()司马元显说话算话，接到王恭死讯后，立即任命刘牢之为征西将军，都督兖、青、冀、幽、并、徐、扬等州军事，刘牢之从而实际掌握了东晋的军权。他的倒戈意味着东晋两支最jīng锐主力部队开始火拼了。
首先发难的是杨诠期和桓玄，他们联名上书，以刘牢之擅杀大臣为名，请求杀刘牢之。司马元显看到上表，差点笑喷了，这不是恶人先告状么？你们千里迢迢来到建业，不就是想要我们父子的人头吗？还不要人正当防御啦？
桓玄见朝廷没搭理，便率领荆州兵进驻石头城，摆出一副随时攻城的姿态。司马元显心里非常着急，一边组织百姓守城，一边催促刘牢之拱卫京师。后者不敢大意，立即率军回援，不rì抵达建业。
另一方面，殷仲堪的主力部队也赶到——东晋的全部家底都在这里了。论战斗力，北府兵要比荆州兵高一丢丢；论人数，荆州兵却比北府兵高出许多。司马元显并没有十足的把握展开决战，于是，他又动起了歪脑筋。
那就再次从内部击破好了。
司马元显喊来了桓修，这人是桓冲的儿子，自幼在荆州长大，对荆州的一草一木都十分熟悉，他对元显说：“荆州兵我在了解不过，殷仲堪材质平庸，纸老虎一个，他之所以敢起兵，完全依仗桓玄和王恭，现在王恭已死，只要搞定桓玄，一定会收到意想不到的结果。”
“就这么办！”
于是乎，东晋朝廷发出了若干封任命书：桓玄为江州刺史；杨诠期任雍州刺史；桓修为荆州刺史；殷仲堪则被贬为广州刺史，即rì启程赴任。朝廷还送给桓玄一大群美女和成山的金银珠宝，派刘牢之带一千人欢送。
殷仲堪当然不愿意，他催促桓玄和杨诠期赶紧攻城，并写信威胁两人：“你要是敢联合朝廷出卖我，我就把你在荆州的老婆孩子统统杀掉！”
以现代人的眼光来看，桓玄绝对是那种顾家好男人，他担心家人的安危，急忙撒丫子跑路，终于在半路追上殷仲堪，逼他交出儿子做人质。这下好了，你要敢杀我老婆，我就敢做掉你儿子！
杨诠期也怕殷仲堪说到做到，也赶来汇合（如果他决意不回的话，或许就没有后来的大隋王朝了呢），他与桓、殷重新订立了盟约，并宣布拒绝朝廷的任命；同时上书朝廷，为王恭和殷仲堪讨说法。司马元显无奈，又把荆州还给了殷仲堪。
三人一路无语，默默回到荆州，经过建业之旅，哥仨的关系更加微妙了：桓玄有官职；殷仲堪有兵权；杨诠期啥都有，啥都不多，三人互不买账，互相玩心眼，直到玩死为止。
随着殷仲堪等人踏入荆州地界，这场无厘头的内乱画上了句点，总结为一句话，就是雷声大雨点小。
说雷声大，是因为这场内乱将东晋五大家族全部卷了进去，最终桓家以微弱的优势胜出；而王、庾等几家无法避免地走向了衰落；而雨点却很小，没死几个人，真正的战场冲突几乎没有，东晋朝廷格局没有发生实质xìng的变革。
当然，东晋zhèngfǔ还是有收获的，最重要的一点是收回了京口和扬州大部，消除了建业周围的威胁，尽管如此，其实际控制范围还是小得可怜，唯有三吴之地而已。但是现在，就连这块巴掌大的地方都要保不住了。
王恭之乱后没几天，司马元显又收到了孙泰企图造反的消息。
孙泰的身份很有意思，他是五斗米教的忠实信徒，也是现任教主杜子恭的坐下大弟子，杜子恭其人名不见经传，他临死前悟出的那句“不怕做不到，就怕想不到”倒是很有名。魏晋南北朝时期的僧人道士都不老实，杜教主却是一个例外，他对官场不感冒，就知道埋头炼丹。
