在保證了主權，挫敗了麥克馬洪線的企圖後，唐紹儀適時地做出讓步，承認英國方面對于「西藏事務傳統的影響力」，保證尊重「印度方面和西藏地區之間的商業、貿易往來」，將努力維護「大英帝國在西藏的一些特殊利益和文化交流渠道，前提是不干涉中國內政，不侵犯中國權益……」，朱爾典代表英國方面承認「中國政府有在西藏駐軍的權力和維護和平的權力」，承諾不任何「西立或自治的行為，但前提是中國政府保證不侵害西藏所擁有的傳統權利和行政體制，不將西藏地區改制為行省……」這個持續了一年多的梁子算是在雙方各退一步中了解了。英國獲得了實惠，中國贏得了「面子」，這也是中央政府對于西藏影響力恢復的一個新起點。
第二，存款問題。關于奕在匯豐銀行的存款，中英雙方扯皮了許久，一直沒有動靜。英方以全部沒收為要挾，中方以停止支付各項借款和《辛丑條約》等各項條約的賠款為抗辯。此時同樣各退一步，朱爾典保證，英國政府願意「督促銀行有關方面對中國人士的存款進行調查，要求他們接受並予以配合中國政府對于犯罪行為的合理審查」，保證「英國政府及其在華機構絕不會成為犯罪分子的包庇者」，強調「任何非法所得都不能逃月兌正義的制裁。」唐紹儀則代表中方在確認款項數額後將迅速采取行動，「凡是已經到期的英國借款，一律從該項存款名下撥付，超過還款期的借款予以按照合同利息計算，但不承擔違約責任……關于對外賠款中的各項數字，經雙方共同確認後同樣按照借款方式操作。」經過七零八落的一頓計算，中方實際可得贓款數字超過730萬英鎊。至于這730萬英鎊的款項同樣經過了繞彎處理，在歐戰已經爆發的前提下，英國金融鏈條吃緊，一下子要拿出730萬英鎊的轉移支付非常吃力。中國方面承諾將此項金額完全用于購買英國的戰爭債券，再以此債券為抵押，由英國政府斡旋向美國方面申請貸款
第三，關稅問題。關稅問題是中英之間最敏感，最難解決也是最需要解決的問題。自1840以來，列強為保障不平等條約關于關稅特權方面地規定。為發展洋商在華的進口貿易，壟斷中國市場，曾經千方百計地奪取中國海關的行政權和關稅征收權；但不論在條約的規定或在實際工作中，在清代外籍稅務司制度建立後的許多年間，都沒有取得過海關稅款的保管權；就征收權來說，也只限于估稅地權力，收效則歸海關監督管理下的海關銀號。如在1858年簽訂的《天津條約》附約《通商章程善後條約》中，清政府雖然承諾「邀請」英、美、法人幫辦稅務，也只限于「通商各口收稅如何嚴防偷漏」以及一些港務設施管理問題。1860年的《北京條約》。特別是l895年的《馬關條約》和1901年的《辛丑和約》簽訂之後，中國海關雖然一步步地淪為債權國家的代理機關，但也只是極力擴大關稅征收權力。羅掘關稅稅源，以備如期償償以關稅為抵押的債、賠款項而已，而對稅款保管權則從沒有提出過任何要求。即便在文本中，不論是條約、札諭或其他文件中，稅務司在關稅方面的權力，都只局限于關稅征收權，從未涉及稅款地保管權。他們征收的稅款，一律由清政府指定的銀號收納；稅款地保管和支出，完全由清政府指派的海關道或海關監督負責。稅務司或其他外國勢力都無權干預。所以，終清一代從理論上說中國雖然喪失了部分海關關稅征收權，但仍保留著稅款保管權。
