過了幾日，有位名叫惠子的女士找上千鈞宅來求助。千鈞只好將其帶到毛利偵探事務所，剛好柯南、小蘭也都在家。惠子女士有些猶豫，畢竟毛利先生是名偵探，自己有些事情不確定，因此只是上門來咨詢的，所以才會找高中生偵探工藤新一解決問題。柯南急忙說，「惠子小姐，你還是把事情跟毛利叔叔簡單說一下吧，說不定能幫到你。」惠子點頭，解釋了來意。
最近，不知道為什麼，惠子莫名其妙遭到幾次意外，萬幸都沒有出事。小五郎有些疑惑，仔細詢問起來。惠子說自己前幾天出門差點被卡車撞了，有一次樓上掉東西也差點砸到她，最奇怪的是2天前下雨，她出去買東西回來，附近懸掛的柔道社練習用的負重袋從高處掉下，剛巧她回頭去撿東西，才躲過一劫。類似的事情還有幾起，惠子就非常害怕。小蘭拍手，「惠子小姐，你有沒有去求平安符？」
柯南和千鈞無語了，惠子點頭，「哦，我上個星期就去神社求了平安符，可是回來的路上發生汽車相撞，又差點出事。我不知道是運氣不好，還是怎麼回事，所有想先找偵探咨詢一下。」柯南直覺就是有人想謀害惠子，小五郎詢問她是否與人結仇，惠子搖頭否定，她的丈夫湯田也認為她過于緊張了。柯南鼓動下，小五郎答應馬上開始進行調查，並臨時征用千鈞做司機。
調查了幾件事情後，小五郎也確定這些意外都是有人刻意安排的，有人想要謀害惠子。所以大家一起前往惠子家中，見到了她的丈夫湯田，湯田卻認為毛利偵探是多慮了，態度非常惡劣。從惠子家中離開後，毛利偵探惱怒萬分，決定撒手不管了。千鈞和柯南都急忙勸阻，說名偵探怎麼可以見死不救呢。
小五郎來了精神，動用了昔日警界的人脈調查惠子周邊的人，可是費了幾天的時間，也查不出什麼人有動機謀害惠子。反而這幾天，千鈞一直暗中保護惠子，接連救了惠子數次。千鈞惱怒萬分，他確定有個男子在暗中指揮，讓柯南趕快找出凶手。
為了確保安全，千鈞也打電話給目暮警官，目暮警官接到電話後也很重視，就讓佐藤和高木一起前往保護惠子。隨後，在柯南的提示下，小五郎終于找到了有力線索，湯田偷偷給妻子買了一份巨額的保險，受益人正是湯田本人，湯田自己卻欠下巨額債務。
柯南提出了一個引蛇出洞的辦法，讓警方假裝撤離，由佐藤警官假扮惠子在傍晚出去，湯田果然上當，在他準備采取謀害行動的緊要關頭，小五郎哈哈大笑出現，將湯田的犯罪行動一一揭露。湯田見事情敗露，沖上來反抗，小五郎的柔道功夫可不是白給的，輕松將其摔倒在地。就這樣，湯田被高木警官逮捕，臨走時還大喊遲早要找毛利小五郎報仇。
湯田因謀殺妻子惠子騙取保險金未遂被法庭判處3年徒刑，小五郎破獲這起保險金謀殺案，警視廳給以c級獎勵。本來事情到這里就結束了，然而在某天早晨，千鈞匆匆趕來，將手中一份報紙交給柯南和小蘭觀看，「因名偵探毛利小五郎的推理，而被逮捕的殺人犯湯田，昨天晚上逃出監獄……」小蘭看完這段，大驚失色，「這可怎麼辦，爸爸，我記得那個湯田聲稱要報復你的。」
「什麼怎麼辦？」正在研究賽馬必勝秘籍的毛利小五郎糊里糊涂的說道。「爸爸，湯田可是你親手抓進去的，如果你遭到了報復怎麼辦啊？」毛利小五郎一臉輕松的擺了擺手，「你真是杞人憂天，小蘭，我名偵探毛利小五郎抓進監獄的犯人多去了，也沒見有人敢找我這個名偵探報復的，哈哈。」這時目暮警官也打來電話，叮囑小五郎最近小心些，湯田在監獄里就一直叫囂著要找小五郎報仇。隨後，小蘭氣沖沖的站了起來，「你干什麼都是一副無所謂的樣子，被當成報復對象的可是你啊。爸爸，說不定這次真的會有危險的。」柯南卻尷尬的想到，「如果真要報復的話，貌似是我提醒了叔叔，才把他抓進去的。」
