自從法國主力艦隊特拉法加戰役中被摧毀後，法國海軍再也難以與英國海軍正面較量了。浪客中文網拿破侖唯一的希望就是憑借「大陸封鎖體系」完全窒息英國的海外貿易。不過，這必須有效地控制西班牙和葡萄牙那綿長的大西洋海岸線，否則這一種封鎖也就無法嚴格進行。西班牙雖然是法國的盟友，卻是貌合神離，特別是在特拉法加戰役，法西聯合艦隊全軍覆沒後更是如此。而葡萄牙，除了少數的「親法派」以外，幾乎整個國家的是站在英國一邊的。在《提爾西特條約》簽訂後的三周內，拿破侖下定決心征服整個伊比利亞半島。
1807年7月29日，作為第一個步驟，他命令陸軍部長在西班牙邊境上的巴約納組建了20000人和40門野戰炮的軍團。為了預防兩面作戰的不利情況的發生，拿破侖于1807年8月12日，命令新任的外交部長康貝尼寫了一封措辭慎重的信給梅特涅，對奧地利準備戰爭行動表示警告。法國此時有一支200000人的大軍團佔領著普魯士和波蘭。大本營設在柏林，拿破侖手下最得力的元帥達武駐守在華沙，距離奧地利邊界最近。
拿破侖決定先解決葡萄牙，再征服西班牙。為了使征服計劃得以順利進行，拿破侖不惜采用政治欺詐手段。拿破侖開始同西班牙首相戈多伊談判。戈多伊既是西班牙國王的寵臣，又是王後的情人，他在1792—1802年間成為西班牙的實際統治者。談判的結果是法軍取得了通過西班牙領土的權力，其條件是與西班牙共同瓜分葡萄牙，其中一部分作為對戈多伊個人的酬勞。9月8日，拿破侖寫信給盟友西班牙國王說︰「我們必須使葡萄牙月兌離英國的勢力範圍，並迫使該國求和。」同一天，他又寫信給葡萄牙的攝政王，警告他要明了同英國結盟的後果。
這時，英國艦隊炮轟了哥本哈根，因為有消息說，丹麥將參加大陸封鎖。拿破侖聞訊後大發雷霆，他決定立即采取行動。10月，他命令朱諾將軍率27000人向葡萄牙挺進。10月12日，他寫信給西班牙國王說︰「過去16年來，葡萄牙的行為完全是一個無恥的英國附庸，里斯本港口對于他們而言，也就變成了一個取之不盡的寶庫。……封鎖里斯本和阿波托兩個港口正是時候。我預計朱諾將軍的軍隊在11月1日可抵達布爾戈斯，以與陛下的兵力會合，那時我們就能用武力佔領里斯本和整個葡萄牙。以後我與陛下會合商討該國的處置，但無論如何宗**一定是屬于你的。」
10月22日，拿破侖正式向葡萄牙宣戰。27日，他與西班牙國王簽訂和約，瓜分葡萄牙的領土和殖民地。其實，這只是一個謊言，西班牙在拿破侖的心目中早已是判了死刑的了。
朱諾的軍隊經過西班牙的領土直趨葡萄牙，葡萄牙的攝政王驚慌失措，急忙請求英國保護。在葡萄牙看來，拿破侖固然可怕，但英國人更可怕，英國能夠很容易地從海上毀滅里斯本，就像毀滅哥本哈根一樣。法軍經過6個多星期的長途行軍，于11月29日流入里斯本，葡萄牙王室則于兩天前坐上英**艦逃出了首都。
拿破侖輕而易舉地佔領了葡萄牙，下一個該輪到西班牙了。拿破侖毫不猶豫地撕毀了與西班牙國王簽訂的和約，他要把西班牙並入自己的帝國，並立自己家族中的一人為國王，而此時西班牙國內的混亂狀況正好讓拿破侖有了可乘之機。
