從旗本島旅行回來，靜楊、小雅抱怨沒能趕上這次行程，也沒看到沉睡小五郎的推理秀。直子卻喜笑顏開，心情非常舒暢，靜楊摟住直子笑著問一些親密的細節問題，直子臉紅岔開話題，談起了夏江和小武之間的故事。靜楊好奇，「他們的愛情跟松本老師的愛情故事好像啊，都是通過愛情來報仇的。」直子搖頭，「可我總覺得有什麼不一樣的地方，不過，最後的結局都很好啊，沒有釀成悲劇。」
小雅拿起桌子的水果，「不一樣，松本老師與高杉俊彥小時候就是青梅竹馬，而且當年松本警視也只是誤傷了俊彥的母親，俊彥也受到了懲罰，誤會解開了就沒問題了。夏江和小武卻不一樣，小武從一開始就處心積慮想要利用夏江摧毀旗本家，萬幸的是旗本一郎搶先做了壞人，否則不一定會發生什麼事情呢。」
千鈞也認可小雅的推斷，「不錯，而且他們以後極有可能還會互相防備著對方，幸好他們也算是真心相愛，不然婚姻早就維持不下去了。」一身漂亮制服的由美從外面拎著包走進來，「沒你們想象的那麼嚴重了，等他們兩個有了孩子，這個問題就解決了。到時候他們的孩子將會繼承旗本家，之前的恩怨情仇就都不存在了。」
千鈞笑著贊成這個觀點，直子故意戲弄，「我怎麼覺得你好像酸溜溜的，你幫夏江有些熱心過頭了吧。」靜楊她們幾個仔細詢問，直子就把千鈞和夏江非常要好的事情添油加醋的說了一遍，幾個女孩一起奚落千鈞一番。千鈞哀嘆，「直子，你以前從不喜歡煽風點火的，這次有些過分了吧。」直子從果盤中拿起橘子放到嘴里，「我覺得不能總是縱容你，你要好好反省一下，你不要說沒有做對不起我們的事情哦。」
靜楊掐腰道，「誰讓你看見氣質俱佳的美女就喜歡套近乎，還每次找借口說什麼本性。」小雅削完隻果後補充，「沒錯，就是心里想想也不行，那叫做意y，紅樓夢里說更壞。」千鈞無語了，用求助的眼光看由美，由美吃著水果，擺手表示愛莫能助。千鈞決定轉移話題，「那今天晚上我好好補償大家一下，保證讓你們滿意，這次你們應該沒意見了吧。」四女一起笑罵他流氓，結果就是千鈞這天晚上孤枕難眠。
過了幾日後，千鈞與三個女孩約好一起去看電影，直子曾經說這次花井也會來的。到了約定地點，靜楊和小雅姐妹都到了，等了半天，直子也沒出現。靜楊隨手打手機過去，結果提示對方關機。千鈞惱怒，「真是的，直子搞什麼鬼，是不是忘了充電了？算了，不等了，我們直接去她家里找她吧，順便看花井在不在。」
千鈞一直對花井惹火的身材和獨特的風情念念不忘，靜楊冷笑，「你少打花井小姐注意，她可看不上你。」小雅繼續打擊，「花井小姐也說過，她要找男朋友，就找個帥哥，至少也要像工藤新一那樣才行，不錯，她還挺喜歡柯南的。」千鈞撓了撓頭，「拜托，我可什麼也沒說啊，真是的，喜歡柯南，再等十年吧。」
事情有些出乎意料了，「什麼？花井小姐，你說直子被綁架了，有沒有搞錯啊？」千鈞從花井這里得到了非常雷人的消息，靜楊和小雅也大驚失色，旁邊直子的父親武居勝彥臉色也很不好看。花井點頭，「嗯，我們還接到了綁匪的電話，要求社長親自去送贖金。」千鈞有些疑惑，直子身上佩戴的水之晶石沒有向自己的自然晶石發出危險信號，可以肯定直子現在還沒有危險。回過頭，武居勝彥讓花井先回公司處理事情，綁架的事情他要自己解決。
花井猶豫，勸了幾句就離開。千鈞皺眉，「武居社長，你打算怎麼解決這件事情？5億元可不是個小數目。」武居勝彥冷笑，「當然是馬上報警，不然綁匪萬一拿到錢不放人怎麼辦？」靜楊焦慮，「可是這樣，直子會不會有危險？」小雅也非常緊張，「武居叔叔的話也有道理，不過，要小心點，盡量不要讓綁匪發現，對了，千鈞，你快通知毛利偵探吧，請他幫忙也許會有幫助的。」
