崔慧景失败之后，巴陵王萧昭胄、永新侯萧昭颖、萧子良故防阁（相当于警卫员）桑偃、巴西太守萧寅等秘密合谋，要立巴陵王萧昭胄为帝。此时萧宝卷浑然不知，整日在刚建成芳乐苑里玩嬉，好几个月都不出外。桑偃等人就在一起商议，准备招募壮士100多人，让他们从万春门进去，突然地去把萧宝卷收拾掉，萧昭胄认为这样不可行。不久，事情败露萧昭胄兄弟以及桑偃等人都伏法被诛。
雍州刺史张欣泰同其弟前始安内史张欣时密谋策划，想勾结胡松以及从前的南谯太守王灵秀、直将军鸿选等人诛杀萧宝卷身边的宠幸之徒，并且废去萧宝卷。萧宝卷派遣中书舍人冯元嗣监督军队去援救郢城。七月初二，茹法珍、梅虫儿以及太子右率李居士、制局监杨明泰在中兴堂为冯元嗣送行，张欣泰等派人怀中藏刀在座席上砍杀了冯元嗣，冯元嗣的脑袋坠落在装水果的盘子中，接着又砍向杨明泰，剖破了他的月复部，梅虫儿几处中伤，手指头全被砍掉，李居士、茹法珍等人则往宫中逃去。王灵秀去石头迎接建安王萧宝寅，他率领着城中的将吏们，以便展示兵力，又把车子去掉车轮，让萧宝寅坐在上面，命人抬着前行，文武官员数百名在前头喝唱开道，浩浩荡荡地向朝廷走去，数千名老百姓全都空着双手跟随在后面。张欣泰闻知已经开始行动了，急忙骑马入宫，希望乘茹法珍等人在外面之机，萧宝卷能把城中布置防御的事情完全委托给他自己，以便里外相应。但是，不久茹法珍就从中兴堂逃回来了，他命令人关闭城门，配兵守护，但是没有发给张欣泰武器，鸿选在殿内也不敢行动。萧宝寅到达杜姥宅之时，天已经黑了，城门也已经关闭了。城门的守兵发箭射外面的人，这伙人就把萧宝寅扔下溃逃而去。萧宝寅也逃走了，3天之后，方才穿着武服来到草市尉司自首，草市尉驰马去报告萧宝卷，萧宝卷召萧宝寅进宫讯问他，萧宝寅痛哭流涕地说：“那天不知道什么人逼使我上车，就把我弄去了，实在是身不由己。”萧宝卷听得笑了，没有为难萧宝寅，恢复了他的爵位。张欣泰等人在事情败露之后，同胡松一起伏法被诛。
导游说，接连几次有人想取萧宝卷而代之，萧宝卷基本没有察觉，但是事情也没有成功。也该萧宝卷多活几日。
中兴元年（501年）七月二十七日，萧宝卷任命程茂为郢州刺史，薛元嗣为雍州刺史。但是就在这一天，程茂、薛元嗣献出郢城，投降了萧衍。郢城刚被围之时，有士人百姓男女近10万人，关闭城门200多天，城内瘟疫流行，人人浮肿，每十个人之中就有七八个死去，尸体堆积在床底下，而活人睡在床上，家家户户都是这样。程茂、薛元嗣等人商议出城投降，让张孜写信给萧衍。青州人治中房长瑜过去曾在张冲幕府中任过吏员，他对张孜说：“令尊前使君赤胆忠心，气贯长虹，郎君您唯一应当做到的就是坐镇坚守，使该城不要丢失，以不负已故令尊大人的重托。如果天运不济，我们就只好月兑去戎装，听候安排，到黄泉之下去找使君大人。现在，你听从其他人的计策，欲出城而降，这不但使郢州的男女老少对你失去景仰之情，恐怕萧衍也不会瞧得上你。”张孜不能听从房长瑜的劝谕，还是写信给萧衍，献城投降。萧衍任命韦睿为江夏太守，代理郢府事务。韦睿收埋死者，安抚还活着的人，于是郢人得以安定。
九月，萧宝卷委任李居士为江州刺史，冠军将军王珍国为雍州刺史，建安王萧宝寅为荆州刺史，辅国将军申胄监管郢州，龙骧将军、扶风人马仙监管豫州，骁骑将军徐元称监管徐州军事。这一天，萧衍的前军已经到达芜湖，申胄的朝廷军两万人弃姑孰而走，萧衍占领了姑孰。十七日，萧宝卷委任后军参军萧诞为司州刺史，前辅国将军鲁休烈为益州刺史。
