飛逝的秒針，流動的水星，現代社會人心荒蕪疲憊，柯南的推理是一劑良藥。千尋再次來東京游玩，真實的目的是敷島探險，傳說中的幽靈船龍神號在風雨交加的夜晚突然出現，引起了她的極大好奇。曉月氣哼哼地批評千尋是無事生非，不過，在她的聖士動畫中，也有一集是幽靈船故事的，所以也想去看看到底怎麼回事。靜楊、小雅、直子三女對這種靈異的事情，多少有些膽怯，就決定不去了。千鈞只好獨自陪兩位妹妹前往敷島游玩。
龍神號是在7年前台風來臨之際遇難的，傳說這艘船上有價值十億日元的金塊，它的再次出現引起了很大的轟動。但讓敷島村長失望的是，船上沒有找到任何金子。大家都懷疑是幽靈船、水軍作祟，村長根本不信。
在出發當日，千鈞兄妹在船上巧遇毛利三人組，他們也要去敷島。原來，毛利小五郎被邀請去演講，隨行的還有電視台的人，顯然，小蘭還不知道幽靈船和水軍作祟的事情，否則她肯定會害怕。輪船快速航行，大家在甲板上觀看海景，兩位美麗的少女千尋和曉月指著遠方，低身討論著。敷島的接應人員是助役木下五郎，今年53歲了，戴著眼鏡，給人一種陰沉的感覺，告知大家，「再有3個小時，就到敷島了。這次毛利先生能答應為我們演講，大老遠跑到這個偏僻的地方來，真不知如何感謝才好……」小五郎哈哈大笑，「沒什麼了，不過，你們那里還真遠啊！」
小蘭見老爸出丑，從後面掐了他一下，小五郎大叫好痛。千鈞低聲道，「這個木下感覺怪怪的！」柯南哼了一聲，「我覺得他很正常，是典型的日本人！」千尋和曉月圍繞著海景的作圖激烈爭吵著，千鈞苦笑，「我就知道她們會這樣。」柯南大喊，「木下伯伯，傳說的龍神號又被發現了對不對？」這下也引起了千尋和曉月注意，二人停止了吵鬧。木下五郎肯定，「沒錯，島上的居民都說是幽靈船，還引起了一場騷動呢。」
曉月詢問，「可是听說到最後也沒有找到那些金塊。」木下苦笑，「其實，沒有人知道以前上面到底有沒有金塊，這些都叫人懷疑。老實說，光這艘船，就足夠村子改善經濟了，我們村長為了這個也很高興。」千尋好笑，「是靠著幽靈船的炒作，振興了你們村子吧！」木下笑道，「還不止這樣，我們還邀請了不少名人到島上參觀，也是振興村子的重要一環。」毛利大喜，「想不到我毛利小五郎已經聲名遠播了。」木下五郎恭維，「那是當然了，一提到名偵探毛利小五郎的名字，我相信全國都……」
听到毛利大叔的名字，旁邊戴墨鏡的男子大驚，手中的望遠鏡跌落在甲板上。隨後，男子撿起望遠鏡回船艙去了。千鈞詢問這家伙是誰，木下說此人是東京東都旅行社的職員，因為幽靈船騷動的關系，他們的旅行團希望以這個為賣點來這里旅游。輪船駛抵敷島，敷島綠野成林，美麗閃爍，村民在碼頭熱烈歡迎前來的游客。大家走下船去，看見歡迎的人群非常熱情，高舉著歡迎名偵探毛利小五郎的橫幅，不少美貌的女子高聲尖叫著小五郎的名字，為首的居然是2個高中女生。
小五郎大笑，「大家這麼熱烈歡迎我啊！」毛利偵探整理一下衣服，酷酷地走過去，大家跟在後面，村長三上武男，今年50歲，是個胖胖的日本男子，熱情地走過來跟小五郎握手，「毛利偵探，長途勞頓，你一定很累了吧？」然後村長進行了自我介紹，「您能夠來到這個地方，我真是太感激了。」小五郎隨口謙虛著，旁邊走出一個極其可愛的小女孩，梳著朝天辮，「這個不怎麼樣的叔叔，真的那麼有名嗎？」大家都是一愣，女孩有些失望，「我一听說名偵探要來，還以為是個長得比較帥的叔叔呢！」
