參謀總長及各級官長第一要務，在上下一致重振紀綱。過去一年間，紀綱廢弛，精神松弛，致使軍隊一敗涂地，遭受節節失利，大多數人民被匪關入鐵幕，吾人八年抗日戰爭所獲得成果，國際人士對吾人之崇敬，遂因此而告喪失，受盡侮辱與歧視，稍有廉恥有人性之人，于別人欺傷譏笑之下，自不願亦不能忍受。欲洗雪恥辱，必重振紀綱，此乃第一要務。
其次為確立制度，吾人過去所受失敗教訓，在于制度之未臻健全。去年一年來，余耳聞目睹各種缺點造成之嚴重後果，此後，吾人應確立制度，造成有系統有組織之機構，始能發揮無比力量，否則將喪失國家人民與自己之生命。蓋建立新國家，必先建立新制度，如此始克完成剿匪戡亂任務，否則，即使獲得了勝利，則仍將遭受失敗之教訓。《中央日報》，1950年3月25日。§§
蔣介石明白，要保衛台灣，軍事是第一要務，而要對在潰敗之中的國民黨軍重新整理，所做的工作非常繁多，包括軍紀的整飭、軍隊中政工制度的確立、對軍官的訓練、軍事院校的建立、軍隊的整編、士兵素質與福利的改善等（關于軍官培訓、軍紀的整飭與軍隊中政工制度的確立，將另節專門敘述）。
蔣提出，「軍事制度之建立，先以各兵種業務人事之組訓著手，再加以統一集中，□以通信情報與參謀學院之建立為急務」《蔣介石日記》（手稿本），1950年3月15日……1950年代初期的蔣介石可以說是全身心在整理軍事上，以改善士兵素質與待遇為例，蔣曾試圖通過「換血」方式，招募台灣的新兵取代從大陸潰敗去的老兵，無奈此項工作所費甚巨，終因「經費不足以致停頓」。《蔣介石日記》（手稿本），「三十九（1950）年工作反省錄」。蔣便只能通過加強訓練舊有士兵來提高實力，他不斷地巡視部隊，為士兵打氣。在經費困難的情況下，蔣想到了古代「兵農合一」的方式︰實行「退伍軍人征田安置政策」，他認為，「如果能成事實，則整軍與限田同時並行，一舉兩得矣」。《蔣介石日記》（手稿本），1952年1月26日「上星期反省錄」。通過給士兵「授田」來滿足其基本的要求。1952年，蔣又在經濟稍得喘息後，首先給士兵加薪。「士兵增加餉項已于本月實施，而官長薪餉以預算無著未能增加，因之更加強士兵之士氣，此為數年來最關心之要務，而今幸得實現。」《蔣介石日記》（手稿本），1952年9月30日「上月反省錄」。1952年後，台灣當局規定所有專科與大學畢業生，「一律皆入軍官學校受訓一年，取得預備軍官資格以後方給畢業文憑」。這一制度的實行，改善了基層軍官的素質，擴大了兵源。