西班牙國王查理四世是個意志薄弱的昏君，他完全受王後及寵信戈多伊的控制。戈多伊憑著國王與王後賦予他的無限權力，在國內為非作歹，無惡不作。一時間西班牙經濟衰退，政局動蕩不安，人民紛紛起來反對戈多伊。王位繼承人斐迪南在人民的支持下，公然與戈多伊為敵。然而，斐迪南勢單力薄，不足以推翻戈多伊的統治，于是，謀士們給他出了一個主意，讓他去向拿破侖的一位親祈求婚。他們以為與強大的法國皇帝聯姻，既能得到巨大的支持進行改革，推翻戈多伊的統治，又能保持國家的**，並且在對外政策的一切問題上有恃無恐。斐迪南正式向拿破侖的佷女求婚，但遭到拿破侖的拒絕。與此同時，查理四世也寫信向拿破侖求援，他認為王子反對戈多伊的企圖是想廢黜自己。父子倆都希望拿破侖支持自己來對付對方。可是，拿破侖此時想的是把他們父子二人都除掉，將自己的兄弟扶上西班牙王位。
11月的第一個星期中，拿破侖命令在巴榮納再成立一支新軍，兵力為3萬人，由杜邦將軍指揮。這支部隊以支援朱諾部隊為借口進入西班牙。接著，蒙塞元帥的第二軍也進入西班牙。1808年2月，迪埃梅斯指揮的一個軍進入西班牙，並佔領了卡塔盧尼亞。不久，繆拉元帥以皇帝副帥的身份指揮西班牙境內的全部法軍。3月9日，拿破侖命令外交大臣康配尼轉告西班牙**說，法軍5萬人將進入馬德里，其目的不過是假道卡地茲去圍攻直布羅陀。3月24日，繆拉率領蒙塞、杜邦兩軍進入馬德里，拿破侖則在巴榮納親自指揮這次軍事行動。這時，拿破侖在西班牙的軍隊已達11萬人。查理四世、王後及戈多伊早已被拿破侖氣勢洶洶的部隊嚇壞了，他們決定逃出首都。可在阿蘭瑞茲一地，他們被憤怒的人民攔住了，戈多伊挨了一頓痛打，被關進了監獄。國王為了保全性命，被迫宣布讓位給斐迪南。6天之後，繆拉率軍進入了西班牙首都。
這時，查理四世又後悔讓位斐迪南，他宣布退位是違反自己意志的。于是，拿破侖以調停父子矛盾為名邀請西班牙波旁王朝全體家族到巴榮納。1808年4月30日，查理四世、王後、斐迪南、戈多伊以及王室所有親王都到了巴榮納。父子倆一見面就激烈爭吵，甚至大打出手。正當波旁家族全體成員準備听候拿破侖的裁決時，拿破侖突然宣布︰查理四世和斐迪南二人都必須放棄王位。眾人還沒緩過神來，他又宣布︰為了他們個人的幸福和安寧，他已經決定不放他們回西班牙了。結果，西班牙國王和王後被送到楓丹白露，斐迪南和其他親王被送到瓦朗斯塔列朗公爵的城堡。5月10日，拿破侖任命自己的哥哥約瑟夫為西班牙國王，繆拉接替約瑟夫為那不勒斯國王。
1808年9月，為了不使法軍陷入兩面作戰的困境，拿破侖覺得有必要利用一下新結交的盟友俄皇亞歷山大。他邀請俄皇前來愛爾福特會晤。
兩國皇帝的會晤在德意志引起極大的反響，各王公紛紛前往愛爾福特參加盛會，車駕為之塞途。9月27日，拿破侖到達會晤地點，亞歷山大卻還沒到，拿破侖立即親自前去迎接。兩人一見面就熱烈擁抱，當眾接吻。此後兩周之內，這種動作不斷重復。兩人天天一起去閱兵、出席宴會和舞會、打獵、騎馬溜，相互表達著最誠摯的」友誼」和最深切的「信任」。巴黎喜劇院的演員為兩國皇帝和王公貴族上演了高乃依、拉辛和伏爾泰的名劇。當伏爾泰的《奧狄浦斯》一劇念出了一句台詞︰「和大人物結交，真是上帝恩賜的幸福」時，亞歷山大握住拿破侖的手說︰「我在此每天都深深感到這一點。」拿破侖則以同樣的語言向亞歷
