28怎麼辦？皇帝和鄭貴妃商量，還是決定采取拖延的辦法。最後神宗皇帝宣布，朱常落、朱常洵和其他皇兒都是他的骨血，他無意于「廢長立幼」，但是他不能接受臣下的要挾，因為正宮娘娘王皇後還具有生育能力。他要求廷臣在一年之內不再以立儲一事打擾他，讓他平平靜靜的生活，他可以在1592年（第二年）冊立常洛為太子。皇帝已經妥協了，眾臣們不再鬧了，各位大學士才回到文淵閣繼續辦公。
在這一年里，群臣遵照萬歷的意見不再以立儲相催促，也不在上折子，大家都不再討論這件事，但是朝廷的氣氛卻讓人們感到幾分沉重。時間一長，就開始有人懷疑申時行為皇帝所利**，而在運用他的聲望引導京官，為皇帝的偷梁換柱爭取時間，是緩兵之計。申時行在為皇帝工作使他們擁護常洵做太子。按照申時行的**格極有可能，想當初，他為了保住自己的位置竭力討好皇帝，為皇帝修建陵寢奔走賣命，為了保住自己的官職，竟然不管親家的感受，也不替親家說半句好話，為皇命是從，現在皇帝的一年之約又未見神宗的親言，只不過是申時行一人傳達，所以難免會引起大臣們的猜測。神宗皇帝也在有意無意的推波助瀾，對申時行又進行了多次封賞，規格之高都是史無前列的年春天，萬歷打算授予申時行為太師，這是文官的最高職餃，即使是張居正，也只是在臨死前才得到了這樣的榮譽。申時行哪敢冒天下之大不韙，堅決辭謝，他知道爬得越高摔得越重，他不想學張居正做張居正第二。萬歷又提議賜給申時行以伯爵的俸祿，申時行再一次極其惶恐地聲稱他沒
有功德可以接受這樣的恩賜，這不是他不想要這些實實在在的榮耀和地位，這對于一個是名譽和地位，視高官厚祿為生命的人來說是相當具有**力的，但是申時行還沒有這個膽量，實在沒有這個勇氣去接受這些夢寐以求的東西。以上的提議雖然都沒有成為事實，但已經使申時行感到窘迫，在他的身邊開始危機重重，嫉妒之火已經燃燒。在朝廷的威望江河日下之時，皇帝的這些舉動，給他執行皇帝和百官的聯絡職務增添了許多意想不到的困難，他又成為輿論攻擊的對象。那一年的陽歷九月，福建僉事李琯參劾輔，說申時行主持的大峪山陵寢工程出了問題，按照他的情報，地基內已有水涌出。這位遠在數千里外的地方官，不惜冒著丟掉前程的危險來參劾輔，其目的不外乎公開警告申時行︰你雖然深得皇帝的信任，但是文官集團仍然有足夠的力量動搖你的地位，如果你不對全體文官負責的話，你就沒有好果子吃。
同年十月，工部的一位官員因為皇帝允諾的冊立太子的期限在即，立儲大典的各項開銷理應由他負責籌備，他就編造預算，呈請皇帝批準。然而，神宗皇帝的朱批使全體文官為之瞠目咋舌。
朱批說，他早已聲明不準臣下在一年之內催促他立儲，工部官員借編造預算為名而行催促之實，違反了他的命令，所以要把立儲延後。這是一種無賴行徑，欲加之罪何患無辭，作為皇帝拿著不是當理說，官員們聞之十分憤怒，一國之君竟如此的無賴。這種故意的節外生枝不禁使群臣深感憂慮，人君如此缺乏誠意，他將用什麼來維持皇帝的威信，統治國家?誠信是一個人的立身之本，身為皇帝如此的不講誠信，戲弄群臣如何能行？于是，他們聯名奏請皇帝收回這一朱批，並希望他親口許諾的明春立儲一事能付諸實現。朝臣們已經和皇帝標上了，不達目的決不罷休。正在病中的申時行，內閣大學士的聯名呈請，由二輔許國執筆，但這份奏章仍然由申時行領餃。這場抗議聲勢浩大，規模空前，讓皇帝極為的震怒，也膽戰心驚，弄得坐臥不寧，寢食難安。軟骨頭的申時行在此時向皇帝妥協，申時行獲知皇帝的反應後，立即呈上一份揭帖，背叛了朝廷的大臣，向皇帝說明內閣的聯名奏章雖然列上他的名字，他事先卻並未與聞，是他們加上的。被孤立的皇帝猶如撈到一顆稻草，立刻有了精神，在朱批中感謝申先生對他的忠愛之忱，對他大加表彰。
