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在被迫退出海南與浙江定海等地之後，蔣介石將所有軍隊的戰線收縮到台灣、澎湖等處，並將部隊縮編整編，至1952年10月底完成，把原有的31個師壓縮成21個師，並成立4個師管區。同時，對中下級軍官實行來回培訓，對高級軍官，尤其是心懷二志的雜牌軍官進行了清理。蔣簽發了兩項命令︰對逃亡海外將官不歸的一律「免官除役令」，對陳誠等已經不在軍隊擔任職務的官員「退役令」。蔣事後總結道︰「**官籍整理之原則實施，所有高級軍官未隨政府來台及散居國外者，一律免官除役之發表，李宗仁、張發奎、熊式輝等均一律在內，此舉實與黨員全國大會淘汰腐劣中委之性質同一重要也，實為整黨整軍最重要之步驟也。」《蔣介石日記》（手稿本），1952年12月31日「上月反省錄」。確實，部隊整編與高級軍官的「官籍整理」，使得軍隊更「職業化」，軍官更忠誠，蔣介石更易控制。
對于整理軍事的成果，蔣介石在1950年底與1952年底均有認真總結，現將其日記中的相關內容錄于下，可見其在兩年間的「進步」︰
1950年底，蔣介石寫道︰
關于軍事之整理，收效各點︰甲、政治部制之建立；乙、人事之統一；丙、缺額之清理；丁、補給到團經理之改制；戊、軍官保險制實施；已、兵額之核實；庚、發餉之定期；辛、分配菜田，補充副食物；壬、軍官訓練團之成立，教育制度之改正；癸、四次聯合演習之親臨主持，定海大撤軍，總校閱之實施，軍官學校之重建，此實皆為整軍奏效之因事也。《蔣介石日記》（手稿本），「三十九（1950）年工作反省錄」。
1952年底，蔣介石寫道︰
軍事最大之成就︰子、圓山軍訓團高級班第三期訓練如計完成，至此，團長以上高級將領皆已訓練完畢，此為建軍之最大基業也；丑、四月間海空軍各總司令如期撤調，嚴拒美國武官橫加干涉；寅、自五月起，各軍徹底整編，以卅一個師至十一月止整編為廿一個師，設立四個師管區，皆如期實施；卯、陸軍各防守區司令與海軍各艦隊司令皆重新編調，而空軍各區聯隊司令亦于年底完成；辰、陸海空三軍物資對流，所有各總司令據為私有之倉庫，一律交予聯勤總部辦收管。午、炮、工二科及陸海參謀各學校與國防大學，皆已舉辦開學。戰術、空軍與裝甲、通訊、情報、政工、測量各校皆由美國協辦而加強矣。《蔣介石日記》（手稿本），「四十一（1952）年總反省錄」。
兩相比較，1950年，蔣的整理軍事工作要點在「人事統一」、「核定兵員」、「缺額清理」、「發餉準時」、「分配菜田」等收拾殘局、安定軍心的低層次上，而1952年則關注于軍事院校的建設、中高級軍官的訓練、部隊整編等提高部隊戰力與軍隊發展等較高的層次上了。