光緒二年，宋驍飛趕回京城後，慈禧太後和恭親王奕欣的權力斗爭再次白熱化，李鴻章再次面臨站隊問題。
這一次，宋驍飛的想法，是將恭親王和清流都連根拔起，全部扳倒。
當然，這需要爭取慈禧太後的支持，幸運的是，這時候，慈禧太後扳倒恭親王和清流的願望，明顯比宋驍飛要強烈得多。
慈禧和恭親王這對反目的「情侶」，也沒有什麼深仇大恨，說到底，還是權力的斗爭。
光緒皇帝即位後，清廷的政治權力格局發生了變化︰兩宮太後依舊垂簾听政，慈安太後還是名義上的一號人物，慈禧只能算「女二號」，恭親王繼續主管總理衙門和軍機處，權力依然很大，尤其是軍機處，基本沒變化，還是恭親王的地盤。慈禧公開說，軍機處是「針插不進，水潑不進」的「閻王殿」，而「鬼子六」恭親王就是「閻王爺」。
而軍機處在清朝地位特殊，從雍正年間開始，軍機處雖然都是兼職，但總攬軍政大權，凌駕于六部之上，地位相當于現在的國務.院加中.央軍.委，所以軍機大臣地位相當于現在的中.央政.治.局常.委，加上兩宮太後，就是大清的最高決策機關。
慈禧一直都想染指軍機處，但沒什麼效果。李鴻章雖然深得慈禧的信任，官居一品，但在軍機處也是靠邊站的人物。光緒元年的軍機處由五人組成，即恭親王奕欣、武英殿大學士文祥、協辦大學士寶鋆、協辦大學士沈桂芬、工部尚書李鴻藻，其中只有李鴻藻一人還是慈禧太後以「帝師」的名義安插進去的，其他四人都是恭親王的「死黨」。
慈禧太後拉攏慈安太後，在光緒皇帝即位的問題上獨斷專行，繞過了軍機處，對固守正統的清流大臣也是極大的刺激，他們認為慈禧違背了清朝祖制。光緒登基，恭親王雖措手不及，但很快穩住了腳跟，聯合「清流」大臣開始反擊。
就在光緒登基不久，內閣侍讀學士廣安就受恭親王的指使，上奏了一折子，請求把光緒皇帝即位的事立個「鐵券」，永不變更，言下之意，是防止慈禧再生花樣，廢了光緒皇帝再立新君。更讓慈禧不可接受的是，廣安要求召開王公、六部、九卿擴大會議，進行討論，慈禧大怒，將廣安流放，發配邊疆。
不過，「清流」有一點讓恭親王和世人都很看重，就是「不怕死」，敢于「死諫」。
慈禧好不容易把廣安制造的輿論壓制下去，吏部主事吳可跳出來，他更為激進，當時阿魯特皇後沒有死，還懷著身孕，他要求光緒皇帝死後，必須立同治皇帝的子嗣為皇位繼承人，為了制造轟動效應，他義無反顧地選擇到同治帝陵墓附近服毒自盡。
幾千年來，大臣死節是中國人最欣賞的，不管他的要求合不合理，慈禧太後馬上變得很被動。
吳可死後，朝野震驚，恭親王不但沒有壓制輿論，還在軍機處里討論此事，這次連李鴻藻都覺得自己身為臣子，應該站在恭親王的那一邊。慈禧很孤立，地位也岌岌可危，她強烈地意識到，如果掌控不了軍機處，她就難以成為大清名副其實的「一號人物」。
慈禧下決心對付恭親王奕欣和清流大臣，還有另一個重要原因，她目光長遠，看到了「十年」之後。她眼看光緒皇帝一天天長大，如果不把強勢的奕欣和不要命的清流大臣扳倒，一旦等到光緒皇帝到了親政的年紀，慈安絕對會表態退出垂簾听政，她到時候孤掌難鳴，絕不可能再像對待同治皇帝那樣，對光緒皇帝的親政一拖再拖。
而打擊恭親王的機會，很快來了。
光緒二年，武英殿大學士、軍機大臣文祥病故。文祥是1861年燕京政變的老臣，他和寶鋆多年來一直是恭親王的左膀右臂，他一死，軍機大臣的位置就空出來一個，慈禧太後最先想到了帥叔李鴻章。
晚上，李鴻章和幕僚在庭院商議此事時，盛宣懷、李鳳苞、張樹聲都建議他入軍機，畢竟漢臣當軍機大臣是難得的榮耀和機遇。