「成也蕭何敗蕭何」。不知道皇帝是一種什麼心態，是故意還是一時疏忽，總之，可愛的皇帝辦了一件讓申時行極為難看的事情。因為大學士的揭帖系秘密文書，御覽以後向例是退回本人而不公布。事由湊巧，那天申時行不在內閣，太監往內閣送公文時，竟然把申時行的折子給了次輔許國，許國這個人也不地道，他一向與申時行不合，平時就處心積慮的相差申時行的台，拿到這個文書，竟然把他當成公文拆開並閱讀了全文，然後，他就毫不客氣地送交給事中辦公室抄錄公布。等到申時行現立刻向給事中索回原件時，其內容已經在文官中傳遍，已經晚了，聲討申時行的聲音已經如雷貫耳了，申時行成了出賣朋友的小人，是一個十足的兩面派。于是大臣們紛紛上書彈劾申時行，已為皇帝修建陵寢失誤為依據，要求皇帝對申時行嚴加懲處。以後，事態不斷的擴大，這回，萬歷皇帝把忠心耿耿的輔坑苦了。
萬歷皇帝懶散慣了，對任何事情都懶得考慮，事情都到了這一步，仍然沒有當回事。他只是當成一件普通的彈劾案來處理，按照規定降旨這個給事中降級調往外省處理，並命令申時行照常供職，不準辭職。心里很苦的申時行沒有辦法，他永遠沒有這個膽量不听皇帝的話，便決定遵旨回到內閣辦事，然而讓申時行也沒想到的是在，在許國的挑唆之下，文官們的情緒如火如荼，不可遏止，成燎原之勢，一個接著一個遞上了參劾申時行的本章，大有非攆走申時行之勢。申時行無法抵御這些道德上的控訴，他的威信已經掃地以盡，再也無法取得同僚的信任。現在的局勢明明白白的，申時行除了辭職以外，別無他途可供選擇。
此時，許國的野心已暴露無疑，他和申時行兩人又演繹了一場張居正對高拱的好戲，他表面上似乎與申時行同心協力，內心里對申時行的嫉忌無比，他故意公開申時行的秘密揭帖公布于眾，暗地里捅刀子使絆子，已達到自己不可告人的目的。可惜，他沒有張居正的哪個好命，不沒幾天，次輔許國也被人參劾，憤怒的皇帝批準他「回籍調養」，對他一點也不挽留，讓他丟盡面子。兩天以後，皇帝才接受了申先生的辭呈，準許申時行辭職了。
在這一場曠日持久的悲劇**的沖突中，沒有勝利者，斗爭的雙方都付出了慘重的代價。「國本之爭」是歷時十余年，惹起了許多的風波，使申時行等好幾個大學時相繼離職，黯然離去。朝臣們更是被打得遍體鱗傷，體無完膚，被罷黔，被處罰的官員不記其數，文官集團受到很大的傷害。朝臣們有時激烈，有時暫時平靜，但是都小心翼翼，講究策略害怕一時意氣把事情弄僵反而不可收拾。萬歷也深受其害，無論他多麼寵愛鄭貴妃和常洵，這廢長立幼一舉決不會被廷臣所接受，他如果公開堅持自己的主張，最後勢必引起大規模的流血，而且流血之後也未必就能如願以償。他成了一個孤家寡人，始終得不到官員們的諒解，無法和官員們達成共識，只好躲進深宮不在過問世事，這也是沒辦法的辦法，因為只有這樣皇帝和官員不見面才不會生沖突。萬歷皇帝本身也不願意動不動就處罰官員，于是，這樣雙方就形成了暫時的僵持局面。
萬歷皇帝**格懦弱，遇事沒有主見，鄭貴妃到底是個女流之輩，愛子心切，她沒有武則天的雄韜偉略，在處理立儲這個問題上，萬歷拿不出好的主意，鄭貴妃也沒有很好的參謀參謀，致使萬歷皇帝在這個問題上犯了很多錯誤，一錯再錯，越弄越僵。他的第一步是冊封鄭氏為皇貴妃，位于皇後之下而在其他妃嬪之上，在這個問題雖然有人提出異議但是沒有引起多大的紛爭。既然皇子的母親被封為皇貴妃，皇後又沒有子嗣，子以母貴，常洵越常洛而立為皇儲就可以順理成章，理所當然，如果萬歷皇帝一再堅持這個觀點，眾臣就是有意見也起不了多的作用。
萬歷皇帝的軟弱和愚昧還表現在，申時行等群臣要求冊封朱常落為太子時表現的十分猶豫，像個小偷，做事一點也不理直氣壯，先是無情的折磨朱常落又說這個事是皇家的私事，外臣不得干涉。後來又借口王皇後還有生育能力，不應過早冊立太子，凡此種種，既顯得皇帝沒有一點魄力，又讓世人產生一種皇帝不講信用的感覺，反倒把事情弄得越來越復雜了。
常洛並不天生即具有繼承大統的權利，他的幾個弟弟也同樣沒有這種權利。在沒被皇帝冊封以前統統沒有名義。立長而不立幼，只是傳統的習慣而不是法律，並非一定要這樣辦。明朝的許多皇帝並不一定就是長子，照樣越過前邊的皇子當了皇帝，這種事在歷朝歷代更是數不勝數明朝也屢見不鮮。太祖洪武皇帝的規定，嫡子有繼承皇位的優先權，可見皇子的地位決定于其母親的地位，而出生年月乃屬次要。常洛之母為恭妃，常洵之母則為皇貴妃，子以母貴的原則在祖訓前仍然大可商酌，所以萬歷皇帝要是有一定的魄力，堅持按自己的意見辦臣子們也毫無辦法。