2000年9月13日，第二次浩劫发生。在南极大陆上发生了一起给地球带来巨大浩劫的异变，造成海面水位上升、地轴扭曲。如同恐龙灭绝的传说，巨大的陨石撞击地球之后灰尘遮盖天空，造成全球性气温下降。经济崩坏、民族纷争、内战……，世界人口急速减少，只剩下原来的一半。
南极，成为了宁静的残亡地域。人类，并未象恐龙那样灭绝，但复兴的工作，却无比严峻。2001年，碇真嗣诞生，2002年，第一任绫波丽出生，被妙黯降生，改名为凌波妙，因为以黑暗容纳了两次浩劫惨死生灵的残魂以及遗留的生命信息，导致自身黑暗神力无法动用，只能从新开始修炼痛苦篇章，电磁武学。
2002年，源堂和冬月为了调查第二次浩劫的起因前往南极。国联正式发表公告，称2000年9月13日的世界规模的大灾害，是由于有][].[].[]超光速数倍的大质量陨石，冲击南极大陆所引致，其破害性相当于40亿年前的地球与小行星的撞击。现实毕竟难以掩盖，在专家圈内，流传着一些保留下来的照片，在冲击造成的光影中，有一个巨人般的影像。也有在南极等地的幸存者称，在冲击波浪的中心，有数对巨大的翅膀。因第二次浩劫受到惊吓而陷入自闭状态的美里，被国联保护。
2003年，国联完成了对南极的调查，根据调查结果设立了位于箱根的人工进化研究所。冬月首次探访人工进化研究所，之后开始协助源堂。在人工进化研究所的地下有个广大的球形巨大空洞，而NERV本部就利用这个空洞而建造。此时，E计划始动，零号机也开始建造了。
2004年，进行了EVA启动实验，在幼小的真嗣面前，发生了事故，真嗣的母亲唯（此时的她已经是半个百合了）在实验中消失，拯救计划失败。也趁此机会真嗣变成了真嗣子，没错，被某个刚刚恢复自身能力的人，仗着高超的境界，将真嗣变成了女孩子真嗣子，为了防止她将来变成贫乳这种令人残念的生物，做了一点手脚，让其将来拥有第七阶段的罩杯。自从唯的事件发生后，没多久，源堂决定转移实行《人类补完计划》，为了表明决心，源堂将自身娘化为源堂子，成为一个野性**娘，中间有某人的功劳。
2005年，美里和律子在长野县第2新东京市的第2东京大学内相识，在某女的引导下，美里和律子成为百合，在地下空洞的上方，第3新东京市开始建设。
2008年，赤木博士完成了MAGI的基础理论。跟随着母亲尚子，律子加入研究所，成为主要执行人。
2009年，葛城美里加入研究所。
2010年，NERV的中枢电脑MAGI完成的当日，开发者赤木尚子被凌波妙完全洗脑，成为资深百合，超级女儿控。人工进化研究所经过改编，成为了新的秘密组织NERV。
2012年，在参拜母亲的陵墓时，真嗣子在其父（娘化后的父亲该怎么称呼？）的面前逃离出走。自此以后一直到2015年真嗣子都未曾和源堂子见过一面。
2014年，第二个绫波丽（她的出现，是凌波妙洗脑了那个机构大部分成员后的结果）转学进入第3新东京市地壹中学校内。绫波丽将凌波妙当作妈妈，成为一个资深母亲控，此时的绫波丽不是短发，而是长发，白色的长发及腰，和母亲一样，在母亲的辅助下，现在有了位于第五阶段的罩杯，可以碾压明日香了。
2015年，使徒袭来。从第二次浩后经过了15年，人类总算能重新繁荣起来。EVA已有3台可以实际使用了，而后也发现了三位14岁的少女可以担任EVA的驾驶员（本来有少男的，但是娘化后的是真嗣子），人们不得不把未来的希望寄望在她们身上。面对重现的使徒们，肩上背负着人类存亡如此重大命运的少女们的战争开始了。（少女拯救世界，真赞。实际上，中央教条内部有一万个绫波丽存在，这是某人的杰作。）
此刻凌波妙电磁武学在痛苦篇章的辅助下，已经踏入了六十万匹，在高深境界的支持下，已经能够短时间内掌控原子。女儿绫波丽的痛苦篇章将她的躯体推入到了大骑士级别，意志步入传奇，再也没有被机体污染的可能。花费了十四年的时间安排，全灵机构中的所有统领者都被洗脑，成为某女的死忠。人类补全计划也必然执行。
