26萬歷三十三年5）十一月，朱常洛的選侍王氏生了皇長孫朱由校。神宗得知，反應淡漠，像沒事人一樣，給了興奮得有點失態的朱常洛兜頭一瓢涼水。這是皇家的長子長孫，萬歷皇帝根本就沒有一點點做爺爺的喜悅，比鄰家人辦喜事還要冷淡，似乎跟他沒有一點關系。朱常洛也就是生到了皇家，他的父親是皇帝，具有至高無上的權威，為了自己將來能過上好日子，或者說為了活下去，可憐的朱常落同志只能選擇了忍耐。如果朱翎均和朱常落兩個人生在當今的中國，他們的身份不是皇帝和太子，當父親的把關系處理到這個程度，做兒子的恐怕早就**了早就這個不懂事爸爸掃地出門了。如今的孩子都是皇帝，不管父母的身份地位如何的高，在孩子面前永遠是一個孺子牛和提款機。而朱常洛的運氣就不太好了，在那個時代父親當皇帝可就不一樣了，一則是時代的因素，中國的文化傳統，以「孝忠」為中心;二則皇帝有著許多的媳婦，無數的子女，討好皇帝的大有人在;三則立誰當皇帝，讓誰來接班，皇帝說了算，皇帝並不按常理出牌。小不忍則亂大謀，大家就必須逆來順受，為的是將來能得到一份屬于自己的蛋糕。
萬歷三十九年九月，朱常洛生母王恭妃長年抑郁，終于病重（這個恭妃王氏真是可憐，想當初不知道是長的漂亮，還是利欲燻心，為了爭得皇帝的青睞，為了這一刻付出了她的一生。然而，她得到了什麼？名譽、地位？與那些災難相比實在無法相擬。如今重病在身不但身邊連一個人都沒有，皇帝根本就沒有來這里看過她，就連她的兒子前來探視都不容許。萬歷皇帝有點太絕情了，他是一個極不想負責的皇帝，這一點比起隆慶皇帝差得實在太遠了）。後來，朱常洛再三的哀求，不斷的上書請示，才勉強被準許探望。讓朱常落最傷心也最難忘的是，他來到母親居住的宮門前，卻見大門上著鎖，作為太子的母親被皇帝打入冷宮，受到如此非人的待遇，朱常洛十分的難過，深深的為自己的不孝而自責。誓如果自己有當皇帝的那一天，一定要好好的孝敬這位多苦多難的母親。當他讓看守的太監打開門鎖，走進冷宮時，朱常洛看到他親愛的母親王恭妃患眼疾已雙目失明，白已經爬上鬢角。朱常落哭泣著跪在母親的面前︰「母親！孩兒不孝，孩兒來看你來了。」王恭妃听出來了，是他的兒子來看她來了。她不敢相信這是事實，只是激動的用顫抖的手上下**著孩兒，**遍了每一個部位，哭著說︰「皇兒，你長這麼大了，我死而無憾了！」母子倆抱頭痛哭。沒有過多長時間，歷經磨難的王恭妃死了，可憐的恭妃並沒有等到兒子當皇帝的那一天。恭妃死後，大臣們議論她的喪事，大學士葉向高上疏說︰「皇太子母妃病故，喪禮應從厚。」神宗未作任何表態。眾臣又上疏，這才賜謚肅靖皇貴妃，葬天壽山。對這件事朱常洛一直耿耿于懷。在他即位後，立即尊謚
母親為「孝靖皇太後」，並歸葬定陵，與萬歷皇帝合葬。
27出閣講學，朱常洛有著濃厚的興趣和求知**，他和歷代皇帝一樣都希望做一個有座位的皇帝，可望通過學習充實自己。這是比較正統的說法，其實像他這樣一個人，並不一定多麼的聰明，「**格決定命運」，**格一決定他的一生。如果他真是一個堅強的，有遠大志向的人，一定不會在將來的得志之後會放縱自己，沉迷于酒色，使自己深受其害，自毀長城。他這時的努力也許是因為他的不得寵，被皇帝剝奪了受教育的權力，珍惜這個來之不易的機會，也可能是一些大臣有意的夸大、渲染，以此來與皇帝對持。他們不這樣說朱常落還有機會，既然朱常落喜歡學習，這話傳到朱翎均和鄭貴妃的耳朵里，存心搗亂的他們又動了歪歪心眼，在剛剛開始不到一年，便莫名其妙地給停了。