小五郎也大叫，「我不吃這一套！」三上村長走向外面，顯然他沒有听過千鈞的名聲，「聯絡船要是沒有我的許可，是不可能發船的。我看今天晚上，你們好好考慮一下，哈哈……」三上離開後，毛利偵探非常氣惱，「可惡！」小蘭有些緊張，「看樣子我們好像到了一個不講理的地方了。」曉月哼了一聲，「在海上，沒有人不講理能超過海軍部那些家伙，對嗎，千尋？」千尋露出狐狸一般笑容，「爺爺昔日手下的那些海上自衛隊的朋友們，最喜歡干的事情，就是無故拘押船只，不听話的島嶼片板不讓下海。」柯南立即明白了，「喂喂，你們不會打算找……」千鈞大笑，「這就叫惡人自有惡人磨！這個村長明顯不安好心，他要敢鼓動村民襲擊我們，我就把他寶貝女兒抓來做人質。」
千鈞起身離開，說要去做些準備工作，「我可不想大家步上水軍教授的後塵。」千尋用手機打通了爺爺的電話，千水一木問清了島嶼的所在，「好了，你就等好消息吧，海軍自衛隊的人早就想找點刺激了！到時候，我讓他們順道把你們接回去。」曉月猶豫了一下，覺得還是不要通知目暮警官他們了，警察系統和海上自衛隊系統畢竟相差較大，萬一鬧出矛盾就不好了。
說話之際，木下五郎推門進來，「真對不起，我們村長之所以急著想把金塊找出來，完全是希望把小島變成觀光勝地。」曉月冷笑，「觀光勝地和金塊完全是兩碼事，村長根本是想獨吞。」小五郎忽地站起來，「真是受不了了！」木下五郎急忙道，「請你們放心好了，我明天就安排船只把幾位送回本土去。不瞞幾位，小型的漁船我還是可以安排到的。」小蘭大喜，她早就不想在這個有水軍作祟的敷島待下去了，「太好了！」毛利偵探拒絕，「不行，我現在還不能走……」小蘭急忙勸解，木下也道，「毛利先生，你不要這麼說，要是再待在這里，你說不定會發生危險的。」
小五郎生氣，「我要是這麼走了的話，那我天下聞名的偵探毛利小五郎的名字往哪里擺？」柯南大叫，「說的好，叔叔！」木下五郎失望地離開了。柯南急忙追出去，詢問 田的情況，木下說 田原本不是小島上的人，是在龍神號事件之後，就突然出現在島上，聲稱想找個工作，那個時候燈塔守衛的工作剛好沒人做，他就留了下來。木下疑惑，「小弟弟， 田有什麼不對嗎？」柯南急忙說沒有，「我只是覺得他有點怪怪的。」說完，柯南喊了聲再見跑回去了，木下卻露出古怪的笑容。
晚上，大家準備休息了，發現千鈞到外面後一直沒有回來。不過，大家都沒有替他擔心，能夠傷害到千鈞的人非常罕見。不久後，大家都進入夢鄉，深夜中，小五郎還在夢中念叨著沖野洋子的名字，小蘭也睡熟過去。曉月和千尋也在里屋安靜入睡，柯南悄然離開，來到燈塔下。猛然間後面有人伸手捂住柯南的眼鏡，柯南嚇了一大跳，回頭一看，原來是三上鈴。柯南惱怒，「不要嚇我，好不好！」三上鈴也生氣了，「干嘛這麼凶，我是看你一個小孩子大晚上出來，所以才想過來陪你的。」柯南發現燈塔下有人開門，急忙拉住三上鈴躲到灌木叢後。三上鈴趴在柯南懷里，臉色通紅，「干什麼啊？我們的關系還沒到這一步吧！」
柯南徹底無語了，上原康夫從里面走過來，柯南急忙示意噤聲。上原離開後，柯南和三上鈴進入燈塔下面的房間，里面亂成一團。柯南道，「原來上原到這里搜東西。」隨後柯南聞到汽油味道，發現油桶卻很輕，島上又沒有摩托車和汽車，柯南點頭，「目標果然是大叔。」柯南听到動靜，向燈塔上方跑去，三上鈴大叫，「柯南，你不要亂跑啊！」緊跟著追上去。到了燈塔頂部，柯南發現了架子上的長筒望遠鏡，「果然，千鈞說的沒錯，白天的時候的確有人在這里監視。」柯南走過去，想跳起來來看看，結果都失敗了。
