对于那些人的家人，也展开了报复，祸不及家人，搞笑吧你，你家人怎么不制止你，甚至给你提供一定程度的支持，这是从罪来着。那些人的家人有女性的人全部拉入百合神教，以各种各样的方式，如果没有女性家人怎么办呢？男性总会有交往的对像，或者女朋友，未婚妻，前女友，前妻等等，凡是比较亲近的女性，全部拉入百合神教。
一段时间过去，碇真嗣子的百合技巧快速增加，百合水晶宫，多了数百人，成为了名副其实的后宫王。为了加速百合神教的传播，凌波妙发明出了娘化药剂，经过娘化后的少男有万分之一的可能性成为EVA适合者，于此，娘化药剂被大力推行，第三东京市的男性九成都被娘化了，娘化后的她们肯定不会去找男朋友，只会找女朋友，这样百合的队伍又被扩大了。为了推动娘化药剂的全球普及，另外一种百合之种的药剂出现，能够让百合怀孕，解决了百合无限好，只是生不了的残忍诅咒。
娘化药剂中有基因的自我调整技术，无论你长的美丑，只要娘化后，都是大美女一枚，至于气质，那没有办法，只能靠个人。因此，大量找不到女朋友的单身狗，前来娘化，之后很顺利找到了女朋友，成为了人生赢家。剩下的男性都是各有特色的极品男人，但是在百合的大氛围下，没有什么用处，大部分都只能孤独的当一个单身狗，不少受不了打击的男人去娘化，变成女人，成全自己的好基友。
第五使徒袭来，刚被发射出的初号机就遭到了高热加粒子炮的攻击。绫波丽驾驶者融合了第四使徒的生命之果的EVA零号机，轻松的将第五使徒灭掉，展现了非一般的姿态，那唯美的容貌，深深的吸引了已经进阶为百合狂人的碇真嗣子。事实总是让我们感到惊叹，那是我们了解到的太少。进击的碇真嗣子，向着绫波丽发动了进攻，然后被在宿舍里推到了一次又一次，之后一个下午都没有起床，只有绫波丽一本满足的离开。
在学校，她无口无心无表情的性格使得没有人与她交往。但是没有人知道，三无女神绫波丽是百合神教的大祭司，写出了很多百合本子，将数以千计的女性，拉入了纯洁的百合之海，从此幸福快乐的过上了好日子。受到加粒子炮攻击的初号机，未伤至要害，里面的碇唯灵魂只是收到了一点震荡而已，但真嗣却对战斗开始胆怯，并不是害怕面对死亡，而是害怕面对母亲受伤，面对如若自身死去，母亲痛苦的事情。
这一次没有了美里提出的取名为屋岛作战的超长距离射击的提案，因为那个使徒的生命之果已经被绫波丽带了回来。经过绫波丽推到事件后，碇真嗣子终于鼓起了勇气，实际上是因为有人告诉她，碇唯的灵魂不会毁灭，若你死了，会和母亲永远在一起，共同居住在初号机内。
由第二次冲击引发的世界经济的大衰退，至2015年已经完全恢复，本来由于人口的大量死亡，工业收到致命打击，很多地方缺少技工等等因素，没有个三十年，别想恢复元气。但是某女拿出了机器人技术，一切都不是问题了，制造了第一批机器人后，机器人将新的机器人制造出来。海量的机器人解决了绝大多数问题，很多对于人类来说，困难的事情，对于机器人来说就是一个系统补丁的问题。
之前的日本经济由于水位上涨，工业生产遭到了致命的打击。几年后，大量的设施被恢复，海上有了各种更先进的建筑，国土复兴的工程所消耗的物资，简直就是天文数字，但对于有机器人作为劳工的日本来说，简直小意思。但是日本政府与民间企业，依旧目光短浅的将吞食了大量资产的对抗使徒的军事企业视为大敌，都不想想不如此，怎么保护他们，真是目光短浅，还不愿意娘化，对的，就是这些人认为自己是人上人，所以不娘化，直接被打上了标签，就等他们作死了，这不这些实力始终都在寻找可替代NERV的办法。终于民间团体推出了迎击使徒专用无人驾驶机器人JA。美里与律子，尚子也受到了邀请，三个百合没有提出任何意见，只说：“实践是检验真理的唯一标准。”鼓励他们作出三架来，在下一次使徒来袭的时候出战，到时候看结果再决定。但是，暗地里将所有来的人，三代九族查了个便，等找到机会了，一定将他们全家所有男性全部娘化，所有女性都拉入百合神教。
