一監二閣三院——
設置欽天監監正、太史閣太史令、文淵閣統領大學士、翰林院院正、格物院院正、都察院左都御史、右都御史。
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欽天監，掌觀察天象，推算節氣，制定歷法。
天文科負責天文學研究。
歷法科負責歷法和節氣的編纂、制定、推算。
日晷科負責精確的時間測量，目前采用原子鐘。
風水科負責國家地理堪輿、尋龍點穴、藏風納水，目前成為了國家玄學研究部門，負責超自然現象的調查與研究。
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太史閣，國家歷史與檔案館，負責史學研究，修書撰史。
考古科負責國家的考古挖掘工作。
守藏科國家歷史和檔案館。
古史科負責研究古代歷史。
近史科負責研究近代歷史。
現世科負責預測現代及未來的格局形勢。
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文淵閣，文化藝術的研究機構，負責諸子百家、百科學術的修書定義、釋義正典。
經藏樓國家藏書館、圖書館。
百家坊精研百家學術（主要是哲學、思想、主義、政治、理論）。
正典處負責各種著作的官方解釋權。
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翰林院，為中樞幕僚，或者說是智囊團、智庫。
文苑經筵日講、論撰文史、稽查史書等等，文苑長于學術研究。
玉堂探討軍政、協議國事、推演局勢、以備咨詢等等，玉堂長于謀劃策略。
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都察院，主掌監察、彈劾及建議，負責糾察、彈劾官員、肅正綱紀。
左都察院監察百官，廉政反腐。
右都察院信訪采風，百姓投訴。
監察司地方監察御史使司。
紀委司紀律檢查委任使司。
暗行司暗行御史使司。
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格物院，中華聯邦中央科學院，負責科學技術研究，經李丞相改制後分為探天閣和人文苑兩部分。
探天閣——
算學部研究數學、算法和邏輯學。
物理學部研究物理學。
化學部研究化學和材料學。
生物醫學部研究生物學、醫學。（大多兼任太醫院之職）
地學部研究地理學、地質學、地球環境學等。
信息學部研究電子信息學。
機關學部研究機械機器學。
工程技術學部研究工程學。
人文苑——
語言學部研究各類語言、文字、音律、符號、密碼。
社會學部研究人類社會活動。
心理學部研究心理學。
政治學部研究政治學。
經濟學部研究經濟學。
律法學部研究律法學。