1916年4月22日，胡飛已經當上了奉天督軍兼奉天巡按使，掌握了奉天省的軍政大權，成了邊疆大吏，有了相當地位，同以前小小的師長相比，已不可同日而語。
因此，更加引起日本當權者的注意。然而，盡管胡飛一個勁地巴結日本人，但在日本統治集團的軍政兩界，對胡飛卻存在截然不同的兩種看法。
胡飛通過川島杏子了解到在華日軍的部署以及日本高層對他的不同看法，這讓胡飛不得不對日本在華軍隊提高警惕。胡飛明白這群狼隨時都有吃掉自己的野心。
日本高層對胡飛有著不同看法，這些看法是和當時日本極力推行的「滿蒙土匪立運動」緊密相關的。所謂「滿蒙土匪立運動」，其實就是日本人推行的要把中國的領土割讓給日本的運動。日本妄想把內蒙東部和整個東北變成一個實體，成為一個獨立的國家，建立滿蒙王國，由日本托管。
這種瘋狂的侵略行動，讓胡飛不得不與之虛與委蛇，胡飛為什麼不和日本人血戰到底？胡飛也考慮過這個問題，現在軍閥大有割據一方的態勢，胡飛明顯地感到以一己之力很難與日本對抗，胡飛現在知道自己立足未穩，只有等到自己力量豐滿了，再圖其他。
胡飛探听到一派要推出滿清末代皇帝為標志的清朝遺老遺少的班底構建滿洲國，要達到這個目的，就必須依靠宗社黨和內蒙叛匪。而宗社黨的頭目就是清朝的肅親王善耆，1912年1月25日，清廷舉行最後一次御前會議，決定清帝退位。
滿清宗社黨堅決反對。這伙人為了保存實力，肅親王善耆等一伙六十余人，在北京守備隊隊長日本顧問菊池武夫的協助下，于2月5日密潛到旅順，被日本人保護起來，待機而起。
滿清宗社黨是一個以復闢清朝為宗旨的反對資產階級革命的反動組織，其成員都是清朝的宗室貴族，遺老腐儒。他們積極投靠日本，企圖東山再起。日本也正想利用他們，以達到自己的目的。這一派日本軍政勢力是以日本參謀本部（二部）、日本關東都督和日本浪人川島浪速等人為代表的。他們認為，胡飛是實現「滿蒙土匪立運動」的最大障礙，必須除掉。
另一派認為，實現滿蒙土匪立，應該利用胡飛，胡飛是日本的最好幫手，應該鼓動胡飛獨立，日本便可兵不血刃地佔領東北。這一派日本軍政是以日本參謀本部次長田中義一、日本外務省和日本駐奉總領事等人為代表的。這些人和胡飛的關系表面上處得很好，日本軍政的兩派代表人物，互不聯系，各自活動。
立挺滿清的川島浪速一派在策劃第一次滿蒙土匪立失敗後，賊心不死，于1916年又策劃了第二次「滿蒙土匪立運動」。川島浪速在前清時，曾擔任過民政部尚書善耆的警政顧問，他們是拜把兄弟，關系十分密切。川島浪速以浪人的身份在華活動。這是當時日本干涉別國內政的一個普遍作法。
他們表面上是私人身份，不代表政府。但實質上，他們絕大多數都是日本侵略別國的間諜。這一派的日本統治集團，在計劃、財政、人員、武器等方面，都做好了在東北舉事的準備，但後來由于日本駐奉天總領事矢田七太郎等人認為「極為不妥」。他們認為，如果不能成功，便會有「暴露意外丑態之虞」。不如策動胡飛進行「滿蒙土匪立」，較為穩妥。這個看法，得到了日本外相石井和軍部參謀次長田中義一的支持。于是，大規模的武裝暴動便沒有舉行，而是采取了策動胡飛獨立的作法。
但是，川島浪速一伙暴徒卻策劃了一個暗殺胡飛的陰謀。他們認為「擒賊先擒王」，企圖殺死胡飛，然後趁亂奪取省城奉天，使東北成為宗社黨的天下，日本便可趁機操縱之。1916年5月中旬，「日本的現役聯隊長土井少將在沈陽滿鐵附屬地內召集日方有關的軍職人員，密商干掉胡飛」。會議決定由伊達順之助、三村豐預備少尉（少佐）等組成「滿蒙決死團」，刺探消息，磨刀練兵，執行刺殺任務。他們選擇了一個胡飛必定出現的機會，那就是5月27日。