公元2015年，一个巨大的人型生物在日本登陆。出动的联合国军，是一群狂妄自大的弱逼，将那生物称作“使徒”，可见有了弑神之意。以猛烈地攻击显示自身的强大，但失败的结果让很多野心很大的人下台了，那些被洗脑的人上位了，这背后本身就有某女的安排。
威力最大的N2炸弹，类似于无辐射的核弹，亦只能短时间内减缓使徒的步伐。与此同时，一个名为碇真嗣子的少女接到阔别三年的不知道是父亲还是母亲的信，被呼唤至第三新东京市地下的NERV本部。
面对许久不见的儿子，野性**娘，碇司令所说的只是：“坐上EVA。”真嗣子拒绝接受命令，但当她听见有人说道：“想见你母亲唯吗？乘坐初号机，你就能见到她”深度恋母的她改变了自己的决定。
乘坐初号机后，碇唯在凌波妙的帮助下，早已掌控初号机，和女儿精神沟通，母女见面，百合花开（这只是某人的妄想而已）。
聪明的碇真嗣子将自身躯体交给母亲掌控，以绝对实力将第三使徒撕成了块，抢夺了生命果实，融入自身，之后拥有了无限能源，在也不用别后连着一个电线了，太羞耻了。
解决完使徒之后，回到基地的碇真嗣子死活不愿意从初号机内下来，最后无奈的某女将两人的订立了精神契约，从此一百里内，就能无间隔通话，随时能感受到对方，再也不怕孩子丢了，这是碇唯的心声，再也不怕和妈妈分开了，这是碇真嗣子的心声。
成为百合的赤木母女和美里住在一起，过着没羞没造的生活，日日夜夜绽放百合花，看到碇真嗣子后，觉得她是一个百合预备役，决定拯救她出苦海，于是在一对不知道是父子还是母女冷漠的关系中，提出，让这个可爱的少女去她那里住。
当天晚上，在三个高智商人的忽悠下，碇真嗣子被说服了，加入了百合神教，成为荣光纯洁的百合女性，身上散发着百合宁静的香气。直白的说，就是少女被几个成年女性推到，知道了百合的纯洁美好，在早已经成为百合的母亲的支持下，成为了一个百合，以便更好的和母亲相处，真是纯洁美好的爱啊。
为了防范使徒再袭，实际上，一个绫波丽就能将所有使徒灭掉，但是不放水，怎么让碇唯和她女儿碇真嗣子见面呢。真嗣子进行着EVA的操作训练，主要是享受和母亲合而为一的幸福，一有空闲，一取得允许就去和母亲合体。
同时也转学到第三新东京市的学校就读。上课时，老师讲到第二次冲击的历史事件，同学们都在台下偷偷的利用电脑网络聊天，简直是学渣的典范，在这个没有未来的时代，即使一无所知的普通人也会这样被这样的氛围感染，从而失去上进心。
真嗣子以她魔鬼般的身材，弱受般的气质，再被套出是EVA驾驶员，立刻成为了班上最受欢迎的人，但同班的铃原东治却对她大打出手，却被她一脚踹的胃出血，直接住院了。碇真嗣子在母亲以及其他人的影响下，已经成为一个暴力百合，对女性特别温柔，对男性特别暴力，某个男性冲了上来，所以他挨揍了，这一切都是他的错，谁让他不是女的，还敢对真嗣子出手。
他的妹妹在EVA与使徒的战斗中受牵连而受伤，他因为攻击EVA驾驶员而被自卫受伤，和EVA太有缘分了，两人因为是亲人，所以住在了同一家医院的同一家病房里。同日，铃原东治以攻击军队成员的罪名，直接被绑在了病床上，堵住了嘴，蒙住了眼睛后，听到碇真嗣子将他妹妹推到，两个少女在医院的病床上，绽放了纯洁的百合花，三次之后，在外守门的美里前来换班，真嗣子出去看门，又一个少女加入了百合神教。
几天后，第四使徒来袭，真嗣子融入初号机后，母女两人将不废吹灰之力的将第四使徒灭掉，夺去了第二个生命之果。
真嗣子的生活因为当了EVA的驾驶员而起了巨大的变化，比如，内心不在孤寂，随时都有母亲陪着，还是最深度的灵魂陪伴，身体素质得到大幅度的提升，战斗力直线上升，意志力也跳跃式的进步，爱的力量有时候真的很伟大。
但在某些方面，她也反而受到遣责，被当成巨大的威胁。那些人都是嫉妒，都是败犬的哀嚎，精神如同火焰一般的少女，根本不在意那些人，对于那些敢来骚扰的人，让他们知道了什么叫做军队的武力。