山大大獻殷勤。兩國皇帝都在極力表現出他們的親密無間，其目的就是要演給第三者看。對拿破侖來說，觀眾就是奧地利，對亞歷山大來說，觀眾則是土耳其，如果奧地利和土耳其沒有看到他們的親吻和擁抱，這些親吻和擁抱就會失去其愉快的感覺。
然而，兩國君主心里十分清楚︰自己需要對方，但不能相信對方。特別是亞歷山大已明顯看出，拿破侖只是以答應給他」東方」、自己要」西方」的諾言來誘惑他，拿破侖根本不會讓他佔領君士坦丁堡，甚至拿破侖寧願讓摩爾達維亞和瓦拉希亞留在土耳僕人手中。所以，當拿破侖提出讓亞歷山大在奧國開始軍事行動前積極反對奧國時，亞歷山大卻不想去履行這一義務。這時，法國前外長塔列蘭在愛爾福特出賣了拿破侖。他與亞歷山大暗中勾結，勸告亞歷山大抗拒拿破侖的霸權，他提醒亞歷山大注意︰俄國支持拿破侖反對奧地利並幫助他擴張勢力，毫無利益可圖。俄國應遏制拿破侖，這樣對法國對歐洲都有好處。他說︰「俄國的君主是文明的，而俄國的人民不文明。法國的君主不文明，而法國人民是文明的。必須使俄國的君主與法國的人民結成聯盟。」他一再對亞歷山大說︰「您應該拯救法國。」在塔列蘭的慫恿和規勸下，亞歷山大最終沒有在拿破侖所要求的對奧作戰的條款上簽字。
10月14日，愛爾福特會晤結束。拿破侖沒有取得預期的成功，悶悶不樂地回國了。現在同盟在形式上依然有效，但不能再指望它了，拿破侖相信奧國及其他附庸國在他們熱烈擁抱和親吻的背後已看出了這個同盟的脆弱性。他必須盡快地解決西班牙問題，並在第二年春天把帝國大軍開赴易北河前線。
拿破侖決定親自率領一支足以掃平整個伊比利亞半島的大軍翻越比利牛斯山脈。在此之前，拿破侖禁止法國報刊上披露在西班牙所發生的一切，現在形勢迫使他打破這種高傲的沉默。他宣布︰西班牙的農民對他的王國造反，一個軍團由于叛變而被消滅，另一個軍團為英軍所騙撤出葡萄牙，他必須再征召兩批各為8萬人的新兵。他想把20萬久經沙場考驗的老兵部隊從德意志和意大利方面抽調出來增援西班牙，而以新兵補充德意志和意大利的各個軍營。
10月26日，拿破侖離開巴黎。11月3日，抵達巴榮納。8日，到達維多利亞。在這里，他听取了有關法國和西班牙兩軍陣勢的詳盡報告，他立刻起草了繼續作戰的計劃。幾個小時之內，整個戰爭機器又重新運轉起來。
這時，西班牙人的部隊狀況給拿破侖的反攻提供了良好機會。西班牙各種正規的和非正規的部隊已達到11。5萬人，但其裝備惡劣，紀律欠佳。他們的兵力分成五、六個**單位，沒有任何集中的指揮或參謀機構。各地方指揮官彼此妒嫉，難以合作。拿破侖相信憑著自己那支訓練有素的大軍，一定能把西班牙的」流氓」部隊打得落花流水。拿破侖的第一步就是收復馬德里以及確保普通過維托里亞和聖希巴斯坦到法國的交通線。他命維克托、蘇爾特、勒菲弗爾三個軍向西作寬廣的掃蕩，把西班牙人全部趕出去。這三軍果然不負拿破侖的重望，一路上如秋風卷殘葉般地橫掃過去，西班牙軍紛紛潰退。12月4日，法國終于攻下了馬德里。