5月27日，日本天皇之弟閑院宮載仁親王從俄都返日經過奉天，「胡飛督軍為對閑院宮的經過表示尊敬」，就到奉天車站去迎送。為表示敬意，胡飛還特率其部下二十七師五十三旅旅長李玉麟等乘５輛豪華俄式馬車，在騎兵衛隊的護衛下，大張旗鼓地趕往車站。日本駐奉天總領事矢田也到車站迎送。
胡飛送走貴賓後，在歸途中，于小西關附近，突然遭到炸彈襲擊。炸彈是從一層樓的窗口里投擲出來的。刺客是時任日本陸軍少佐三村豐等人。但是，他們沒有見過胡飛，看李玉麟 赫的氣派，把李玉麟誤認為是胡飛了，炸彈就投向了李玉麟。剎那間，奉天小西門大街，硝煙彌漫，亂作一團。但由于刺客三村豐預備少尉，驚慌失措，投彈不準，李玉麟等人只受了輕傷，在後邊護衛的衛隊士兵被炸死了五六人。
坐在後邊馬車上的胡飛正路過小西邊門外，突聞炸彈聲，情知有變，就機智地跳下馬車，躥上馬背，以極快的速度同衛兵互換上衣，在馬隊衛兵的護衛下，繞道從胡同穿過大西門馳回將軍行署。但在途經奉天交涉署時，又遭到炸彈的襲擊。胡飛在路經大西城門里的奉天圖書館時，突然從圖書館門洞里跑出來一個人伊達順之助，手拿炸彈向胡飛扔去。但胡飛是玩馬的出身，騎技嫻熟，馬馳如飛，炸彈在胡飛的身後爆炸，氣浪只炸掉了胡飛的帽子，人並沒有受傷。可那個刺客伊達順之助卻被炸彈的彈片擊中要害，在大街上滾了幾下，就死了。
兩次刺殺，沒有動胡飛一根毫毛，胡飛可謂命大。當然，這和他遇事不亂、沉著應對有關。
胡飛驚慌失措地跑回剛剛建成不久的將軍行署，也就是後來的大帥府。門衛不知出了什麼事，趕緊在門口架起了機關槍，衛隊緊急集合，處于戒備狀態。這時才發現那匹馬通身是汗，後腿正淌著血，馬肚子也受了傷，知道出大事了。督軍署如臨大敵，緊急出動，立刻封鎖了浙江會館、通天街等周圍地區。
過了一會兒，李玉麟騎快馬趕到了將軍行署，立刻問︰「胡爺回來沒？受傷沒有？」衛隊長趕忙回答︰「剛回來，沒有受傷。」李玉麟這才一塊石頭落了地，放下心來。徑直進到府里，趕快去見胡飛。胡飛氣憤地問道︰「他媽拉巴子，誰干的？逮著沒有？」李玉麟急忙答道︰「跑了一個，死了一個！」話剛說完，衛兵進來報告︰「日本鐵道守備隊隊長和日本駐奉總領事來慰問。」慰問是假，探听是真。
胡飛正在更換衣服，他一愣神，月兌口而出︰「來得好快呀，讓他們進來！」日本人進入客廳，皮笑肉不笑地說道︰「將軍，您受驚了！」胡飛和他們虛與委蛇，表現得若無其事，好像什麼事也沒有發生似的，聲音朗朗地說︰「小事一段，小事一段，不足掛齒，還有勞各位前來看望，真是不好意思。」說完便哈哈大笑，接著又收起了笑容，一字一句地說︰「哼，有人打我胡飛的主意，沒那麼容易！」日本人「見張神色自若，不禁暗自稱奇」。
事後檢驗那個刺客的尸體，沒有發現有價值的東西。雖然穿戴的是中國老百姓的服裝，但他的腳形明顯是常穿木屐的，可以確認是日本人，那就是日本浪人了。這一次炸胡飛，本來是日本人干的。但是，日本人卻放風說是宗社黨所為。
其實，胡飛也知道是日本人干的，但由于沒有受到致命的傷害，而且又在日本人的勢力圈內，不得不忍氣吞聲，他也就不再追究，此事便不了了之了。胡飛為了盡快平息這起突發事件，故意在一個場合，當眾說道︰「算了吧，單從腳形判斷凶手，證據不足，不足！」也就沒有向日本人交涉，把這個事件敷衍過去了。
這一事件，使得胡飛對日本人有了一定的警覺。他知道，當日本人的傀儡是很危險的。這是日本人第二次炸胡飛。五年以後那次是第三次，也是最後一次了。