隨後，得到消息的目暮警官帶領一批人馬趕來過來。毛利小五郎、小蘭、柯南也都到了，剛剛拿到持槍證的文良也聞訊而來。大家商量一下，決定分頭行動，千鈞、靜楊、小雅伙同高木警官、文良帶著黑閃進行追蹤，希望能提前找到直子。毛利偵探和目暮警官，按照綁匪的要求，跟隨武居社長去交付贖金，希望能一舉擒獲犯人。千鈞提醒大家，「毛利叔叔、目暮警官，對方能綁架武藝高強的直子，絕非易于之輩，不是人數眾多就是手中有槍，大家都要小心些。」只有武居勝彥有些心不在焉，讓柯南有些奇怪。
千鈞他們帶著黑閃搜索的結果非常失敗，對方好像知道了黑閃的弱點，故意經過了市區中心的河流和幾個氣味很大的地方。交付贖金這邊，目暮警官已經在武居勝彥的手機里裝了竊听裝置，並吩咐一群手下千萬小心，務必確保人質安全。目暮警官看著相片上抱著小狗的美麗直子，嘆氣說，「我覺得她不是武居勝彥的女兒。」
旁邊的毛利偵探大有同感，柯南汗。這時候綁匪打來了電話，武居社長要求釋放自己的女兒，自己願意交付贖金。對方開著面包車過來，車上擋著布簾，不過還是讓大家看到了一個被蒙著雙眼的女人。如果千鈞在這里，就會一眼認出這個女子根本不是直子。然而，由于距離太遠，警官們和武居社長都沒有看清楚，下意識地都認為就是直子了，連柯南、小蘭也都沒有覺察異常。
武居社長拿錢下車，不料，綁匪發現了警察在附近，當即宣布交易取消，立即開車逃逸，目暮警官大驚，命令手下隨後追趕。經過一番追逐，直子被綁架時所乘的車子沖出了柵欄，沉在了海里。眾人都大驚失色，目暮警官急忙指揮人進行打撈，小蘭急得眼淚都快掉下來，她跟直子的感情還是非常好的。柯南也是惱怒，萬一直子出了事情怎麼向千鈞交代。
車子打撈上來後，千鈞和高木他們幾個也都回來了，他們也沒有找到直子。等听到直子隨車掉到海里後，千鈞都快要發瘋了，文良拼命抱住他，讓他不要沖動。這時，搜救人員前來報告，車子里面什麼都沒有，當然也沒有尸體，他們懷疑人可能被水流沖走了。靜楊和小雅激動地過來，請搜救隊務必好好找找，因為直子的水性是非常好的，應該還沒有生命危險。千鈞也冷靜下來，也想到了直子佩戴的是水之晶石，如果真的落在水中反而會非常安全。武居勝彥過來，對目暮警官大加斥責，認為警方辜負了他的信任，害得他的女兒出于危險中。
柯南有些疑惑，打開落水的車進行查看，他驚奇發現車子只有車窗損壞了，座位上還有一個錘子。小五郎發現柯南搗亂，過來大加斥責。千鈞好奇，低聲詢問柯南，柯南把自己的疑惑告訴了千鈞，「喂喂，千鈞，你怎麼好像不是很焦急了？剛才還大喊大叫，直子不是你最喜歡的人嗎？」「柯南，我現在不知道直子的確切位置，但我可以肯定她現在應該沒有危險。不明白嗎？小孩子就不懂了，我們這叫心有靈犀，如果她真的有危險了，我馬上會知道的。」柯南一頭黑線，什麼跟什麼嘛。
夕陽西下，大家回到莊重幽雅的武居宅，武居勝彥將警察都趕走了，請毛利小五郎務必幫自己抓獲綁匪。小五郎作出承諾，武居讓秘書花井將一些詳細情況告訴毛利偵探。花井說她跟直子約好一起去看電影，但是沒有等到直子，卻等到了綁匪將電話打到她的手機上，「都是我不好，如果那天不去看電影就好了。」
小雅安慰，「花井姐姐，看電影是我們幾個先商量好的，你不要自責了。」靜楊也補充了他們也沒等到直子的事情，毛利偵探明白了，站起身詢問武居社長有沒有什麼仇人，因為武居社長最擅長的就是並購和放高利貸。柯南暗自稱贊大叔問到點子上了，千鈞苦笑，武居勝彥的仇人只怕海去了。武居社長大怒，用手指指著小五郎吼叫，「我哪記得了那麼多啊，做生意就如同打仗，輸得只能怪自己，你懂不懂啊？」大叔立馬歇菜了，柯南汗，有沒有搞錯，人家一凶就沒膽子了。
