本來按秩序退出漢城的倭寇，在劉綎統帥大軍的追擊下打亂原來的部署。為了避免被明軍各個殲滅，倭寇被迫全部收縮到釜山，並以釜山為中心，從蔚山、西生浦到東萊、金海、熊川、巨濟島之間修了一連串的城堡。這些城堡都修在險要之處，而且十分堅固，彼此呼應，構建了條完整的堡壘防御圈。
至此，除了慶尚南道沿海地區，朝鮮半島基本光復。薊鎮槍騎兵營奉命進攻開慶城，以控制洛東江水道。從川軍手里要過已經被累瘦一圈的戰馬，槍騎兵營又向開慶進發。到達開慶城的時候，倭寇已經聞風而逃，槍騎兵營順利進駐。
宋應昌命令劉綎率軍進擊退出漢城的倭寇，徹底打亂倭國對朝鮮南部各道的控制計劃，同時也擾亂了李如松和小西行長之間達成的初步協議，使倭寇對李如松的談判誠意產生懷疑，派遣談判代表進行質詢。
李如松為了向倭寇表達自己的歉意和真誠，默許倭寇進攻朝鮮軍隊控制的晉州城，而不實施援助。
晉州位于慶尚道與全羅道交界處，背靠南江與普陽湖，是全羅道的大門，戰略位置十分重要。而且，距離釜山只有約一百二十余里，都是相對寬闊的平原地區，方便大軍進退。
守衛晉州的將領，是朝鮮倡義使金千鎰及其部下慶尚道右兵使崔慶會、忠清兵使黃進等所屬八千人的守軍。
六月二十一日，倭寇糾集全部主力，全力進攻晉州。朝鮮軍隊和五萬倭寇激戰九天九夜，最終寡不敵眾，全軍覆沒。金千鎰及其全家投江而死。倭寇為了報復，將城里六萬居民屠戮一空。
倭寇不顧虎視眈眈陳兵正面的明軍，暴露出胸膛，全力進攻側翼的晉州，正是明軍進攻的大好時機。從漢城匆忙趕到大邱的李如松，不但不采取圍魏救趙的進攻策略，而且嚴禁劉綎率軍增援。
倭寇屠城以後找回心里平衡，終于又消停下來，和李如松的談判代表沈唯敬繼續進行和談。
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雖然宋應昌和李如松都同意與倭寇進行談判，但二人出發點卻完全不一樣。李如松是為了保存自己遼東軍的實力，不想與倭寇死拼；同時，也是為了使出老子李成梁慣用的伎倆，不徹底驅逐倭寇，使半島時刻處于倭寇與朝鮮的敵對狀態。這樣，朝廷就只有繼續重用遼東軍作為兩國之間的制衡力量，而不敢輕易觸動遼東李家的切身利益。
宋應昌同意和談，目的只是為了拖延時間，等待朝廷援軍到來，和倭寇做最後決戰。為此他在大後方已經調集四萬後備兵馬，並已經陸續開往遼東。
二人意見相左，就看背後之人支持誰。兵部尚書石星，最初是堅定的主戰派。
過多半年的征戰，糜耗軍費一百多萬兩，相當于明朝一年的歲賦收入，為本來就捉襟見肘的朝廷財賦雪上加霜。借著這個問題，朝廷保守派主和的呼聲已經抬頭，並且受到越來越多的大臣支持。
為了在明軍已經取得很大戰果的前提下，平衡朝廷主戰派和主和派的關系，確保自己在兩派之間都能站住腳，石星支持了李如松的意見，同意議和罷兵，至于朝鮮王庭的利益，他才不會考慮。
此時明朝萬歷皇帝親自擬定的談判條件是︰倭寇全部撤回倭國；明朝冊封豐臣秀吉為倭國國王，兩國不許通商；倭寇發誓再不許侵犯朝鮮。
既然是談判，剃頭挑子一頭熱辦不成事，總不能大明朝一方說了算，需要倭國方面認可才行。野心勃勃的豐臣秀吉將十幾萬大軍派到朝鮮，雖然遇到和明朝同樣的財政困難，但貪心沒有絲毫減少，想從談判當中獲取巨大的利益。
豐臣秀吉提出的談判條件是︰明朝效仿大唐上嫁一位公主給倭國天皇陛下做妃子；大明對倭國開放寧波港，恢復堪合貿易；明朝永誓與倭國盟好；漢城與西四道歸還朝鮮，東四道割讓給倭國；朝鮮送一位王子到倭國當人質；倭國釋放兩位王子與陪臣；朝鮮對倭稱臣，發誓永遠不背叛。這無疑是將自己置于大明之上，並且將朝鮮由大明朝附屬國變成倭國附屬國的不平等條件。
作為議和談判代表的沈唯敬，由于自己一家老小都在石星的秘密掌控之中，只能按照李如松的授意，擰著頭皮和倭寇進行談判。可兩國提出的條件難住了作為談判代表的沈唯敬。兩國最高決策者提出的條件相差太遠，根本達不成協議。
作為倭國談判代表的小西行長此刻的情形不比沈唯敬強多少。倭國雖然被豐臣秀吉統一，但嚴格來說，還是一個軍閥割據的局面，誰的實力強，誰的封地和地位就高。小西行長通過平壤戰役，已經嚴重損耗自己的實力，在倭國的地位已經一落千丈。和談不成，不但自己在豐臣秀吉面前失去信任，而且，與明軍繼續交戰，會進一步損耗有限的力量。
兩個同命相憐的談判代表，一個為了活命，一個為了保住自己的利益，萬般無奈之下上了同一條破船，心有靈犀一致對外，采取偷梁換柱滿天過海的辦法，擺月兌自己的困境。沈唯敬對朝廷謊稱倭國已經答應大明朝的條件，小西行長欺騙豐臣秀吉，說大明已經低頭同意倭國的條件。兩人還攜手偽造各自國書。一個子虛烏有的兩國議和協議終于初步擬定。
交戰雙方實際上的指揮者不可能按照各自君主的意思辦理，私下達成一項秘密協議︰倭寇保留在半島南部實際控制現狀，部分軍隊撤回國內，交還被扣押的朝鮮王子，駐軍所需糧草由朝鮮提供；明朝主力大軍撤回國內，在朝鮮保留部分軍隊。
在這場沒有硝煙的戰爭中，大明朝和倭國得到的是兩張沒有任何實際意義，而且成為笑柄的空頭支票。朝鮮王朝沒有完全光復自己的王國，依然受到倭寇的直接威脅。
只有李如松達到了自己的目的，既可以將疲憊的遼東軍撤回國內休整，保存實力；又可借著倭寇造成朝鮮半島事實上的軍事存在，並以此為借口，肆意擴充遼東騎兵，壯大自己的實力；同時又以監視倭寇之名在朝鮮留駐少量軍隊，為自己隨時進軍朝鮮提供借口，借此成為朝鮮王朝命運的實際掌控者。
萬歷二十一年九月，出國征戰九個月的援朝明軍，踏上返回故土之旅。針對盤踞半島南部的倭寇威脅，朝鮮國王請求留駐一支明朝軍隊，並特意邀請軍紀最嚴明的薊鎮浙江籍衛軍。
兵部尚書石星按著李如松的意見，同意了李的請求，留下劉綎、吳唯忠、駱尚志、王必迪等人統領留朝明軍一萬余人。但害怕一向不肯听從命令的薊鎮槍騎兵營，重新挑起與倭寇的戰爭，勒令這支部隊隨同大軍班師還朝。