隆武二年十月中旬，興明軍一萬五千人，跋山涉水，翻梅嶺，從平遠入廣東境，然而，未入韶州府城即被告知，隆武聖駕已至廣州。韶州府又傳兩廣總督丁魁楚軍令，因韶州府地關緊要，命興明軍一部于此協防，其余各部兵發肇慶听用！
得到此令的興明軍高層立即炸了窩，張衡、範蒼諸將立即大罵丁魁楚未懷好心，意圖吃掉興明軍。上官雲立刻認識到，此時廣州形勢恐怕很是復雜了。
上官雲等人不知，在興明軍與行軍路上艱難跋涉之時，隆武朝形勢變化也頗為驚人。
先是鄭芝龍不顧其子鄭成功、其兄弟鄭彩等人苦勸，終于投降清朝，大明失了福建全境。
起初，鄭成功和鄭鴻逵見既然無法改變鄭芝龍投降清朝的決定，特別提醒他親自前往清軍大營所在的福州風險太大，不可輕率行事。然而，鄭芝龍自以為在福建、廣東海域擁有強大的水師，滿洲貴族的軍隊擅長騎sh ，缺乏水上作戰能力，勢必像明朝皇帝一樣借重于自己何況，二十年來通過壟斷海上貿易積聚的巨額財富更使他駑馬戀棧。他不听勸告，帶了五百名士卒到達福州，謁見貝勒博洛。見面之後，博洛偽裝出一副仰慕已久的樣子，對他大加贊賞，還折箭為誓，許以重用。歡飲三天之後，博洛忽然在半夜傳令拔營回京，命鄭芝龍隨軍北上。芝龍心知中計，但已經輕入虎穴，隨身所帶士卒被安置于別營，自己孤身一人只好听憑博洛擺布了。
鄭芝龍只好委婉地向博洛求情，表示就他個人而言既然已經投降清朝，進京「面聖」正是自己的願望；不過，留在福建沿海的長子和兄弟擁有相當兵力，自己一旦進京，呼應不靈，恐怕海上從此多事。博洛的估計同他正好相反，以為掌握了鄭芝龍，鄭氏家族群龍無首，又不能不為芝龍的安全著想，必然惟清朝之命是听。因此，他讓芝龍當面寫了幾封信，借以招撫鄭氏子弟和部將，並且對芝龍說︰「此與爾無與，亦非吾所慮也。」這樣，鄭芝龍在清軍嚴密監護下被送到了b ij ng。但清廷食言自肥，僅授予他一等j ng奇尼哈番的空頭官餃，撥入旗下，實際上遭到軟禁。正所謂聰明反被聰明誤了！
博洛回京之前，確實利用了鄭芝龍的聲望招降其舊部，奉芝龍之命降清的有武毅伯施福、澄濟伯鄭芝豹和部下總兵十員，兵將數萬，均被調往已從浙江趕來的李成棟部听用。
而得到了隆武帝消息的鄭彩、鄭成功帶著所部不足萬人重新歸于隆武治下，張肯堂部數千兵也駐于惠州，俱受丁魁楚節制。
當是時，丁楚魁親迎聖駕于廣州。飽嘗顛沛流離之苦的隆武帝等人終于到一繁華安定所在，此時的隆武朝，坐擁兩廣、兩湖一川之地，外有大順軍和大西軍殘部聯合，且因為隆帝的存在，避免了史上紹武、永歷之爭，朝庭還有些實力。
朝堂上，路振飛審時度勢，力辭首輔之位，全力保舉丁魁楚。隆武帝為了得到兩廣兵力支持，終于詔丁魁楚為兵部尚書、東閣大學士位居首輔，路振飛為文淵閣大學士、吏部尚書，張肯堂為大學士、左督御史，呂大器為大學士、督軍兵部尚書，瞿式耜為兵部右侍郎、廣西巡府等。任民育、蘇觀生、陳邦彥、馬吉翔以下勛臣貴戚濟濟一堂。
朝堂外有督師大學士何騰蛟、章曠，忠貞營李赤心部，水師鄭彩叔佷，及張家玉、陳子壯一幫能臣武將及各路督府。這些實力整合起來，隆武朝擁兵五十萬。而此時興明軍部真是可以忽略不計了。
然而，隆武朝剛一安定，廷爭又起。首先是隆武新舊臣子之爭，舊臣自然是以路振飛、張肯堂、任民育等人一路；新臣自然以丁楚魁等人為首。
路振飛等人以靖難之功得隆武寵幸，而丁楚魁等手重兵的實力軍閥又是隆武帝不得不倚重的大臣。然後是，各路軍官的糧米、兵餉之爭，隆武朝數次征兵，但軍餉是個問題。這樣鎮守一方的文臣和帶兵武將多有抵觸，扯皮官司打的兩部堂官焦頭爛額。
此時的福建軍以李成棟為主，正在消化降兵，加強官府建設，對兩廣虎視眈眈。兩湖戰事稍平，雙方都在積蓄力量，以圖決戰。
