巡撫中被戮者，總共11人，分別為︰薊鎮王應豸（zhi）、山西耿如杞、宣府李養沖、登萊孫元化、大同張翼明、順天陳祖苞、保定張其平、山東顏繼祖、四川邵捷春、永平馬成名、順天潘永圖，另外還有河南巡撫李仙鳳被逮自殺。這些大臣，都是應對遼東戰事和平息農民起義的將領，他們動輒遭罪被殺，也就很容易說明崇禎朝軍事上的大潰敗了。
對于一般的言官，思宗也總是非常嚴峻。崇禎元年十一月，戶科給事中韓一良上疏言官場貪污之風甚盛。當然，這樣的奏疏只是就事論事，並不明指誰人貪污，誰人受賄。但是，思宗一面表彰韓一良的忠心和敢言，一方面卻非要韓一良指名道姓以回奏。韓一良知道一旦指名道姓，就是得罪人的事情，所以只說是"風聞"。思宗大怒︰"難道一人不知，遽有此疏？限五日內指名來。"按思宗的意思，既然言官忠心為國，就要敢于破除情面。韓一良只好找一些已經有議論的官員來搪塞。但是，思宗再對韓一良疏中"臣兩月內辭卻書帕已五百金"糾纏不休，要韓一良說出500兩銀子是哪些人送的。
這時，韓一良再不肯說。于是，韓一良被革職為民。僅僅數月之間，從表彰到革職，還算敢言的韓一良卻得到這樣的對待。在晚明社會中，官場中的弊端自然不少。相互間送書帕（書儀）是極正常的事。思宗希望一舉之間將這種風氣杜絕，卻又著意在懲罰官員，這樣官員們最終只是互相袒護，不敢再說真話了。崇禎二年關于工部招商中收取回扣一事的處理，也充分體現了思宗急于求治的急躁心理。這一年的閏四月，工部尚書張鳳翔上疏指出工部招商收取回扣之弊政。內閣大學士韓■、李標、錢龍錫都說︰"此從來陋規，望皇上寬處，後邊人敢說。"但是，最終思宗將巡視工部庫房的工科給事中王都、陝西道御史高賚明革職嚴辦，等于是讓一兩個臣工為多年來的積弊傳說思宗自縊處承擔責任。這也反映思宗隨意處理臣工的做事風格，而這樣的行為，最終導致了大小臣工們對于朝政中的一切事情，最好是噤口不言。
皇帝督責越嚴，臣下越不敢擔當；皇帝焦勞越勤，臣下就越偷安怠慢。晚明著名的學者劉宗周就在批評思宗的奏疏中這樣說︰"求治之心操之過急，不免釀為功利；功利之不已，轉為刑名；刑名之不已，流為猜忌；猜忌之不已，積為壅蔽。"崇禎朝的政局，正是這樣發展下去的，而思宗最終也只落得眾叛親離。崇禎十七年（1644）三月十九日，思宗煤山上吊時，身邊僅有司禮監太監王承恩陪伴。
思宗自殺以後，他的子女散歸民間，下落不明，從而引起人們的各種猜測。
思宗的子女不幸生在了末代帝王之家，這就注定了他們悲劇的命運。皇太子先後出現過兩個；朱三太子先後出現過多次。不過，他們的下場無一例外都很悲慘，都最終被處死。相比較而言，思宗的女兒後來的下落倒還比較清楚。這是因為，思宗在決意自縊之前，為了不讓自己的女兒受辱，曾先後對自己的兩個女兒下毒手。即使僥幸生還，也決無法遁逸。
武俠小說常偽托的長平公主，實際上死于順治三年（1646）。思宗總共有六女，其中四女早逝。崇禎十七年（1644），思宗還有兩個女兒，即長平公主和昭仁公主。崇禎帝自殺前，入壽寧宮，長平公主牽衣而哭。崇禎帝說︰"汝何故生我家？"揮劍砍去，斷長平公主左臂，昏死過去。接著，思宗入昭仁宮，砍殺昭仁公主。長平公主昏死後，被人抬到周皇後的父親周奎家中，五天後竟然蘇醒過來。順治二年（1645），長平公主上書給清世祖，請求準予出家。清世祖不同意，命將長平公主許配給當初思宗為她選定的駙馬周顯，並賜給土田、府邸、金錢、車馬。但長平公主經歷家破國亡之痛，郁郁寡歡，次年逝世。
