此时所有的凌波都是第六阶段的罩杯，及腰的白色长发，在不断的调试下，加入生命树的基因后，每一个都美丽的一塌糊涂。在班里上课的凌波0001在当天将班长洞木光好感度刷到了100，当天晚上就去班长家过夜，也是在这一夜，成为了一名真正的百合。
第二天上课的人是凌波0002，因为精神网络的存在，所以不会被发现，这一天，以看望班长的名义，将洞木光的妹妹引进了百合天国。第三天上课的人是凌波0003，以看望洞木光姐妹的名义留宿，将洞木光最下的妹妹引导进入了百合神教。一个个都是肉食系的美女攻，不愧凌波妙这些年的良好教育。之后出现的凌波系列将第三东京市的百合组织一统，建立了百合统一站线，不断的拉拢百合进入，从而成为民间百合的代言人，将基佬最后的生存之地，绽放为百合盛开之地，从此此时和平，在也没有了争斗，开始都在散发纯洁的百合清香。绫波丽也因妹妹的功绩被称为清香百合绫波丽。
十四号机运到第三东京市后，凌波妙亲自指挥启动实验，毕竟这关系到自己女儿，至于美里那个坑货，还是让她去祸害别人去吧。实验中，十四号机失控，原因是被第十三使徒寄生。早一旁早有准备的凌波妙，直接和女儿精神共鸣，将机体内除了女儿的精神外的所有意识全部抹杀，将第十三使徒炼化在十四号机体内部，从此就有了两个能量源，一个S2机关，一个生命之果。
为了测试十四号机体的战斗力，EVA三机出动挑战，结果是肯定的，零号机与二号机相继被击败。虽然凌波丽是姐姐，战斗经验丰富，但是妹妹的机体更加强大，只是比试，又不能拼命。真嗣子得知是比试后拒绝执行任务，认为那是浪费时间，浪费精力，浪费生命之举动。于是源堂子命令打开初号机的Dummy系统，直接让初号机发了狂，一次来测试彼此的战斗力，精神和女儿共鸣的唯将初号机的能力百分之五百发挥，将十四号机打败。
当得知是源堂子这样做得后，碇真嗣子决定再不理她了，碇唯也决定和她离婚，从此和女儿过上幸福快乐的日子，源堂子本身就是多余的。源堂子怎么都想不到，一次普通的数据收集，就让自己成为了孤家寡人，从此没有了妻子和女儿。震怒的真嗣待在初号机里不出来，和母亲过着灵魂交融的幸福日子，一呆就是七天，出来后没有一点虚弱，反而更加精神，本来要检查身体的研究员，在凌波妙的暗示下，离去。她的躯体已经慢慢被使徒同化掉了。打破了很多正常人应该有用的限制，类似于改造人了。
之后的日子里，碇真嗣子一有机会就坐进初号机内，直到第十四使徒袭来，碇唯主动联系凌波妙，要求出击，理由是觉得自身还不够强大，这次打算将使徒吞噬殆尽，融合第二个生命之果，成为摆月兑内部系统对自身的限制。得到同意的她对来袭的使徒发起了猛攻，以600%的同频率将使徒轻松击倒，并且，优雅的将使徒像牛排一样，一点一点的吃掉，让基地内部的人惊悚非常。也在这个过程中，融合了第二颗生命之果，自身得到了进化，从此再也没有系统能够限制她。以自身努力得到绫波妙承认的碇唯，在她的计划中，位子得到了提升，从卫士，变成了主人，女儿碇真嗣子也获得了莫大好处。
只不多鉴于母女两人的灵魂契约，所以不能告诉她们相关的计划，免得生出意外。在每一次同频率达到400%时，真嗣子的人类躯体会与初号机融合初步融合。在这个过程中，母女二人的灵魂共鸣能够将初号机体的实力完全发挥。这个过程中，真嗣子的随身衣物都会溶解于LCL之中，所以她每次出来都需要新的衣服。之后为了免除换衣服的麻烦，真嗣子就一直穿着驾驶服。
经过多次，比初号机融合后分离，碇真嗣子的躯体强度达到了常人五倍，精神是常人十倍。可谓是收获博丰，为某人之后的计划打下了基础。闲极无聊的美里在明明能光明正大的和加持良治子约会的情况下，还要玩情调，故意隐瞒身份幽会，寻找刺激，但是被赤木母女发现了，于是就有了加持良治子无惨事件的发生。可以说是熟透了散发着诱人香气的苹果一般的良治子被其她人品尝了。