此前，贛州一役，督師萬元吉、大學士楊廷麟以六千兵守城終被攻破，投水殉國，萬元吉也投水而死，郭維經入嵯峨寺**死，同時遇難者有翰林院兼兵科給事中萬發祥、太常寺卿兼守道彭期生、吏部主事龔棻、兵部主事王其、黎遂球等官紳三十余人。清軍憑借有限兵力攻陷贛州，固然在很大程度上是由于明朝督師萬元吉部署不當，但湖廣總督何騰蛟的坐視不救也是重要原因之一。
外患難平，內爭又起，再加上馬吉翔等一些投機分子群而爭之，朝堂內外，真是混亂不堪了。更讓各位大臣憂心的是，隆武帝自汀州以來，因逃難時于梅溪落水，受大寒，身體每況愈下。
隆武帝在給永明王朱由榔的手札中寫道︰「……國事飄搖，體格難堅，朕子不及滿歲，萬事憂心，恐大去之期已至。永明神宗嫡孫，正統所系，後當屬爾。」
隆武帝在往汀州逃亡時，即已有此言，現在又和朱由榔如是說。本是不傳之言，但朱由榔身邊太監王坤得到此訊卻如獲至寶，四處散播，一時廷內外眾說紛紜。這王坤本不是什麼好鳥，當弘光滅亡時，只身投隆武並要未獲重用，哪知卻得遇逃難中的朱由榔，得入朱由榔的王府，甚得厚愛。這投機小人，當然想從中獲利。
這些情況，興明軍中諸人哪里料得到。但眼前一件大事，便是丁魁楚的號令听是不听。上官雲心想，現在不翻臉恐怕到了肇慶還得翻臉，還不如仗著有些皇恩，厚著面皮拖上一拖。但得講些策略罷了。
興明軍扎于城外的當夜，營中便因缺餉之事鬧起了「兵變」，頗有把戰火引入城中的架式，上官雲連忙向韶州府求援，言道︰「請以韶州府庫為解興明軍半年軍餉之空缺。」那韶州府也不是好相與的，他于城頭見那興明軍營中兵士如臨大敵，刀槍在手，火銃上架，甚至擺出了攻城之勢，再聯想到白天所見，興明軍軍威甚壯的情景，心中已明白了上官雲心意。
無奈，只能以府中資用缺乏為由，進行推托。至此，再也不提調撥兵士之事。上官雲又道︰「可否允許興明軍入城中向大戶借些銀兩？」
韶州府鼻子都氣歪了，又不能撕破臉皮和興明軍干一架，更不便發函求援。只得拿出兩千兩銀子破財消災，送瘟神出韶州。一面又急信往兵部、內閣狀告興明軍。等到興明軍開到肇慶時，內閣和兵部分別收到了韶州府的折子。
在路振飛等隆武老臣看來，興明軍的存在無疑增加了他們在朝堂上說話的份量，丁楚魁未經廷議便要瓜分興明軍實是在挖他們的牆腳。如果隆武帝仍然康健的話，他們並未認識到這樣一個軍事存在的重要x ng，但從隆武帝身體狀況來看，真不樂觀了。
所以，內閣中因這份折子，便吵鬧了起來。任民育認為，興明軍乃史督師遺部，從揚州亂軍突出，又參與名震江浙的江y n防守戰，在江南幾挫敵鋒，今又有護駕之功，聖上親封主官上官雲為靖難伯，此等勁旅理應放于重鎮為防守主力，守護一方。
丁楚魁則從兩廣地區統一攻防角度出發，認為，在這一盤棋下，任務勢力都必須服從兵部也即總督府的居中調度，如果各自為戰，則無疑是重蹈兩湖之覆轍。
路振飛反駁，既然明白形成合力的重要x ng，那便應當認識到讓興明軍分散駐防，各不統領，嚴重削弱了這支軍隊的戰斗力。
眾人爭持不下時，馬吉翔跳了出來。他指出，韶州傳來的兵變事件說明興明軍並非像路振飛、任民育所說的那樣能征善戰。這樣部隊放在關鍵部位危害頓生。
大家吵得不可開交，卻沒人想去交于聖裁。丁楚魁好不容易才將興明軍打入冷宮，可不想再被隆武帝給召回來。而路振飛擔憂于聖上龍體的安康，不想因為這樣的小事再去煩他了。
呂大器見慣了眾人表面上打著維護朝廷實是利益相爭的嘴臉，心中十惱分火。但不能總是糾纏在這樣的事件中吧！最後提出折衷方案︰興明軍仍作為d l 軍隊存在，可置廉州或雷州一府駐防，大家實在是不好意思提出將興明軍安置在瓊州那樣的海角天涯了。眾人終于接受了這樣的調停方案。由此事可窺隆武朝廷全貌，就這樣，興明軍這支n in i不疼爺爺不愛的百戰之軍被邊緣化了。