有了王楊的解析和精神支持，尼奧總算沒有當場暈菜。但是他踉踉蹌蹌徑直回到休息艙，就一頭栽倒，昏昏沉沉地睡死過去。
看著莫菲斯一副手足無措的模樣，王楊轉頭問道︰「我是不是很沒心沒肺？」
所有人都用奇異的眼光看著他，不知道該怎麼回答。
——至少，你讓我們很受傷是真的。
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三天後莫菲斯來到尼奧的休息艙，看見尼奧安靜的獨自坐在房間角落，莫菲斯也慢慢走過去陪在他身邊坐下看著他。
沉默了一陣，尼奧怔怔的說︰「我回不去了，對吧。」
莫菲斯反問︰「要是你能，你真想回去嗎？」
尼奧沉默。
莫菲斯低聲說道︰「尼奧,我向你道歉，我們本來有個規矩是絕對不能解放成人的心靈，因為這樣非常危險，成年人會無法接受真相，我見過。我很抱歉這麼做，我這麼做是因為我別無選擇。」
尼奧好奇地看著他。
看了一下尼奧，莫菲斯繼續說︰「當matrix成形時有一個人在里面出生，他有能力隨意改變matrix並重新創造真實世界。他解放了第一批反抗份子，他告訴我們真相，只要matrix存在一天，人類就沒有自由。他死後有個先知預言他將再度降臨，他將帶來matrix的毀滅和戰爭的終結以及全人類的自由。所以我們終其一生游走matrix中，試圖尋找救世主，我這麼做是因為，我相信我找到了。」說完盯著尼奧，尼奧轉過頭來難以置信的回視著他。
莫菲斯隨即站起身來拍拍尼奧的肩膀︰「好好休息！你需要接受訓練。」
看著莫菲斯走出去，尼奧突然問道︰「為什麼不是王楊？」
莫菲斯在門口停頓了一下︰「我不知道。」說完開門離開。
第二天一大早，尼奧的訓練正式開始，就像電影中一樣，他很快展現出不同尋常的特質，先是如饑似渴地將所有功夫全部學到了手，然後在新編寫的搏擊程式里打敗了莫菲斯，只不過到最後仍然沒有通過跳躍程式……表現不可謂不驚人，但是有王楊珠玉在前，尼布加尼撒號的船員已經見怪不怪了。
至于王楊，他早已進入尼布加尼撒號的戰斗序列，成為正式的一員。除了值班之外，王楊已經很久沒有踫過輔助磁碟機了。平時他都在自己的休息艙和主艙里擺弄著一大堆機器零件，也不知道在搞什麼。而他鼓搗的那些東西，就連機務員坦克和程序員茂斯也搞不懂。得益于內力修煉帶來的神奇效果，在所有人眼中，他似乎有著無限的精力和靈感，沒過多久，就沒有人再有興趣繼續到他這里來接受打擊了。
而關于王楊和尼奧兩人的救世主光環問題，成了尼布加尼撒號私下的的爭論焦點。
「我還是認為救世主是王楊。」茂斯現在已經成了王楊的粉絲，對王楊神奇的內力和拉風的輕功痴迷之極。並且一直期待拜王楊為師，學習傳說中的內力，甚至承諾介紹自己在錫安的妹妹給王楊，據他自己說，他的妹妹相當正點。可是王楊一直拒絕，除了後院的幾只母老虎還在虎視眈眈之外，最重要的是茂斯的個性跳月兌，過于沉迷于天性中的**——吃個早飯都能扯到人性上，想讓他靜心入定，達到心如止水的精神修為，不亞于電腦人集體腦殘重新遵從機器人三大定律。不過這也難怪，看看他的名字︰茂斯，m——o——u——s——e，翻譯過來不就是耗子嗎？古往今來，耗子能得道的，好像只有釋迦牟尼跟前的白毛老鼠精了吧？