三上鈴笑道，「你不用跳了，就算看到也沒用。因為那個是對著那座山的，根本沒有什麼好看的。」柯南疑惑，「太奇怪了吧，照理來說，燈塔上的望遠鏡應該對著大海才是。這個望遠鏡怎麼會對著那座山呢？」柯南猛然發現架子下刻著字，「龍神號」。柯南立即斷定， 田幸二跟龍神號有關，而且調查龍神號會造成他的困擾，所以他才會對付毛利大叔。柯南回過神來，「糟了，叔叔和小蘭他們危險了，偏偏千鈞又不在……」柯南急忙向下面跑去，三上鈴很生氣，緊跟著追上去，「可惡，等等我！」
賓館，身穿盔甲的武士用腳將輕輕踢毛利偵探，小五郎睜開眼，「干什麼啊？」水軍武士揮刀砍下，小五郎竄了出去，躲過致命一擊。蹲在角落里，小五郎驚恐至極，「你想干什麼？」听到聲音，小蘭睡醒朦朧，從隔壁開門進來，「爸爸，怎麼了……啊！」小五郎大叫，「小蘭，你們別過來。」曉月和千尋推開發愣的小蘭，拿著冷月劍和青冥劍走出來，水軍武士立即轉身逃走了。小五郎大為憤慨，大喊著追了出去。小蘭阻攔不及，曉月發現哥哥還沒有回來，千尋也發現柯南也不見了。
小五郎一路緊追，「可惡，這麼痛，根本跑不快，千鈞那死小子，關鍵時刻不知道跑到哪里了！」經過一番追逐，武士跑到了碼頭附近放著龍神號的倉庫，毛利氣急敗壞地追了進去，「這下子，你跑不掉了吧！」然而，武士突然出現在小五郎身後，用刀柄將其擊暈。小蘭、曉月、千尋走出門外，剛巧踫到回來的柯南和三上鈴，小蘭很是生氣，「你跑到哪里去了？我擔心死了。」柯南問出什麼事了？小蘭露出懼色，「剛才爸爸被水軍的幽靈給攻擊了！」柯南大驚，這時港口的吊鐘敲響了，表示島上發生了大事。大家一起跑過去詢問狀況。
接著，大家都來到倉庫，外面圍了很多人。千鈞也從遠處趕來回來，听到鐘聲，也到了倉庫這里。曉月和千尋一頓埋怨，千鈞笑著解釋說等會有好戲看。千鈞上前詢問，發現一個老警察和2個男子押著小五郎從里面出來。柯南和小蘭叫出聲來，三上村長也很驚訝，「到底怎麼回事？」村民甲說毛利偵探把燈塔守衛 田殺了。柯南惱怒，「什麼？」小蘭很生氣，「我爸爸殺人，怎麼可能？」千鈞冷笑，「說話要講證據的，你們誰親眼看見了？」大家都是一愣，村民乙說，「你們要不相信，自己看吧！」
大家一起過來，發現身穿盔甲的 田被人用武士刀貫穿了脖頸，鮮血還在下流。大家的臉色都很難看，年老的駐在警察說，「剛才我追到這里的時候，這個偵探已經昏了過去，而 田先生就是這個樣子了。」小五郎大吼，「真的不是我，你們要相信我。」村民們開始騷動，「太可惡了！」「都是他們這些外來人亂來，水軍的靈魂才會生氣的。」柯南大急，「叔叔絕不會做出這種事情的，但照這個情況看……」千鈞大吼，「不準隨便侮辱別人，毛利偵探可是你們村長請來的！」
三上村長卻說，「毛利先生，就算你是名偵探，我還是不能看見你殺人而放你一馬。」小五郎解釋，「我在睡覺時，突然有人模黑攻擊我，接著我就追到這里，後來就突然被人從後面打暈了。等我醒來的時候，就是這個樣子了。」糊涂警察說，「也許是你搏斗的時候，把他 田殺了。」小五郎大吼，「我沒有殺他！」木下五郎說，「 田先生這身衣服，不是放在水軍資料館的那副盔甲嗎？他怎麼會做水軍裝扮啊？難道又是水軍作祟？」三上武男惱怒，「不要在這里妖言惑眾！」村民們都相信了木下的話，「一定是這樣，水軍附在了 田身上。」村長很生氣，「什麼嘛，水軍作祟根本就是迷信。」村民丙問，「那為什麼 田會穿上這幅盔甲？」
駐在警察說，「現在爭論這個根本于事無補。」柯南走過去觀看，死者的致命傷在脖頸上。 田的袖子破碎，手腕上有被幫過的痕跡。千鈞走過來，撩開衣襟，「死者身上都是刺傷，看樣子被人嚴刑逼供過。」木下五郎走過來，「小孩子不應該看這些恐怖的東西吧！」柯南答應一聲，卻跑到龍神號里查看，小蘭覺得他太失禮了，就跟上去阻止，「你隨便跑進去，人家會生氣的。」