小五郎大怒，「你說什麼，你這個可惡的小鬼！」三上村長急忙斥責，原來這個小女孩是他的女兒三上鈴，「這樣對爸爸的客人太失禮了！」小五郎立即見風使舵，模著女孩的頭，「原來是令愛啊，簡直太可愛了！」千鈞好笑，「大叔的這項本事可夠厲害的，變臉的速度世界第一！」大家都有同感，三上鈴沒有搭理小五郎，直接閃避走過去，小五郎當場摔倒在地，大家都笑起來。三上鈴稱贊，「這三位姐姐都好漂亮啊！」小蘭、曉月、千尋也上前，贊揚三上鈴的活潑美麗，三上鈴非常開心，看到千鈞有些疑惑，「咦，原來真的有怪叔叔啊！」
千鈞火大，「什麼？怪叔叔？我有那麼老嗎？」曉月和千尋都放肆地笑起來，「笨蛋哥哥，你這是第幾次被孩子稱為怪叔叔了？」「不知道的人，還以為你是蘿莉控呢！」千鈞郁悶無比，三上鈴看見柯南，驚喜萬分，仿佛發現了新大陸一樣，問起柯南的名字，柯南隨口回答「江戶川柯南」。三上鈴皺眉，「好奇怪的名字啊！東京現在流行這個樣子的名字嗎？」柯南哼了一聲，「要你管！」三上鈴對柯南很有好感，「隨便啦，我叫三上鈴，看樣子我比你大，你要叫我姐姐啊！」
美麗活潑的三上鈴，與柯南同歲，但是比柯南還高，早熟的小美女，誤以為自己比柯南年齡大。三上鈴摟住柯南的胳膊，「現在流行跟比自己小的人交往嘛！」柯南露出無奈，千鈞打趣，「你還真的受美女歡迎啊，哈哈……」說笑之際，墨鏡男走過來，木下五郎上前介紹，墨鏡男打斷他的話，自我介紹是東都旅行社的上原康夫，今年44歲。三上武男對旅行社的人也是很熱情，希望能招攬到更多的客人。上原直接問，「幽靈船在什麼地方？」
三上村長帶大家去一間廢棄的倉庫，參觀破破爛爛的幽靈船龍神號。三上還沒有來得及介紹，上原康夫就直接通過船梯走上去，「我自己到處看看，還比較快。」千鈞和柯南等人也走到船身附近觀察，柯南看著船底，「這艘船已經沉沒在海底好幾年了，但是除了船底外，都沒有長出鐵銹。」千尋對船只很有研究，點頭，「是有些奇怪，除非這船被密封在某個地方……」小五郎冷笑，「笨蛋，就是因為這樣才叫幽靈船啊！」大家都搖頭，「未免太不科學了！」
千鈞突然感覺有人在遠處偷窺，回頭向遠處望去。在高處，有個猥褻男子正拿著望遠鏡觀察他們。此人是敷島燈塔職員，名叫 田幸二，42歲。千尋和曉月很快就從漁民嘴里，知道了這個人的基本情況。等到了吃飯時間，三上村長準備了豐盛的晚宴招待毛利一行人，還拿出了一瓶酒，「來吧，毛利先生，距離演講還有一點點的時間。我們來……」小五郎大喜，遞過杯子，「那就謝謝你了。」隨後，毛利開始暢飲，稱贊這酒不錯。
小蘭、曉月、千尋對著豐盛的菜肴評頭論足，稱贊著菜很好吃。千鈞和柯南抓緊時間消滅美味的食物。蒸土壺受到了3個女孩的一致好評，柯南也深有同感。蒸土壺又叫土瓶蒸，常以泥土而制的茶壺茶碗盛裝，稱為「土瓶」；又因為蒸制而出，謂為「土瓶蒸」。跟中國南方的瓦罐蒸湯一樣道理，都是小盅慢蒸，完全釋放出湯中食材的味道。日式土瓶蒸屬于清湯類，主要以魚類、貝類為主料，湯味清淡，又極富營養。
三上武男突然開口，「毛利先生，在演講完後，我有些事情，要借你的智慧一用。」小五郎有些微醉，腦子還很清楚，「你想讓我幫你找到龍神號的沉沒地點，對不對？」三上村長撫額大笑，「果然是名偵探，依我看，龍神號就沉沒在敷島周圍，只要知道那個地點的話，那些失蹤的金塊一定能找到。」毛利偵探提醒，「那些金塊就算找到了，應該也不歸你所有。因為那些無主之物，會被收歸國有的。」村長也知道這點，按照國家法律規定，找回的金塊可以給村子一成，「所以這件事情就拜托你了，毛利先生！」
小五郎搖頭，「不行，我拒絕！我是名偵探，怎麼可以做這種尋寶工作！」千鈞和柯南都是一愣，「大叔這次難得這麼有骨氣啊！」三上村長露出狐狸般的笑容，「如果您的報酬是這個小島獲利的十分之一，那怎麼樣？」毛利立即改變了態度，「我十分樂意，來，干杯！」三上村長松了口氣，「這樣就太感謝了，那就拜托了！」柯南無語了，大叔還是沒有變啊，小蘭她們也都搖頭。三上村長讓木下五郎詳細解釋一下具體情況。
