()之後數月，義軍與蘇峻又數戰，皆不利。于是陶侃令徐州刺史郗鑒與後將軍郭默還據京口，立大業、曲阿、庱亭三壘以分峻之兵勢，亦防蘇峻攜天子東入會稽。
對峙之際，峻分遣諸將東西攻掠，所向多捷，人皆畏懼。朝中士官之奔西軍者皆曰︰「峻狡黠有膽決，其徒驍勇，所向無敵。若天討有罪，則峻終滅亡；止以人事言之，未易除也。」溫嶠怒曰︰「諸君怯懦，乃更譽賊！」及累戰不勝，嶠亦憚之。
後溫嶠軍糧耗盡，親往向陶侃軍中借糧。陶侃怒道︰
「使君前雲不憂無良將及兵食，惟y 得老夫為主耳。今數戰皆北，良將安在！荊州接胡、蜀二虜，當備不虞；若復無食，老夫便y 西歸，更思良算。徐來殄賊，不為晚也。」
溫嶠亦怒道︰
「不然。凡師克在和，古之善教也。光武之濟昆陽，曹公之拔官渡，以寡敵眾，杖義故也。峻、約小豎，為海內所患，今r 之舉，決在一戰。峻勇而無謀，藉驕勝之勢，自謂無前，今挑之戰，可一鼓則擒也。奈何舍垂立之功，設進退之計！且天子幽逼，社稷危殆，四海臣子，肝腦涂地，嶠等與公並受國恩，事若克濟，則臣主同祚，如其不捷，身雖灰滅，不足以謝責于先帝。今之事勢，義無旋踵，騎猛獸，安可中下哉！公若違眾獨反，人心必沮。沮眾敗事，義旗將回指于公矣。」
二人爭辯，互不相讓。嶠部下毛寶勸解道︰
「二公皆國之重臣，義軍所望，豈可賊未破而自生間隙？今兵鋒微挫，心急之言切不可當真。」
陶侃屬下竟陵太守李陽亦在旁勸解。二人怒氣方才稍解。毛寶又言道︰
「陶公本應鎮蕪湖，為南北勢援，前既已下，勢不可還。且軍政有進無退，非直整齊三軍，示眾必死而已，亦謂退無所據，終至滅亡。往者杜弢非不強盛，公竟滅之，何至于峻，獨不可破邪！賊亦畏死，非皆勇健，公可試與寶兵，使上岸斷賊資糧。若寶不立效，然後公去，人心不恨矣。」
侃欽其忠勇，乃從其計，加毛寶為督護。
李陽又說陶侃道︰「今大事若不濟，公雖有粟，安得而食諸！」侃乃分米五萬石以餉溫嶠軍。
毛寶率軍果燒蘇峻句容、湖孰積聚，峻軍乏食，侃遂留不去。時陶侃雖為盟主，而處分規略一出于嶠。
石頭城外激戰之際。有穎川人陳光率其屬攻祖約，約左右閻禿相貌類約，光以為約而擒之，約逾牆逃走而幸免。而祖約帳下諸將暗自結于石勒，請為內應。勒遣石聰來攻之，約眾潰，奔歷陽。遣兄子渙攻桓宣于皖城，會毛寶援宣，擊渙，敗之。趙胤復遣將軍甘苗從三焦上歷陽，約懼而夜遁，其將牽騰率眾出降。約以左右數百人奔于石勒，勒薄其為人，不久便殺之。
蘇峻心月復路永、匡術、賈寧聞祖約敗，恐事不濟，勸峻盡誅司徒王導等諸大臣，更樹心月復；峻雅敬導，不許。永等乃生二心于峻，導使參軍袁耽潛誘永歸順，謀奉帝出奔義軍。于是王導設法與小劉屹相見，問道︰
「屹兒，汝r 夜在皇帝旁侍奉，是否發現衛士有何疏忽之處。」
「自從上次宮中之事後，守衛看管r 嚴。師父何故問此，難道……」劉屹停頓後繼續說道，「屹兒此次前來，亦是費盡心思，何況皇上，屹兒恐師父所謀極難成功。」
「既然如此，也罷。不過你這些時r 要隨時準備，一旦收到為師之信，即刻……」
「屹兒謝師父關切，若此時離開，皇上身邊再無親近之人。師父且安心去謀劃大事，有師父與義父在外，賊必不會殺我。何況還有皇上庇護，屹兒定當安全。」
王導見劉屹如此說道，亦不多言。其後見峻防御甚嚴，事遂不果。導恐事泄，乃攜二子出奔于白石。
九月庚午，侃督水軍向石頭。溫嶠、庾亮、趙胤帥j ng兵萬人從白石南上，y 挑戰。蘇峻將八千人逆戰，遣其子碩及其將匡孝分兵先擊趙胤軍，敗之。
此前連戰連捷，已使蘇峻驕氣r 甚。其將與趙胤軍作戰之時。蘇峻正在犒勞將士，已經大醉。見胤敗走，曰︰
「孝能破賊，我更不如邪！」
舍其眾，與數騎北下突入義軍陣前，不得入，便y 回營。不料所乘坐騎，不知何故，停滯不前。義軍將士見狀，投之以矛，峻墜馬；斬首，臠割之，焚其骨，三軍皆稱萬歲。余眾大潰。峻司馬任讓等共立峻弟逸為主，閉城自守。
溫嶠乃立行台，布告遠近，凡故吏二千石以下，皆令赴台，于是至者雲集。各地義軍捷報頻傳。賊軍每況愈下，帳下兵將降者r 多。
咸和四年正月，右衛將軍齊超、侍中鐘雅與建康令管旆等謀奉帝出赴西軍。謀泄，蘇逸使其將任讓將兵入宮收超、雅。而劉超從容謂帝曰︰
「皇上，臣等恐r 後無法再侍奉陛下。」三拜後，又言道，「皇上，劉屹，可否記得昨r 所教？」
皇上與劉屹哭泣著點頭道︰「天降大任于斯人也,必先苦其心志,勞其筋骨,餓其體膚,空乏其身,行拂亂其所為,所以動心忍x ng,曾益其所不能。」
「今r 之難，亦乃上天考驗，望陛下r 後不論何時、處于何種危境，皆不忘復興本朝之念，如此，朝等雖死亦含笑九泉矣。劉屹，汝亦非常之人，r 後必當竭力輔助皇上成就大業。」
小皇帝沖到劉超身邊，抱住其大泣道︰「還我侍中、右衛！」任讓不奉詔，害之。
二月，諸義軍共攻石頭城，斬蘇逸，賊眾遂潰。一偏將抱帝奔溫嶠船，群臣見帝，頓首號泣請罪。其余各處蘇峻余黨，不久後皆被義軍討平，為時兩年的蘇峻之亂終被平定。