自从第十一使徒入侵神经本部后，第三天，人类补完委员会召开了特别召集会议，要求碇源子对NERV的成绩作出总结。对于使徒侵入一事，碇源度予以承认，反正都是自己人，认个错有什么的？并且这段时间以来，九颗生命之果，造就了九个无限能源战力提升倍余的机体，娘化药剂发行以来，大量的适应者出现，再也不会发生好不容易建设一个机体，反而没有驾驶者这种坑人的事情发生，虽然有了生命之果的机体，对于驾驶者的要求更高。
但是全球数十亿人，可娘化对象十几亿人，怎么也能弄出来几万适合者出来，从其中找到那些优秀的，合适的，让其成为驾驶者，保护世界，是多么赞的事情啊，尤其是这些都是美女，或者这就是某个人的阴谋吧。与此同时，显得没事干的神经本部众人，开始了另一项计划，机体互换实验。凌波丽可顺利乘坐初号机，毕＝.＝＝竟强大的躯体和精神足以抵抗精神污染，而且唯在里面，也不会添乱不是，但真嗣这个小受习惯了母亲怀抱中的温暖，这次里面却是冷冰冰，而且非常不友好，更有大量杂念进来，有唯的灵魂守护，没有发生什么事情，却非常不开心，直接从里面出来，跑到了初号机内，享受妈妈的怀抱去了，怎么叫，都不打算出来。
三天后，感觉心灵收到的伤害慢慢平息的碇真嗣子从驾驶舱内出现，这次，碇真嗣子和美里，闹矛盾了，一方认为孩子太不听话，一个人待在里面这么长时间，太让人操心了，一方认为，大人太过自我，不体量自己，让自己经受经历那么难受的事情，一点都不关心自己。
无法用语言说服对方的两女，绝对用更直接的方式，用身体让对方明白，在床上以独特的方式交流。第二天，两人神清气爽关系亲密的步入神经基地，两女的关系得到了一个种升华。这告诉了我们行动大于语言，当语言无法解决问题的时候，就让身体成为交流的更好途径，百合之神如此教导我们。而此时的凌波妙在中央教条禁区玩着隆基努斯之枪，背后是莉莉斯，这个雌性的最高生命形态，对妙瑟本体那里的生命研究，以及女儿的下一步进化，有着不小的推动作用，但也就那样了。莉莉丝到了极限也就是亚星灵级别的生命体，位格比星灵低半个档次，和神体的距离就像月球与太阳的区别。
在其她人都忙着的时候，总有一些人，给众人添乱，比如在京都的废屋里就发生了一件事情，加持良治与一个奇怪的女**谈后，执行对NERV的侦探工作。为了防止这个人对计划产生影响，直接出去将他打晕，免费给其注射娘化药剂，希望她能成为适合者，为世界作出更大的贡献，好吧，不扯了，实际上最大的目的让其成为女性，顺便将其洗脑，免得麻烦。
第二日，真嗣子与源堂子一起来到唯的墓前，本来碇真嗣子是不打算来的，因为母亲并没有死，但是一想若不来，被她知道了母亲还活着，和自己抢夺母亲怎么办呢？于是，就面无表情的跟着父亲前来拜祭，以女性在感情上那影后级别的演技糊弄过去了。
明日香则是和加持良治子去约会，小女孩最喜欢那种成熟魅力神秘野性十足的美女了，很不幸，加持良治子就是这种状态的美女。晚上，美里、律子，尚子一同参加了一对女友人的结婚宴会，没错，此时的日本在某女的掌控下，已经允许同性结婚了，但是只允许女女同性结婚登记，男男是非常被排斥的，甚至家人可以强行将陷入基佬山脉的孩子娘化，这是法律赋予家人报复孩子的特殊权利。
鼓励那些想要结婚的男男同性去娘化彼此，从此就能合法在一起了。很多基佬抗议了，政府对他们的回应时，百合可以生育，可以保证族群的传承，基佬可以生孩子吗？很多不服输的男男为了基情开始研究男男生子的方法，但是那个太污了，某女仗着自己神级的感应，将所有可能成功的男男生子研究全部破坏，所有相关男性全部娘化，并且好心的让她们都怀孕了，给她们找了一件十分具有意义的事情。