7年前的一個台風夜，在距離小島1公里的海岸上，龍神號因為船身出了問題，不斷發出求救信號，但就在村民們出海救援時，求救信號突然中斷了。第二天早上，在海岸邊發現了船主的遺體。木下五郎嘆氣，「就這樣，不要說什麼金塊了，我們連一個漂流物都沒有發現。」毛利偵探詢問金塊的主人是誰？木下說就是那位死去的船主。船主因為逃稅，眼看就要被逮捕，就把所有財產換成了金塊。那個台風夜，他本來計劃逃到國外的。小五郎弄明白了事情的原委，大包大攬，「我知道了，沒問題。我名偵探毛利小五郎一定會把金塊找出來的。」三上村長十分高興，「那就請毛利先生多幫忙了。」
大叔準備到村民公館去演講，曉月和千尋去外面欣賞海島風景，順便寫生。柯南和千鈞來到公館外，千鈞感覺到島的另一側有強大的金系力量波動，讓他非常好奇。柯南有些擔心，「大叔演講會不會有問題？弄到最後，不會讓我們一起丟臉吧？」千鈞笑道，「放心吧，大叔破案子不行，演講絕對沒問題。他的口才你應該知道的。」柯南卻發現公館後面掛著牌子，上面寫著水軍資料館。二人推門進來，里面沒人，都是些海軍用的舊東西，比如船體模型，錨之類的物品。中央有一具坐立式的盔甲，柯南判斷出是將軍的盔甲。
木下五郎突然出現，柯南假裝可愛，「這里有好多奇奇怪怪的東西啊！」木下五郎說這些都是敷島寶貴的文化遺產，他指著一幅海戰圖，說起當年的歷史。大約在400多年前，在一場戰斗中敗北的水軍，逃到這個小島上來。但是島上的居民，卻因為敵軍懸賞重金要他們的首級而迷昏了雙眼，對受傷的水軍進行了攻擊。木下指著最後的洞穴激戰圖，「他們最後逃到小島側面的這個洞穴里，但最終依然是全軍覆沒。從那以後島上就接連有不祥的事情發生……」柯南有點明白了，「因為水軍作祟吧！」木下點頭，「所以我們在洞穴里安了神位，希望能安撫那些水軍的靈魂。」
柯南好笑，「可這些都只是迷信吧！」木下搖頭，「不，不全是。現在已經不完全是迷信了。」千尋和曉月也走進來，她們從村民那里，也得到了不少類似的消息。原來，在洞穴附近的森林里，有不少人看見穿著盔甲的水軍幽靈出現，而且還有人听到水軍洞穴里，不時傳出叫人不寒而栗的哀嚎。木下五郎補充，在5年前，突然有一群研究水軍的大學教授帶著一群學生，來到敷島做研究，他們沒有事先詢問島上的居民，就直接到水軍洞穴里面去做調查。但就在兩三天後的晚上，村民看到穿著盔甲的水軍將軍現身，村民們驚慌失措地四處逃竄。雖然，村民們沒有去確認，但從那天晚上之後，那些教授和學生再沒有任何消息了。所以島上現在根本沒有人敢接近那個洞穴。
三上鈴氣呼呼走過來，「到現在還相信那些事情，難怪被人家笑死了！」三上鈴卻說，父親提到過，教授們去洞穴做過調查，可是完全沒有發現，所以沒幾天就全部回去了。千鈞搖頭，三上村長又在撒謊哄騙女兒，那些水軍教授肯定被什麼人干掉了。三上鈴突然沖過來，拉住柯南，「跟我走吧，我帶你到個好玩的地方去。」柯南大叫，「喂，等一下……」就被三上鈴拽跑了。木下、千鈞都露出笑容，兩個孩子還是很投緣的。千鈞隨口問，「木下先生，那個洞穴在什麼位置？」木下有些疑惑，千鈞表示自己只是好奇罷了。木下點頭，告知了千鈞大致的方位。千鈞露出笑容，果然是金系力量的所在方向，那些水軍教授一定被殺人滅口了。
三上鈴帶著柯南走向外面，柯南頭疼，「喂喂，我們要去哪里呢？」三上鈴笑了，「我帶你溜到舞台的後面看看，那可是特別來賓的貴賓席。」二人走到門口，發現有人開門，急忙躲起來， 田幸二張望著從里面走出來。三上鈴見他走遠，「嚇了我一跳，原來是他。」柯南問起 田的情況，三上鈴說 田是燈塔的守衛，一個很奇怪的人，平常都不跟島上的人來往，還常常到水軍洞穴去，不知道在里面做什麼。