但這一脆弱的平衡被辛亥革命所打斷。隨著武昌起義的槍聲響起，剛剛被正式委派為總稅務司的英國人安格聯（赫德此時已病死）以確保如期償付到期外債、賠款為理由剝奪海關稅款保管權，以總稅務司名義出頭，強令將各處海關的關稅收入存入匯豐銀行，並強調沒有總稅務司的指令任何人不得動用。由于清政府當時處于革命風暴的風雨飄搖中，為了換取虛無縹緲的「國際干涉」不但同意將南方各處已落入革命黨人之控制地海關關稅保管權移交給稅務司，就連在北方、仍處于清政府掌握中的其余海關關稅保管權（比如天津）也移交給稅務司。而安格聯此項行動的則是以朱爾典為首的公使團。
凡事總有例外，當時處于東北軍政府控制之下的東三省海關關稅在秦時竹和日、俄兩國的交易中被保留了下來，當時約定除了日、俄兩國的賠款和借款外，秦時竹領導的軍政府有權提用關余（指關稅余額）。安格聯曾經在這件事上和秦時竹等人扳過手腕，但沒有成功。第一，東北是日、俄兩國的勢力範圍，任何大地舉動沒有他們配合是不可能實現的，而日、俄兩國已實現了自己的利益，很難再為英國人火中取栗；第二。安格聯曾經指使當時在海關中工作的關員辭職。但英法籍關員辭職後，總有中國、日、俄乃至德國籍關員補上。強行辭職只能導致英國勢力被逐出上述海關；第三，軍政府當時已控制了秦皇島，這是中國的自開商埠，不但有關稅征收權而且業務人員基本都為華人，革命軍可以強令進出易通過秦皇島辦理（只是登記而已，並不一定要從秦皇島出入）那樣一來，東北海關的稅收必然急劇下跌並隨之帶來其余借款抵押風險的增加，由于日、俄的借款利益已經得到軍政府保證，德國和軍政府之間有其余利益交易，受損失最大的只能是英法，這是總稅務司不願意看見地。
在朱爾典為承德斡旋後，總稅務司和東北方面也實現了諒解，東北方面承認總稅務司對于東北境內地海關擁有統一領導權，而總稅務司則承認東北方面對于關余有自由支配權，可不必存入匯豐銀行。由于東北是貨物進出口要地，再加上秦時竹很早就廢除了很多苛稅和厘金，東北的進出口貿易額不但沒有因戰爭而受到影響。反而加速上漲（當然也有一部分是因為成本較低，分流了天津等地地關稅而導致）。北疆政府之所以日子比較好過，不僅因為有北方實業這個造血機器，幾處海關的控制權也是裨益甚多。
但自秦時竹當選總統入主中央政權後，關于海關控制權又成為中英交惡的關鍵點。以安格聯為代表的總稅務司和以朱爾典為代表的公使團不肯放棄從清政府手中攫取地特權，借口清政府既然已經允諾而且中國新政府業已表明「維持和遵守一切國際義務和條約」的態度。袁世凱政府在和各國接洽「善後大借款」的草案中也有類似提議，那麼中國新政府應該正式承認總稅務司擁有前述權力。而中國方面則認為，這種要求無論從法理還是道義上說都是說不通的，中國和各國之間並沒有任何有關這一事項的文本依據，而且清廷當時做出的決定是風雨飄搖中地緊急行為，根本不足以代表中國的正式態度。現在大局穩定，自然應該恢復到以前正常時期的局面。唐紹儀在和朱爾典接洽的過程中強硬地表示︰「海關征稅權利為我國既有之主權，絕不會拱手讓與他國，安格聯雖系外員。卻是為中國政府服務之官員，若其固執己見，則中國政府必欲去其而快。中國人、美國人乃至德國人都可以擔任這一職務……」
朱爾典當然明白這句話後面的意思，唐紹儀明著是指責安格聯的不是，但沒有一句話不是在指責他朱爾典的。若是擱在以往，不要說商談，就是中國政府敢于說出這種話語都是不可想象的，但時代不同了，朱爾典無法再繼續對抗。秦時竹在東北已有這樣的「先例」，完全可以想象得出來他會采取什麼行動——比如，可以在崇明島上設立一個海關。讓流經上海、江浙海關地貨物從那里登記出入口，成為事實上的主要海關。雖然洋員控制了海關的大權，但大部分在海關工作地基層人員都是中國人充當的，難保他們不在愛國情緒的激勵下為中國政府效勞。更何況，這是個「無法無天」的總統，如果他派兵接收海關關權英國又能怎麼樣？派遣軍隊來進攻麼？可大英帝國現在分身乏術啊！