乃徒孙泰正好相反，他热衷官道，靠着贿赂宫廷宦官，居然做到新安太守的位置。王恭之乱使他敏锐地感觉到，晋朝的国祚不会太长了，为了防备即将到来的亡国之灾，他利用五斗米教的影响力，到处蛊惑民心；聚集从前线逃回来的溃兵，俨然已成气候。
司马道子（内乱平息后，这老小子又回到了台前）对此深感担忧，便请孙泰喝酒，宴席上把他杀了，然后杀了孙泰的六个儿子，侄子孙恩勉强捡了条小命，跑到海上兴风作浪去了。百姓们还以为孙泰已经得道成仙，在海上帮助孙恩呢！
孙恩喝了几天海水，又重新爬上了岸，令他诧异的是，百姓们居然都以神灵对待他，所到之处，大家纷纷响应，在极短的时间内，收获了非常之高的人气值。
这一切，与zhōngyāngzhèngfǔ的暴虐统治有很大关系，司马元显因为平乱有功，被朝廷委予重任，他的贪腐之心也急剧膨胀，不仅逼退老爹，自己任扬州刺史；还在三吴地区横征暴敛，导致这一地区的百姓“家无余财”，甚至“卖儿鬻女”，这也就不难理解他们为何敬孙恩为神明了。
孙恩利用百姓们对zhèngfǔ的仇恨，到处招兵买马，很快募集到一支数万人的队伍。他的首要战略目标是会稽，原因很简单，离海最近，便于向内陆发展。
镇守会稽的是王羲之的儿子，王凝之，他的书法也相当了得，仅次于老爹和兄长王献之，而且他还有个有名的老婆，谢道韫，这可是东晋第一才女（那句“未若柳絮因风起”的作者，甚是了得）。
王凝之虽然艺术造诣比较高，但在打仗方面简直就是大白痴，和孙恩一样，他也是五斗米教的忠实信徒，他既不抵抗也不投降，整rì在家求神拜佛，嘴里还念念有词，跟仙魔附体似的。部将请求迎敌，他却神神叨叨地说：“我已经和张天师说好啦！他会派出天兵帮我们守城的！”
结果鬼兵没来，会稽倒是先丢了。王凝之孤身一人逃出城，几个儿子都去见张天师了。谢道韫倒是淡定的很，她命婢女们去找轿子，自己则奋力抵抗，手刃数人。虽然最终被俘，但足以羞死那个不争气的老公了。
孙恩以会稽为根据地，势力不断向北发展，逐渐控制了三吴之地，东晋zhèngfǔ的直接管辖范围，只剩下孤城建业及其附近郊区。孙恩的前锋甚至可以抵达宣阳门下。
孙恩小人得志，自称为征东将军，开始在三吴地区胡作非为。他的人生信条为顺我者昌逆我者亡，凡是有反对他的，一律灭族（注意这俩字儿），上至耄耋老人，下到待哺婴儿，都在孙恩的杀人名单上。
孙恩平生最痛恨那些中饱私囊的官吏（吃不着葡萄嫌葡萄酸），于是把会稽的县令统统杀了做成肉酱，送给他们的老婆和儿子当午餐。这还不算完，孙恩派人监视他们，只要不愿吃的，立即当场肢解（孙皓、石虎也不过如此吧！）。
于是乎，三吴地区哀鸿遍野，这片曾经最富庶的地方几乎变成了人间地狱。
东晋zhèngfǔ极为恐慌，赶忙派司马元显平叛。与此同时，刘牢之也率军南下，所到之处，捷报频传，不久即抵达会稽地区。为了模清敌情，以便确定下一步的军事行动，刘牢之派部将刘裕前去打探。
刘裕带着十几号人，拍拍出发了。没过多久，这支哨兵小分队遇到了孙恩数千人的大军。