時間如大河，奔騰東往，一去不返。轉眼之間，時間已經過去三年。
第二次忍界大戰，這場戰爭持續得太久了，積年累月的廝殺下來，各個村子甚至為村子提供經濟保障的各國都已經有些不堪重負。長久的戰爭，多少忍者倒在了這片土地上？或許每天都有新的生命誕生，但現在每天死于戰爭的人數卻又比新生者多得多。一個個生命消逝，讓整個忍界蒙上了一層陰影，連空氣似乎都變得淒涼無比。
不過，在消極氛圍普遍彌漫的情況下，三年來，也有幾件大事發生，震動忍界，給有點郁氣沉沉的忍界帶來一些不同的氣息。
在諸多大事中，最先發生的就是一代忍雄、木葉三代目的三個弟子于雨忍村和半神交手，惜敗之後獲得三忍的名號，倒是雖敗猶榮。之後，三忍中的大蛇丸和綱手離開雨忍村、返回木葉，二人接受任務後分別前往霧忍戰場和沙忍戰場，而另一個自來也則不知所蹤。
二人的任務分配均有考慮︰霧忍戰場危急，急需遣派大蛇丸這種戰力卓絕的忍者前去壓陣支援，而沙忍那邊有白牙在，戰力無需擔心，只是要有一個優秀的醫生（尚未有醫療忍者，姑且如此稱呼）攻克毒藥難題。
而在趕赴戰場之前，已經獲得一定地位、享有一定發言權的綱手姬在村里的會議中提出要建設忍者醫療體系的構想——這是她經歷了長久的戰爭，親眼見到眾多傷殘忍者因得不到好的治療，傷勢惡化甚至死亡從而產生的想法。
對于財政早已難堪重負的村子和火之國而言，新開這麼一個項目實在是無法承受之重。是以綱手的阻力甚大。總之，經歷了一系列復雜的過程，綱手最後在她男友斷的支持鼓舞下，最終說服決策者，初步建立了醫療忍者的體系。而在願望達成之後，她也便和斷一起火速趕往沙忍戰場了——當時事業愛情都極其喜人的她不知道那將是她的魂斷之所。
起初，得到兩人、重點是綱手的幫助，旗木朔茂頓時輕松不少，只需全力進攻、不要再保留的他殺得沙忍丟盔棄甲、潰敗千里。但，這也給他們造成了麻煩。在巨大壓力的壓迫下，沙忍們終于反彈，不過他們的方式不是絕地反擊，而是他們口中的斬首行動。
木葉這方真正給他們威脅最大的毫無疑義就是白牙，其次就是綱手姬。但這兩個他們哪個都惹不起︰白牙嘛，別說是要他們去暗殺什麼的，就是听見聲音都只想著逃。而綱手也是和半神交手從而得名的三忍之一，實力不俗。這麼一來，已經被逼得有些瘋狂的沙忍將視線轉移到了斷的身上——他們想用斷的死來震懾震懾對方，尤其是綱手。
不得不說這計策很差，因為一般的忍者若被如此待遇不會被嚇到反是狂怒，而沙忍則會招來瘋狂的報復。但是，綱手最後的表現竟真讓他們得逞了。從那件事以後，木葉的明珠、千手的公主、三忍之一的綱手姬消失于世人眼前……
綱手走後，好久沒這麼「揚眉吐氣」過的沙忍竟士氣高漲，反撲木葉一時讓白牙都沒招架得住。原本壓倒性的戰局又開始糾纏起來……
先不說沙忍那邊，說第二件事。
木葉又出現了一個天才，一個讓全忍界都嫉妒的天才。三年前，獠牙之名傳遍忍界，那叫做木村名的少年進入各方視線，讓人感嘆木葉日後必將又多一員虎將。而僅僅是兩年後，一個叫做波風水門的九歲少年（當時九歲，當下十歲）再次讓忍界為之瘋狂——他竟然在一次戰斗的生死關頭展現出空間忍術的天賦！
空間忍術，空間忍術！這是多麼讓所有忍者都垂涎的能力！古往今來，為眾人所知的懂得這種忍術的也不過寥寥數人而已，甚至就是神話中的六道仙人也未留下他會空間忍術的傳說，可見它有多麼不凡、多麼難得！
這種忍術和什麼五行遁術、什麼融合遁術、什麼血跡淘汰等等等等都通通無關，它要求的不是先天資質，而是真正能體現一個人才能的智慧和悟性，當然，或許還有機緣。總而言之，當二代火影去世後，空間忍術再不見于世間，波風水門的出現徹底讓忍界炸翻了天。