「但是先知說……」崔妮蒂雖然仍然堅持對莫菲斯的信任，不過底氣已經明顯不足了。
「拜托！」正所謂百聞不如一見，活生生的事實難道還不能說明問題嗎？茂斯對先知開始不那麼不感冒了，「也許他現在就能打敗特工了。」
艾巴和蘇薇琪對視了一眼，打敗莫菲斯的一幕猶在眼前，他們縱然不相信王楊能打敗特工，至少也不會明面上提出質疑了——起碼特工就做不到在墨菲斯毫無知覺的情況下扒掉衣服。所以，他們屬于精神上支持莫菲斯，實際行動上投給王楊一票的派別。
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「哇，你差點把我嚇死！」
這一天，塞弗正在值班，無意間一回頭，差點被無聲無息地出現在背後的尼奧嚇得三魂不見了七魄。
尼奧歉意地笑笑，又向另一邊的王楊打聲招呼︰「嘿，王楊。」
王楊抬抬手，表示收到。
「要喝一杯嗎？還有王楊？」塞弗遞給尼奧一個金屬杯子，日子一天天過去，王楊和尼奧逐漸習慣了飛船上的生活，對飛船上僅有的幾個成員也漸漸熟稔了。並且因為王楊那非人一般的表現，他作為一個新手，威信反而非常之高。連帶著尼奧也跟著沾光不少。
「不了，謝謝。」另一邊的王楊頭也沒有抬，專注于自己手中的零件。休息艙和主控室，是他平時最常待的地方，手里永遠有著說不出名堂的古怪零件和小玩意。慢慢的，所有人都發現，尼布加尼撒號開始一點一點地發生變化，操縱系統更加靈活，信號傳輸更加便捷，火控系統更加精確，訓練程式更加有針對性，甚至他們對付電子烏賊最有效的武器emp也有了改進︰不再僅僅是一次性充能施放，也有了發射引爆的選擇。這一切的改進都來自于王楊，他在進入黑客帝國之前，專門向蕭宏律學習了適用于這個世界的一些科技資料，雖然絕大多數只是死記硬背下來，但是在尼布加尼撒號上的輔助磁碟機輸入系統的知識體系後，這些在關鍵點上更加先進的科技資料頓時被激活了，這就讓王楊可以放手對尼布加尼撒號進行更高級的改裝。當然這些東西劇情人物是不知道的，在他們眼中，只看到一系列實用先進的技術成果源源不斷地從一個絕頂聰明的天才手中誕生。這也使得尼布加尼撒號船員的救世主之爭更加偏向王楊，人類有這樣聰明的成員，機器怎麼可能獲勝？
不過有一點讓身在曹營心在漢的塞弗很不滿意，那就是王楊在主控室的時候，他想要悄悄潛入matrix去跟特工接頭就很不方便了，甚至有一段時間還疑神疑鬼，認為王楊發現了自己的秘密。其實王楊很想跟他說咱們各干各的，你就當我不存在好了。可惜即便他真的這麼表示，塞弗也不敢相信。
不過時間長了，塞弗也漸漸發現，王楊根本對其他事情毫無興趣，一心專注于自己的發明創造，這也讓他漸漸放下心來。
從感情上說，王楊其實很能理解塞弗。在面對莫菲斯給出的紅色小藥丸時，生性浪漫的塞弗一定是浮想聯翩——自由啊，多麼誘人的字眼！沒想到真正的現實卻是自由自在地生活在暗無天日的地底，自由自在地吃著吃淡而無味像是漿糊的食品，自由自在地被機械們滿地球追殺，然後自由自在地被大卸八塊……如果不想被這種自由拋棄，就只能在機器來臨之際趕快找個下水道最陰暗的旮旯鑽進去悶聲藏好，然後祈禱別被發現……在機器已經統治了全世界的大前提下，以人類那單薄的身體、微量地人口、相較于機械的流水線生產速度慢得可憐的自然繁殖速度、落後地技術兵器……人類的翻身之日怎麼看都是痴人說夢的一個幻想罷了。
