飞逝的秒针，流动的水星，现代社会人心荒芜疲惫，柯南的推理是一剂良药。千寻再次来东京游玩，真实的目的是敷岛探险，传说中的幽灵船龙神号在风雨交加的夜晚突然出现，引起了她的极大好奇。晓月气哼哼地批评千寻是无事生非，不过，在她的圣闘士动画中，也有一集是幽灵船故事的，所以也想去看看到底怎么回事。静杨、小雅、直子三女对这种灵异的事情，多少有些胆怯，就决定不去了。千钧只好独自陪两位妹妹前往敷岛游玩。
龙神号是在7年前台风来临之际遇难的，传说这艘船上有价值十亿日元的金块，它的再次出现引起了很大的轰动。但让敷岛村长失望的是，船上没有找到任何金子。大家都怀疑是幽灵船、水军作祟，村长根本不信。
在出发当日，千钧兄妹在船上巧遇毛利三人组，他们也要去敷岛。原来，毛利小五郎被邀请去演讲，随行的还有电视台的人，显然，小兰还不知道幽灵船和水军作祟的事情，否则她肯定会害怕。轮船快速航行，大家在甲板上观看海景，两位美丽的少女千寻和晓月指着远方，低身讨论着。敷岛的接应人员是助役木下五郎，今年53岁了，戴着眼镜，给人一种阴沉的感觉，告知大家，“再有3个小时，就到敷岛了。这次毛利先生能答应为我们演讲，大老远跑到这个偏僻的地方来，真不知如何感谢才好……”小五郎哈哈大笑，“没什么了，不过，你们那里还真远啊！”
小兰见老爸出丑，从后面掐了他一下，小五郎大叫好痛。千钧低声道，“这个木下感觉怪怪的！”柯南哼了一声，“我觉得他很正常，是典型的日本人！”千寻和晓月围绕着海景的作图激烈争吵着，千钧苦笑，“我就知道她们会这样。”柯南大喊，“木下伯伯，传说的龙神号又被发现了对不对？”这下也引起了千寻和晓月注意，二人停止了吵闹。木下五郎肯定，“没错，岛上的居民都说是幽灵船，还引起了一场骚动呢。”
晓月询问，“可是听说到最后也没有找到那些金块。”木下苦笑，“其实，没有人知道以前上面到底有没有金块，这些都叫人怀疑。老实说，光这艘船，就足够村子改善经济了，我们村长为了这个也很高兴。”千寻好笑，“是靠着幽灵船的炒作，振兴了你们村子吧！”木下笑道，“还不止这样，我们还邀请了不少名人到岛上参观，也是振兴村子的重要一环。”毛利大喜，“想不到我毛利小五郎已经声名远播了。”木下五郎恭维，“那是当然了，一提到名侦探毛利小五郎的名字，我相信全国都……”
听到毛利大叔的名字，旁边戴墨镜的男子大惊，手中的望远镜跌落在甲板上。随后，男子捡起望远镜回船舱去了。千钧询问这家伙是谁，木下说此人是东京东都旅行社的职员，因为幽灵船骚动的关系，他们的旅行团希望以这个为卖点来这里旅游。轮船驶抵敷岛，敷岛绿野成林，美丽闪烁，村民在码头热烈欢迎前来的游客。大家走下船去，看见欢迎的人群非常热情，高举着欢迎名侦探毛利小五郎的横幅，不少美貌的女子高声尖叫着小五郎的名字，为首的居然是2个高中女生。
小五郎大笑，“大家这么热烈欢迎我啊！”毛利侦探整理一下衣服，酷酷地走过去，大家跟在后面，村长三上武男，今年50岁，是个胖胖的日本男子，热情地走过来跟小五郎握手，“毛利侦探，长途劳顿，你一定很累了吧？”然后村长进行了自我介绍，“您能够来到这个地方，我真是太感激了。”小五郎随口谦虚着，旁边走出一个极其可爱的小女孩，梳着朝天辫，“这个不怎么样的叔叔，真的那么有名吗？”大家都是一愣，女孩有些失望，“我一听说名侦探要来，还以为是个长得比较帅的叔叔呢！”
