終于停止了所有的進攻，戰再也打不起來。從此議和拉開帷幕，其主體思想大致是，議和的條件，以及戰後南北軍合並後的各項議程。
南北議和就是在這種背景下進行的，袁世凱想擺月兌南京政府的控制，江浙人士的代表與袁世凱的代表進行的談判。獨立各省的領導權大多不在同盟會手中，江、浙兩省又面臨光復會的競爭，若再失去對南北議和的控制，一旦和議成功，清帝退位，袁世凱當選大總統，同盟會將被邊緣化。為扭轉被動局面，同盟會方面雙管齊下，化解危機︰一面由陳其美策動各省代表會議的留滬代表，選舉黃興為大元帥，代行民國臨時政府中央政務（後遭黎元洪及各省代表的反對，在南京重新選舉黎元洪為大元帥，因談判方不願意建都南京，于是黃興以副元帥代行大元帥職權；黃興當元帥，也是為了牽制北洋軍。正職為黎元洪。
這幾日，清廷也感覺到很不對勁、開始派人調查。清廷張之洞揣摩袁世凱的心機很深，又有秘密的消息。知袁世凱無意做曾國藩，立馬向載灃諫言，但是已經無力回天、袁世凱此時時，坐鎮南北兩地，早就是魚歸大海，載灃後悔的暗罵起自己來。
南北議和不出幾天又拉開了第二次和談，南方革命軍要求了五項均被袁世凱同意，其五項為︰（一）確定共和政體；（二）優待清皇室；（三）先推覆清政府者為大總統；（四）南北滿漢軍出力將士各享其應得之優待，並不負戰時害敵之責任；（五）同時組織臨時議會，恢復各地之秩序。
第二天，袁又安排了「關于清皇帝之待遇」、「關于滿蒙回藏之待遇」兩項提議案，當日議決條款，首項即為「開國民會議，解決國體問題，從多數取決。決定之後，兩方均須依從」。意思就是清廷沒有了國家實行政治的權利，僅能享受政府部門的優待，就是把你們都供養起來，清王朝其余的權利通通為0。
國民會議表決國體，清帝退位後袁世凱做民國首任總統，同盟會方面難以接受這樣的結局。孫中山恰在此時回國，黃興、陳其美等人考慮孫革命一生，眼看滿清將倒，應給予其民國首任總統的職位，以示尊榮。「總理回滬後，黃興、陳其美兩人朝夕不離。十一月初七日保衛孫文，假哈同花園公宴總理。席次，克強、英士、稀薄胡子秘密商舉總理為大總統，分途向各代表示意，計已定。但是北洋舊部眾多，利用報社喚起輿論。
晚間復集總督府，會商政府組織方案黃興、稀薄胡子，連夜召集各省代表開會，提出成立政府、改用中華民國紀元並改用陽歷、政府組織采用總統制等，籌備選舉臨時大總統之事。為的是公平起見。希望孫文得意再職總統之位。
國民會議在上海開會，孫中山當選臨時大總統後當即致電袁世凱解釋情由︰「文前日抵滬，諸同志皆以組織臨時政府之責相屬。問其理由，蓋以東南諸省久缺統一之機關，行動非常困難，故以組織臨時政府為生存之必要條件。文既審艱虞，義不容辭，只得暫擔任。公方以旋轉乾坤自任，即知億兆屬望，而目前之地位尚不能不引嫌自避；故文雖暫承乏，而虛位以待之心，終可大白于將來。望早定大計，以慰四萬萬人之渴望。」孫文迫與北洋軍壓力，同時袁黨眾多，只有將大總統打算給袁世凱擔任。但是要求是必須建都南京。
袁世凱提出要求，要南京建都之地改為北京被拒絕。袁認為南方太無誠意，北京政府不能承認。不覺又施加壓力給革命軍。