「放心吧，小蘭，他好不容易才逃跑的，所以才不會冒著再次被捕的危險留在東京，現在早就逃到國外去了。」毛利小五郎終于決定好了今天要買什麼馬，「好了，我要去辦案了！」說著就要走。小蘭突然說道，「等一下，爸爸，我也要一起去。」「你去干什麼啊？」毛利小五郎無奈的問道。「當然是保護老爸你了，走吧，柯南，我們一起去！我們要當老爸的保鏢！千鈞，麻煩你幫幫忙，給我們當司機，這樣安全一些。」千鈞和柯南對視一眼只好點頭，小蘭嘿哈的對著空氣比劃了幾拳，「那個湯田敢來，就要他好看。」
小五郎說是要出去辦案，其實還是去賭馬，大家都是滿頭黑線。在賽馬場，毛利小五郎的運氣顯然不怎麼樣，一臉難過的看著自己買的馬都在後面晃悠，而小蘭則四處觀看，「要來就來吧，看我不打扁你！」無聊閑逛的千鈞突然發現有人盯著這里，回頭一看，一個一身青色衣服的家伙拿著望遠鏡在看著這里，結果看到千鈞回頭，急急忙忙的跑掉了。去買果汁回來的柯南也看到了那個家伙，「他在觀察我們，從體型上看也許就時湯田，我們要小心一點。」柯南低聲分析。千鈞也皺眉，「這個家伙認識我們啊，現在變得非常機警了。」
輸了個精光的毛利小五郎垂頭喪氣的從馬場里走了出來，「看來幸運女神今天不在我這里。柯南，都是你害得我的幸運跑掉了。」小蘭看不下去埋怨爸爸幾句，大家準備通過過街天橋往回走。這時，從橋上面搖搖晃晃的走下來一個一身紫色衣服的短發大美女，毛利小五郎雙眼放出狼一般的光芒，顯然看到這個美女的裙下風光，「難道幸運女神回來了嗎？」這個女子看到小五郎，忍不住走過來，結果一下子摔下來，千鈞反應極快，將毛利偵探向前一推，拉著柯南和小蘭閃到一邊。
那位美女直接跌倒在小五郎懷里，剛好來個溫香滿懷，但是幸運女神顯然擺了小五郎一道，二人一起滾到在地，來了次身體上的親密接觸。小五郎依依不舍地將這位美女扶起來，見她雙眼散淡無光，顯然受到了什麼打擊，柯南發現美女的肌肉與眾不同，千鈞卻稱贊這個女子的身材超級棒，小蘭生氣給了二人各自一拳。
于是眾人急忙將這個美女送到了附近的醫院，醫生給她做了詳細的檢查之後，對毛利小五郎說道，「這位小姐並沒有受到嚴重傷害，只是頭部受到了撞擊，還有一個問題就是，這位患者只記得自己的名字叫做真夜，其他的都不記得了，應該是得了輕微健忘癥，恢復的概率還是很大的，只不過時間上就不好說了。」千鈞道，「原來如此，這跟小雅當年出車禍失去記憶的情況很相似的，不過，這個小姐的情況看起來要好多了。」小蘭眼里都是同情，毛利小五郎豪氣沖天的說道，「就讓我名偵探毛利小五郎來讓真夜小姐的記憶力恢復好了。」柯南汗，「拜托，這和偵探有關系嗎？」
毛利小五郎抱著一大堆水果和鮮花來到了真夜的病房，一臉笑容的說道，「真夜小姐，感覺怎麼樣？我叫毛利小五郎，名偵探毛利小五郎。」真夜一臉茫然的看著毛利小五郎說道，「你是偵探？」毛利小五郎坐在了一旁的凳子上，「沒錯，真夜小姐，不用擔心，你好好想一想，你是在什麼地方是去記憶的？」