而這位天才在名聲遠播後依舊鍥而不舍的勤奮練習、努力殺敵也讓人們為之側目和贊嘆。當有人問及他為何有了如此出眾的天賦還能一如既往的嚴格要求自己的時候，一貫淡然如水的他雙眼中便會立馬有一道堅定昂揚的斗志一閃而現，然後回答道︰「因為我在追趕一個人的步伐！」
第一次听到回答，沒有人知道這是什麼含義，大家都一頭霧水，後來有有心人回頭再搜尋波風水門之前的資料，終于有了眉目︰原來那個獠牙的少年和他是同學！是最親密無間的兄弟，也是相互競爭的對手！
得知此事後，所有人都默然了。他們這時才驀然發現，近年來兩個震動忍界的天才竟全是木葉的，而且他們還有如此深厚的關系，這固然可說有可能演變為一段傳奇，但同時也是讓其他勢力都頭痛的事情。
兩個耀眼的新星呵……這讓除木葉以外的所有勢力都一陣苦澀︰怎麼自己村子就沒有出現這樣的人才呢？
都是一樣的年少，都是一樣的潛力驚人，或許唯一不同的就是那個獠牙少年是靠自己一場場戰斗實打實拼出來的戰績、拼出來的名氣，而波風水門則是以自己驚艷無雙的天賦打響名頭。
既然說到獠牙了，那就正好引入和他有關的這第三件事。
水城破了！
三年來，名和他們四十小組的成員一直奮力廝殺在這片鮮血浸染的土地。當初他逼退通草野餌人和栗霰串丸，想著再回戰場很有可能再次和他們戰斗，但事情發展卻不盡如所料。
最初，通草野餌人和栗霰串丸是來了，但面對全盛狀態的名等四人，即便名沒有使用直死之魔眼，失去了大刀的他們卻也無法奈何已有經驗的四人！
說到這里，卻不得不說他們為何失去了大刀。這不是名他們將其拿走了，當時狀態極差的他們根本沒有這個能力，反倒是栗霰串丸事後安排了霧忍將通草野餌人的兜割給拿回。但是，斷折的武器是拿回去了，可無論他們用何種方法竟都無法修復兩把大刀！這讓他們百思不得其解。
內中原因只有名一人知道︰直死之魔眼能讓人殺死一切。原理差不多就是說萬事萬物都有消亡殆盡的時候，也就是都有死亡的宿命，而擁有這雙眼的名就可以將他選定的目標指向死亡。他劈斷了兩把大刀效果差不多就是這兩把刀壽命已盡，幾等同于自然地報廢。
一道鋼材，一把武器本就是有使用期限的，即便是七把名刀也不過更久而已，而名直接將其帶向死亡，這是不可抗的、不可逆轉的事情，即便是請來匠之國最最頂尖的大師也絲毫無用，是以曾震懾木葉的兜割與縫針就這樣消失于它們曾所在的耀眼舞台。
而不僅是大刀無法修補，通草野餌人的手臂也完全廢去了！無論是栗霰串丸拿回的原有的手臂還是提供的假肢或其他更多手段，種種辦法最後都沒有起作用。這實在是讓他們頭疼無比，最後卻也只能無奈了之。
就這樣，只剩一只手臂的通草野餌人和失去縫針的栗霰串丸還怎麼能奈何名他們？這讓他們很是憋氣憤懣，尤其是通草野餌人，他如今的性情已經變得極其古怪暴躁！但這種情況也沒有持續多久，因為失去了縫針、不再為大刀之主的栗霰串丸又被暗部喊回去了，這麼一來，通草野餌人更是獨木難支，兩方的戰斗就這樣不了了之了。
總結來看，兩位曾經的忍刀七人眾成員是虎頭蛇尾，最後結局可說淒慘。而事情的影響也不小，霧忍的士氣很受傷，而自名他們來後，木葉的士氣則是一漲再漲，直到後來大蛇丸又來了，雙方士氣方面徹底扭轉，而通草野餌人雖不是完全的龜縮不出，卻也不敢再大搖大擺地風光上陣。
霧忍戰場的局勢就這麼穩住了幾年，但慢慢地霧忍也恢復過來再次壓倒木葉，終于到現在，水城告破！