小五郎大怒，“你说什么，你这个可恶的小鬼！”三上村长急忙斥责，原来这个小女孩是他的女儿三上铃，“这样对爸爸的客人太失礼了！”小五郎立即见风使舵，模着女孩的头，“原来是令爱啊，简直太可爱了！”千钧好笑，“大叔的这项本事可够厉害的，变脸的速度世界第一！”大家都有同感，三上铃没有搭理小五郎，直接闪避走过去，小五郎当场摔倒在地，大家都笑起来。三上铃称赞，“这三位姐姐都好漂亮啊！”小兰、晓月、千寻也上前，赞扬三上铃的活泼美丽，三上铃非常开心，看到千钧有些疑惑，“咦，原来真的有怪叔叔啊！”
千钧火大，“什么？怪叔叔？我有那么老吗？”晓月和千寻都放肆地笑起来，“笨蛋哥哥，你这是第几次被孩子称为怪叔叔了？”“不知道的人，还以为你是萝莉控呢！”千钧郁闷无比，三上铃看见柯南，惊喜万分，仿佛发现了新大陆一样，问起柯南的名字，柯南随口回答“江户川柯南”。三上铃皱眉，“好奇怪的名字啊！东京现在流行这个样子的名字吗？”柯南哼了一声，“要你管！”三上铃对柯南很有好感，“随便啦，我叫三上铃，看样子我比你大，你要叫我姐姐啊！”
美丽活泼的三上铃，与柯南同岁，但是比柯南还高，早熟的小美女，误以为自己比柯南年龄大。三上铃搂住柯南的胳膊，“现在流行跟比自己小的人交往嘛！”柯南露出无奈，千钧打趣，“你还真的受美女欢迎啊，哈哈……”说笑之际，墨镜男走过来，木下五郎上前介绍，墨镜男打断他的话，自我介绍是东都旅行社的上原康夫，今年44岁。三上武男对旅行社的人也是很热情，希望能招揽到更多的客人。上原直接问，“幽灵船在什么地方？”
三上村长带大家去一间废弃的仓库，参观破破烂烂的幽灵船龙神号。三上还没有来得及介绍，上原康夫就直接通过船梯走上去，“我自己到处看看，还比较快。”千钧和柯南等人也走到船身附近观察，柯南看着船底，“这艘船已经沉没在海底好几年了，但是除了船底外，都没有长出铁锈。”千寻对船只很有研究，点头，“是有些奇怪，除非这船被密封在某个地方……”小五郎冷笑，“笨蛋，就是因为这样才叫幽灵船啊！”大家都摇头，“未免太不科学了！”
千钧突然感觉有人在远处偷窥，回头向远处望去。在高处，有个猥亵男子正拿着望远镜观察他们。此人是敷岛灯塔职员，名叫浜田幸二，42岁。千寻和晓月很快就从渔民嘴里，知道了这个人的基本情况。等到了吃饭时间，三上村长准备了丰盛的晚宴招待毛利一行人，还拿出了一瓶酒，“来吧，毛利先生，距离演讲还有一点点的时间。我们来……”小五郎大喜，递过杯子，“那就谢谢你了。”随后，毛利开始畅饮，称赞这酒不错。
小兰、晓月、千寻对着丰盛的菜肴评头论足，称赞着菜很好吃。千钧和柯南抓紧时间消灭美味的食物。蒸土壶受到了3个女孩的一致好评，柯南也深有同感。蒸土壶又叫土瓶蒸，常以泥土而制的茶壶茶碗盛装，称为“土瓶”；又因为蒸制而出，谓为“土瓶蒸”。跟中国南方的瓦罐蒸汤一样道理，都是小盅慢蒸，完全释放出汤中食材的味道。日式土瓶蒸属于清汤类，主要以鱼类、贝类为主料，汤味清淡，又极富营养。
三上武男突然开口，“毛利先生，在演讲完后，我有些事情，要借你的智慧一用。”小五郎有些微醉，脑子还很清楚，“你想让我帮你找到龙神号的沉没地点，对不对？”三上村长抚额大笑，“果然是名侦探，依我看，龙神号就沉没在敷岛周围，只要知道那个地点的话，那些失踪的金块一定能找到。”毛利侦探提醒，“那些金块就算找到了，应该也不归你所有。因为那些无主之物，会被收归国有的。”村长也知道这点，按照国家法律规定，找回的金块可以给村子一成，“所以这件事情就拜托你了，毛利先生！”
小五郎摇头，“不行，我拒绝！我是名侦探，怎么可以做这种寻宝工作！”千钧和柯南都是一愣，“大叔这次难得这么有骨气啊！”三上村长露出狐狸般的笑容，“如果您的报酬是这个小岛获利的十分之一，那怎么样？”毛利立即改变了态度，“我十分乐意，来，干杯！”三上村长松了口气，“这样就太感谢了，那就拜托了！”柯南无语了，大叔还是没有变啊，小兰她们也都摇头。三上村长让木下五郎详细解释一下具体情况。