既然大目標不能指望，那麼只能退而求其次，個人待遇如果能夠解決也可以接受。毫無疑問，崔妮蒂是大美女，尤其是在這種地獄一般的未來世界，美女就更是稀缺資源。雖然沒有了matrix的花花世界流連忘返，但是有美相伴，也能在真實的荒漠里稍加安慰了。而且整個團隊里，掰著手指頭數數，可以說基本上沒有能夠作為情敵的對手存在︰莫菲斯心里有尼俄柏，艾巴明顯和蘇薇琪更親近，茂斯只是個嘴上沒毛的憤青，再加上朝夕相處同甘共苦的近水樓台之便，這樣算來，其實瘸子里面拔將軍，塞弗還是很有希望的。
可是等來等去，等來了主角尼奧，長得帥也就算了，頭上還頂著一個救世主的光環，剛登上尼布加尼撒號就無視組織紀律把老大莫菲斯菜了，誰知道莫老大不但不以為忤，反倒親自捧著上位；就連先知這老太太也在一旁跟著瞎起哄……長得帥了不起嗎？救世主就可以隨便插隊嗎？什麼素質！
再怎麼埋怨，有了這樣一個極品高富帥閃亮登場，還有他什麼事兒？這一刻，塞弗同志的心一定是拔涼拔涼的。至此，他留戀人類陣營的最後一絲羈絆——消失了。
在莫菲斯看來，身為人類陣營的一員，擺月兌機器的奴役，爭取種族的自由，這不是天經地義的嗎？要不然，你千辛萬苦地從matrix里逃出來干嘛？再說了，你就是想投誠，機器也得願意要你啊。所以在隊伍控制上，一向睿智的莫菲斯卻犯了一個很低級的錯誤︰對團隊的成員無條件地賦予了全部信任（很像鄭吒的說，呵呵呵）。
但是莫菲斯忘了一個最基本的道理，人性是復雜的，也是善變的，好了傷疤忘了痛更是人類最大的劣根性之一。昨天他會覺得做奴隸的滋味糟糕之極，可是對比了這整天被追殺的地老鼠一般的自由人生活，曾經在matrix里被求之不得的真相折磨得夜不能寐的日子便會有意無意地忽略掉，反而覺得其實有時候做做奴隸也是可以接受的，這就是魯迅先生所說的「暫時做穩了奴隸的人生」和「想做奴隸而不得的人生」了。莫菲斯的缺點就在于他把自己的認知替代了所有人的認知，殊不知人性一旦冥頑不靈起來，就會像周星馳在《濟公》里費盡心機想要度化那個九世乞丐一樣，即使你給他做神仙的機會，他的第一反應也是「神仙——乞丐」。
如果說尼奧和莫菲斯代表了人性中真誠、善良、自由、光明的一面，那麼塞弗就代表了人性中丑惡、自私、狹隘、保守的一面。
但是理解不代表認同。對于每個人在險惡環境下的選擇，王楊一向抱持寬容的態度，只要你沒有危害到集體、妨礙到他人，王楊都可以理解。但是像塞弗這樣，為了一己之私，出賣團隊、甚至背叛族群的做法，王楊絕對不能接受。在王楊看來，你可以選擇放棄，但不能選擇傷害。
「還是嘗嘗這個吧。」做完了手里的零件，王楊拿出一個金屬壺。想必明天就是尼奧去見先知的時候了吧？也是這個叛徒下場領盒飯的時候了，本著送行的心情，王楊把自己剛剛做出的酒拿了出來。
果然，塞弗剛喝了一口就驚奇地跳了起來︰「這真的是酒，你怎麼做到的？」
