孙恩是东晋五斗米道道士和变民军首领。字灵秀。祖籍琅琊（今山东胶南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡世族。其叔父孙泰（字敬远）奉吴郡钱塘五斗米道首领杜子恭为师。杜子恭死后，孙泰继传杜子恭道法，受人敬信。
当时“王恭之乱”爆发时，孙泰以为晋祚将尽，乃以讨王恭为名，私合徒众数千人，准备起事。事未发，司马道子父子诱斩了孙泰及其六子。孙恩逃入海岛，聚众百余名立志为孙泰复仇。
隆安三年（399年），会稽王世子、扬州刺史司马元显下令征召东方各郡中解除奴户身分而变成客户的人，把他们称为乐属（即，解除奴户身分的人，但必须充军），移京师做后备兵源，百姓深感痛苦。孙恩趁民心骚动之际，率众从海岛攻克上虞（今浙江上虞），杀死了上虞令，进而对会稽（今浙江绍兴）发起了猛攻，杀会稽内史、五斗米道徒王凝之（王羲之子）。一时之间，会稽、吴郡、吴兴、义兴、临海、永嘉、东阳、新安八郡人民群起响应，旬日之间聚众几100000。孙恩向安帝上表，历数会稽王司马道子和他的嫡长子司马元显的罪状，请求杀掉他们。
自从安帝即位以来，朝内朝外都是变乱丛生，朝廷政令所能到达的地方，只有三吴（今苏州所在的吴郡、湖州所在的吴兴郡、绍兴所在的会稽郡）这一小片地域。孙恩作乱之后，三吴的八郡又都被孙恩攻占，京畿几个县，也盗贼祸乱四起。
朝廷宣布全国戒严，安帝加授给司马道子黄钺，任命司马元显为中军将军，徐州刺史谢琰兼督吴兴、义兴等郡军事，来讨伐孙恩。刘牢之也出动军队征讨孙恩，向朝廷呈上奏章之后立即出师。二十六日，刘牢之带领大军渡过浙江，孙恩再一次跑进了海岛。
隆安四年（400年），孙恩带兵进犯浃口（今浙江镇海东南甬江河口），插进余姚，攻破上虞，进军到了邢浦。谢琰派遣参军刘宣之把他打败，孙恩暂时撤退回去。没有几天，他又重新进犯邢浦，官军在作战中失败，孙恩乘胜径直向纵深挺进。
朝廷非常震惊，派遣冠军将军桓不才、辅国将军孙无终、宁朔将军高雅之等抵御。十一月，东晋宁朔将军高雅之与孙恩在余姚交战，高雅之大败，向山阴逃跑，战死的兵卒有十分之七八。
隆安五年（401年）二月初一，孙恩又从浃口返回陆地，进攻句章（今浙江慈溪县南15里）。刘牢之率兵向他发起进攻，孙恩再一次逃进大海的岛中。三月，孙恩进攻海盐、攻克了沪渎（今上海），杀了吴国内史袁崧。六月初一，孙恩率军10多万、战舰1千多艘进攻丹徒（今江苏镇江），都城建康大为震惊恐慌。初二，东晋都城内外戒严，文武百官全部聚集在台省机构内居住、办公。同时派冠军将军高素、辅国将军刘袭、丹阳尹司马恢之、冠军将军桓谦等人分别据守石头、淮口、长江南岸、白石等要塞。左卫将军王嘏等屯兵中堂，豫州刺史谯王司马尚之守卫京师。孙恩被迫回军，途中袭击了郁洲（今江苏连云港）、攻克了广陵（今江苏扬州），杀死了3千人，抓获宁朔将军高雅之。
八月，朝廷下诏，任命刘裕为下邳（今江苏睢宁西北）太守，命他去郁洲征讨孙恩，几次接战，把孙恩打得大败，孙恩的势力从此衰弱下来，沿海向南败逃，刘裕也紧追不放，不断地向孙恩部队发动进攻。十一月，刘裕追击孙恩，来到沪渎（今上海）、海盐（今浙江海盐），又一次将孙恩打败，斩杀的俘虏数以万计，孙恩于是只好从浃口逃向大海。
元兴元年（402年）三月，孙恩进攻临海（今浙江临海）被临海太守辛景战败，乃赴海自沉。五斗米道信徒认为他已成“水仙”，投水从死者有百余人。变民军余众数千人复推孙恩妹夫卢循为领袖，后卢循军占领广州，一度大举北伐，直至义熙七年（411年）终告失败。“孙恩卢循起事”，大大削弱了东晋王朝的力量，国势日衰。
桓玄（369—404年），字敬道，一名灵宝，谯国龙亢（今安徽怀远）人，东晋末期桓楚国建立者。
桓玄是东晋名将大司马、南郡宣武公桓温之子，自幼为桓温所喜爱，宁康元年（373年）桓温去世后，由时年5岁的桓玄袭爵南郡公。