7年前的一个台风夜，在距离小岛1公里的海岸上，龙神号因为船身出了问题，不断发出求救信号，但就在村民们出海救援时，求救信号突然中断了。第二天早上，在海岸边发现了船主的遗体。木下五郎叹气，“就这样，不要说什么金块了，我们连一个漂流物都没有发现。”毛利侦探询问金块的主人是谁？木下说就是那位死去的船主。船主因为逃税，眼看就要被逮捕，就把所有财产换成了金块。那个台风夜，他本来计划逃到国外的。小五郎弄明白了事情的原委，大包大揽，“我知道了，没问题。我名侦探毛利小五郎一定会把金块找出来的。”三上村长十分高兴，“那就请毛利先生多帮忙了。”
大叔准备到村民公馆去演讲，晓月和千寻去外面欣赏海岛风景，顺便写生。柯南和千钧来到公馆外，千钧感觉到岛的另一侧有强大的金系力量波动，让他非常好奇。柯南有些担心，“大叔演讲会不会有问题？弄到最后，不会让我们一起丢脸吧？”千钧笑道，“放心吧，大叔破案子不行，演讲绝对没问题。他的口才你应该知道的。”柯南却发现公馆后面挂着牌子，上面写着水军资料馆。二人推门进来，里面没人，都是些海军用的旧东西，比如船体模型，锚之类的物品。中央有一具坐立式的盔甲，柯南判断出是将军的盔甲。
木下五郎突然出现，柯南假装可爱，“这里有好多奇奇怪怪的东西啊！”木下五郎说这些都是敷岛宝贵的文化遗产，他指着一幅海战图，说起当年的历史。大约在400多年前，在一场战斗中败北的水军，逃到这个小岛上来。但是岛上的居民，却因为敌军悬赏重金要他们的首级而迷昏了双眼，对受伤的水军进行了攻击。木下指着最后的洞穴激战图，“他们最后逃到小岛侧面的这个洞穴里，但最终依然是全军覆没。从那以后岛上就接连有不祥的事情发生……”柯南有点明白了，“因为水军作祟吧！”木下点头，“所以我们在洞穴里安了神位，希望能安抚那些水军的灵魂。”
柯南好笑，“可这些都只是迷信吧！”木下摇头，“不，不全是。现在已经不完全是迷信了。”千寻和晓月也走进来，她们从村民那里，也得到了不少类似的消息。原来，在洞穴附近的森林里，有不少人看见穿着盔甲的水军幽灵出现，而且还有人听到水军洞穴里，不时传出叫人不寒而栗的哀嚎。木下五郎补充，在5年前，突然有一群研究水军的大学教授带着一群学生，来到敷岛做研究，他们没有事先询问岛上的居民，就直接到水军洞穴里面去做调查。但就在两三天后的晚上，村民看到穿着盔甲的水军将军现身，村民们惊慌失措地四处逃窜。虽然，村民们没有去确认，但从那天晚上之后，那些教授和学生再没有任何消息了。所以岛上现在根本没有人敢接近那个洞穴。
三上铃气呼呼走过来，“到现在还相信那些事情，难怪被人家笑死了！”三上铃却说，父亲提到过，教授们去洞穴做过调查，可是完全没有发现，所以没几天就全部回去了。千钧摇头，三上村长又在撒谎哄骗女儿，那些水军教授肯定被什么人干掉了。三上铃突然冲过来，拉住柯南，“跟我走吧，我带你到个好玩的地方去。”柯南大叫，“喂，等一下……”就被三上铃拽跑了。木下、千钧都露出笑容，两个孩子还是很投缘的。千钧随口问，“木下先生，那个洞穴在什么位置？”木下有些疑惑，千钧表示自己只是好奇罢了。木下点头，告知了千钧大致的方位。千钧露出笑容，果然是金系力量的所在方向，那些水军教授一定被杀人灭口了。
三上铃带着柯南走向外面，柯南头疼，“喂喂，我们要去哪里呢？”三上铃笑了，“我带你溜到舞台的后面看看，那可是特别来宾的贵宾席。”二人走到门口，发现有人开门，急忙躲起来，浜田幸二张望着从里面走出来。三上铃见他走远，“吓了我一跳，原来是他。”柯南问起浜田的情况，三上铃说浜田是灯塔的守卫，一个很奇怪的人，平常都不跟岛上的人来往，还常常到水军洞穴去，不知道在里面做什么。