你不是想學習嗎？我就是讓你學習不成，看你能怎麼辦？朱常落被冊封為太子後，他曾明里暗里幾次表示願意接續下來，向皇帝請求，希望的得到這個學習的機會，但神宗皇帝卻一概不予理睬。郁悶的朱常落心里難過極了，自己過得是什麼日子，連受教育的權利都沒有了，因此他經常躲到某個角落傷心的痛哭一番。這種情形被教官們傳了出去，朝里的大臣們聞听此事，群情激憤。皇帝和貴妃如此的絕情，兩個大人合起來虐待一個小孩子，天理難容。萬歷四十四年，廷臣們連疏數百封，議論紛紛，言辭極為激烈。迫于壓力，神宗才下令，在輟講已經11年後才重新舉行。可憐的朱常落終于在眾大臣的幫助之下，才又得到了又一次機會。這次朱常洛格外恭敬用心，對侍班、講讀官員一律尊稱先生，賞賜酒饌。學習也非常的用心，听講回答，敏捷精妙，博得內宮外廷一片贊譽，朝臣們對此非常滿意。
然而一講之後，講學又是莫名其妙地令停，此後再未舉行過。這明擺著就是皇帝和鄭貴妃的安排，他們一直處心積慮的想讓鄭貴妃的兒子福王朱常洵取代朱常落的太子地位，皇帝才不會讓朱常洛受到良好的教育，成不成才根本就無所謂。朱常落的地位一直處于風雨飄搖之中，不但皇帝和鄭貴妃不喜歡他，甚至連鄭貴妃的父親鄭承憲、伯父鄭承恩、哥哥鄭國泰也都行動起來，加入戰團，他們組織人力造謠鼓吹，一心想把朱常洛廢掉。這些活動愈演愈烈，于是就生了明末「三案」中的頭一案「梃擊」案，從而使朱常洛的命運又一次出現了重大轉折。
1591年輔申時行被迫去職的時候，輿論對他已經喪失了同情。他是歷史上最軟弱的一個輔，雖然有這種種的原因，但柔弱**格是他政治上失敗的根本原因年，皇長子常洛只有足歲七歲半，申時行驚奇的現他這時還沒有出閣講學，心里十分震驚，這個現給很多廷臣造成了不安，擔心他長大以後不能和文官作正常的交往，對文官集團不利。作為一個皇帝，他先要和文官們打交道，馬上打天下，文章治天下，不要說他要具有治國平天下的能，最起碼應該能夠看懂大臣們的奏章。如今都已經快九歲了還未開始學習是多麼的可怕事情（按照中國傳統的幾歲方法虛兩歲）。申時行挑了一個頭，向皇帝上書希望能讓朱常落同學出閣講學，要求皇帝必須給朱常落以太子的名義，否則就是名不正言不順。這個折子被大臣們得知，一致表示擁護，紛紛效仿上書，向皇帝建議擁立朱常落為太子，出閣講學。可是此事並沒有得到皇帝的回音，大臣們追問再三，皇帝才說常落雖然已經七歲但是身形瘦小，體格單薄，只有三四歲孩子的智力，所以不宜出閣講學，以此來搪塞大臣。但皇帝的這些說法，並沒有說服大臣們，大臣們認為問題已迫在眉睫，不能再耽擱了，皇帝的以為拖延激怒了眾大臣，于是，所有的京官都認為這是大學士的工作不力就**向文淵閣的四個大學士施加壓力，要求他們運用自己的聲望，促使萬歷冊立朱常洛為太子。大學士們也是贊成冊立朱常落為太子的，申時行是始作俑者，于是，以申時行為的四個大學士向皇帝提出了辭呈，理由是他們無法向百官交代，大臣們已經**向文淵閣抗議了，如果不讓朱常落當太子大臣們一定不會善罷甘休。神宗皇帝知道他們這是威脅，仍不願意冊封常落為太子，當然也不能接受他們的辭呈，因為他們一去，就不再有人敢接受這個當其沖的輔職位，明朝中後期輔的位置越來越重要，皇帝越來越懶，處理朝政越來越力不從心，如今文淵閣大學時**辭職，中央政權不就是癱瘓了嗎？他雖貴為皇帝卻無法直接領導群臣，更無法處理紛繁復雜的國家事務。