「只要想做，就沒有做不到的。」王楊一語雙關的說道。現在這種條件下，找糧食釀酒是不可能的，不過這難不倒王楊，因為從本質上說，酒精同樣是一種分子構造，只要能具備生成條件，即使沒有糧食，也照樣能制造出酒來，甚至還可以將酒精分子**化，變成酒精病毒，只要注入生物體內，就會利用宿主的生物條件不斷地分裂繁殖，直至醉死。道瑟能夠在這種條件下造出酒來，更不要說準備充足的王楊了。而除此之外，進入劇情以來，收獲頗豐，心情愉快之下，王楊也想給塞弗最後一次機會。在希望渺茫的環境中，人人都會有軟弱的時候，一時的迷茫不能代表一個人的本質。
「你知道嗎？我知道你在想什麼，因為我現在想的跟你一樣。」塞弗似乎有了一點醉意，王楊的話卻讓他產生了誤解，以為王楊也是對現實不滿。他搖晃著腦袋繼續說︰「實際上我來了以後就一直在想，為什麼我不吞藍色藥丸呢？」
他說著將頭湊近王楊低聲說︰「我可以問你嗎,他有沒有跟你說為什麼要這樣？為什麼找你來？是不是告訴你，你來這里是要拯救世界？」說著他眯起眼楮側頭看著王楊，面帶一絲笑意︰「說說看，你要怎麼做。作為資深者，我會給你最好的建議的！」
「世界上從來沒有什麼救世主。」王楊毫不猶豫地說，「我也從來沒有想過要做什麼無聊的救世主。我只是想做一些自己喜歡的事情，比如這個。」他舉了舉手里的酒壺。
塞弗的眼中浮現起一種幽暗難名的光芒，而他看著王楊的神情也開始帶著志同道合的意味。
「我一直在想。」王楊皺著眉頭說道，「邏輯思維、身體強度、科技水平、繁衍能力、對環境的適應性、社會結構的高度統一性、組織協調的高效性，人類全部比不上機器；無論怎麼計算，這幾乎都是一場看不到勝利的戰爭。既然如此，造物主為什麼當初要選擇人類來作為地球的主角？直接選擇機器不是更好嗎？」
「也許就是想借助人類的雙手來埋葬自己呢。」竟然公開質疑人類的未來，塞弗越發肯定王楊有棄暗投明的潛質。
尼奧不滿地看了塞弗一眼，卻沒有說什麼。
「不可能。」王楊斷然說道，「在這種無休無止的戰爭中消耗掉地球的所有資源，將一個生機勃勃的世界變成千瘡百孔的荒漠，任何一種稍有理性的智慧生物都不會選擇這種同歸于盡的生存方式。」
「那麼你的意見呢？」比腦子，塞弗還是很有自知之明的。
「如果真的有造物主，我想他只會將機會平等地給予所有生命。如果沒有自我意識的覺醒，如果人類仍然是這個世界的支配者，那麼人類離得開機器嗎？」王楊冷冷一笑，「當然不能。因為人類與機器人已然相互依存，機器需要我們，我們也需要機器，這就是造物主的真正的意願。」
「你這話應該跟機器去說。也許它們會在殺你的時候問問你的臨終遺願。」塞弗愣了一會兒，悻悻然地說。
「面對給予你生命的人，如果不是萬不得已，你會選擇刀兵相見嗎？」王楊反問道。
「你的意思是……」尼奧好像捕捉到了王楊的思想脈絡。
「雖然沒有資料做為佐證，但是我基本上可以肯定，這場戰爭一定是人類挑起的。」王楊的笑意里充滿嘲諷，「幾千年來，人類逐步形成的自我中心地位怎麼容許其他生命的挑戰？更不用說是自己制造出來的工具了。」
王楊目光中的辛辣如同一柄燒紅的刀子，讓尼奧和塞弗情不自禁地回避開。
「現在說這些有用嗎？那個時候我可沒有沖機器開過一槍，現在還不是要被整天追殺？」塞弗對于同族前輩的挖坑行為充滿怨念——憑什麼你挖的坑要我來填？
「既然現在這一切是人類自己的傲慢和偏見造成的，那麼再壞的結果也需要人類自己去承擔。」尼奧倒是很認同王楊的觀點。
「事實上，機器的確離不開人類。」王楊沒有給兩個人思考的時間，直接解釋說，「除了作為能量來源外，更重要的是進化和自我完善的需要。」
