這次南關戰役後，韓雍成了倒霉蛋兒，就是因為他不相信葉三那點兵力能拖住錫寶齊篇古軍團，致使貽誤戰機，使殲滅遼南女真軍功虧一簣。御史們把遼南的一切損失都扣在了韓雍頭上，並把援軍沒有及時趕到上升為不是單純的軍事問題，而是韓雍個人的昏庸問題，韓雍這遼東經略還能干下去嗎？不等御史們上嚴斥韓雍，韓雍竟然主動讓賢，不干了。而葉三的孤島海盜軍團每位有功的將領就加官進爵，葉三是不能再往上升遷了，太師已經是虛餃，可他的手下升任指揮使的就有兩個，指揮同知有好幾個，手下將領都成了副將，加正二品左都督同知餃。
成化九年四月，雄壯激烈地喊聲響徹孤島的演武場上，葉三默不作聲地看著大批新兵正笨拙地做著突刺動作，學習著長槍兵的隊列配合。這里的新兵有來自旅順軍的五百老兵，上個月月底，葉三率孤島海盜軍團返回孤島，這五百旅順軍的士兵死活要跟著葉三一起回孤島。當時葉三看著金州參將行營外密密麻麻跪了一地的士兵，口口聲聲說如果不讓他們跟著就跪死在葉三面前。
葉三一看這五百多口子人絕對是旅順軍內的精銳，而且都是上過戰場，見過死亡的老兵。葉三當然不能同意，自打葉三下令讓馮翔的舊部統領旅順軍後，旅順軍官兵也把心頭最後一絲疑慮抹去，剩下的只有對葉三的無限感激。葉三把南關七千輔兵全部運回孤島，沒有引起旅順軍任何不快，這五百多旅順精銳要求加入孤島海盜軍團的時候，那些旅順軍殘存的將領同樣也沒有任何不滿。恰恰相反，還有不少新被葉三提拔起來的旅順軍將領還極力地勸葉三接受這批新兵。于是葉三老實不客氣地對這批新兵進行鑒別篩選，他希望接收進來的新兵都是純粹的戰兵，沒有將領，最好在原來旅順軍中沒有任何地位。結果這批新兵其中九成以上的士兵都通過了葉三的選拔。這些新兵也確實都是些沒有關系的人，或者是和他們有牽連的將領頭目都在南關一役中陣亡了。這批新兵所有的人都上過不止一次戰場，葉三就高高興興地把這批新兵都笑納了。
接收了這五百新兵後，加上孤島海盜軍團的老兵，葉三手里一下子有了快四千名步兵。把海盜軍團中作戰經驗比較豐富的一百多名戰兵從作戰序列中抽調出來，一律給予了把總官餃。然後把他們組建成了一個新的作戰序列，這個作戰序列取名叫指導隊，每名士兵都叫指導員。以葉三的意思，他不打算把指導隊的成員送上戰場去做炮灰，他們將被留在孤島用來訓練新兵。
南關之戰，馬文升的騎兵馬隊幾乎沒有受到任何損失，但葉三對騎兵的信心仍然嚴重不足，因為他組建的這支小小的騎兵隊伍還沒有進行過一場真正的正面抗衡實戰。別看自己的騎兵裝備好，堂堂正正和正面的女真鐵騎對陣恐怕還有很大問題，葉三估計如果人數相當的話，自己的騎兵弄不好會被女真軍的重甲護兵打得一敗涂地。葉三始終覺得馬戰太依賴個人勇武了，而且他堅信實戰經驗是難以靠裝備來彌補的，如果這些騎兵和自己來個對攻的話，他能把這些人都滅了，葉三有這個自信，也有這個把握。出于這種考慮，葉三就決定把騎兵拆散放到野戰營里去做偵察和追擊的任務。
所以馬文升想建個騎兵營的企圖又被葉三否決了，他遺憾地看著自己最珍愛的騎兵馬隊被葉三殘忍地拆散了，而且葉三還明確地告訴他，所有的野戰營都必須配屬騎兵，這個決心葉三永遠也不會動搖，在所有野戰營都能得到騎兵支持前，馬文升的騎兵要集中使用就成了歪理邪說。