桓玄长大后，对自己的才能和门第颇为自负，总认为自己是英雄豪杰。但是由于其父桓温在世时，就有当皇帝的野心，只是因为受到王、谢等士族的阻挠，才未能如愿。所以朝廷对他也一直深怀戒心而不敢重用。到了他23岁那年（391年），才被任命为太子洗马（一作先马，即太子的侍从官，也即太子的生活秘书）。几年后出京任义兴（今江苏宜兴）太守，但还是颇觉不得志，于是就弃官回到其封国南郡（今湖北江陵）。
桓玄早就萌生了篡位的野心。隆安三年（399年），“王恭之乱”以后，桓玄实力不断加强，到隆安五年（401年），桓玄已经拥有了东晋三分之二的疆土。在除掉司马道子、司马元显父子之后，他认为篡权的障碍已经扫除，于是实施了篡位计划。
在朝廷讨伐孙恩期间，桓玄不断扩张自己的实力，隆安四年（400年），桓玄攻克了荆州、雍州之后，向朝廷上疏请求管辖江、荆2州。安帝下诏，任命桓玄为都督荆、司、雍、秦、梁、益、宁7州诸军事，荆州刺史；任命中护军桓修为江州刺史。同时，桓玄多次让人向他呈上他可以做君主的天命符征和吉兆，打算用这些来迷惑百姓；又给会稽王司马道子写信示威。司马元显看到了这封信，非常害怕。
元兴元年（402年）正月初一，朝廷下诏书，历数荆州刺史桓玄的罪状，任命尚书令司马元显为骠骑大将军、征讨大都督、都督18州诸军事，并把黄钺也加授给了他。又任命镇北将军刘牢之为前锋都督，任命前将军谯王司马尚之统率后卫部队。又下令实行大赦，改年号元兴。在都城内外戒严，任命会稽王司马道子为太傅。
桓玄原以为朝廷正处在多事之秋，值得忧虑的事很多，没有闲暇来讨伐自己，因此，可以趁此机会积蓄力量，等待时机。等到朝廷征讨他的大部队就要出发的时候，他才得知这个消息，大惊失色。桓玄随即向朝廷呈上奏表，并将檄文公告传遍各地，揭露司马元显的各种罪行，同时挥师向东部进发。檄文传到都城建康，司马元显看到之后，非常害怕。
二月初七，安帝在西池（一名太子湖，晋明帝为太子时所修。今南京九华山附近乐游苑内）为司马元显饯行。司马元显害怕桓玄，登上战船，却没有马上出发。十八日，朝廷下诏，派齐王司马柔之持驺虞幡（一种绘有驺虞图形的旗帜，用以传旨解兵）到荆州、江州两地及军中，告谕桓玄等立即停止军事行动。桓玄不听。
二十八日，桓玄抵达姑孰，派遣他的部将冯该等人进攻历阳（今安徽和县），襄城（今河南许昌市）太守司马休之出城迎战失败，弃城而逃。
三月初，司马元显刚刚准备出发，听说桓玄的大部队已经到了新亭，便马上扔掉船只，反身上岸，退到城中的国子学里驻守，初三，又到宣阳门外去排列开战阵，扎下大营。军营之中惊恐不安，传说桓玄的部队已经抵达南桁（即朱雀桁，在秦淮河上，也叫朱雀桥）。司马元显带着部队准备回宫，这时，桓玄派遣先头部队拔出刀来，紧跟在他们的后边大声呐喊着说：“放下武器！”司马元显的部队彻底崩溃。司马元显乘着一匹马跑进了东府，只有张法顺一个人骑马紧跟着他。司马元显向司马道子询问有没有什么办法，司马道子也只是面对着儿子哭泣不止。桓玄派遣太傅从侍中郎毛泰把司马元显收押起来，送到新亭。桓玄把他绑在大船的前头，一条条列举他的罪状，司马元显说：“我不过是被王诞、张法顺所迷惑耽误罢了。”
初四，朝廷恢复隆安年号。安帝派侍中到安乐渚（渚，水中的小洲，在新亭之东）去慰劳桓玄。桓玄进入京师，宣称皇帝下诏书，命令解除戒严。朝廷任命桓玄统领文武百官，都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，兼任徐、荆、江3州刺史，加授给他黄钺。桓玄任命桓伟为荆州刺史，桓谦为尚书左仆射，桓修为徐、兖2州刺史，桓石生为江州刺史，卞范之为丹阳尹。至此，东晋王室尽在桓玄的掌控之下。
初五，有关部门呈上奏章，指责会稽王司马道子放纵酗酒，忤逆不孝，应该斩首弃尸示众。东晋朝廷下诏，命令将他赶出京城（今南京），贬逐到安成郡（今江西安福）居住；把司马元显及其儿子东海王司马彦璋和谯王司马尚之，以及庾楷、张法顺、毛泰等人，押到建康城的街市上，全部斩首。
这年，安帝改年号大亨。桓玄改任太尉、都督中外诸军事、扬州牧，兼任豫州刺史，统领文武百官。任命琅邪王司马德文为太宰。
四月，太尉桓玄出都城建康，去姑孰驻扎，辞去了录尚书事的官职，安帝下诏同意，但是凡是大政方针，都要去桓玄那里请示，其他小事由尚书令桓谦和卞范之决定。？