千鈞卻攔住了駐在警察，「請出示你的警察證！根據日本法律逮捕犯人的警察必須隨身佩戴證件。」駐在警察有些疑惑，還是拿出了證件，千鈞也出示了自己的警務協助證件，解釋，「我是東京警視廳特別協助人員，你應該知道，沒有人親眼看見行凶過程，就表示沒有人證。單憑主觀臆測是不可以逮捕犯人的，只可以請他配合調查！」千鈞看完駐在警察的證件，搖頭，「警察先生，你的證件都已經過期了，不能證明你的身份了。你沒有權利逮捕犯人，也不能以警方的身份調查這個案件！」老警察苦笑，「我快要退休了，這個島上又沒有什麼案子，我也從來就沒有逮捕過犯人，所以就沒有去更換新的證件。」
柯南在龍神號發現了血跡，證實了 田是在這里被殺的，而且血已經干了。小蘭急忙通知了千鈞和老警察，二人一起過去觀看，警察道，「的確， 田是在這里被殺的。不過，光憑這點，不能說毛利偵探是無辜的吧？」千鈞不屑，「你有沒有上過正式的警察學校，學習過警察守則嗎？現在的法律是無罪推定，如果沒有證據證明毛利叔叔殺人，那他就是無辜的，他不需要提出任何反證來證明自己的清白。」
大家從上面下來，還有村民在喋喋不休地糾纏，因為水軍作祟，要求嚴懲毛利小五郎，木下在旁邊勸解，小五郎被逼到角落里。警察大喊，「不要再吵了！」千鈞大怒，過去將村民abcdef等人一個接一個地扔了出去，「你們再恐嚇當事人干擾辦案，別怪我出手無情。」倒地的村民爬不起來，都用驚恐地眼光看著千鈞。千尋和曉月一起叫好，「哥哥，太棒了！」千鈞哼了一聲，「我現在以警視廳特別協助人員身份調查這個案件，請駐在巡查協助調查。任何人干擾辦案，我會在事後請他到警視廳喝茶！」
千鈞很快就證實了死者的死亡時間，應該在小五郎到達這里以前已經被人殺死了，而死者身上的傷痕證實了，死者曾經被人嚴刑逼供過，所以凶手不可能是毛利偵探，因為他沒有足夠的時間，也不認識 田。「真是笑死人了，一群沒有見識的鄉巴佬！」三上村長惱怒，「你說什麼！」千鈞冷笑，「雖然我不知道凶手是誰，但用這種騙小孩子的把戲，來陷害毛利偵探的話，那就大錯特錯了。」
村民們有些動搖，「難道真的不是毛利先生做的嗎？」「當然不是，因為毛利大叔追到這里的時候， 田幸二已經死了。」村民q大怒，「你少在哪里胡說了，你們是一伙的！」千鈞將其揪住來，「你是豬啊，沒有親眼看到的事情，都不足采信！更何況，就算是親眼看見的也未必是真相！」最有力的證據就是龍神號上的血跡，如果是毛利所殺的話，不會超過30分鐘，但機械室里面的血早就干了，至少已經過了3－4個小時了。「我說的沒錯吧，糊涂巡查！」老警察苦笑著點頭，「不錯，那血的確有很長時間了。」
千鈞繼續，「所以攻擊毛利偵探的人不是 田，而是他把 田殺害後，又換上水軍盔甲來攻擊毛利叔叔。然後將毛利引到這個地方來，目的是讓毛利叔叔背上殺害 田的黑鍋，同時利用了水軍作祟的傳說。這是36計里面的借尸還魂之計！」大家都相信了，日本人大都熟悉中國傳來的計謀，村長有些不服。千鈞繼續解釋，凶手先把 田綁在機械室里，嚴刑拷打，證據就是 田手腕的痕跡和身上的傷痕。「如果凶手想殺他，那他身上的傷勢未免太奇怪了，不是嗎？糊涂巡查！」
老警察很快證實了千鈞的推理，村民們都明白了，「那凶手為什麼要這麼做？」千鈞有些抓瞎了，只好回頭求助柯南。柯南苦笑，拿出蝴蝶結變聲器，「因為 田跟龍神號之間有某種關系，恐怕他曾經在上面待過。」三上武男驚叫，「你怎麼會知道這些事情的？」「因為燈塔上面有一架龍神號的望遠鏡。」三上鈴奇怪，「怪叔叔，你怎麼會知道這件事情的？」千鈞吃了一驚，「沒有事情能瞞過平成年代的華森醫生！」村民q也想起來，「 田出現在島上，的確是7年前的事情了。」三上村長也有點明白了，「那凶手想從 田嘴里套出來的，難道是金塊的位置嗎？」
