這兩個事件，讓剛上任不久的張巨正又面臨著一場政治危機，幾乎使他名譽掃地。︰
王大臣一案給馮保以出氣的借口，決心借機要把他的余黨徹底鏟除，以泄對他的刻骨仇恨。開始的時候，張巨正作為盟友心領神會，采取明里縱容，暗里支持的曖昧態度，讓馮保幫助自己在朝廷里打掃一下衛生，鏟除異己，求之不得。然而，馮保一味地窮追猛打，牽連無辜，使事態不斷的擴大化。一時間，朝野內外，人心惶惶，人人自危，本來人們就懷疑馮保打倒高拱一事他參與此中，扮演了不太好的角色。此事一出，朝廷上下，輿論紛紛，明說暗示，使得他不得不作出姿態，反復辯解，十分被動。張巨正現在也領悟到，再報復對他沒有任何的好處，只會使眾大臣更加不安。人心一寒，以後的改革就沒有人響應，他的考成法將會成為一紙空文，再好的法律沒有人執行也是空談。他感到了事情的嚴重性，下決心不讓馮保胡來，再破壞自己改革方案的貫徹執行，必須阻止馮保的報復行動，重新在大臣中建立起威信。
張巨正感覺走進了死胡同，馮保給他擺下一個**陣，讓他在死胡同里轉不出來。馮保在一邊笑著向他招手，拍手稱快，想到這里出了一身冷汗。他感覺到馮保的**在迅膨脹，對權力的**也在與日俱增，必須控制住不能任其展，否著將來對國家，對朝廷，尤其對他本人將會後患無窮。張巨正輾轉反側，不能入眠，下定決心，盼望著新的一天早點到來，采取相應的對策，改變現在的尷尬局面。
早晨，他早早吃完早餐就坐著轎子，在王寶祥的護衛之下往皇宮里去。
皇宮里，一片驚慌，王大臣事件還在延續，恐怖還在不斷的擴大。特務們還在四處活動，太監，宮女，大臣，人人自危，惶惶不可終日。特別是太監陳一星一死，皇宮里更加陰沉恐怖，人們害怕受到牽連，遭受無妄之災。
守城的官兵見是丞相到了，趕快讓開道路放他們進去，一行人很快就到了乾清宮。
見過君臣之禮，李太後讓宮女搬過一個凳子讓他坐下。
「先生，可能沒有睡好吧？看你眼圈暗，臉上無光，可要注意身體呀！」
「謝太後關心！這幾日因為王大臣一事，攪的微臣睡不好覺，都是臣下沒有做好工作，才使亡命之徒混進來。是臣等的一大失誤，罪該萬死！」
「先生不必為此事自責，事情已經過去，你專心去做國家大事即可，不必為些許小事掛心！」李太後說道。
「微臣在想這個刺客來歷不明，應當處置的當，否則將會有血光之災，朝廷內外將會血流成河！」
萬歷跳起來說︰「有如此嚴重嗎？」
李太後的美目也睜大了許多，等待他的下文。
張巨正詳細地向李太後分析了事態和自己的推理，說︰「此案如果牽連起來，將是官官相依，人人相連，無窮無盡，沒有盡頭。微臣害怕將來有一天會朝中無臣，邊關無將，外族入侵將如入無人之地，大明朝將會面臨滅頂之災。」
「如此，先生將如何處理這件事情？」李太後問道。
「微臣思量再三，這件事情把王大臣殺了即可，事態不要再擴大。馮公公憎恨高拱，恐怕要掃清余黨方能甘心，不肯就此罷休，讓微臣很擔心。」張巨正如實稟報說。
「先生不必憂慮！一切要以江山社稷為重，不能因為個人的恩怨而使國家遭殃。馮保也是顧命，對皇家也是忠貞不二的，他是會理解先生的。先生可以按您的意思處理這件事情，別的不必擔心！」李太後堅定地說。
有了太後的支持，張巨正的心里就安定許多。
「太後的大局之心，讓微臣十分佩服，大明朝有這樣一個聖明仁厚的太後，實為國家之幸，人民之福啊！」張巨正此時也不忘恭維上幾句，討太後的歡心。
李太後對萬歷說︰「這件事拖不得，一會兒上朝，皇兒可以將王大臣交三司會審，既要查清此事，又絕不能濫殺無辜，牽連眾人。我會在適當的時候提醒馮保，以他的忠心和聰明，應該會知道該如何做的。」
張巨正高興的說︰「請太後和萬歲放心，臣會處理好這件事，決不能讓他再牽連無辜，把事態擴大化。微臣制定的考成法就要實施了，不能因為這件事情讓考成法流產，我會把握好分寸的。」
他們做好了如下安排，一方面讓李太後、皇帝下令王大臣事件實行三司共審，增加透明度，防止泄私憤，牽連無辜。另一方面利用夢蝶勸說馮保，使他能同意不擴大清洗面。其三，由李太後旁敲側擊一下，讓馮保有所收斂，盡快地結束這場風波。