當初孫中山搶在國民會議召開之前成立政府，意在*迫袁世凱將他視為平等的談判對手，增加推翻滿清後政治權力再分配的籌碼。他的目的達到了。袁世凱不得不與他打交道。清帝退位優待條件」和「南方如何兌現承諾」已成了最後的議題，後者成了決定和談成敗的關鍵。直隸、河南兩省諮議局通過汪精衛轉給孫中山一電，提出三個條件，頭一條即是︰「清帝退位後，能否舉袁為大總統？」1月14日，孫中山在復電中保證︰「清帝退位，共和既定，袁有大功，為眾所屬，第一條件自無不能。」第二天，孫中山又致電伍廷芳，請他轉達袁世凱︰「如清帝實行退位，宣布共和，則臨時政府決不食言，文即可正式宣布解職，以功以能，首推袁氏。
孫袁斗法，一波三折；袁氏妥協，議和雖然成功，但失去的也多了。
就在孫中山信誓旦旦之際，接連發生的幾件事，更加深了袁世凱對孫的不信任。
又過了幾天孫中山忽然提出五條「要約」，命伍廷芳轉達袁世凱，其中第二條︰「在北京不得更設臨時政府」；第三條︰「得北京實行退位電，即由民國政府以清帝退位之故電問各國，要求承認中華民國彼各國之回章」。孫中山電邀伍、唐「入寧面商，以決大計」，伍、唐拒不赴寧。從1月18日至21日，孫向伍連發五電，修改所擬的「要約」，並向黎元洪轉報︰「現雖未列入正式談判，而進行頗確。若清廷仍不肯就範，則再戰有詞」。1月22日，孫罕見地將「要約」公諸報端，以最後通牒之勢向袁攤牌。袁世凱以孫提出的條件與以前協商的內容不符，拒絕接受，他認為︰清帝退位後，倘各國未能即時承認中華民國，斯時北方諸省清帝統治權既已消滅，南方臨時政府事實上又不能統一，中國便成無政府之狀態，何以維持秩序，對付外人？如果孫中山非要為議和附加新條件，他將把所有談妥之事，即時作廢。
孫文迫于壓力答應‘滿洲之事如有意實行，在四日之內，匯一千萬元並電告，即可與袁中止和議’。」其後，2月5日、6日孫中山致電森格催促日本方面答復。日方深恐借款給臨時政府引起外國干預，2月8日，益田孝復電森格，沒有允諾提供一千萬元軍費，相反勸孫中山及黃興與袁妥協。
孫中山之所以節外生枝，甘冒議和破裂的風險，所恃全在借款，借款不成，只得言和。最後的談判更像一場交易，孫中山為袁世凱繼任大總統設置了許多條件，又在新內閣人選上討價還價，袁企盼和議早成，屢屢向孫妥協，稀薄胡子、陳其美、王寵惠、••••••得以躋身總長之列（內閣設十位總長），加上由傾向同盟會的唐紹儀出任內閣總理，南方總算如願以償。
辛亥年臘月二十五（1912年2月12日），清帝下詔退位。袁世凱通電全國︰「共和為最良國體，世界之公認。……大清皇帝既明詔辭位，業經世凱署名，則宣布之日，為帝政之終局。」2月13日，孫中山向參議院辭職，並諮文參議院︰「此次清帝遜位，南北統一，袁君之力實多……且袁君富于經驗，民國統一，賴有建設之才，故敢以私見貢薦于貴院。請為民國前途熟計，無失當選之人。大局幸甚。」2月15日，南京參議院舉行總統選舉會，以十七票（全票）補選袁世凱為臨時大總統，並在通告袁世凱的電文中稱他為「世界之第二華盛頓，中華民國之第一華盛頓」。
為了結束南北對立，1月25日，袁世凱及各北洋將領通電支持共和。2月12日，袁世凱*清帝遜位成功，隆裕太後接受優待條件，清朝對中國的統治宣告終止，清朝結束了兩百年的統治，從此覆滅。１３日，孫中山履行承諾，到南京臨時參議院正式提出辭職，薦袁自代。2月15日南京參議院正式選舉52歲的袁世凱為臨時大總統。依據中華民國臨時約法，改總統制為內閣制，大大削減袁世凱的權力，但袁堅持于3月10日在自己的地盤北京就職。