這是一個不平常的夜。在勝利隊本部值班的大古做了一個很恐怖的夢，搖曳的千結拉、熊熊燃燒的火海、驚慌失措的人群還有最後降臨的黑暗。渾身是汗的大古被驚醒了，大口的喘著氣，試圖平復劇烈的心跳。正在睡夢中的葉清音也做了相同的夢，只不過他的夢境要清晰詳細的多。「啊！」葉清音猛地坐起來，抹了一把冷汗「怎麼會做這種夢？黑暗，佐加嗎？」葉清音的大腦清醒了過來。
早晨，葉清音心不在焉的扒了幾口飯就鑽回臥室去悶了起來。卡密拉和居間惠對視一眼，不約而同的放下碗筷，敲響了葉清音的門。對于葉清音的性格二女可謂了如指掌，葉清音的這種表現就是說明有事情要發生了。葉清音的個性從某方面來說其實很單純，心里藏不住事，什麼東西在臉上就表現出來了。
「咚咚咚！」居間惠敲響了房門。不一會兒，葉清音從里面探出頭來「是你們啊！有事嗎？」葉清音錯愕了一下，繼而問道。「不是我們有事，而是你有什麼事。」居間惠道。「我？」葉清音更加愕然，他就想不通，難道自己真的很小白？一眼就讓人看穿了葉清音把二女讓進屋里，自己就摔在床上不停的揉腦袋。在她們面前，葉清音根本不在意自己的形象。
「到底怎麼了？」卡密拉開口道。「昨天晚上，又做夢了。」葉清音現在還有些頭痛。「做夢？」「嗯，做夢。」二女有些不解，做個夢有必要這麼糾結嗎？「是關于三千萬年前人類毀滅的最後一幕，記憶猶新啊！」葉清音眸子里閃過一絲黯然。「不是都過去了嗎？」居間惠有些奇怪。「你們不知道，當時的慘狀。」葉清音的記憶穿越了時空，他的眼前仿佛又出現了那不斷噴出花粉的千結拉，吸了千結拉花粉的人好像著魔了一樣，不斷破壞著能夠破壞的一切；接著零星的火苗蔓延成了連綿的火海，人類所創造出的一切文明成果全都在火海中化為烏有。最後，遮天的黑暗包圍了地球，幸存的人類在這黑暗中徹底的失去了希望。
「呼」葉清音出了口氣，從回憶里醒來。「三千萬年前的慘劇將要重演，黑暗魔鳥佐加，就要復蘇了。」葉清音無力道。「人類真的就逃不了命運的掌控嗎？」葉清音的話仿佛重磅炸彈，居間惠霍地站了起來「什麼！」
勝利隊本部。海洋巡邏隊向勝利隊報告，新西蘭附近海底發生了異常隆起。接到報告後，居間惠心里越發的不安起來，她想起了葉清音早上的話「黑暗魔鳥佐加，就要復蘇了！」
新西蘭海底的地殼不斷隆起，一座超古代的遺跡出現在所有人面前。通過傳輸的影像分析，這座遺跡的建造時間在三千萬年前。忽然，一雙血紅的眼楮出現在屏幕上；一聲獸吼過後，屏幕上的畫面消失了。「一號機先行出發。」麗娜起身向外走去。大古站起來，略一躊躇，追了上去。這幾天麗娜很反常。
新西蘭附近海域，一頭怪獸突然沖破海平面從海底冒出來；之後，怪獸以超快的速度直接登陸澳洲。無數的光球從怪獸的嘴里吐出來，以機關槍的射速橫掃數座高樓。在麗娜駕駛勝利飛燕一號機趕到時，已經有好幾座高樓被徹底摧毀了。勝利飛燕號進入射程之後就立即向怪獸發動了攻擊。但在怪獸超敏捷的規避之下，所有的攻擊都落了空。宗方指揮要求大古繞到怪獸前面，意圖夾擊。但是，結果卻是大古和麗娜險些誤傷。突然，怪獸向高空飛去；麗娜一拉*縱桿追了上去。大古擔心麗娜出事，趕緊追了上去。出乎他們意料的是，一直在前面跑的怪獸突然掉頭沖了回來；在麗娜的尖叫聲中，紅色的能量彈疾射而來。麗娜險之又險的避了開去，但後面的大古卻很倒霉的被擊中了。最後，怪獸瞬間消失在大家的視線中。
勝利隊本部，在回辦公室途中的居間惠看到了一個和自己很相像的女人，她正是古代地球防衛軍指揮，幽蓮。「佐加已經復蘇了，燒盡大地的邪惡魔鳥。它帶來一望無際的黑暗，將把這塊土地完全吞噬」「一望無際的，黑暗？」「帶來恐怖、破滅、悲傷，和把一切化為烏有的使者。」听著幽蓮的描述，居間惠不由想起了葉清音早上講過的三千萬年前的慘劇，只是葉清音講的更仔細一些罷了。「我知道，黑暗魔鳥佐加的復蘇所代表的意義。我們會挺過去的，現在的人類和過去的不一樣！幽蓮。」