隨後，小五郎帶著大家，在花井的陪同下觀看了直子的閨房，看得出來，直子一直把花井當做親姐姐一樣，桌上擺放的照片是花井和直子開心的合影，二人在一起的合照很相配的。床頭上有千鈞和直子摟住一起的親密照片，小蘭看見滿是羨慕。靜楊抱怨自己跟直子這麼多年姐妹，也不見她把自己的照片放在這，小雅好笑，「姐姐，你真是的，在千鈞宅直子的房間里，床頭上不就放著你們兩個非常要好的照片嗎？」
靜楊有些羞赧，千鈞也回憶起往事，「對于直子而言，她的母親從小就過世了。父親又不大關心她，跟她最好的人就是靜楊姐妹、花井，還有我了。」小蘭翻看直子的相冊，第一張是大照片的合影，就是她們五個要好的同班同學合影，小蘭笑起來。柯南好奇過去看，原來是靜楊、直子、小雅、小蘭、園子五個人的合影。
第二天，大家一起到墜海的地方進行查看，因為搜救人員沒有找到直子或者綁匪。不過，幾個女孩都堅信直子一定還活著，這次連園子、雲靈都來了。這時大家看到了花井小姐也站在柵欄的破壞處發呆，大家一起過去詢問。花井有些感傷，「你們大家都很擔心直子吧，可是動用了那麼多人還沒有找到她，她到底在哪里啊？」說完後向大家鞠躬，哭泣著離去了。
柯南和千鈞商量去船只管理處詢問，看看有沒有什麼線索。一位老船長提起，那天他們這些行船人也都幫著警察搜索過，沒有找到任何尸體。不過，有一個人把快艇開得飛快，差點撞到老船長的船。隨後，二人找到了這艘快艇，柯南發現快艇上有潛水的裝置，柯南立即斷定直子與綁匪都活著。
柯南經過思索，明白了綁匪的手法，就是車子里面根本沒有人質，只有犯人自己，當時人質被蒙著眼楮，誰也看不清人質到底是誰。之後犯人開車沖到水中，用錘子擊碎車窗離開，利用早就準備好的快艇和潛水設備，在警方將注意力放在尋找落水的面包車和人質的空隙時間逃走。
千鈞也認可了柯南的推理，有個疑點二人都想不明白，為什麼綁匪沒有帶人質前來，難道他事前有了準備，只是耍警察玩的？他是怎麼提前知道警察來了？文良跑到管理處證實了那條快艇放在那里很久了，主人幾乎很少來過，園子疑惑是不是那位老船長看錯了，雲靈認為不大可能，那些行船人的眼力是非常好的，絕不會弄錯的。
眾人一起隨小蘭回到偵探事務所，小蘭大驚，「等一下，爸爸，為什麼要放棄調查啊？」小五郎惱怒，「我怎麼知道，是他們那方擅自決定，可惡，有錢人都是小氣鬼。現在好了，女兒死了，就更舍不得花錢了。」千鈞大怒，「喂喂，大叔，直子肯定沒有死，對吧，柯南。」小五郎回頭，「你們怎麼知道的？」
二人一時語塞，小蘭、園子、雲靈、靜楊、小雅她們五個女孩也一起大喊，「沒錯，直子一定沒有遇害的。」毛利好笑，「真是的，一群天真的女孩，想想看，那種情況下，車沉到水底，誰還能活下來，不可能的了。」幾個女孩悲傷地奮力爭辯，可都說不到要點上。柯南假裝可愛，「也許她想耍耍名偵探毛利小五郎呢。」千鈞也補充，「拜托了，毛利叔叔，直子她是我女朋友，這次委托費就由我出了，而且是雙倍，怎麼樣？」小五郎一听大喜，「好，哈哈，那就讓名偵探小五郎干到底吧。」
