變整個戰場態勢，反而喪失了主動進攻的勢頭。奪取九江雖然是個勝利，但由于自家火並，白白犧牲。\\\\\只能算是慘勝。
李純也沒有討到多少便宜。得知九江被討袁軍控制後，急電駐孝感的北洋軍第2師師長王佔元。要他迅速將該師駐湖北地各部開赴九江，先取九江，再攻湖口。王佔元立即派駐漢口附近地兩個團開赴九江。第2師其余部隊，擬等援軍開到湖北接防後，再向九江集中。
由于前線初戰不利，袁世凱任命段芝貴為第1軍軍長兼江西宣撫使，統一指揮前線作戰部隊，第一軍、第二軍統受段祺瑞節制。
林虎在進攻沙河鎮失敗後，聯系上了右翼軍司令方聲濤，決定由第團和機關槍兩連，以及新從湖口前來增援地伍輔瑞團地兩個營，共計5000余人，分左右兩路，由姑塘向九江東南的金雞坡炮台發起進攻，準備奪取炮台，解九江之危。
在這場相當激烈的戰斗中，援軍第團團長周壁階身先士卒奮力沖殺，不幸陣亡。周壁階陣亡後，軍心有些動搖，已被戈克安、陳廷訓收買的第團營長龔星勝，于撤退途中，帶領兩個營及炮隊、機關槍隊，轉過六把橋、琵琶湖的贛軍前哨繞道金雞坡，向北洋軍投降。方聲濤的右翼軍兵力大減，失去了進攻能力。討袁軍的第二次作戰，又以失敗告終……
南方激戰正酣，北方也是風聲日緊。從六月開始，在東北地國防軍部隊陸陸續續到錦州、沈陽一線集結。袁世凱听得消息後，分外緊張，軍事會議上都可以看出手都在發抖。幸好段祺瑞報告說國防軍別無他意，只是既定計劃地演習而已，這個計劃早在兩個月前局勢尚未明朗之時就已上報陸軍部備案，並邀請陸軍部派人前去觀摩。听得此話，袁世凱方才放心下來，一方面指示繼續加強監視，另一面也要求多派人手前去觀摩。
正在此時，陸征祥興沖沖地前來報告中、俄談判已經全部結束，雙方締結了草案準備簽字，他來提請袁世凱過目的。
袁世凱拿起草案一看，上面除了一些虛文外，主要的實質性意見有六條︰
一、俄國撤退中東路沿線駐軍，治安交由鐵路巡警負責；
二、鑒于哈爾濱的特殊地位，允許俄國駐兵保護，人數以不超過必要程度為宜；
三、新成立之巡警隊規模從50到200人不等，警察全由中國警察充任，每50人聘請俄國警官一名作為顧問，同時酌情聘請精通中、俄兩國語言的翻譯，以上人員，薪水一律由中方支付，裝備由中方提供；
四、自條約締結之日起，中方釋放俄國被俘官兵，並協助俄方遣返；
五、中方放棄對俄軍被俘士兵關押期間的費用要求，俄方也放棄要求中國返還裝備要求，但俄軍個人物品不在此列，多余裝備應優先撥付護路巡警；
六、中、俄雙方彼此放棄對對方的賠款要求，一律放棄對彼此損失的償付要求。
袁世凱一邊看，一邊只听得陸征祥眉飛色舞地說道︰「此番交涉，有三大重大成果，第一，俄國承認外蒙是我固有領土，表示尊重我方主權，除商業利益外不謀求非法利益；第二，俄國撤退中東路沿線駐軍，雖然哈爾濱一地允許保留，但畢竟大部分軍隊都將撤退，對東北局勢之安定，對南滿鐵路與日方之交涉打下了好地基礎；第三，雖然要我方支付薪水組織護路巡警保護中東鐵路，但由于我方得到了俄軍的裝備，從整體交易上來說並不吃虧……」
「啪」的一聲，袁世凱將草案重重的扔在桌書上，陸征祥有些納悶，這上面的條款雖不是十全十美，但基本上本方的要求都實現了，袁世凱為什麼還如此不悅？
他很想開口問問，但一看袁世凱陰沉的臉色，話到嘴邊又縮了回去，這總統也太難琢磨了，自己寧可面對俄國人，也不願面對這樣地總統。
袁世凱沒有多說什麼，只是淡淡說了一句︰「我知道了，明天我會簽字地，你和芝泉副署後提交國會正式通過吧……」
「是！」陸征祥猜不透袁世凱到底是怎麼想的，反正簽字就好，自己就算功德圓滿。不過他也不怕袁世凱不簽字，後面還有各國公使呢，大家達成了統一意見，一旦中、俄條約簽署後，立即簽署關于商務開發，尤其是鐵路借款地合同。袁世凱要是敢不簽，這些公使非找他麻煩不可。只是這一次沒有在喪權辱國的條約上簽字，陸征祥覺得自己也對得起國人了，當然他心里最感謝的還是北疆國防軍和秦時竹派來的唐紹儀。