天才少女明日香，她是一个悲剧，从小就背负着有一个自杀的、精神失常的母亲的命运告诉我们一个正常父母的重要性。随着近来明日香在这里呆的时间越长，和赤木一家的羁绊也就越深，慢慢的走出了家庭的阴影，进入了一个新的家庭，赤木律子非常喜欢她，经过她的同意后，让她成为赤木家的一员，改名为赤木明日香，也可以叫做赤木明子。内心变得逐渐坚强的她，使同步值不断下升，慢慢的接近了百分之百，自信心越来越强的她在第十五使徒出现时，便不顾命令主动出去迎击使徒。以在新的家人面前表现自己，希望能够得到奖励，但在受到使徒的精神攻击后，她的精神顽强抵抗，牵制住使徒，让初号机直接飞上天空，在卫星轨道上将使徒击败，然后吃掉，融合了第三个生命之果。
从二号机下来后的明日香低沉的打算迎接家人的失望，但是却被抱入怀中，温柔的安慰，在其额头亲吻，表扬道：“今天做得很好，若是没有你，初号机未必能将使徒灭杀。”当晚，做了一顿大餐，犒赏明日香，赤木明子带着眼泪笑着将饭菜吃完，和家人睡在一起，睡了美美的一觉，梦中的黑暗阴影彻底消失，醒来后，分别在赤木母女怀中撒了会娇，三人一同起床。此后，就是她们一家三口温馨幸福的日子了。
好日子不会长久，生活总会用各种各样的方式，来考验你是否有资格拥有这样美好的生活。第十六使徒出现，拥有只要与其接触到，精神就会被其侵食的异能，这一次仍然是初号机战斗，其她两个机体辅助。共鸣达到了百分之六百的初号机直接将第十六使徒的精神侵蚀抵挡在外，其她两人在生命之果的辅助下，不受影响。打败使徒，吃掉使徒，融合生命之果。初号机拥有了第四个生命之果，古语有云：“始于一，立于三，成为五，盛于七，极于九。”当融合第五颗生命之果后，再融合亚当，莉莉丝就能成为人类补全计划的核心。
第三新东京市在多次经受使徒侵袭之后，到处是战斗遗留下来的废墟。也由此，某人有了改造的余地，所有低层老旧建筑都被拆掉了，在黑科技的作用下，十天一栋占地一千平方米的五十层大楼就能建好，更是规划出了五个核聚变发电站，为整个城市供电。实际上做这些事情，某人都是有阴谋的。
一日，在夕阳西沉的湖边，真嗣子习惯性的来此散步，活动筋骨，遇见了一位少女，她就是由全灵来的渚薰。没错，就是第十七使徒，还是个妹子，这中间有凌波妙的功劳。在交流过程中，渚薰发现了碇真嗣子的秘密，竟然和母亲有灵魂契约，从此再不孤单。如此渴望的她，提出了融为一体的想法，将碇真嗣子吓跑了，伤心的她本打算强行做这件事情，却遇到了一直关注她的凌波妙。提出了一个交易。
“你自愿融于初号机内，人类补全机会之后，我让你拥有精神网络，能够和她人精神相连，从此不再是一个人，不在孤单，不在寂寞，不在受到猜忌，背叛等等。”渚薰答应了这个交易，将相关的计划告知碇唯后，知道不能拒绝的她问出了一个问题：“世界重置之后，我和真嗣子的位子在哪里？”
“你会成为星球意识，也就是星灵，这个星辰的统治者，你女儿真嗣子会成为阿赖耶一般的存在，一同位于第一阶级，至上者。”
得到如此回应的碇唯知道对方不会骗她，更不屑骗她，将渚薰融合之后，拥有了五颗生命之果，在凌波妙的引导下，来到了中央教条禁区内，吞噬了莉莉丝和亚当，之后融入了其他的生命果实。将同步共鸣达到百分之一千，和女儿完全为以一，以隆基努斯之枪贯穿自身，完成了由十个圆轮组成，类似魔法阵的卡巴拉生命树真图。将早就剥离炼制好的莉莉丝灵魂融入初号机，这个灵魂中有所有惨死生灵的残魂，将万名凌波收入小世界，也在这一刻凌波妙的神力恢复，顺便将第三东京市收进了小世界。
人类补全计划开始，大量的光之丝，迅速的伸向所有的生灵，将其融化，归入自身，将所有活着的生灵全部融入卡巴拉生命树。一个万米大小的光之巨树参天而起，一个个生命与此中化生，一个个故人在里面升华。她还是有私心的。一年之后，十七个生命果实出现，被绫波妙收到了小世界内，这是当初就商量好的报酬。
两年后，作为星灵的碇唯出现，作为阿赖耶的碇真嗣子出现，智慧果实融入她本身，从此为智慧的掌控者。与两人商议后，以人类女性的外貌，塑造十七个天使，以使徒的名字标记。分别是：第一天使亚当，第二天使莉莉丝，第三水天使萨基尔，第四昼天使夏姆榭尔，第五雷天使雷米尔，第六鱼天使迦基尔，第七音乐天使伊斯拉斐尔，第八胎天使桑德枫，第九雨天使马特里尔，第十空天使萨哈魁尔，第十一恐怖天使伊洛尔，第十二夜天使雷里尔，第十三霰天使巴迪尔，第十四力天使塞路尔，第十五鸟天使亚拉尔，第十六**天使阿米沙尔，第十七自由天使塔布里斯渚薰。