萧衍攻克江、郢二州之后，萧宝卷照样游骋玩乐，他对茹法珍说：“等他（萧衍）来到白门（建康南门即宣阳门）前时，再与他决一死战，以定胜负。”萧衍到了建康附近，萧宝卷才召聚兵力，准备固守，他命人从建康的左、右尚方（尚方署，制办和掌管宫廷饮食、御刀剑等珍贵器物的宫署）和东、西冶（冶炼场所）当中挑选囚徒充配军队，对不能让其活着的囚徒，在朱雀门内日斩百余人。
萧衍派遣曹景宗等人进驻江宁。二十五日，江州刺史李居士从新亭挑选了精悍骑兵1000人到江宁。曹景宗刚到江宁，营垒还没有来得及修建，而且由于行军日久，士兵们的甲衣都穿破了。李居士因此而轻敌，率领朝廷军击鼓呐喊直冲上去。曹景宗奋而反击，大败朝廷军，一直追到了皂荚桥（在建康南郊新亭附近）。于是，王茂、邓元起、吕僧珍也进据赤鼻逻（建康南郊城防工事)，新亭城主江道林领兵出战被生擒。萧衍到了新林，命令王茂向前推进，占据越城（今中华门外长干里一带），邓元起占据道士墩（建康城南郊据点），陈伯之占据篱门（用竹篱做成的门），吕僧珍占据白板桥（城防工事，在秦淮河畔石坝街、大中桥一带）。接着，吕僧珍大败李居士的军队。李居士请示萧宝卷，要火烧长江南岸村舍的房屋以开辟战场，从大航（朱雀门外跨秦淮河的浮桥叫朱雀航，又称大航）以西，新亭（今安德门菊花台一带）以北的房屋全被烧光。萧衍的几个弟弟都从建康自动出来奔赴萧衍的军队。
十月十三日，萧宝卷派遣征虏将军王珍国、军主胡虎牙率领精兵10万多人布阵于朱雀航南边，宦官王宝孙持白虎幡督战，他打开浮桥，断绝了后路，以作背水一战。萧衍的军队稍微后撤，王茂下了马，手持单刀，直向前去，他的外甥韦欣庆手执铁缠槊左右掩护，冲击萧宝卷的军队，立刻就冲破了他们的阵营。曹景宗乘机纵兵攻进，吕僧珍放火焚烧了敌方的营地，将士们全部拼力死战，战鼓和杀喊之声震天动地。王珍国等众军抵抗不住，王宝孙狠骂诸位将帅，直阁将军席豪气红了眼，突阵而死。席豪是一员骁将，他阵亡之后，士卒们土崩瓦解，跳进秦淮河中死去的无以计数，尸体堆积的与桥面齐平。萧宝卷的军队见状，全都溃散而逃。萧衍的军队长驱直进，到了宣阳门（今中山东路以南的淮海路一带）。
十七日，萧宝卷的宁朔将军徐元瑜献出东府城投降。青、冀两州刺史桓和入城增援，驻扎在东宫。十八日，桓和欺骗萧宝卷，声称出战，借机率部投降。光禄大夫张放弃石头回宫。李居士献出新亭投降萧衍，琅邪城主张木也投降。二十一日，萧衍坐镇石头（石头城），命令各路军队攻打建康的6个城门。
萧宝卷命人放火烧了城内的营署、官府，驱逼士人和百姓全部进入宫城，关闭宫门，作最后的拒守。
早先，崔慧景攻逼建康之时，萧宝卷拜钟山神蒋子文为假黄钺、使持节、相国、太宰、大将军、录尚书事、扬州牧、钟山王。到萧衍率兵到来之时，东昏侯又尊蒋子文为灵帝，迎接他的神像进入后堂，让巫师祈祷求福。到了城门关闭之后，萧宝卷将城中的军事全部委托给王珍国。兖州刺史张稷来守卫京师，萧宝卷又让张稷任王珍国的副手。
当时，城中的兵卒还有7万人，萧宝卷向来喜好军阵，与身边的黄门、刀敕以及宫人们在华光殿前演习战斗，假作受伤的样子，让人用木板抬去，用这种形式来作为诅咒制胜。萧宝卷还经常在殿中着戎服，骑着马出入，用金银做成铠甲和头盔，全都装饰以翡翠。他仍旧昼眠夜起，一如平常那样。他听到外面的击鼓呐喊之声，就披着大红袍，登上景阳楼的屋顶观望，差点被弩机射中。
