對太平天國之戰已經結束，天王洪秀全及其三子自殺身亡，太平軍宣告覆滅。載淳與新軍與湘軍眾將在江寧城中歡慶三日。
大清皇帝同治同時也去了每一座軍營，與士兵同餐共食，氣氛融洽。載淳如此往復與士兵共同慶祝七日，才宣告結束。
對太平天國一戰雖已結束，但戰後需要處理之事還很多。載淳派兵四處出擊，共俘虜降座近二十萬。
而江寧是太平天國的老巢，經營日久。當日進攻之時，太平軍在江寧及其周邊共人守軍二十萬之眾，破江寧之後，共俘虜有十四五萬之眾。
總共有降座近三十五萬，這可是一個龐大的數字。這些人不能殺，因為都是壯勞力，但每日耗糧也是無數，還需盡快解決。
載淳先讓馮子材在其中挑選三個師的士兵，成立皇家第二十六師、皇家第二十七師、皇家第二十八師，組建為皇家第八軍。
後就是對七萬湘軍進行整編，共挑出三個師的兵士，然後又在降軍中挑出一個師，打散之後，編成四個師成立皇家第九軍，並下旨免去周馥皇家第五師師長之職，速調來江寧，來升為少將軍餃，任皇家第九軍軍長之職，同時抽調皇家第一軍與皇家第四軍所有營級以上副職來江寧。
在同治二年十一月末之時，大清同治皇帝載淳完成了對湘軍的改編，同時又從額爾金公使與卡恩那里購進十萬之步槍，天津槍炮廠也送來了五萬支槍與相應的火炮和迫擊炮。對兩個軍的裝備已經完成。
而剩下的一萬多湘軍，載淳也並沒有和歷史中一樣，進行裁撤，因為這些畢竟是上過戰場，刺刀見過紅的士兵，如果將他們裁撤，就會是一個不穩定的因素。
載淳將他們也進行了培訓，然後讓這一萬多人卻領剩下的降卒，改編成了建設兵團。因為現在大清四處都需要建設，到處都需要人。
載淳想，這幾年雖然成立了不少的新軍，但卻沒有花國庫一兩的銀子，自己的老師應該也攢下了一點家底了吧。載淳就想用這個建設兵團先對長江與黃河進行整治，免得總是出現哪有窟窿向哪堵，年年堵年年漏的情況。這樣這些個人就有了活干，也就有了生路，就不會再鬧事了。
再解決完這些事情之後，就是最讓載淳頭疼的事情了，尋就是對有功將士的封賞問題。載淳到是不擔心湘軍這群人再有什麼想法，而是在北京城中的肅順等肯定會從中阻撓，不會讓載淳如此順利的成事。
載淳先挨個找湘軍的重要將領進行了談話，載淳只有兩個要求。一就是必須離開軍隊，這樣對大家都好。二就是離開湖廣與兩江之地。其余的都好商量。
湘軍眾將自那日慶功宴上的一番肺腑之言之後，都已經知道了湘軍現在的處境，看似非常的光鮮，可實際正處在風口浪尖之上。眾將都對載淳說，一切憑皇上做主，這反倒弄得載淳有些不好意思。所以載淳也只能盡量與恭王等人周旋，盡量爭取一個好的結果，以免寒了有功之臣的心。
首先是對曾國藩的封賞，載淳肯定是不會象原來歷史中的那樣，將曾國藩放在兩江總督之位上，但又不能讓湘軍眾將有意見。所以載淳先對曾國藩封了爵位，為二等勇毅公，這在大清異姓少有的爵位。
並赦封為文華殿大學士，入直軍機。正好補上倭仁去後留下的軍機大臣空位。但載淳加封曾國藩為文華殿大學士，所以在軍機處只在恭親王奕訢之下。可以說曾國藩已經位極人臣。
湘軍眾將對自己的老大封賞還是很滿意的，而恭親王奕訢等人對曾國藩的封賞也不會提出什麼異議，他們也不想就此而得罪此人。
隨後就是湘軍眾將，在經過多次與恭王等人的討價還價之後，赦封曾國荃為兵部右侍郎。赦封李續宜為兵部左侍郎。赦封華蘅芳為戶部左郎。赦封李善蘭為工部左侍郎。赦封徐壽為禮部左侍郎，主管大學之事。赦封劉長佑為四長巡撫，赦封劉坤一為廣西巡撫，赦封楊載福為廣東巡撫。而恭親王同時也提出了幾個人為巡撫，載淳不得以也只能同意，其中一人就是李鴻章，被赦封為湖北巡府，這是載淳巴不得的事情。
同時載淳還與恭親王奕訢做了一交易，那就是免載齡吏部侍郎之職，赦封為署兩總督，免靈桂刑部侍郎之職，署理閩浙總督之任。
而靈桂又向載淳舉薦原手下郎中，現任山西布政使的鄭敦謹，為人剛正不阿，勤勉作事。載淳隨即下旨，赦封為福建巡撫。調安徽布政使馬新貽為浙江巡府。
馬新貽也是載淳在同治二年接觸並著重拉攏之人。其時載淳對馬新貽有印象還是在晚清四大疑案中注意到了，那就是張汶祥刺馬案。載淳就多注意了此人，並陛見過馬新貽一次，馬新貽與載淳深談了關于災後重建江南之地的舉措。
首先談道了漕運，馬新貽的辦法主要就是︰正額照常征解，重點之地漕米額征數依諭旨酌減；一切陋規概行禁革，對浮收加以裁減，僅酌留平余為辦公費；嚴禁大小戶之分。
然後又談到了鹽運之事，極力推崇綱鹽改票鹽，並要求運商預交鹽款，以緩場商疲乏，並按月配發鹽引。
載淳對馬貽的看法很是贊賞，看起來也是一位能吏，所以任馬新貽為浙江巡撫，並沒敢任在兩江地面上，也是怕刺馬案再出現。
馬新貽在陛見請訓之時，又向載淳要了兩個人，一是原安慶知府孫依言，二是山東候補道袁寶慶，載淳二話沒說，就下旨將二人調了過來。
赦封軍機京章喬松年為上海道道員，並與之進行了詳談，對上海今後應如何的發展、如何的布局，和上海的重要位置，以及今後的漕運會轉一部分為海運，會從上海起運等。喬松年也為載淳的見識給折服，所以甘心為載淳治理好上海道。
而載淳不得以將江蘇巡撫、安徽巡府、漕運總督之位讓給了恭親王。
但載淳對漕運之事也同樣做出了自己的對策。載淳此次得到了一個人才，就是顏士璋，是咸豐九年舉人，為人機智，有才能，載淳就聘其為皇家運輸公司的經理，並將漕運轉一部分為海運，這也是載淳為著手整頓漕運坐準備。
至此，載淳對此有功之臣的封賞事宜才算告一段落，總體來說，湘軍眾將還算滿意。此次攻入江寧，載淳還得到了太平天國所有的財富，但載淳並沒有用這些錢財投入到軍備上，而是直接交給裁齡、靈桂、左宗棠三人，讓此三人整頓河務和戰後重建之用。
在處理完這些事情之後，已經進入了同治三年。