他的身體再也不如從前，辛勞的工作已經使他體力不支，頑固的痣瘡使他痛苦不堪，盡管太醫做了好幾次手術，都沒有能徹底解決。，盡在他不能坐在椅子上，半坐伴臥的處理著那些沒完沒了的公文，疼痛難忍。他的身心正在受著痛苦的煎熬。由于工作繁忙，顧不上服用藥物，沒有時間讓太醫診治，致使病毒不斷的繁殖，病情不斷的惡化，五髒六腑已被病毒侵蝕，像一個勉強支撐的稻草人，一旦有個風吹草動，就會徹底倒下再也不能站立起來。
然而，張居正還是不能休息。偌大的一個國家，當家人就他一個，諸多的事情由他去處理，不敢想象他一旦離去，大明朝將會是個什麼樣子。他知道在這個世界上的時間不會太長。他正在憤的工作，要在有限的時間內把清丈土地的事情做完，不留下任何的遺憾，他向段正茂許諾，等完成這件事情就要辭職回家。
就在張居正萬分痛苦的時候，萬歷皇帝正在干什麼？他也在忙碌著，每天昏天地黑，與夫人們如膠如漆，難舍難離，纏綿無度。他也不用偷偷模模，大婚以後皇宮里的女人，除了被父親臨幸過的都是他的女人。他掉進溫柔鄉里，日日尋歡，夜夜**，哪有時間去處理政務。當他體會到**的快樂後，就不再想朝廷里的事。反正有張居正抵擋著，不許他操心，大臣們也知道萬歷每天不上朝，有張居正當家，對于萬歷就不在追究了，由他去吧！
張居正的身體越來越不听話，再也沒有以前的充沛精力，只要一動身就會頭暈眼花，氣喘吁吁。只好由侍從把每件公務念給他听，由他提出處理意見，他已經沒有力氣動筆了。
在全國清丈土地已經三年，這段時間，這項工作雖然還沒有完成，各項工作都取得了很大的進展。全國清丈出的土地數量大量增加，三年清丈出的土地比嘉靖四十一年增加2712282傾，工作取得了很大的成績。
為了這些成績的取得，傾注了他畢生的精力，付出了極大的代價，把個人的生死榮辱都丟到腦後。被張居正處理過的那些王公大臣對他恨之入骨，明面上不敢對他如何。難以想象，在他百年以後會是個什麼下場，張居正不斷地想著這些，也經常在各種場合對同僚們說起這個想法。
他不斷向李太後提起辭職，期望能在完成清丈土地工作以後，回家修養，頤養天年，享受天倫之樂。李太後可不听他那一套，除了不停的賞賜，干脆就把口子封死，說︰「萬歷皇帝不到三十歲之前，不允許張居正辭職。」
這可把痛苦不堪的他愁毀了。
張居正這時是有想法的，他的工作已經做完，十年的工作，他把瀕臨死亡的大明帝國從死亡線上拉了回來。大明朝已經進入中興時期。為了改革，他已經把全國的特權階層得罪光了，對自己將來的下場已經有所感悟。更令他無法放心的是皇帝已經二十歲，雖然他不理朝政，畢竟已經長大了。如果現在把權力交出來還比較主動，如等到向他索要政權的時候就為時已完了。