开始之时，萧宝卷与左右心月复一起分析，以为陈显达一战即败，崔慧景围城很快就逃走，于是认为萧衍的军队也会这样的，所以敕令太官备办柴火和粮米，够百日之用就行了。但是，在大桁（大航）之败以后，城中民心慌乱，人人自危。茹法珍等人担心士人和百姓们逃溃，所以关闭城门而不再出战。但是，等到萧衍的长围已经布置好，堑栅坚固之后，再派兵出击，屡战屡败。
萧宝卷极其吝啬钱财，梁王萧衍的军队已攻打到城外，太监茹法珍跪在地上请求他赏赐将士抵抗，他不但不肯，反而还说：“反贼难道就只捉我一个人吗？为什么偏偏向我要赏赐？”这又不禁使人想起西晋司马炎的白痴儿子，晋惠帝司马衷来。当他在听到大饥之年人食树草而不得时，说了一句举世著名的痴话：“没饭吃也不要紧嘛，为何不吃肉糜（肉粥）呢？”。如果说，萧宝卷在宫苑之中开办农贸市场（是否充当小刀手）可以算作与民同乐；那么他不奖励抵抗的士兵，则是昏庸之极，那句与“肉粥”差不多的痴话，则是他自私而又无知的真实写照。
本来后堂之中储放了几百块木料，有人向萧宝卷启奏要拿去做城防之用，他却不给，想留下来盖宫殿时使用。萧宝卷又督促御府制作了300人使用的精制兵器，准备等萧衍之围解除之后，出外游玩时，卫士们用以驱赶士民。至于金银雕镂物品，萧宝卷亦让赶制，并限定时间要比平时快出一倍。
看看，都到了这步田地了，萧宝卷心里想的还是如何抠门、如何潇洒、如何作乐，什么国家、社稷统统抛于脑后，这样的君主又如何能够长久？
茹法珍和梅虫儿给萧宝卷出主意说：“大臣们不忠诚，以致城围不能解除，所以应该将他们全部杀掉。”王珍国和张稷惧害大祸临头，王珍国就派自己的亲信给萧衍献了一块明镜，以示自己的心意，萧衍则截断金子作回报，表示愿意和他同心共事。兖州中兵参军张齐是张稷的心月复，王珍国就通过张齐秘密地与张稷策谋，要一同杀掉萧宝卷。于是，张齐在夜间将王珍国带到张稷那里，两人凑在一起谋密定计，张齐亲自在旁边手执蜡烛。他们密谋好之后，又将计策告诉了后舍人（皇宫内廷总管）钱强。
永元三年（501年）十二月初六夜间，钱强秘密令人打开云龙门，王珍国和张稷带兵冲入殿中，御刀（御前侍卫）丰勇之做内应。当晚萧宝卷在含德殿吹笙歌作《女儿子》为乐府《清商曲辞》名。当时，三峡地区民间歌舞在西汉时的巫山一带流传，郦道元的《水经注》及郭倩的《乐府诗集》均名为《女儿子》，作乐方罢，尚未熟睡，听到有军队闯进来的声音，连忙从北门逃出想跑回后宫，太监黄泰平举刀砍伤了他的膝盖，他摔倒在地，还骂道：“奴才要造反吗？”（废话！痴话！）随即脑袋被张齐砍落，终年19岁。众人用浸过油的黄绢包起他的首级（油过的黄绢透明易于辨认），然后派遣国子博士范云等人送给梁王萧衍。萧衍派张弘策先进去清理宫中，封存了府库和各种图籍。其时，宫城中珍宝之物到处都是，张弘策严加管束部曲，做到秋毫无犯。潘贵妃（又称潘玉儿）以及宠臣茹法珍、梅虫儿、王之等41人全被收拘，交给主管官吏处理。
十九日，萧衍进驻阅武堂，下令大赦天下。萧衍又下令：“凡是错误的规章，荒谬的税赋，过分的刑罚和劳役，全部废除。”潘玉儿的姿容极其美丽，萧衍久仰潘玉儿的美色，本想将她留下，侍中、领军将军王茂说：“使齐国亡掉的正是这个女人，您如果留下她，恐怕要招来外界的议论。”于是，萧衍下令将潘玉儿勒死在狱中，宠臣茹法珍等人也被诛杀。萧衍命令把两千宫女分赏给将士们。
