當年秦趙長平之戰，趙王不理解老將廉頗的固守戰略，听信反間計，換了飽讀兵書而一無用處的趙括上去，結果40萬趙卒埋身長平，也為後世留下了紙上談兵的笑柄。建文帝此次換掉耿炳文，實為一大失策，給燕王提供了戰機。
鄭村壩之戰李景隆接替耿炳文，合兵50萬。他是朱元璋外甥李文忠的長子，長得高大威猛、儀表堂堂，喜讀兵書，然而缺乏作戰經驗，是一個紙上談兵的紈褲子弟。建文帝將希望寄托在他的身上，恩寵有加；而對于朱棣來說，他只是當年被秦軍坑殺40萬卒的趙括式人物。當朱棣得知李景隆帶兵時，喜不自禁。朱棣認為李景隆"為將政令不修，紀律不整，上下異心，死生離志，敗一也；今北地早寒，南卒衣褐者少，披觸霜雪，手足皸瘃（zhu），甚有墮指之患，況馬無宿稿，士無嬴糧，敗二也；不量險易，深入趨利，敗三也；貪而不止，智信不足，氣盈而愎，仁勇俱無，威令不行，三軍易撓，敗四也；部曲喧嘩，金鼓無節，好諛喜佞，專任小人，敗五也"。這個分析雖然有燕王鼓舞士氣的因素，但卻是看到了李景隆的致命弱點。
李景隆放棄了耿炳文穩健的策略，率軍直撲北平，分兵三處︰一軍攻打北平九門；一軍攻打永樂八年成祖敕諭通州；自己駐扎鄭村壩（北平東20里）。當時朱棣赴大寧尋求救兵，北平守備空虛。攻打北平的戰斗十分激烈，正陽門情勢岌岌可危。燕王妃徐氏親率婦女登城，投擲石塊，幫助守衛城門。主攻彰義門的瞿能父子驍勇善戰，率領精騎一度攻入城內，然而李景隆卻命令等待大隊人馬，結果貽誤戰機，守軍以水潑城，一夜成冰，第二天已經難以攀爬了。守軍並沒有一味死守，而是在夜里不斷派遣小股部隊騷擾南軍，弄得南軍精疲力竭，人心不寧。
十一月，朱棣已經收編了寧王的部隊歸來，包括能征慣戰的朵顏三衛騎兵，實力大為增加。李景隆派陳暉率一萬騎兵東行，尋找機會迎擊燕軍，不期兩隊人馬沒有走到一條路上，未曾相遇。後陳暉發現了燕軍，從後面尾隨而來，準備前後夾擊。朱棣察覺後，命精騎回頭迎擊，將其一舉擊潰，陳暉只身逃回軍中。燕軍士氣大振，燕王乘勢派朵顏三衛猛沖南軍。朵**兵銳不可當，疾風暴雨般連破南軍七營。李景隆整頓軍馬，在鄭村壩與燕軍決一死戰。這場戰斗，數十萬軍馬從中午一直打到晚上，尸橫遍野，十分慘烈。朱棣趁著天黑，派奇兵左右沖殺，攪亂了南軍的陣營，然後燕軍正面猛攻，佔據了上風。當日未分勝負，雙方各自收兵回寨。李景隆沒有經歷過這樣慘烈的戰斗，初戰不利，感到難以取勝，連夜拔營南遁，匆忙之中竟然沒有通知圍攻北平九門的將士。攻打九門的將士失去主力的掩護，僅兩天就被朱棣擊敗，北平之圍始解。
這一戰中，守城的燕王世子朱高熾作用不可低估。他以城中老弱殘兵堅守北平城，面對李景隆數十萬大軍的攻擊而巋然不動，有力地牽制住了南軍，保住了燕王朱棣的根據地。假設北平被攻佔，朱棣將面對另一番景象，勝負的天平尚不知會傾向哪邊。同時，這也可以看出李景隆是多麼無能，印證了朱棣對他的分析。
白溝河之戰鄭村壩大戰之後，原本銳意削藩的建文帝卻變得軟弱起來，罷齊泰、黃子澄職，希望燕王息兵。這種做法無異于向朱棣示弱，是不會起到任何積極作用的。建文二年（1400）二月，李景隆致信朱棣，請求息兵。這一舉動，估計是朝廷的意圖，不然李景隆是不敢如此做的。朱棣現在兵強馬壯，自然不會講和。雙方厲兵秣馬，積蓄力量，準備在春天再戰。然而朱棣使用了一個小花招，戲弄李景隆于股掌之間。二月，朱棣佯攻大同，李景隆率軍救援。朱棣卻不與之戰，由居庸關退回北平，李景隆奔波一場，勞而無功。當時天氣尚寒，南軍衣衫單薄，不少士兵被凍傷，部隊也沒有得到很好的休整。