天亮後，大家再次前往武居宅，卻遭到了武居勝彥的拒絕，他堅持女兒已經死了，讓毛利偵探離開。毛利叔叔上前爭辯，武居社長扔給他一個錢袋，說是解約金，讓小五郎立即帶著這群學生離開。不過，武居社長向千鈞單獨表示了歉意。這次，真的惹惱了小五郎，他氣急敗壞地聲稱自己不是為了錢來的，帶著大家轉身離去。出了門之後，叔叔破口大罵，千鈞帶著柯南單獨離開，他們決定獨自展開調查。柯南認為綁匪一定再次與武居社長聯絡了，于是二人再次潛回武居宅。
房間內，花井與武居正在商量，「社長，現在應該怎麼辦？要是不準備好贖金，直子小姐真的會被殺死的。」武居還在猶豫，「這個，直子她還活著嗎？」花井拿出了綁匪寄送來的照片，上面直子被綁著手腳，嘴也被膠帶粘住，戴著紅色的帽子，膝蓋上放著昨天的報紙，上面的日期是，1996年7月21日，發行館是中學館新聞社，平成8年。花井亞希子進行催促，「直子小姐相信社長一定會去救她的，所以她一直在等著。」
武居社長卻舍不得那5億元白白打了水漂，以及他宏偉的並購計劃。花井忍無可忍指責，「錢跟直子小姐到底哪個比較重要？」武居社長無奈，「當然是直子重要些，如果她能嫁入橫野家的話對我的幫助會很大。不過，這筆交易也很重要啊。」花井冷笑，「這次如果不成功，公司就會破產對嗎？但是，公司是無法取代直子小姐生命的，你難道不懂嗎？」
武居大吼，「公司是我好不容易才建立起來的王國，我不可以輕易放棄的。」花井譏諷，「這個王國是吸別人的血養大的……」武居大怒上前打了花井的耳光，「我的生意都是正當行為，沒有違反任何法律。只有懦弱的人才會輸，失敗者只能怪自己不好。」花井的臉色變得嚴厲起來，門外偷听的柯南暗罵這個混賬父親，結果不小心弄出了聲音。
武居和花井急忙出來觀看，千鈞發現不好，抓著柯南飛快逃了出去。到了外面，千鈞嘆氣，「拜托，你小心點好不好，你看現在都被發現了，真是的。你說武居勝彥那個wbd會交付贖金嗎？」柯南搖了搖頭，「我看不會，喂喂，你難道不能出這筆錢嗎？」千鈞苦笑，「那是5億元，不是五百萬，我倒是可以從公司把錢借出來，但是手續太麻煩了，就是銀行也不能一下子給出這麼多錢啊，最快也要2天時間，當然轉賬的話就簡單多了。」
柯南一愣，「是啊，綁匪也應該知道時間不夠，奇怪，他們怎麼知道武居社長手上剛好有5億元現金呢？」千鈞突然想起來，「花井曾經說過武居社長重視的只有金錢，他手上現金的具體數目知道的應該只有……」柯南也回憶起花井的手腕上有白色痕跡，那是游水裝置留下來的。
二人對視一眼大驚，都覺得不太可能。千鈞立即打電話給阿笠博士，請他幫忙調查一下花井的背景，阿笠博士抱怨現在好多東西都還沒有放到網上，查起來有些困難。柯南惱怒，時間有些來不及了，千鈞又打電話給靜楊，詢問花井的一些情況。靜楊有些奇怪，「花井啊，直子曾經告訴過我，花井曾經有個叫做昌作的弟弟在4年前死了，她特別疼愛這個弟弟，所以對柯南這樣的小男孩特別喜愛。對了，花井的父母好像也是因為生意失敗自殺死的，所以花井在這個世上其實已經沒有至親的人了。喂喂，千鈞，你不敢快想辦法去救直子，怎麼還打听花井的事情，都什麼時候還亂想這些事情，混蛋……」千鈞揉著耳朵掛斷了電話，柯南覺得太好笑了。
花井發現武居社長準備的錢，大多數都是用報紙充數的，「你以為他們會上當嗎？」武居低頭，「不要再說了，現在也只能這樣做了。」花井覺得自己已經仁至義盡了，就隨著武居一起坐車出發，前去交付贖金。千鈞開車帶著柯南隨後悄悄跟了上去，並打手機通知由美，讓交通課的人協助暗中注意武居勝彥的汽車去向。柯南已經確定了花井亞希子就是幕後的綁匪，因為只有她知道警察的所有布置，以及武居社長手中的現金數目，她手腕上留著戴潛水手表的印子，也是最好的證明。