有关潘玉儿的死还有一说：当时萧衍将潘玉儿赐给部下田安，潘玉儿对萧衍说：“昔者见遇时主，今岂下匹非类。死而后已，义不受辱。”自缢而死，死后形状洁美如生。苏东坡《和杨公济梅花》诗云：“月地云阶漫一尊，玉奴终不负东昏。”对潘玉儿的死，导游也深感痛惜，如果当时萧衍收纳了她，也许她就不会自杀了。
据说“三寸金莲”，的典故就是从潘玉儿一双柔软无骨的美足而来。“起来玉笋尖尖女敕，放下金莲步步娇”。自五代的南唐开始，缠足出现在中国的历史中。南唐后主李煜的嫔妃，美丽多才，能歌善舞，李后主专门制作了高六尺的金莲，用珠宝绸带缨络装饰，命宫嫔娘以帛缠足，使脚纤小屈上作新
月状，再穿上素袜在莲花台上翩翩起舞，从而使舞姿更加优美，李煜看后十分喜欢，称其有凌云之态。
对金莲描写，要数明朝的风流才子唐寅（唐伯虎）所作《挂歌》最为有名：“第一娇娃，金莲最佳。看凤头一对堪夸。新荷月兑瓣月生牙，尖度纤柔满面花。觉别后，不见她，凫何日再交加？腰边搂，肩上架，背儿擎住手儿拿。”《醒世恒言-乔太守乱点鸳鸯谱》中：“那女子的尖尖趫趫、凤头一对，露在湘裙之下。”明代大学士廖道南有《裹足》：“白练轻轻裹，金莲步步移；莫言常在地，也有上天时。”虽然有的描写不够健康，但却将金莲写得活神活现，妖冶迷人。
当初，海陵王被废之后，王太后出宫居住在鄱阳王的旧宅中，号为宣德宫。萧衍以宣德太后（即原文惠太子妃王宝明）的名义，命令追封被废的涪陵王萧宝卷为东昏侯，褚皇后以及太子萧诵并黜为庶人。萧衍被任命为中书监、大司马、录尚书事、骠骑大将军、扬州刺史，封为建安郡公，并且依照晋代武陵王司马遵承制之例，行使皇帝的权力，百官群僚们向萧衍致敬。王亮被任命为长史。十二日，改封建安王萧宝寅为鄱阳王。
关于南齐的亡国，唐李商隐“齐宫词”作了高度概括：“永寿兵来夜不扃，金莲无复印中庭。梁台歌管三更罢，犹自风摇九子铃。”这首诗是李商隐（857年）任盐铁推官，游江东，至白下。凭吊齐、梁旧事，有感于两朝皆务浮华享乐所作。
导游说，萧宝卷的一生也够惨的，16岁做了皇帝，19岁就呜呼了，虽然风光了一阵子，也就3年的皇帝命，死后被连降三级沦为侯，还被萧衍授予“东昏”这个谥号，这个待遇有极大的讽刺意义，古今都比较罕见，可怜一代帝王，头被砍了还不知道怎么回事。怨谁呢？怨他头脑中少一根筋。据说被砍掉头颅的皇帝，永世不能再投人，东昏侯啊，你下辈子该怎么办呢？
据说萧宝卷死后，追谥为东昏侯，但陵墓仍按皇帝的级别修造。葬江苏丹阳建山乡金家、王家、陈家附近。陵南向。1968年发掘。墓室内有“羽人戏龙”、“羽人戏虎”、“竹林七贤”等砖刻壁画。陵前800米处有石兽1对，东为天禄，西为麒麟，均为公兽。天禄身长2.38米，高2.25米，颈高1.2米，体围2米；头部已残，失去3足，身上雕饰已漫漶不清。麒麟身长2．13米，高1.9米，颈高1.05米，体围1.65米；吻部及足已失。两兽相距23米，均昂首挺胸，张口伸舌，非常生动。
《列传》选录：
东昏褚皇后，褚令璩，河南阳翟（今河南禹县）人，太常澄女也。建武二年，纳为皇太子妃。明年，谒敬后庙。东昏即位，为皇后。帝宠潘妃，后不被遇。黄淑仪生太子诵，东昏废，并为庶人。