几个月后，从德国的NERV第三支部，送来了EVA二号机。在担负护送任务的有太平洋舰队，美里与真嗣子携带的初号机，三台ja自动驾驶机器人。真嗣子初次和第二适格者明日香见面，两人就结下了身后的友谊，实际上是，真嗣子以交流感情的名义，要和明日香一起睡，当天晚上，将明日香推到，绽放了纯洁的百合，之后睡不着的美里接力，终于在天亮之前，让明日香加入了纯洁的百合神教。
途中，舰队遭到水中的第六使徒的攻击，明日香，真嗣子分别进入机体内待机，有三台JA自动驾驶机器人出击，对付使徒，不到一分钟，三台机器人，全部成了垃圾，可以回收利用的垃圾，但是已经调入深海，真是一件让人伤心的事情。
这一次战斗，JA机器人显示了自身的反应能力差，作战呆板，环境适应性差，战斗力低下等严重的问题，那些黑名单上的人开始被处理，一个个的都被娘化，一个个的都拉入百合神教，从此日本成了某女的一言堂，百合神教成为了日本的国教，百合花成为了日本的国花，也是全灵的标志。
之后，初号机出动，轻松的将第六使徒拆掉，拿到了第四颗生命之果，明日香以为真嗣子在操纵，所以对她深深的敬佩，产生了爱慕的情感，但是某人是个真正的博爱者，所以拒绝了明日香独占自己的感情。明日香也因此而痛苦消沉，当天晚上，被看到的绫波丽拉到了私人休息室，让她明白了百合的美好，顺便给她打气，让她从低沉中走了出来，从此以传扬百合教义为人生目标。
在碇真嗣子和绫波丽的引导下，转校来到了同一个学校，同一个班级，刚到班上不久的明日香，以她美丽的外貌，大方的举动，开朗的性格，成为了最受欢迎的人物。而绫波丽在学校，要装三无，表现出对周遭的事陌不关心，即使面对熟人，也是这样，大不了晚上陪她一夜就好。明日香调皮的上前挡到丽的光线，笑嘻嘻的想要和她亲近，却不想丽竟只有移开一点，头都不抬一下，明日香以哀怨的语气跟丽说：“好好相处吧。”好似对一个始乱终弃的渣男这么说一般，丽低头轻声回答：“我在扮演三无，晚上回去陪你玩。”“好的，就这么定了。”刚才还在哭的俏脸，立马变成了笑脸，真是神奇的脸啊。当天晚上，两人拉着碇真嗣子去了赤木一家，和三个成年美女一起，玩了个爽。
幸福开心快乐的日子就这样迅速的过去了，几个月后在纪伊半岛海湾出现了一种比较奇怪的第七使徒，拥有分离合体功能，单独每一个都是神队友的明日香与真嗣子，因为配合不默契，直接变成了对方的猪队友，在彼此的拖累之下，遭到戏剧般的攻击。留下了耻辱的失败，两人决定好好练习，将来一洗耻辱。实际上单独初号机，或者绫波丽的零号机都能将第七使徒灭掉，但是这么好玩的事情好不容易才遇到，不玩个开心怎么行呢？
经分析，只有同时击中分离的两个使徒核心才能消灭第七使徒。事实是，凌波妙自己说出去的。于是，美里将明日香也领回家来与真嗣子同住，并进行协调统一的特训。白天两人训练默契，彼此协调性，晚上，两个少女，三个成年女子，一起绽放唯美的百合花，整整花费了十天的时间，碇真嗣子学会的了交际舞，更是回到初号机，和自己的母亲联系了一个晚上，留下明日香一个人经受三个如狼似虎的女性摧残。
在她们玩的很开心的这些日子里，绫波丽一直压着第七使徒打，将他打得一点脾气都没有，就是不能杀了他，每次前来都被打跑，甚至还被追着打，十天下来，第七使徒感觉自己都轻了三分之一左右，真是受罪啊。第十一天，明日香和碇真嗣子一起在战场上，定下了在62秒的音乐结束之前击溃使徒的计划，这样不靠谱的计划也只有美里那个百合才会制定出来，多日训练出来的结果，让两人完美配合，将舞蹈坚持至最后，将使徒消灭。这一话就是有名的62秒战争。
话说，只能坚持六十二秒，是不是太短了一点呢？