炮隊這次損失也不小，不過缺人的問題暫時還解決不了，因為全大明有能耐的盜墓賊和風水先生現在都在孤島了，眼下只能靠伊恩自己去培訓合格的炮手。伊恩本來想組建一個車炮營，同樣也被葉三否決了，因為葉三認為這並不符合眼下的技術水平。就葉三對軍事的個人理解，那種依靠火力就能徹底壓制對手的軍隊要等到有連續擊發的火器出現以後，在此之前，白刃戰始終是最有力的殺傷手段。現在女真鐵騎在面對長槍兵戰陣的時候也是要下馬步戰、步射，等步兵陣型崩潰以後再上馬追擊。無論是葉三還是女真軍將領，在他們遭遇過的戰爭場面，女真人也都不把投射兵器作為殺傷的主要手段，一般都是用投射兵器破壞對手的陣型穩定，然後依靠肉搏戰來摧毀對手的作戰意志，這點和葉三現在的思路的一致的。所以葉三雖然極力建設火銃兵和炮兵，但他也不指望依靠他們取勝，火器只要能保證對抗對手的弓箭他就滿足了，其目的也是為了隨後的白刃戰作鋪墊，孤島海盜軍團新兵白刃戰的水平也是他最重視的部分。在以往的作戰中葉三多次身陷險境，但他並不想把自己知道的知識搬弄出來，更不想別人知道他身懷絕技，因為葉三總擔心這會成為別人對付自己的利器。另外，葉三還知道女真人本是連一個自己文字都沒有的，愚昧透頂的少數民族部落，華夏民族如果被一個最野蠻、最愚昧、最黑暗的蠻夷吞佔了，那麼印入這些野蠻人骨髓中的自卑，就會讓歷代女真統治者瘋狂地破壞華夏文明和文化，讓華夏民族從巔峰跌落到谷底。葉三只有利用自己的眼光，徹底地重振大明軍威，掃蕩女真蠻夷。
新兵訓練計劃已經實施，還有一件事情也在籌劃之中，那就是步兵輜重後勤部隊的正規化和職業化，葉三打算趁此機會建立起職業工兵和後勤兵。步兵的徹底職業化會給步兵帶來很多好處，立竿見影的一個好處就是戰略機動力的提升。步兵雖然在戰場機動力上處于下風，但是長遠的戰略機動力步兵卻超過了騎兵。這是因為馬匹的耐力遠遠不能和人類相比，戰馬可以爆發性沖擊百里，但爆發一次後在幾天內都不能前進，不然馬匹就會大批死亡。所以在軍中超過五天的連續行軍，最先到達目的地的一定是步兵。
現在葉三的孤島海盜軍團的野戰營都配備了所屬的救護營、輜重營，而且營中的官兵都是戰兵化。葉三看著練兵場上訓練的新兵，抿著嘴想了想，現在他手下的野戰營都他娘的成混成步兵旅了，要不要先封自己個旅長當當呢？娘的，還是閣老實惠，什麼都能管。
進入三月以後本來應該是農忙了，但葉三沒有務農的習慣，在他的堅持下所有的剩余勞力都投入到了孤島水庫的建設。一個月下來，兩個高低搭配的小型水庫已經顯出雛形，葉三的計劃是用三到四個月完成這兩個水庫，然後修建四個大型風車給水，這樣就可以利用風車和水庫把海風儲蓄起來，以供應水車的日常運轉所需。
葉三的兩個野戰營已經佔去五千人力，按照葉三的計劃還需要組建輜重營等等，這樣還需要補充五千人力以上。如果把孤島一半的男人都月兌產去訓練實在太夸張了，葉三眼下只能組建一個一千多人的輜重部隊，工兵部隊只有暫時先放一放。為了最大限度地榨取孤島的人力資源，葉三還是把一百多女人編入了救護營，並且交給一個江湖郎中去培訓。這個只會些跌打傷痛治療的江湖郎中醫德很差勁，一貫騙吃騙喝還騙財，但是既然被充軍到了孤島，葉三就不怕整不過他的醫德來。眼下遼南的主力都在孤島駐守，旅順軍則留在了金州，葉三的參謀部向葉三反復論證，南關之戰足以讓女真人頭腦清醒過來，從此以後他們不拿下金州就絕不敢再深入旅順月復地。金州守備王璽被葉三派到旅順修築旅順堡，不過進度非常慢，現在的旅順即沒有人力也沒有財力。本來葉三還考慮是不是在南關繼續修築一個更大的堡壘，比如威力巨大的稜堡什麼的，可等預算一出來，被嚇了一跳的葉三立刻拋棄了這個念頭，一個土石結構的小小稜堡就需要白銀百十萬兩，最後葉三只讓旅順軍在南關周圍修了些木制的烽火台了事。
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