而今夜在回来的途中，美里向和明日香分开后的加持良治子吐露了自己的心声，告诉她自己是博爱百合一派，决不可能在一颗歪脖子书上吊死，这么多好树，要多吊几次试试，如此，才不枉活了一次，她也的确这么做得，自从加入百合神教后，她已经引导了数百个女性成为百合，可以说是名副其实的千人斩。翌日，在和明日香偷偷聚会的加持良治子被美里发觉，然后她被推倒了，真是一个哀伤的故事，这告诉我们，你是攻是受和自己认为没有关系，只和你相处的那个人武力高低有关系。而此时的凌波丽在中央教条禁区和培养罐中的一万个姐妹通过思维头盔聊天，这些人都是绫波丽的妹妹，也是百合，这是肯定的事情。某人会允许自己好不容易种下的水灵灵的大白菜，被一头猪给拱了吗？在学习知识的途中，就不断地引导她们，现在全员百分百都是百合，而且有不少人都在自己的姐妹中找到了自己的真爱。
巨大的莉莉丝挂在后面，万余少女都将她当成了摆设，在她们眼里，自己的母亲才是自己的亲人，和莉莉丝没有关系。也的确如此，经过这些人基因的调试，在万名凌波的体内原来的基因已经改变，躯体强度早就超过了常人的极限，达到了九倍常人的身体素质，精神力达到了常人的二十倍，每一个都是优秀的驾驶员，优秀的科学家，在生物，化学，物理方面的知识积累堪比图书馆，唯一比那些科学家差的地方，可能就是思维火花，灵光一闪。
但是在精神网络面前，以及某人的引导所拥有的效果，远远超过那些人。时候还没到，等到了之后，就能将这些女儿全部收到小世界里面了。在EVA的同步测试中，真嗣超越了明日香。这是必然的，因为一开始真嗣子和唯的同步就是百分百，两百，三百，一直都是唯在操纵初号机为儿子而战，直到后面，儿子成长的差不多了，才让她慢慢掌控机体，这是母亲对孩子深深的爱。
但是这一次第十二使徒的出现，唯打算好好让女儿锻炼一下，由她完全操纵机体，毕竟玉不琢不成器啊。结果是让人失望的，告诉了我们没有妈的碇真嗣子是一个渣，她被使徒的虚像所迷惑，落入了使徒本体的虚数空间。直白点说就是她和机体都被使徒给吃了。由于一时无法月兑离，母亲也没有办法（实际上只是为了磨练女儿而已）真嗣子不知道该怎么办？只能将生命维持系统打开，等待别人的救援。十五小时后，生命维持快要到达限界，经历了一番心理历程之后，割去自身软弱犹豫的碇真嗣子低吼着，绝不让母亲在这里死亡，绝不，以自身意志和初号机达到了百分之三百的共鸣，从内部将使徒撕了开来。
但这并不是结束，而是开始，因为使徒威胁到母亲的生命，碇真嗣子异常愤怒，异常疯狂，十分暴虐，将使徒一块一块的撕得只剩下生命之果。最后，回到了基地后，因为精神消耗严重，陷入昏迷，被母亲唯的灵魂包裹，在初号机内，进入了沉睡。所有人都习惯了。这一次，碇真嗣子的爆发自己让自身和母亲的精神契约在此升华，成为了灵魂契约，从此再也不分离，互为彼此的一部分，算是另外的补全了自身，达到了小全灵的境界。这是好处，坏处是两人的所思所想都不能隐瞒彼此，真正的心意相通，一言万语。羡煞了那些在一起的百合。
经过了这次时间后，碇真嗣子深刻的明白了什么才是对自己最重要的，一有时间就训练，再不参加百合聚会。此后被称为一代玉女碇真嗣子。天有不测风云，人有作死精神，美国人又作大死了，EVA十三号机的S2引擎搭载实验在美国进行，在准备不充足的情况下，一些人为了功绩强行实验。导致美国的NERV第二支部与其直径三百公里以内的设施从此消失。相当于在美国本土境内引爆了一颗大当量的核弹，好处是没有后续污染，那个地方人本身就很少，所以死的人不多。
为了防止她们在此做大死，凌波妙下了命令，将剩下的第十四号机的启动实验，转至日本的第三东京市进行，而且驾驶员将由凌波0001号担任。没错，她的设定是绫波丽的妹妹。驾驶第十四号机体没有一点问题，机体的问题入s2引擎在一万个凌波的修改后，不仅变得完美，而且变得升了一次级。
这样做的目的是让女儿都能轮流出来转转，现在的她们已经不会被猪拱了，之后的每天凌波妙都会带着一百名凌波出去游玩，反正在电磁干涉下，没有人看到的到她们，没有设备能够拍下她们。