千钧从远处走过来，刚好看见浜田幸二和上原康夫碰面，就躲在一侧偷听。上原摘下墨镜，“青木，好久不见了，我可是永远不会忘记，你这张脸！”浜田大惊，“我不知道你在说什么……我只是个灯塔守卫。”上原大怒，揪住了浜田，用手撩开他的刘海，看到了他的遮挡的右眼，也吃了一惊。浜田生气，推开上原，“我不是说你认错人了吗？快点放开我！”看着离去的浜田，上原冷笑，“就算你化成灰，我都认得你，青木！”
演讲时间到了，千钧、晓月、千寻、小兰、柯南、三上铃一起进入演讲会场，木下五郎介绍完名侦探的事迹，请毛利小五郎隆重出场。小五郎摇摇晃晃从里面走出来，小兰担心不已，“爸爸，醉成那个样子，不会有事吧？”大家都有些担忧，千钧随口安慰着，毛利在走到主席台前时摔倒在地，大家都汗，小兰抚额，“太难看了！”木下五郎也擦汗，“看样子我们的名侦探也会怯场，呵呵……”小五郎跌跌撞撞爬到主席台桌子上，木下急忙宣布，“为了纪念毛利先生光临本岛，我们就请他为我们拉彩球吧！”毛利看着左手边的彩球线，“奇怪，怎么有2根线呢？”伸手捞了一把，没抓住。晓月苦笑，“大叔真的喝太多了！”千寻也笑道，“明明只有一根，居然……”小兰觉得尴尬死了。
千钧抬头看着气球，感觉有些不对劲。柯南叹气后，也闻到了奇怪的气味，那个是汽油！小五郎经过努力后抓住了彩线，柯南大叫，“糟了！”毛利将气球拽动，千钧大急，抓起身边的椅子扔了过去，将气球击偏，气球落在毛利侦探不远处，燃起大火。小五郎惊慌失措连滚带爬逃离，臀部却被火烧着了，“烫死我了！”台下的人都惊叫着站起来，千钧和小兰他们也都冲过去。小五郎爬在地上哀嚎，小兰急忙用灭火器灭掉了大叔上的火。千钧和几位负责安保的村民，用灭火器将火逐渐灭掉。
台下有人大喊，“水军又开始作祟了！”不少人感到害怕，逃离会场。三上村长很是恼火，“大家别慌啊！”柯南检查了残留物，找到引火装置，原来只要有人拉动彩带，火就会点着。舞台上，小五郎以难看的姿势爬在地上，撅着。柯南皱眉，“对方的目标居然是大叔！这么说，最可疑的人就是……”千钧接话，“灯塔守卫浜田幸二。”柯南点头，“还有那个跟浜田争吵的上原康夫。”千钧思索，“也许村民中也有人可能这么做，比如那个木下五郎……”柯南道，“这件事会跟幽灵船有什么关系呢？”“也许有人不想大叔查出金块的下落吧！”
晚上，休息房间，大叔不雅地爬在床上，臀部上方放着药物，“村长，这是怎么回事？你们好说歹说请我到这里来，今天就差点送命了！”三上武男鞠躬道歉，“发生这种事情非常抱歉，想不到让毛利先生卷入这样的意外，请您原谅。”千钧大怒，“什么意外？这明明是有人蓄意安排所设下的装置！”三上村长坚持，“不是的，那是因为我们放置的时候，不小心放在汽油桶里，加上漏电才会导致的意外。”晓月见他睁着眼说瞎话，大为恼火，“可是……”三上武男的脸色立即变了，“我已经做了解释了，绝对不会错的！”
毛利侦探为人处世的经验远比千钧他们丰富，冷笑道，“你是不是有什么原因？不愿意让警方接手这件事情？是不是就算找到金块也不打算交给政府？要是上面派警察来查案的话，那你的计划就彻底泡汤了！”三上村长被说中心事，“毛利先生，你只需要安心静养，把那些金块的位置找到就行了。”毛利大怒，“你说什么？”三上站起身来，威胁道，“丑话说在前面，你们要是不听我的，我不保证几位平安离开这里。”千钧哈哈大笑，“你在威胁我们？真是好笑，居然有人敢威胁平成年代的华森……”