當然，唐紹儀選擇在此時發難，也有更深層次的原因。一方面固然是時機問題，吃準了英國人焦頭爛額。非逼迫對方讓步不可；另一方面也是著眼于增加中央控制權的大局。清代中央政府逐漸對地方失去控制，主要原因在于在財政上失去對地方政權的控制，不但中央財政要仰仗地方解款輸送，而且各項賠款、借款都要由地方分擔，在這個前提下，地方當然也理直氣壯地要求分潤本地的海關收入。幾乎每個海關關余的六成到七成都是被地方截流地，南方各省尤其嚴重。總稅務司將海關關稅全部納入匯豐後，固然是掌握了中國的關稅大權，但在另一方面也為中央政府收歸稅收統一大權創造了機會。秦時竹在私下里和唐紹儀說道︰「雖然英國人把我們的關稅全收了去。但在一定意義上。我們還不得不感謝英國人，正是他們把錢收走後防止了地方濫用關稅。你想想。倘若馮國璋、朱瑞有動用本省關余的權利，他們的軍隊該用什麼樣的武器裝備起來？中央解決他們要付出多大的代價？哪怕不用軍事手段，單純和地方扯皮就夠中央忙乎幾年的……總稅務司把各地的錢全收上來了，很好！免得中央一家家去收嘛……所以說安格聯在這件事上是有功地，他在不知不覺當中充當了歷史進步的工具！雖然不是他自願的！」
因此，中英關于海關關稅的控制權問題還是可以找到利益共同點的，在雙方各退一步後，有關協議又達成了。中國做出的退讓是︰「中國政府廢除已設海關方圓50里地內的常關(即內陸征稅機構)，將其征稅權力一體納入于當地海關；中國政府承認，今後倘若自行開放商埠、設立海關，則一體納入總稅務司監管範圍……」，而總稅務司則發表聲明︰「鑒于中國政局趨于穩定，中國政府做出了履行一切國際條約和義務的莊重承諾，本總稅務司即日起即將海關關稅剩余部分存入中國中央銀行，由中國政府財政部支配；總稅務司同時承認自1911年以來各地海關人員的變更。」次日，安格聯發表聲明︰「……為充實海關力量，總稅務司決定舉行海關特別文官考試。」雙方同時一致聲明︰「雙方承認，中國政府及其相應機構對海關緝私負有義務，總稅務司對于緝私工作負有領導和監察之責。」
當然，海關關稅控制權只是中英在關稅問題上對立地冰山一角，更為要害和致命地則是關稅稅率制定問題。自鴉片戰爭清政府戰敗求和並簽訂《江寧條約》後，中國關稅主權開始遭受侵奪︰其一，從訂約的內容來看，自通商五口稅則訂定之後，中國不得自定征稅則例，實際上海關進口稅由洋人說了算，一直保持逢百抽五；其二，進口貨之內地通過稅，受「不得過某分」地限制，只準值百抽25，而國貨所需要繳納的厘金大大高過此數，實際上是對國貨予以歧視性待遇；其三，由于銀價跌落，而關稅稅則多年不得更改，真實關稅連5都不到，只有2-3左右，在大量廉價國外工業品的傾銷下，國貨奄奄一息。
就這樣，從1858年訂定的舊稅則一直施行到1901年締結《辛丑條約》為止，前後44年未曾修改一次，中國關稅權力喪失殆盡。在此44年間，清政府也曾兩次要求修改，都因國力孱弱而無結果，中國日益成為列強傾銷商品的市場。直到《辛丑條約》簽定時，為籌議賠款，洋大人們方「恩準」清政府要求加稅的要求，但即便這樣，也不容許對稅率加以變更，只說將值百抽五的稅則增加「切實」二字，自民國政府成立以來，雖然一直也有更改稅則的建議，但列強根本沒有放在眼里，阻力最多的就是英國。