「我想在真夜姐姐當時的那種情況下，是不可能從太遠的地方過來那里的。」柯南分析道，「那麼就一定是在這個附近喪失記憶的對吧。」真夜依舊一臉茫然，小蘭忍不住問道，「難道你什麼事情都想不起來了嗎？」真夜點了點頭。「那個真夜姐姐，你好像有在鍛煉身體哦，或許你是從體育館回家的途中出現了什麼問題的。」柯南看著真夜身上凌厲的肌肉說道。千鈞也補充，「真夜小姐，你應該是在修煉一種厲害的武道吧，而且絕對是專業級的。」
隨後柯南看著她手上，低頭思索，「在食指末端有傷痕，食指末端會受傷的是什麼人？是干什麼工作的呢？」柯南詢問，「真夜姐姐，你是做金屬弦線方面的工作的嗎？你的手上有被弦弄傷的痕跡哦。」真夜看了看自己的手，下意識的收緊，一頭冷汗的說道，「我……」，這時在真夜的腦海中突然出現了一條金屬絲的影像，隨之就是劇烈的疼痛，「我的頭好痛，我什麼都想不起來了。啊，救救我。」結果就趴在了毛利小五郎的懷里。
看著在自己懷里的真夜，毛利小五郎的手不停地模索著，口水都要流出來了，「放心吧，真夜小姐，交給我好了，我會一直保護你的，哈哈，好運似乎又回來了。」旁邊的小蘭已經握緊了拳頭，「爸爸，你別太過分了，竟然趁機佔人家便宜。」
回到了偵探事務所之後，小蘭好奇，「爸爸，真的可以把真夜小姐的記憶喚醒嗎？」毛利小五郎搖了搖頭，「現在為止，還完全沒有恢復的跡象，真是的。」柯南指著桌子上的一堆東西，「這些全都是從醫院借回來的真夜姐姐的東西嗎？」毛利小五郎點了點頭，「就這些了。」柯南拿起一張拼圖，還有殘破的書頁一張仔細的端詳了起來，「書頁上的內容是聖經。」柯南通過聖經的馬太福音，很快找出了線索，真夜小姐一定住在三星級以上的飯店。
毛利小五郎認可了這個推理，眾人去醫院將真夜接了出來。真夜非常信賴小五郎，也想知道自己到底是出來做什麼的，小五郎擺個姿勢表示包在自己身上，真夜滿眼都是星星，覺得叔叔帥呆了。千鈞開車帶著大家去各個飯店進行比對，結果在跑了11家三星級以上的酒店之後，終于在一家酒店的門口有一個服務生對著真夜打了一聲招呼，得知了真夜就在這家酒店，而且知道了她的全名是橘真夜。
眾人找到了真夜的房間，一行人直接沖向了那個房間。來到了那個房間之後，毛利小五郎走到了電話旁，拿起桌子上的那本聖經，和手中的殘片比對了起來，「真是太好了，果然是這個房間。」「那麼我們就在這間房子里找找吧，看看能不能找到關于真夜小姐身份的東西，」結果柯南打開了真夜小姐的一個包包，發現里面全是女性內衣，頓時滿臉通紅。小蘭急忙跑了過來，「這些都是女人的東西，你們不方便，我來看好了。」
柯南尷尬的點了點頭，千鈞低聲笑道，「柯南，小蘭還真會裝，平時她的內衣你沒少看過吧，好像她換衣服從來不避著你吧。」柯南臉紅，急忙示意千鈞不要亂嚷嚷。翻找了一會後，小蘭搖了搖頭，「沒有任何東西可以辨認出真夜小姐的身份。」柯南轉過頭問真夜，「真夜姐姐，你想到了什麼了嗎？」真夜也是沮喪的搖了搖頭，毛利小五郎捏著下巴說道，「這下子可傷腦筋了，登記在櫃台的地址還有電話號碼全都是假的，但是真夜住在這個房間確實事實，真是奇怪了。」
看著熟悉的房間，不斷的回想的真夜突然抱住頭大叫頭痛，拉開門就跑了出去，眾人急忙追到了外面，廣場上一輛車直直的沖向了毛利小五郎和橘真夜。橘真夜反應非常敏捷，立即抱起毛利小五郎滾了出去躲開了那輛車，隨後還放低身子擺出了防御姿勢。小蘭也跑了過來攙扶起了毛利小五郎，「這到底是怎麼回事啊？」毛利小五郎一臉明白的說道，「真夜，我知道了，那輛車肯定是沖著你來的，你一定是因為被人攻擊了，才失去了記憶。」千鈞則記下了車牌後，打電話找由美幫忙尋找，可是由美很快回話，那輛車的車牌號是假的。