葉清音站在陽台上仰望著天空，變幻的神色讓人不知在想些什麼。良久，葉清音道︰「卡密拉，通知達拉姆他們，‘保護區計劃’正式啟動。現在的地球無力再應付地球以外的威脅了。」「現在就開始那個計劃？沒問題嗎？」卡密拉從里面走出來。「影響應該不大。現在有了Z33的資源支持，機械奧特戰士的制造大大的加快，讓戰士們帶領將要成型的機械奧特軍團，全力掃蕩宇宙的每一個角落。將所有的怪獸都送到我們精心準備的保護區去吧。」葉清音唇邊露出一絲微笑。「保護區計劃」是迪迦為了在位面融合後的初期拖慢光之國的擴張步伐而制訂的計劃。其主要的內容就是把宇宙中大部分怪獸全部驅趕到M789星雲所對應的位置，等位面融合後、M78降臨時，光之國最先要面對的，就是這些被驅趕到一起的怪獸。因為和地球設立野生動物保護區相類似，所以取名「保護區計劃」。「知道了，我現在就通知他們。」卡密拉轉身回房，葉清音家里就有和Z33聯系的通訊裝置。
Z33星雲，除必要的防守人員外，所有的超古代戰士聚集在一起，听Z33高層的動員訓話。「戰士們，多余的話我就不多說了，我們的任務就是給宇宙中的‘小動物’們找一個溫暖的家。計劃已經下發到你們手中了，只要執行就可以了；出發吧！」達拉姆大手一揮，戰士們瞬間奔向茫茫宇宙。
地球上，佐加的行蹤再一次出現了。麗娜駕駛著裝載有麥克斯動力系統組件的新機體白雪號緊咬著佐加不放，試圖將其攔截擊斃。而佐加的速度還真不是蓋的，挨了一記超強尖鋒彈還能以超快的速度向大氣層外逃逸。麗娜接下來的舉動讓大古擔心不已。
「麗娜，白雪號沒有飛出大氣層的裝備啊，麗娜！麗娜！」麗娜專注的駕駛著白雪號，對大古的聲音恍若未聞。「再高一點」「你到底是怎麼了？你倒是說說啊！」大古問出了心里的疑問。「為什麼？為什麼不告訴我？為什麼要獨自承受？難道說，奧特曼就有義務一個人承擔起保護地球的責任嗎？如果有可能，我也想要變成光，飛的更高。」大古有些驚訝，他用一種充滿感情的語氣道︰「我並不是一個人。還有迪迦和女巨人，他們也在為了地球的未來而努力。而且，所有人都能變成光；光，在每個人的心里。」「我現在不能回頭，所以，你變吧。」
藍色的巨人托著白雪號快速拉近了和佐加的距離，超強尖鋒彈射中了佐加的翅膀，徹底廢了佐加的速度。砰然巨響聲中，佐加栽在了大地上。隨後，手托白雪號的大古也尾隨而來。
宇宙的各個角落，一場轟轟烈烈的捕捉「小動物」的行動開始了。不管是正在活動的怪獸還是不知在那個旮旯里沉睡的積年老怪都被翻了出來，不時有奧特戰士押解著怪獸向指定區域前進，各種閃光頻頻出現。一頭頭怪獸被扔在了與另一個宇宙M78星雲相重合的位置，一時間各種獸吼響徹宇宙。隨著全部戰士歸隊，「保護區計劃」的收尾工作開始了。在已經計算好的位置上，一個個不知名的儀器被放置，隨著最後調試工作的完成，一道超強的能量流將整個星雲封鎖起來。這是「保護區」的「電網」。隨後，奧特戰士們迅速離開了這片星域。
地球上，大古和佐加的戰斗也開始了。佐加不愧是三千萬年前的滅世魔鳥、黑暗先鋒，心性之殘忍可謂是排怪獸之前列。將影響身體平衡的另一只翅膀從身上硬生生的撕下來，嘶吼一聲直撲大古。
而佐加的實力確實很強，除了速度外，它的身體力量也是出類拔萃的。沒有形態變幻的大古根本不是佐加的對手，被佐加壓得死死的。就在大古無計可施之時，一道人影從天而降把正在發威的佐加踢出老遠。
大古抬頭望去，一個藍色的身影擋在他面前。這個，就是薩洛梅破解黑暗獨眼巨人的技術所生產的機械賽羅實驗型；這次在葉清音的授意下前來幫助大古，順便收集實戰數據。
機械賽羅的實力毋庸置疑，一記賽羅飛踢過後，佐加受了不輕的傷害，身體的靈活性大受影響。等它從地上爬起來，機械賽羅的計時器光束將它徹底淹沒。
大古和麗娜對機械賽羅的實力震驚異常，那麼厲害的佐加竟然被眼前的陌生巨人輕易消滅了。
變回人形的大古和麗娜一起，仰望著機械賽羅，心里十分好奇。大古隱約猜到，這個好像是機械戰士。這時，大古的通信器響了「馬上回基地，佐加侵襲日本了。」居間惠的聲音響起。「怎麼可能？它不是剛死嗎？」麗娜不可置信道。
話音剛落，兩只佐加從頭頂掠過。地球的危機，來臨了！