當李斯發現趙高的卑鄙和惡毒之後，他寫奏折向秦二世報告，列數趙高罪狀，懇請他盡早除去隱患。
大出李斯意料之外的事情發生了，胡亥看了幾段就沒興趣再看下去了，將奏折扔到一邊，道︰「丞相，我知道您是為我考慮，可是，我跟他在一起十幾年了，還算是了解，他從先皇以來，無不兢兢業業、克己奉公，上合朕意，下知民情，你想，他是個宦官多可憐，也無子嗣，私心也沒用的，他不會，你別多疑了。如今您老年事已高，就多多休息保養身體吧！」
不久，趙高又從秦二世口里得知李斯彈劾自己的事情和看到了參自己一本的奏折。
他從放在秦二世身邊的耳線中得知秦二世處處袒護自己，更加有恃無恐，開始計策如何鏟除李斯。
這時候農民起義軍的反秦熱潮已經烽煙四起、風起雲涌。
所以，為了鎮壓農民起義，不斷地從關中征發人民去打仗，給人民造成極大的負擔。
趙高為了繼續修好阿房宮，征發徭役，把人民推向更加苦難的深淵。
有一天，剛下完早朝，李斯、右丞相去疾、將軍馮劫一起邊聊邊慢慢走下殿堂。
憂國憂民的去疾說︰「二世皇帝沉溺于，並為各種建築大修而征調百姓，使得多地的農民起義造反，國將不國。」
李斯皺皺眉，說︰「唉，主上只听趙高一人而言，而且趙高在，當場就會反駁我們的。」
馮劫建議道︰「不如我們單獨去找二世皇帝。」
李斯點頭贊同道︰「好吧，我整理一下奏折，到時候一起去匯報。」
李斯同右丞相去疾、將軍馮劫意識到了這點，上書勸慰秦二世以大局為重，暫停修建阿房宮，減少一些徭役。
他們上表沒有選擇好好的時間，這時，秦二世正好跟一個新進的宮女在**，正在成其好事的興頭上。
見到冒冒失失的李斯等人帶著奏折疾步而來，而且也不傳報一聲，十分惱怒，下令將他們全部逮捕入獄。
不久馮去疾、馮劫不辱氣節，自殺而亡。
自認為能言善辯會躲過這一劫的古稀之年的李斯對秦二世尚懷有一線希望，在獄中多次上書，自敘前功，企望秦二世能念及過去的功勞從輕發落，都被趙高扣留。
趙高借機落井下石，如當年篡改秦始皇遺詔一樣，找人模仿並篡改李斯的奏折報奏秦二世說︰「李斯在奏折上說，他參與了先皇遺詔的篡改，並助您登基有功，理應該列土封王，但是現在卻事與願違，讓他久不得志，他乞求陛下三思，以便因小失大，導致最後得不償失，並要求面見聖上。」
「啊！」
趙高接著說︰「我覺得一定不能見，他肯定不懷好心了，陛下不可不防。我還听說，李斯與其兒子李由準備聯合現在造反的一個叫陳勝的山大王老鄉一起謀反，這也是李由遲遲出兵鎮壓陳勝，讓陳勝橫行三川的一個主要原因。」
「那……怎麼辦？」
趙高笑笑說︰「先發制人，剪草除根，以除後患。」
「嗯，按你的意思趕緊去辦，不過，一定要找出他造反的證據，否則，難以服眾。」
于是，趙高對李斯嚴刑拷打，刑訊逼供，因為牽涉到自己的兒子李由，李斯抱著打死都不認的決心。
依秦律，重犯最後必須有御史最後驗證，方可最後定罪。
趙高為了不讓李斯在御史面前翻供，命人假扮御史等一行人提審李斯。
李斯見御史前來，想最後一爭，于是大喊冤枉。
誰知曉，假御史不由呈冤說完，就命人掌摑並暴打李斯。
如此反復幾日，李斯再也不敢叫屈了。
這一次，秦二世派遣的真御史來復審了，李斯早已心灰意冷，對趙高的誣陷之詞一一供認，並承認謀反。
當秦二世看了御史的復審奏折，長嘆道︰「多虧了趙高，不然，非毀在李斯這廝手中不可。」
秦二世二年七月，李斯和兒子李由被秦二世下令腰斬于市，並被夷三族。
跪著的李斯老淚縱橫地對身邊同樣綁著的兒子李由嘆息道︰「現在我們到了這個地步，真是命運的因果報應呀，當年我走邪路想讓你成為將軍，支持秦二世稱帝，到頭來還是一場空，害了全家，真是‘善有善報，惡有惡報，不是不報，時機未到，時機一到，善惡全報’呀，想想以前所擁有的美好時光，飯後我帶著你到東門街上去遛狗，何其自在。人呀，不能太貪婪，要懂得知足，否則最後就是竹籃打水一場空，就像貪心杯，多加一點，整個酒杯里的酒就全部漏出來了。」
說完，李斯和一家幾口痛哭不已。
千古一相貪戀祿位、晚節不保，就這樣被結束了生命。
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