柯南根據所掌握的資料猜測到，「也許真夜也是因為這一場車禍才暫時的喪失了記憶。」于是大家就帶著真夜來到了一起車禍現場，看著車禍現場，真夜喃喃的說道，「巴士、卡車相撞。」突然她的腦海中想起了那個畫面。「沒錯，就是這樣，我想起來了。我就是在這里下車的。」「真是太棒了，柯南。」小蘭對柯南大加贊揚。
毛利小五郎決定帶著真夜再次坐上這趟巴士，看看她能不能想起什麼。隨著巴士不斷的繞著城市行駛，真夜突然站了起來，看著一個建築物說道，「我就是在那里下車的！」下車之後真夜盯著這個建築物發呆，柯南撓了撓頭，「不如我們走走看看吧，也許還能想起什麼呢？」大家走過一棟廢棄大廈前，鋼筋從天而降，「危險！」
千鈞急忙拉住柯南抵住小蘭飛速後退，橘真夜一把推開小五郎，靈巧地跳躍躲了過去，還順手從脖子上取下鋼絲項鏈，用凌厲的目光盯著高處，那里有個淡淡的人影。憤怒的毛利小五郎大吼著要抓到他，直接沖了上去，柯南也跟著追了過去。由于二人跑得太猛，都面臨著從樓頂上掉下去的危險局面，一起驚叫起來，飛速趕到的千鈞伸手拉住柯南，隨後趕來的橘真夜拼命拽著毛利，這才化險為夷。小蘭忍不住抱怨他們兩個太心急了，掉下去就沒命了。千鈞感嘆，「真夜小姐，你對毛利叔叔可真好啊，又一次救了他。」
橘真夜臉色發紅，眼光含淚，「從來沒有人對我這麼好過，毛利先生是第一個真正關心我的人。」小五郎咳嗽一聲，上前攬住橘真夜低聲安慰起來，真夜將頭靠在叔叔肩上抽泣。小蘭感覺二人的情緒不對，氣呼呼地在旁邊提示，自己的爸爸是有妻子的，不過顯然他們都裝作沒听見。千鈞和柯南苦笑，事情有些超過控制了。
根據橘真夜的回憶，大家一起來到一家餐館，這個搞笑的名字竟然是「最後的晚餐」，這里就是橘真夜跟人見面的地點。出乎意料的是，這里竟然是職業殺手接受任務的地方，而這次來的委托人就是湯田。湯田在里面，惱怒沖著橘真夜大吼，「八嘎，你這個殺手是怎麼做事情的？收了我的錢竟然去保護我要殺的對象？幸好我發現不對，買了把槍，看來只有自己才最可靠。」所有人都恍然大悟，橘真夜也恢復了記憶，這時候湯田手中的槍響了。
千鈞護住柯南，推開了小蘭。橘真夜卻出人意料地替小五郎擋了一槍，鮮血從她的身前流出來，她咬牙擲出了鋼絲項鏈，套住了湯田的脖頸，將其吊在房屋的橫梁上，湯田悲慘的大叫，槍也掉在地上。小五郎大吼，「真夜，快放手，不要殺人啊。」真夜看了小五郎一眼有些猶豫，「毛利，就是他要殺你的，讓我替你殺掉他吧，以後就不會有麻煩了。」柯南大驚之下踢了個棒球過去想要阻止橘真夜，卻被真夜側身輕易躲過去了，柯南大吼，「千鈞，快阻止她。小蘭，快去報警，叫救護車。」
千鈞卻在尋思，借橘真夜的手殺死湯田也是個不錯的選擇，因此行動有些遲緩。小五郎走過去，將真夜抱住，「無論怎樣，也不能隨意將人殺死，殺死這樣的人渣會弄髒你的手的，不要隨意剝奪人的生命。听我的話，把他交給警察，你現在必須馬上去醫院。」真夜急促的喘息著，隨後點頭，松手將湯田放了下來，千鈞還以為湯田沒救了呢，無奈只好上去將倒在地上大口喘氣的湯田捆綁起來。