毛利小五郎也明白過來，「沒錯， 田為了看守那些金塊才在這個島上住下來的，凶手認為 田很有可能知道金塊的藏匿之處，所以才會這麼做。」曉月也笑了，「原來如此，所以 田才設計襲擊了毛利叔叔。毛利叔叔突然出現在敷島，而 田害怕毛利叔叔找到那些金塊，于是就設計殺人。」千尋也點頭，「可是 田從舞台後面出來時，被柯南和小鈴看到了。」三上鈴得意地證實了這一點。
柯南用千鈞的聲音接過話語權，「其實島上還有一個人也在尋找金塊的下落，對他來說毛利偵探和 田都有可能說出秘密，是他的絆腳石。所以那名凶手做出這件案子來就不奇怪了。」地上的村民們逐漸都恢復，爬起來，「可是我們島上沒有這樣的人啊！」千鈞明白過來，知道了柯南的意思，「對，就是他，從東京來的另外一個人。」毛利偵探也醒悟，「東都旅行社的那個人。」三上鈴也說，「我昨天看到他和 田叔叔見面，二人吵架了。」三上村長很惱火，「木下，他現在住在哪里？」木下五郎說是在民間旅館。
小五郎的嫌疑徹底洗清了，小蘭稱贊千鈞，「你也很棒嘛，推理太精彩了！」千鈞大笑，「這個案子太簡單了，根本不值一提。」柯南好笑，「的確是太簡單了，也就能騙騙島上的這些笨蛋。」小五郎大為高興，現在沒有人認為自己是罪犯了。大家約好了，一起去抓捕上原康夫，大家分頭包圍了旅館。村民們也都有些害怕，犯人可是很凶殘的，「警察先生，你快點進去抓人吧！」老警察腿肚子哆嗦，「這個，我從來沒有抓捕過犯人！」村民們頭疼，「那你帶槍是干什麼用的？」
千鈞和柯南從後面出現，問他們怎麼還不行動？老警察看到千鈞仿佛有了底氣，「千水先生，現在拜托你了，你也說過，我的警察證過期了，沒有抓捕犯人的權利。」柯南汗，千鈞頭上冒煙，「真是的，剛才抓毛利叔叔的膽量哪里去了！算了，交給我了，我去把他抓出來吧。」木下五郎自告奮勇，「我也一起去好了，希望能說服他自首。畢竟把他請到島上來的人是我，身為村干事我不能逃避責任。」千鈞點頭，「這才像個樣子，走吧，我們一起過去。」
隨後二人一起進入旅館，柯南等人都留在外面。千鈞問，「這家伙住在哪里？」木下說不知道，「里面還有些游客和特殊服務女子，我當時只是安排他住下，沒注意他住在哪個房間。現在天色太晚了，接待人員都回去休息了。千水先生，你動作快，到樓上去找，我在樓下找。」千鈞點頭，「如果那家伙反抗，馬上喊我。」隨後千鈞上了二樓，依次尋找起來，驚醒了不少交頸而眠的男女，引來一片咒罵聲，千鈞只好低聲道歉。旅館雖然不大，房間卻也不少，千鈞好不容易快要搜查完了，時間已經過去了5分鐘，這時，樓下傳來槍響。千鈞大驚失色，匆忙跑下去。柯南和老警察他們听到槍聲，也都急忙進去支援。
千鈞最先趕到，看見木下五郎捂著手臂躺在地上，「木下先生，你沒事吧！」木下指著窗戶，「被他逃走了。」說話間，柯南他們也都到了。老警察從上面觀察，「他逃到樹林里面了，快追！」大家分頭去追，千鈞和柯南扶起木下，木下苦笑，「我本來要勸他自首的，可是他突然用槍射我。」老警察擔心，「你得快點到診所醫治傷口。」木下點頭，「沒有什麼大礙，子彈打偏了，只是擦傷。」千鈞和柯南都是一愣，仔細看了看木下的傷口，都有些驚疑。
不久後，村民們發現幾乎所有的船只都失蹤了，除了個別隱秘處留做修理的船只。大家驚駭萬分，更加認定是水軍作祟。柯南想起千鈞晚上出去很久，「喂喂，不是你動了手腳吧？」千鈞微笑，「那個我是堅決不承認的。不過，這樣也好，大家誰也別想離開，三上武男那個笨蛋還有什麼可以值得囂張的，哈哈……」柯南汗，非常好奇，千鈞把這些船都弄到哪里去了，里面不止是漁船，可是還有大型輪船的。