四月一日，李景隆誓師于德州，號稱百萬（實則60萬），大舉北伐。雙方在白溝河擺開陣勢，大戰一觸即發。這場戰斗驚心動魄，扣人心弦。南軍中的平安、瞿能父子驍勇異常，率軍猛沖燕軍，所向披靡。朱棣的坐騎接連被射殺，他的寶劍竟也砍折了。瞿能父子奮勇廝殺，已經和燕王近在咫尺。朱棣見大勢不妙，撥馬跑到河堤上，南軍在後面緊追不放。朱棣立馬站在堤上，假意用馬鞭招呼後面的部屬，使南軍相信燕軍就在堤下。南軍果然上當，沒敢繼續追擊，不然朱棣即將被生擒活捉。雙方殺得難解難分，互有勝負。忽然一陣風將南軍大旗刮倒，南軍陣營產生了混亂。朱棣抓住這難得的時機，指揮部隊猛沖，一舉擊潰南軍。
白溝河之戰是決定性的戰役。此後，建文帝再也組織不起來大規模的軍事征討。朱棣由此轉守為攻，取得戰事上的主動。
靈壁之戰朱棣準備取道山東，直撲南京。然而在濟南卻遭到了鐵鉉的堅決阻擊，又在東昌為盛庸所敗。建文三年（1401），朱棣選擇了進軍防守較為薄弱的河北，轉戰河北各地。十二月，朱棣得知南京守備空虛，可以乘虛而入，于是決定繞過山東，率軍直取南京。
制誥之寶（白石）燕軍孤軍南下，期間多有敗績。北方士兵不適應南方氣候，很多人病倒了，許多將領也請求撤軍。朱棣很猶豫，一連數日擐（hu n）甲不離身，最後在大將朱能的勸說下堅定了繼續南下的決心。他迫切需要一場勝利來鼓舞士氣。
這時南軍防御的主要力量總兵何福駐軍靈壁，修建了大量工事，固守不出。朱棣想與之決戰不得，就截斷了他的糧草供給，將其圍困起來。何福無奈，準備突圍，不想南軍把燕軍進攻的信炮當成是突圍的信號，紛亂涌出，結果大敗。何福僅以身免，而南軍的主要將領平安被俘獲。平安是朱元璋的養子，原是朱棣的部下，文韜武略，成為朱棣的主要對手，多次擊敗過他，還斬殺過他的幾個得力戰將。俘虜平安，令朱棣興奮異常，燕軍上下都說這回可以平安了。朱棣舍不得殺他，將其押送回北平。
鐵鞭靈壁之戰後，朱棣再也沒有遇到大的戰斗，于建文四年（1402）六月十三日，兵臨南京城下。李景隆、谷王打開金川門迎降，建文帝不知所終，朱棣取得了靖難之役的勝利。
出兵安南。安南，又稱交阯，漢唐時為中國的屬郡，五代以後**，但仍與中國交往密切。在明初，安南國王為陳氏。建文朝，安南發生政治變故，丞相黎季■（li）自立為帝，改名胡一元，不久又傳位其子。
永樂元年，安南國王派人朝賀，自稱陳氏無後，自己是陳氏外孫，為眾擁立為國王，請求得到朱棣的冊封。朱棣听從禮部的意見，派遣官員到安南探訪實情。該官員回朝後說現在的安南國王得到了當地人的承認，國家安定。朱棣于是派禮部郎中帶著詔書前去安南，正式冊封其為國王。
然而永樂二年，原國王的臣屬裴伯耆逃到中國，將胡氏篡位的事情揭露。八月，老撾遣人送來了原國王的弟弟陳天平。朱棣無法辨別真偽，暫且將他們安置起來。年底，安南使臣來賀。朱棣讓陳天平突然出現在使臣面前，使臣們十分驚愕，紛紛下拜，朱棣由此知道了陳天平的真偽和事情的真相。朱棣遣人責備安南國王，安南國王上書表示歡迎陳天平回國繼承皇位。
令朱棣惱怒的是，安南竟然伏兵劫殺由明軍保護回國的陳天平。面對這種公開挑釁宗主國威信的行動，朱棣沒有猶豫，立即遣兵80萬出征安南。80萬大軍銳不可當，永樂五年將安南國王、太子等人活捉。朱棣遂改安南為交阯布政使司，成為中國的一個省。只是後來明朝遷都北京，安南時有反抗，成為明朝的沉重負擔，因此朱棣死後不久，明朝就放棄了對安南的治理。
五入漠北。對明王朝最大的威脅不是南方的安南，而是北方的蒙古。當時蒙古分裂為三部︰韃靼部、瓦剌(l )部和兀良哈部。朱棣對蒙古采用恩威並施、分化瓦解的策略。兀良哈部早已歸附，並在靖難之役中為朱棣立有赫赫戰功。韃靼部較強，朱棣有意聯絡瓦剌，與之抗衡。永樂七年，成祖命丘福率軍10萬征討韃靼，不意全軍覆沒，因此才有朱棣親征之舉。