很快湯田就被趕來的警察帶走了，小五郎抱住橘真夜上了救護車，橘真夜眼光散亂，緊緊抓住叔叔的手，已經說不出話來，小五郎拼命喊叫，「真夜，你不要放棄，振作一點。」千鈞一看不好，急忙過去悄悄輸入了一點生命原力。等到了醫院，大家都等在手術室門外，小五郎不停地踱步，小蘭也為橘真夜擔心起來。柯南低著頭懊惱，「可惡，我早就應該推理出事情的真相的，到了那個最後的晚餐餐館才明白。」
千鈞安慰，「好了，柯南。你又不是神仙，放心吧，橘真夜小姐不會有生命危險的，我向你保證。」柯南惱怒，「切，你就會說大話，剛才在餐館，你為什麼不阻止真夜殺湯田，以你的能力沒有問題的。」千鈞雙手齊搖，「我可是顧慮到你和小蘭的安全啊，這個橘真夜完全是職業殺手，多殺一個少殺一個有區別嗎？反正湯田這個混蛋也該死，他差點殺死毛利叔叔。真夜就算不殺湯田，也會被法庭判處死刑或者終身監禁吧。上次我為了救廣田雅美，殺死沖田，你也沒那麼多意見啊。」
柯南無語了，「真是的，那次情況緊急，你是為了救人沒有辦法，這次不一樣啊。無論如何不到萬不得已不要隨便決定人的生死，每個人的生命都是寶貴的。」千鈞拍著柯南的肩頭，表示自己明白了，以後會注意的。
不出千鈞所料，橘真夜在手術後月兌離了生命危險，小五郎大為欣喜。在真夜清醒過來後，警方也派人前來詢問，真夜抓著小五郎的手說︰「毛利先生，你恐怕不會相信吧，我這次是第一次出來接任務，沒想到就發生了烏龍事件，說起來真是好笑，老天爺還真會捉弄人。」毛利小五郎听到後大為高興，「真夜，你這個美女殺手可真夠丟人的，沒有殺死目標，反而把雇主給擒獲了。」橘真夜也臉紅笑起來，「是啊，我還愛上了被殺的目標，一個不著調的大叔。哎，小五郎，你真的是名偵探嗎？」小五郎立即尷尬地大笑起來，覺得這次應該感謝一下湯田了。
目暮警官和毛利偵探商量過後，決定不在立案起訴橘真夜，實際上她還沒有開始殺人，至于她對湯田的攻擊可以當做是正當防衛，因為湯田的子彈差點要了她的性命。橘真夜托小五郎將湯田的委托費還給了湯田的妻子惠子，辦完這件事情後，小五郎認為幸運之神又回來了，決定去賭馬……
尾聲，湯田因為越獄潛逃，再次行凶傷人，被法庭加重判處20年徒刑，惠子也正式與湯田離婚。目暮警官幫忙完成了橘真夜的全新檔案，並且留在警署備案，毛利小五郎成為她的擔保人，保證橘真夜不會再繼續殺手生涯，當然，這次警視廳就不再給毛利任何獎勵。由于橘真夜身體素質極好，不久後就傷愈出院，暫時住在毛利家里。
小五郎自然是樂得其所，橘真夜也是曲意逢迎，二人眼看就要**攪在一起，小蘭自然心急火燎，偏偏妃英理接了個難纏的官司到外地調查取證去了。于是小蘭听從了柯南的建議，打電話給千鈞，威逼千鈞想辦法把橘真夜弄走，順便給她找份工作。千鈞大恨，一定是柯南給自己找麻煩，不過他也擔心妃英理阿姨回來後發飆就不得了了。
剛巧，旗本夏江曾經說過想找個女保鏢，這個橘真夜身手可相當厲害。于是，經過千鈞從中牽線，橘真夜順利成為旗本夏江的貼身保鏢，隨後就依依不舍地從毛利家搬了出去。千鈞、柯南、小蘭也都松了口氣，就連毛利雖然有點舍不得，也感覺大為輕松，他骨子里還是懼怕自己的老婆回來找自己算賬的。當然小五郎心里真正愛的還是英理，歸，他可不想鬧到離婚這一步，有些底線小五郎還是知道遵守的。