處罰張四維等人的旨意傳到內閣，呂調陽曾經到張府中求情，希望他能出面求情，但遭到了拒絕。說閱讀，盡在呂調陽等人離去後，張居正的心情安靜了許多，知道張四維等人的命運不可逆轉，大臣們也不會再有人來打攪他了。
沒有多長時間，呂調陽就離任回家養病。他已經病入膏肓。這個人是張巨正唯一的知己。他的離去對張居正來說簡直就是一場劫難，再也不會找到呂調陽一樣的伙計了。張四維被貶，內閣空虛，經過反復的思考，終于確定讓申時行進入內閣。
這個時期，申時行開始在皇帝和張居正之間奔走。將皇帝的聖旨拿到張居正的孝闈里，請他過目，然後按張居正的指示分到各部。對于申時行，張居正是放心的。他剛到內閣還不是他的對手，暫時不會給他找什麼麻煩。
張居正已經取得了勝利，在這場守制與奪情的斗爭中，經過那麼多的血雨腥風，處罰了許多的大臣才使朝野暫時沉寂下來，再也沒人討論這件事情，他可以專心致志的工作了。
彗星仍然掛在京城的天空。每天夜里，它都在天空出耀眼的光芒，並沒有別的什麼災難生，如果預示著什麼災難的話，恐怕只能落在張四維等人的身上。
皇宮里並沒有因為處罰幾個大臣，而影響萬歷的婚禮。馮保和太監們忙得很，大家都在為皇帝的婚事忙碌著。
張居正也過了七七之限，按照事前的約定，他穿著青衣角帶回到內閣。一切都恢復正常，就像本就沒有生過什麼事情一樣。然而，這場風波讓張居正的內心世界受到了極大的沖擊。好像過了幾十年，張居正再也不是風度翩翩，神采奕奕，意氣風，已變成神態憔悴，步履闌珊，形同木偶，除了花白的頭，表明他還是一個充滿智慧之人外，再也看不出與大學士相匹配的儀表風度了。歲月是無情的。歷史將逐漸讓這位老人退出大明朝的政治舞台，毫不留情地摧殘著他的身心。
其實站在個人角度，此時激流而退仍不失為明智之舉，古人曰:應時而動，識時務者為駿杰，是一個真理。小皇帝已經初步長大即將大婚，希望親政的想法日益迫切，他不想大權旁落。在奪情與守制的問題上存在著激烈的斗爭，張居正處在這個漩渦的中心，盡管萬歷對官員進行了殘酷的鎮壓，但暗流洶涌，無論局勢還是輿論對他都極為不利。然而，當局者迷，一心想建功立業，報效朝廷的他，並沒有听從眾多官員的勸阻，執意要按照李太後的意思留在京城，繼續他的改革事業，為他今後的悲劇命運埋下了火種。
張居正的精神受到了很大的刺激，認識到人間的冷暖，世道的艱辛，也讓他看清了官場的黑暗，似明似暗的看到身邊潛在的危險。于是，在他回到內閣之初，就擅自開始了所謂的京察，在兩京及官場開始了一場大清洗。清洗的唯一的標準就是奪情與守制，以在他的去留問題上的態度為藍本。凡是反對奪情的均是裁撤罷官的對象，許多官員因為提倡恢復禮制，主張他回家守制而受到了不同程度的懲罰，最輕的也是被罷官回家，而在這場斗爭中凡是擁護奪情的，不論親疏，均予以重用。就連當初與高拱有很深關系，被迫辭職的江南才子張佳贏，也被啟用並從地方調入中央委以重任。
張居正徹底改變了對人生的態度，再也不像以前那樣溫文爾雅，換之一個驕橫高傲的張居正。人們再也找不到以前的影子。在皇權與政權的高壓之下，官場上又恢復了平靜。官員們禁如寒蟬，畏之如虎，在他面前只有唯唯諾諾，不敢大聲說話，形同奴僕。正是這樣一種情況，在他日後失意的時候，才遭到眾人的誹謗和詆毀。
清丈土地將是一場艱苦卓絕的斗爭。這項工作的開展將給農民帶來極大的好處，是最大的受益者。但是這項工作的最大阻力來自大地主、大官僚，清丈土地將使他們的既得利益受到很大的損失，這是這場改革不太順利的重要原因之一。雖然一條鞭法已經取得極大的成功，國家財力得到極大的加強，張居正並不滿足。他認為清丈土地則是根本，是從根本上改變現狀的措施。他已經感到上天給他的時間不多了，必須利用現有的時間，集中精力把這件事情做完，免得使改革半途夭折。他橫下一條心，不惜以自己的生命健康為代價，要把這件事情做完，把身家性命都已拋在腦後，千秋功罪任由後人評說了。
朝廷的官員已經換了多半，原來的戶部尚書已經調任吏部尚書，從地方上調入的段正茂擔任戶部尚書。張居正把他找來商量在全國開展丈量土地的事情。段正茂與張居正的關系歷史久遠，特別是在最近的**中，堅定地站在張居正的一邊，于是，官運恆通，青雲直上。對于張巨正的政治主張，段正茂是十分了解的，在無數的奏章中，在朝會上，張居正反復的闡述這一問題，已經耳熟能詳了。