千鈞從遠處走過來，剛好看見 田幸二和上原康夫踫面，就躲在一側偷听。上原摘下墨鏡，「青木，好久不見了，我可是永遠不會忘記，你這張臉！」 田大驚，「我不知道你在說什麼……我只是個燈塔守衛。」上原大怒，揪住了 田，用手撩開他的劉海，看到了他的遮擋的右眼，也吃了一驚。 田生氣，推開上原，「我不是說你認錯人了嗎？快點放開我！」看著離去的 田，上原冷笑，「就算你化成灰，我都認得你，青木！」
演講時間到了，千鈞、曉月、千尋、小蘭、柯南、三上鈴一起進入演講會場，木下五郎介紹完名偵探的事跡，請毛利小五郎隆重出場。小五郎搖搖晃晃從里面走出來，小蘭擔心不已，「爸爸，醉成那個樣子，不會有事吧？」大家都有些擔憂，千鈞隨口安慰著，毛利在走到主席台前時摔倒在地，大家都汗，小蘭撫額，「太難看了！」木下五郎也擦汗，「看樣子我們的名偵探也會怯場，呵呵……」小五郎跌跌撞撞爬到主席台桌子上，木下急忙宣布，「為了紀念毛利先生光臨本島，我們就請他為我們拉彩球吧！」毛利看著左手邊的彩球線，「奇怪，怎麼有2根線呢？」伸手撈了一把，沒抓住。曉月苦笑，「大叔真的喝太多了！」千尋也笑道，「明明只有一根，居然……」小蘭覺得尷尬死了。
千鈞抬頭看著氣球，感覺有些不對勁。柯南嘆氣後，也聞到了奇怪的氣味，那個是汽油！小五郎經過努力後抓住了彩線，柯南大叫，「糟了！」毛利將氣球拽動，千鈞大急，抓起身邊的椅子扔了過去，將氣球擊偏，氣球落在毛利偵探不遠處，燃起大火。小五郎驚慌失措連滾帶爬逃離，臀部卻被火燒著了，「燙死我了！」台下的人都驚叫著站起來，千鈞和小蘭他們也都沖過去。小五郎爬在地上哀嚎，小蘭急忙用滅火器滅掉了大叔上的火。千鈞和幾位負責安保的村民，用滅火器將火逐漸滅掉。
台下有人大喊，「水軍又開始作祟了！」不少人感到害怕，逃離會場。三上村長很是惱火，「大家別慌啊！」柯南檢查了殘留物，找到引火裝置，原來只要有人拉動彩帶，火就會點著。舞台上，小五郎以難看的姿勢爬在地上，撅著。柯南皺眉，「對方的目標居然是大叔！這麼說，最可疑的人就是……」千鈞接話，「燈塔守衛 田幸二。」柯南點頭，「還有那個跟 田爭吵的上原康夫。」千鈞思索，「也許村民中也有人可能這麼做，比如那個木下五郎……」柯南道，「這件事會跟幽靈船有什麼關系呢？」「也許有人不想大叔查出金塊的下落吧！」
晚上，休息房間，大叔不雅地爬在床上，臀部上方放著藥物，「村長，這是怎麼回事？你們好說歹說請我到這里來，今天就差點送命了！」三上武男鞠躬道歉，「發生這種事情非常抱歉，想不到讓毛利先生卷入這樣的意外，請您原諒。」千鈞大怒，「什麼意外？這明明是有人蓄意安排所設下的裝置！」三上村長堅持，「不是的，那是因為我們放置的時候，不小心放在汽油桶里，加上漏電才會導致的意外。」曉月見他睜著眼說瞎話，大為惱火，「可是……」三上武男的臉色立即變了，「我已經做了解釋了，絕對不會錯的！」
毛利偵探為人處世的經驗遠比千鈞他們豐富，冷笑道，「你是不是有什麼原因？不願意讓警方接手這件事情？是不是就算找到金塊也不打算交給政府？要是上面派警察來查案的話，那你的計劃就徹底泡湯了！」三上村長被說中心事，「毛利先生，你只需要安心靜養，把那些金塊的位置找到就行了。」毛利大怒，「你說什麼？」三上站起身來，威脅道，「丑話說在前面，你們要是不听我的，我不保證幾位平安離開這里。」千鈞哈哈大笑，「你在威脅我們？真是好笑，居然有人敢威脅平成年代的華森……」