与税务事务争纷的同时，在军事上，清廷于1905年9月底由军谘处出面通告各省督抚，拟派参谋官到各省督理军务，统一整合全**事力量。海军处也电令驻军舰没有海军处命令，不得擅离驻地。
这些谋夺刘飞扬系军权的政策，遭到以直隶总督刘洪恩、东北三省总督林镇伟为首的新军将领的强烈抵制与反对。
直隶总督刘洪恩这样表达他的反对意见：“军政权限分析宜加慎重，······军事一项，宜勿夺督抚其统属之权，以资调遣。东北总督林镇伟以“督抚若失军事实权，即将无从负疆圻任，军事统率只应由主将负责，已应对突发之变。”为由反对中央决策。
此后中央和地方的矛盾一直升级。两江总督陈其昌首先致电军谘府，声称：如果实行军谘使监视各省军务而不受督抚节制，那就请朝廷将督抚一律裁撤，否则不予承认。
除了刘飞扬系的官员，两广、陕甘总督及山东、陕西、四川、贵州等省巡抚，“因同病之故，乃相怜相亲”，以“一人之力不足与中央抗，思互相联合，以为与中央争持之基础”，联合电驳，抵制了朝庭的军事统筹计划。
客观地说，朝庭在实行改革的过程中，要削弱督抚财兵两权，收归中央，不能无端的说它说是反动之举，作为后起国家的中央政府，要实现经济崛起、发展宪政，没有中央集权、没有政治体制的现代化是不可能实现的。从经济角度看，适当加强中央集权，改变画地为牢的地方封建主义，有利于打破地方保护的闭锁格局，对于促进资本主义工商业的发展是必不可少的步骤。
朝庭四分五裂的局面如果不能得到及时遏制，对外既不能有效抵御外国侵略者，对内又不能维护帝国稳定。加强中央集权是振兴国力、转弱为强的重要步骤，政启由此着手，本不为错，集权行为是和立宪结合在一起的，本来顺理成章。但政启初上台，不顾立足未稳，清庭统治集团内部矛盾尖锐，在这个时候这种情况下，即急急忙忙的想加强中央集权，削减地方势力反而是不可行的。
由于社会矛盾的复杂性，问题不是那么简单了。过多地削弱督抚的权力，过急地追求高度的中央集权，不仅激化了中央与地方的矛盾，为改革制造了更多的阻力，挫伤了地方督抚的积极性、增加其离心力，而且还可能造成了省一级行政的真空地带，使较小的暴力冲突演变成革命成为可能。
这个时候清庭其实面临着两难的抉择：要实现君主立宪制，就必须加强中央权威，削弱地方督抚权力，但是稍有不慎，就有可能触怒地方官员，在空前的政治危机下，一旦造成地方督抚行政管控能力下降，就会导致防卫空虚，使“**”力量哄然而起。
其实除了从自身利益出发的地方督抚们，许多开明人士都看到了朝庭措施的失误，也有人对此可能造成的危害性和难以操作性进行了提前的警告。当时的立宪舆论也并非对中央所采取的举措一概不解，《京报》评论说：“度支部现在清理财政，各省督抚大员多怀疑惧，而泽贝子（度支部尚书载泽）百折不回，务期得收成效，昨闻各督抚及司道之条陈财政者，已多至百余起，惟其中各怀私见，恐难实行。”
清王朝发迹崛起于中国东北的白山黑水之间，经过二百多年当它走到历史尽头的那一刻，大清皇帝不但未能力挽狂澜，反而让帝国在他手中更快的消亡。
政启也许从来没有从手里的最高权柄中享受到权力的乐趣，两年的权力巅峰生活在他看来“如临深渊，如履薄冰”，被迫退出权力舞台之后他如释重负，说了这样一句饶有意味的话：“这回总算可以回去抱孩子了。”
正因为历经两个半世纪的王朝在他执政时期消亡，所以后世的评论对这位政启皇帝是相当苛刻的。很多人认为政启连其祖宗的成功经验也没有吸取，未像康熙杀鳌拜那样干得果断利落。殊不知政启已经不是传统的**皇族，而是一位多多少少吸收了西方文明的开明**者。虽然为了完成中央集权，或者出于私心，他是多么想除掉刘飞扬这样一个尾大不掉的权臣，虽然张之洞、奕劻等大臣“不可杀”的谏言起了很大的作用，但是不但京师周边省份驻扎的都是刘飞扬的军队，而且在京师之内，刘飞扬的军队也不比皇帝控制的军队弱。
并且政启从当政的第一天起就试图把自己塑造成为一个宽容大度、开明革新且手段强悍的改革者形象，这不单是政治性的作秀，也是政启本人的内心诉求。后来流亡国外的溥仪曾惋惜地说：政启执政两年其中没有杀掉刘飞扬是“最根本的失败”。这恰恰从另一个侧面说明在政治上比及他的父亲更显幼稚，这是由于他在新政的年代里尚为出生，不能体会到当时疾风骤雨的政治环境下更需必要的政治艺术。
政启心有余，力不足，智不逮也。
传统中国的**文化一向强调“普天之下，莫非王土；率土之滨，莫非王臣”的政治伦理，然而，正当清王朝最需要权威的阶段，却没有了真正的权威。
清末新政过程中，中央与地方关系直到帝国消亡之时仍旧没有得到解决，甚至可以说，正是这层矛盾的严重性，才导致了帝国的迅速崩溃。
而清末督抚除了已结成一体的刘飞扬系的官员，其它的地方督抚生存在夹缝中，他们的权力不仅受到“中央集权”的剥夺、削弱，同时还受到省咨议局及在“地方自治”中膨胀起来的地方绅权的掣肘和控制，他们往往受到上下夹击、月复背钳制，不要说此时多数督抚已与清廷离心离德，即便依旧忠心耿耿，手中财权、兵权两空，要“维护地方治安”、捍卫清庭的统治地位也早无能为力了。
正因为如此，刘飞扬一呼声“反”后，众督抚或者协同刘飞扬共逼权贵让出政权，或者弃地而逃，或者转向革命方面，没有出现真正为帝国政府尽忠到底的督抚。
第二百二十二章离心
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