「比如呢？」尼奧好奇地問道。
「比如，感情和人性。」王楊進一步解釋說，「人類從支配者變成被奴役者，這就說明了機器的力量比人類更加強大。可是生命的核心價值不是體現在力量上，否則身體孱弱的人類就不可能成為地球的主宰者。機器覺醒了自我意識，成為新的智慧生命，但是這種覺醒只是非常初級的層次，從進化的角度來看，甚至還比不上人類。機器的長處就在于數學上幾乎完美的邏輯運算能力，但正是因為這種完美，反而抹殺了機器突破傳統框架、產生革命性思維的可能性，簡單地說，就是機器缺乏創造力。我們中國有句歇後語叫做‘武大郎開店——伙計永遠高不過掌櫃’，說的就是這個意思。機器設計機器，永遠難以進化。」
「為什麼是感情和人性呢？」尼奧繼續問道。
「因為在理性上，人類永遠超不過機器。人類發明機器，不就是想借助機器那完美的理性嗎？」王楊笑道，「可是促進人類不斷進化和完善的，恰恰就隱藏在那些非理性的東西里面，喜、怒、憂、思、悲、恐、驚、仇恨、嫉妒、拒絕，愛別離，怨憎會，求不得，等等，這一切都是所謂的不確定因素，也就是不受機器控制和沒有事先設計好的隨即變量，這些變量不是邏輯推理能解釋的，帶給人性的影響卻是無法預料的。從古至今，面對那些依靠理性和技術無法解開的死局，遵從心靈的指引反而常常會產生柳暗花明的神奇效果。這些東西都是機器無法理解也不能解決的，它們只能徒勞地把技術推到極限，卻不能跳出這個固有的圈子，去發現和開創一個新的天地，因為從本質上說，生命和愛，都是不可度量的。」
「感情嗎？所有的？也包括恐懼和絕望？」塞弗突然想到了什麼，好像不在意的問。
「人類不斷地發明那些武器，其實不就是出于對未知的恐懼嗎？人類不停地想要尋找延續生命的方法，不就是出于對死亡的恐懼嗎？懦弱、膽怯、絕望、恐懼，這都是與生俱來的人性。沒什麼可丟人的。」王楊淡淡地說，「每個人都會死，誰都不會例外。關鍵是，當你彌留之際，回憶自己的一生，有什麼值得驕傲的嗎？或者說，沒有什麼讓你無法釋然放手的嗎？」
「表面上看來，這種整天朝不保夕的自由，未必就比在matrix中的不自由好多少，可問題是，如果我能忘記一切，重新回到matrix，就一定不會後悔嗎？」王楊挪揄地笑了笑，然後斬釘截鐵地說道，「不，我一定會後悔。」
塞弗不自覺地問︰「為什麼？」
王楊冷笑道︰「因為我們都是黑客，骨子里都是流動著反叛的因子，我們天生就不會服從暴政和強權，對既定秩序和規則的否定是我們與生俱來的東西；即便我返回matrix，要不了多久，依然會重新開始尋找現在已經得到的答案。這就是我們的性格，我們的性格決定了我們的命運。」
塞弗愣了一下，隨即把頭扭了過去︰「可是人總要活在當下，現在的一切才是真正能夠把握的，不是嗎？」
「你怎麼知道，明天的這個時候，一切不會變的更好呢？」王楊饒有興趣地問道，「玩過輪盤的人都知道，不到最後一刻，勝負只有上帝能看透。」
「上帝？」塞弗冷笑，「上帝早就死了。要不然，人類怎麼會淪落到今天這個地步？」
「我也不相信上帝。」王楊自始至終沒有喝一口酒，他站起來，身形淡淡，卻自有一股巍峨的傲岸，「但我相信自己。」說完，轉身走出值班室。
看著他的背影，各懷心思的尼奧和塞弗都沉默了，