宋驍飛抬頭望著一輪昏月，沒有說話。李鴻章問他的意見，宋驍飛說︰「上次恩師批評我沒有搞清朝廷的情況，我特意補了一下功課。現在朝廷的局勢，就像這夜幕一樣漆黑一團，軍機大臣這位置，像頭頂的一輪昏月，看上去有一種朦朧美。實際上，到時候恩師會很尷尬。」
李鴻章點點頭:「這也正是老夫憂慮的地方。」
宋驍飛說︰「恭親王從咸豐年間就擔任領班軍機大臣，雖然曾被慈禧太後剝奪過議政王的頭餃，但他在軍機處根深蒂固。如若恩師進去了，和他太近，容易遭到慈禧太後的猜忌；和恭親王太遠，恩師主導的洋務和海防必然得不到支持。這次軍機大臣之爭，恭親王和慈禧太後必定誰都不肯相讓，我們不妨保持中立，這樣他們雙方都會來爭取恩師。」
李鴻章捋了捋花白的胡子，說︰「你說得有道理。我一向喜歡實干，我想辦的鐵路和海軍都剛剛起步，不能半途而廢。而且入軍機難免陷入空議，非我所願。但聖母皇太後的意思，老夫也不好違背。」
宋驍飛說︰「恩師不如推薦一個人，慈禧太後也會滿意。」
李鴻章問︰「誰？」
宋驍飛說︰「榮祿。」
李鴻章微笑著點點頭︰「你跟我想到一塊去了。」
第二天早朝，李鴻章以自己還要忙于和英國公使威妥瑪周旋「馬嘉里案」為由，推薦了時任內務府總管的榮祿當軍機大臣。
這當然是慈禧想要的，既提拔榮祿，李鴻章又能在洋務派中繼續發揮頂梁柱的作用。但當時榮祿的資歷不夠，為了把榮祿調進軍機處，慈禧把他官升一級，為左都御史、工部尚書。
慈禧太後以前騎在自己身上也就忍了，但這次，她還要撒尿，到自己的「後院」來安插親信，恭親王當然不同意，雙方僵持不下，恭親王去找慈安太後，慈安建議他去見見醇親王。
當時醇親王雖然成了「閑王」，但他畢竟是光緒皇帝他爹，而且剛退居二線，人脈尚存，便出來當「和事佬」，讓沈桂芬提議湖南巡撫王文韶入軍機，他去說服榮祿主動放棄軍機大臣的位置，這樣慈禧太後也保全了自己的顏面，榮祿還照樣升了官。
恭親王答應了，說這辦法可行。
醇親王覺得自己真是個人才，這麼好的主意居然被自己想出來了，于是興沖沖地去找榮祿，他原以為榮祿是自己提拔的人，多少會給自己一點面子。但榮祿覺得自己也已年近四十，正是干大事的時候，入軍機一輩子可能也就這一次機會，加上有慈禧太後撐腰，態度模稜兩可。
醇親王以為他已經答應自己，便讓沈桂芬去湖南找王文韶，結果，王文昭好不容易答應了，榮祿又跳出來極力爭取軍機大臣的位置。
醇親王和沈桂芬都很憤怒，覺得榮祿這人是反復無常的小人。醇親王咽不下去心中的惡氣，稟明慈安太後，說修同治皇帝的皇陵事事都需要找內務府，自己年紀大了，腿腳不利索，在燕京和河北之間跑不方便，急需榮祿這樣年富力強的內務府大臣作助手，希望榮祿參與修陵這項重大工程，慈安太後恩準，慈禧也不好說什麼。
于是，在恭親王和醇親王的兩面夾擊下，榮祿偷雞不成蝕把米，不僅沒能入軍機，還陪著醇親王去河北修陵墓去了。
這一次斗爭，以恭親王的勝利告終，湖南巡撫王文韶順利入了軍機。恭親王還和慈安太後商量，增加了一名軍機大臣，光緒皇帝的老師翁同龢，翁同龢這個人思想比李鴻藻更「清流」，這更加激怒了倔強的慈禧，覺得恭親王是在為光緒皇帝十年後親政做準備，加大了她要移開恭親王這塊絆腳石的決心。慈禧太後生下來，就是那種不達目的，誓不罷休的女人。
光緒三年，朝廷內斗的形勢越來越劇烈，連幕後的宋驍飛也聞到了火藥味，李鴻章的鐵路計劃因醇親王的反對無疾而終，理由是破壞風水，中國最早建成的一條鐵路吳淞鐵路，朝廷花了二十八萬兩白銀從英國人手里買來，把鐵軌拆了全扔黃埔江里喂魚去了。整個清廷屁大點事都要吵翻天，就像一個大火藥庫，仿佛只要來點星星之火，就會猛烈爆炸。
而火藥庫的導火索，馬上就要被曰本人和法國人點燃。;