經過詳細的分析，比對，最終確定朝廷內部的內奸居然是鄭王司馬顯。
原來，太子成為宮人的緣故，不知為何居然被泄露了出去，一直就對帝位覬覦已久的司馬顯終于按柰不住，決定聯合石勒劉曜，勾引胡騎南下，逼宮奪位。
動曉陰謀的卜機親自帶人去鄭王府查探，卻被早就埋伏的吳鈞用承影劍刺傷。
危難時刻，沉潛已久的墨秋霜及時趕到，拼著自己身受重傷，也要和吳鈞生死相搏，終于以一劍之勝結果了這個對手。
倉促之下，鄭王司馬顯起兵造反，卻被早有準備的庾亮和謝鯤一力撲滅，鄭王于亂軍之中被殺。
深受重傷的卜機卻因此機緣，徹底參透了《洛書》，《河圖》，並且借此擁有了無與倫比的直覺和洞察力，很快恢復的卜機親自鎮京口大營，並以北方流民為班底，建立北府軍。
北府軍剛成，率領10000鐵騎南下的石虎已經攻破廣陵，直逼京口。
卜機率新成立的8000北府軍，強行渡江，破釜沉舟，背水而戰，一戰而擊潰石虎所部，石虎軍敗績，忙回師北遁，卜機率眾緊追不舍，沿路于廣陵，壽陽，八公山大戰三次，三戰三捷，全殲石虎部，石虎被俘，押回建業。
與此同時，樊城守將毛夏巧用火攻之策，一把火把劉胤部殲滅大半，劉胤陣亡，北上援宛城的趙衰突然揮兵西向，在襄陽城外將熾磐等人反包圍，內外夾攻之下，匈奴軍除少數遁逃以外，其余被全殲。
頓兵淮水的石勒見鄭王事敗，不得已撤回河北。
大戰過後，論功行賞，卜機擢為鎮北大將軍，不料此時，太子司馬紹不知從何調查到，卜機就是閹割自己的元凶，大怒之下，陰招卜機進宮，意圖殺害，不料因公主司馬鳳之故，卜機發現酒里有毒，借如廁之機遁逃。
于冷宮，卜機偶然發現一中年美婦李氏，經查，竟然是二十年前司馬睿之正妻，如今卻已瘋癲。
太子仍不死心，屢次欲害卜機，卜機隱忍之余，開始調查李氏，結果一日夢回，天帝托夢，卻告知李氏乃卜機之母。
大驚之下，卜機強行闖宮，與司馬睿當面對質，司馬睿無奈承認，當年李氏所生之子，被當今皇後之兄，庾亮之叔庾豫換為狸貓，李氏被打入冷宮，司馬睿隱忍十年，終于在十年前和庾亮配合，庾亮在家中發難，殺死庾豫。司馬睿四處尋訪親子，十余年不得，終于在年前得知卜機下落，卜機本名司馬玄！
太子司馬紹得知一切，悍然起兵謀亂，一直站在司馬紹一邊的王敦也從柴桑順流而下，而一直明哲保身的王導則保持中立。
關鍵時刻，已經被重新立為太子的司馬玄，從司馬睿手里得到藏庫十余年的天子劍湛盧劍，光華泛處，眾人畏服，司馬紹率兵攻入建業宮，卻被司馬玄一劍劈成兩段，其余部四散而逃，亂遂平。
而王敦部也已經兵臨城下，正當王敦準備攻城之際，燕霓裳燕羽衣姐妹夜襲大營，成功刺死一代梟雄王敦，不過姐妹倆卻也深受重傷。
無奈之下，卜機只好與其雙修來為之療傷，自己也趁機功力漸至大成。
三個月後，朝廷內外形勢已經穩定，陶侃，王導都已經表示效忠，司馬睿遂禪讓于卜機，卜機即位，改元中興，意為中興大晉，北伐中原之意。追司馬睿為元帝。
立謝靈為東宮靜皇後，陶晚晴為西宮宛皇後，庾文君為南宮淑皇後，王導之女王凝之為北宮順皇後，謝蘊封為蘭妃，燕霓裳封為德妃，燕羽衣封為容妃，士蓉兒封為令妃，墨含煙封為謹妃。
司馬玄掌國，立即宣布休養生息，發展工商，鼓勵生產，整軍備戰。
中興元年正月，宣布廢丞相制，改行三省六部制，同時建立內閣，謝鯤，郭璞，庾亮，王導，陶侃五人為內閣大學士。
同年三月，有揚州女子雲娘進京尋訪夫君，為司馬玄所知，遂入宮，為良妃。
同年五月，蜀中李雄來朝，宣布內附，同時司馬玄納李雄之女李宸為晨妃，蜀中遂安。
同年八月，中興皇帝司馬玄親至京口，宣布北府軍擴軍至八萬，調荊州毛夏和趙衰為左右大都督，統領北府軍。
同年九月，帝司馬玄知司馬鳳非元帝司馬睿所生，大喜，遂暗納之。
五年生息，中興五年3月，于京口，司馬玄宣布，分三路出兵北伐。
西路有趙衰率領5萬大軍，由壽陽北上，直指河南，意在收復洛陽。
中路有司馬玄親率10萬大軍，沿路北上，直指鄴城。
東路由郭璞率領水師4萬，自泉州下海，于青州蓬萊登陸，襲擊敵後。
石勒屢戰屢敗，三路大軍于中興六正月年會師鄴城。
攻城4個月，城破，石勒**而死，後趙亡，于廢墟中，卜機找到《易經》。
將《易經》融會貫通後，卜機發現，《易經》竟然是與後世相連通的奇書，于是，他就知道了新的科技，新的制度，新的思想。
中興七年，前趙王劉曜親率10萬大軍，出函谷，企圖襲擊舊都洛陽，卻被司馬玄設下十面埋伏之計，劉曜力戰突圍，死守函谷關，晉軍攻之不克。
司馬玄既知科技之事，遂建制造局，廣行天下，大見成效。
中興七年，制造局研出曲轅犁，新式紡車，車弩。
中興八年，制造局理論曹編纂《原本幾何》。
同年，制造局研出火藥。
中興九年，制造局在火藥的基礎上研制出神武大將軍炮。
中興十年，司馬玄再次發兵三十萬，分兵四路北伐。
益州牧毛中出兵三萬自青田北上，直趨散關；
荊州牧王當出兵八萬自襄陽北上，攻武關。
豫州牧毛夏出兵十五萬，自洛陽西進，攻函谷關。
並州牧庾翼出兵四萬，自涇陽南下，攻上郡。
劉曜憂懼之下，飲藥而死，前趙遂平。
涼州張忠謀聞訊上表請降，司馬玄允之。
遼東慕容飛拒降，司馬玄命庾翼，毛夏出兵撻伐，北平一戰，晉軍神武將軍炮火力無邊，鮮卑騎兵死傷無數，慕容飛自刎，遼東遂平，天下一統。
中興十一年，天子司馬玄宣布海內一統，大赦天下，並改元太平。
嗣後四海清晏，宇內生平，天子司馬玄但垂拱即可，百姓安居樂業。
中興二十年，天子司馬玄宣布禪位太子司馬文，率諸後妃自蓬萊東渡，不知所蹤，或言已飛升為仙。
即位的司馬文于御覽之上，赫然發現以湛盧劍壓著的《洛書》，《河圖》和《易經》三大奇書！
全書完