與此同時，約翰。穆爾爵士率領3萬英軍進入西班牙。12月10日，穆爾爵士決定向北進擊守衛在布爾戈斯的蘇爾特軍，以切斷法國交通線。當時蘇爾特只有18000人，數量上處于劣勢。12月21日，兩國旗兵相遇，法國旗兵敗北。正當穆爾準備乘勝前進時，忽然傳來拿破侖已經北上的消息，穆爾害怕法軍切斷他與葡萄牙之間的交通線，立即命令軍隊向西撤退。原來，法軍重新成為馬德里的主人之後，拿破侖決定乘勝進至塔古斯河谷，把英國人趕出葡萄牙。就在這時，英軍已進入了西班牙，拿破侖立即改變計劃，向西北進軍，準備把英國人趕入海中。他留下約瑟夫國王和第一、第四兩軍駐守塔古斯河谷，自己于12月22日，以內伊為前衛，率軍42000人去支援蘇爾特。內伊軍團奉命開向薩拉曼卡和阿斯托爾加，穿過風雪交加的瓜達臘馬山，從側面進攻穆爾。在法軍攻擊下，英軍加快撤退速度。1809年1月3日，拿破侖在阿斯托爾加把指揮權移交給了蘇爾特，自己火速回轉巴黎，因為已有確切消息表明︰奧地利將在春天發動進攻。沒有拿破侖的親自指揮，戰果遜色不少。蘇爾特在追擊英軍的過程中，雖使穆爾身負重傷，但未能阻止其主力部隊登船撤走。而且，英軍不久又重新出現在葡萄牙。
此時的拉納軍正在圍攻薩拉戈薩城。該城已堅守了幾個月之久。1809年1月27日，拉納佔領了該城的外圍工事，並攻入城中。但在城中，拉納又遭到前所未有的英勇抵抗。每一棟房屋都變成了堡壘，每一間茅舍、馬棚、地下室、頂樓都必須經過戰斗才能佔領。這種激烈的戰斗在這個已被法軍佔領的城市中整整進行了3個星期，法軍士兵不分青紅皂白屠殺了一切人，包括婦女兒童。然而，只要法軍士兵稍一疏忽，婦女兒童也會殺死他們。法軍屠殺了2萬名守衛部隊和3萬多名城市居民。拉納元帥是位驍勇的騎兵，他曾參加過拿破侖指揮的所有激烈的戰斗，在他的頭腦中幾乎沒有」恐懼」二字，然而，他卻被眼前可怕的情景震動了，無數具男人、女人和兒童的尸體並排躺在血流成河的街道上，整個城市死一般的寂靜。拉納不無感慨地對身邊的人說︰「這是怎樣的一場戰爭啊！我們被迫要殺死這樣勇敢的人們，即使他們是瘋狂的人們，這場勝利也只能使人感到憂傷！」
在此後的一段時間里，西班牙民眾掀起了一股反抗法國侵略軍的愛國主義的大起義，將拿破侖的最精銳的25萬法軍牽制在在了西班牙。拿破侖在西班牙所犯下的錯誤過多︰
1首先，他不該相信他那無能的哥哥，他居然讓約瑟夫去指揮他手下的那幾名元帥和他的25萬大軍，想一下，如果這幾十萬大軍在滑鐵盧或萊比錫的話……
2其次，他留下的那幾位元帥本來就不太和睦，互相之間根本不可能相互支援，也不會听西班牙國王約瑟夫的指揮，由此可見，這是一支內部不團結，又沒有中央統一指揮的25萬精銳大軍，在這種情況下，即使是50萬大軍在西班牙也不會取得太大功效，因此，拿破侖本應該在1812年發動侵俄戰爭前先到西班牙戰場平定西班牙的戰事，可是他太過于自信，沒有想到自己會征俄失敗，自然不會想到自己的25萬的生力軍是如何的重要，拿破侖從此不得不承受由于自己的錯誤決定所造成的沉重負擔。
西班牙戰爭同時暴露出了拿破侖帝國隱藏的一個弱點︰拿破侖所建造的大帝國其實就是一個倒立的金字塔——整個結構都壓在他一個人的身上，要知道，人終究不是上帝，不可能總會獲得勝利，即使是拿破侖。
正如瑞典國王在拿破侖的葬禮上所說的︰
拿破侖不是被世人征服的。在我們所有這些人當中他是最偉大的。因為他只依賴自己的治理，所以上帝才懲罰他。他將自己的材質用到了最大限度，終于難以為繼。然而凡事物極必反，古今概莫能外。