思宗共有7個兒子。其中，周皇後生子三人，即太子慈■、懷隱王慈■（皇二子）、定王慈炯（皇三子）；田貴妃生子四人，即永王慈■（皇四子）、悼靈王慈煥（皇五子）、悼懷王（皇六子）、皇七子。崇禎十七年（1644），太子16歲，皇三子定王慈炯14歲，皇四子慈■應當也有十余歲。除了這三個兒子外，其他的兒子都已早逝。與對待女兒的方式不同，思宗在死前命皇太子、皇三子、皇四子分別藏匿于公卿貴戚家中。太子來不及去成國公府，便隱匿于民間，定王和永王一齊去了周皇後的父親周奎家。三月十九日，李自成進城，命令搜尋太子與定王、永王。
二十日清晨，嘉定侯周奎將定王、永王交出。太子據說亦被李自成的軍隊搜獲。太子與闖王李自成之間還有一段對話。太子挺立不屈，談吐自如，問李自成說︰"何不殺我？"闖王說︰"汝無罪，我豈妄殺！"太子說︰"既然這樣，听我一句話︰一，不可驚我祖宗陵寢；二，速葬我父皇母後；三，不可殺我百姓。"四月十三日，李自成東征吳三桂時，定王、永王隨軍前往。據說，太子當時也在軍中。據《明史》記載，李自成曾封太子為宋王。此後，太子、定王、永王的下落都不清楚，或說曾被吳三桂奪去，或說定王曾在城南遇害。崇禎十七年（1644）十一月，北京出現皇太子；順治二年（1645）南京的南明小朝廷中亦出現皇太子。無疑，兩位皇太子中必有一假。
先說北京出現的皇太子。崇禎十七年（1644）十一月的北京城，已經牢固地掌握在清朝的手中。然而，一個貌似太子的男子在一位太監的陪同下出現在嘉定侯周奎府中，自稱皇太子。當時在周奎府中的長平公主見後，兩人抱頭痛哭。單看這一節，想來太子應該是真的，否則以長平公主之心如死灰，何以會與一個陌生男子抱頭痛哭？而且，長平公主與太子都是周皇後所生，乃是一母同胞的姐弟，怎麼可能認錯呢？周奎舉家向太子行君臣之禮，並問太子︰"你一直藏在哪里？"太子回答說︰"城陷之日，我單獨藏匿在東廠門外。一日夜出，潛至東華門，投身于一個豆腐店里。
店小二心知我是避難的人，給我穿上舊衣服，讓我在灶前燒火，又害怕我暴露，五天之後將我送到崇文門外的尼姑庵中，在那里假裝貧困無依的孤兒住了半個月。常侍（太監）來尼姑庵，發現了我，又把我帶回家，藏在密室里。听說公主還在，所以就來相見了。"說完，與公主哭別而去。幾天之後，太子又來了，公主告誡他說︰"慎毋再至矣。"也許公主明白，三月份周奎既然能把皇三子定王和皇四子永王交給李自成，這次也許會再出賣太子給清朝。果然，十一月十九日太子再來，周奎留宿太子。二十二日，他要求太子自稱姓劉，是一個假太子。太子說︰"悔不從公主之言，今已晚矣。"當晚，周奎令家人將太子逐出門外。
太子出門後，被巡邏的清兵以"犯夜"罪逮捕，交給刑部審理，斷為假冒太子。主審的刑部主事錢鳳覽找來原司禮監太監王德化、原錦衣衛10名侍衛太子的錦衣衛來辨認，都說是真太子。侍衛們還下跪說︰"此真太子，願毋傷。"于是錢鳳覽上書朝廷，指責某些明朝的官員以真太子為假太子。周奎等人竟然還說︰"即以真為假，亦為國家除害。"這位昔日的國丈，似乎已完全將自己的角色轉換成一個新的"大清國"的臣民了。最後，攝政王多爾袞出面，宣布將太子押于監獄，後來被處決于獄中。
凡爭言太子為真的臣工都被處罰，錢鳳覽處以絞刑。這件事情詳細地記載于《甲申傳信錄》，與《明史》中李自成封太子為宋王的情節有所出入。而且，清人所編的《明史》中也未提及這一次在北京出現的太子，而只提及南明小朝廷中出現的皇太子事件。《明史》是不是故意回避這一次事件呢？孟森就認為北京出現的太子是真的，而南明小朝廷出現的太子是假的，但百姓痛恨弘光政權朱由崧，所以寧願相信是真太子。那麼，南京出現的皇太子事件是怎麼樣的呢？
順治二年（1645）三月一日，太監李繼周奉弘光皇帝朱由崧之御札，將盛傳正流落于蘇州、杭州的皇太子接到南京。據說，太子本不願去南京，在行前曾問過李繼周。