()之后数月，义军与苏峻又数战，皆不利。于是陶侃令徐州刺史郗鉴与后将军郭默还据京口，立大业、曲阿、庱亭三垒以分峻之兵势，亦防苏峻携天子东入会稽。
对峙之际，峻分遣诸将东西攻掠，所向多捷，人皆畏惧。朝中士官之奔西军者皆曰：“峻狡黠有胆决，其徒骁勇，所向无敌。若天讨有罪，则峻终灭亡；止以人事言之，未易除也。”温峤怒曰：“诸君怯懦，乃更誉贼！”及累战不胜，峤亦惮之。
后温峤军粮耗尽，亲往向陶侃军中借粮。陶侃怒道：
“使君前云不忧无良将及兵食，惟yù得老夫为主耳。今数战皆北，良将安在！荆州接胡、蜀二虏，当备不虞；若复无食，老夫便yù西归，更思良算。徐来殄贼，不为晚也。”
温峤亦怒道：
“不然。凡师克在和，古之善教也。光武之济昆阳，曹公之拔官渡，以寡敌众，杖义故也。峻、约小竖，为海内所患，今rì之举，决在一战。峻勇而无谋，藉骄胜之势，自谓无前，今挑之战，可一鼓则擒也。奈何舍垂立之功，设进退之计！且天子幽逼，社稷危殆，四海臣子，肝脑涂地，峤等与公并受国恩，事若克济，则臣主同祚，如其不捷，身虽灰灭，不足以谢责于先帝。今之事势，义无旋踵，骑猛兽，安可中下哉！公若违众独反，人心必沮。沮众败事，义旗将回指于公矣。”
二人争辩，互不相让。峤部下毛宝劝解道：
“二公皆国之重臣，义军所望，岂可贼未破而自生间隙？今兵锋微挫，心急之言切不可当真。”
陶侃属下竟陵太守李阳亦在旁劝解。二人怒气方才稍解。毛宝又言道：
“陶公本应镇芜湖，为南北势援，前既已下，势不可还。且军政有进无退，非直整齐三军，示众必死而已，亦谓退无所据，终至灭亡。往者杜弢非不强盛，公竟灭之，何至于峻，独不可破邪！贼亦畏死，非皆勇健，公可试与宝兵，使上岸断贼资粮。若宝不立效，然后公去，人心不恨矣。”
侃钦其忠勇，乃从其计，加毛宝为督护。
李阳又说陶侃道：“今大事若不济，公虽有粟，安得而食诸！”侃乃分米五万石以饷温峤军。
毛宝率军果烧苏峻句容、湖孰积聚，峻军乏食，侃遂留不去。时陶侃虽为盟主，而处分规略一出于峤。
石头城外激战之际。有颖川人陈光率其属攻祖约，约左右阎秃相貌类约，光以为约而擒之，约逾墙逃走而幸免。而祖约帐下诸将暗自结于石勒，请为内应。勒遣石聪来攻之，约众溃，奔历阳。遣兄子涣攻桓宣于皖城，会毛宝援宣，击涣，败之。赵胤复遣将军甘苗从三焦上历阳，约惧而夜遁，其将牵腾率众出降。约以左右数百人奔于石勒，勒薄其为人，不久便杀之。
苏峻心月复路永、匡术、贾宁闻祖约败，恐事不济，劝峻尽诛司徒王导等诸大臣，更树心月复；峻雅敬导，不许。永等乃生二心于峻，导使参军袁耽潜诱永归顺，谋奉帝出奔义军。于是王导设法与小刘屹相见，问道：
“屹儿，汝rì夜在皇帝旁侍奉，是否发现卫士有何疏忽之处。”
“自从上次宫中之事后，守卫看管rì严。师父何故问此，难道……”刘屹停顿后继续说道，“屹儿此次前来，亦是费尽心思，何况皇上，屹儿恐师父所谋极难成功。”
“既然如此，也罢。不过你这些时rì要随时准备，一旦收到为师之信，即刻……”
“屹儿谢师父关切，若此时离开，皇上身边再无亲近之人。师父且安心去谋划大事，有师父与义父在外，贼必不会杀我。何况还有皇上庇护，屹儿定当安全。”
王导见刘屹如此说道，亦不多言。其后见峻防御甚严，事遂不果。导恐事泄，乃携二子出奔于白石。
九月庚午，侃督水军向石头。温峤、庾亮、赵胤帅jīng兵万人从白石南上，yù挑战。苏峻将八千人逆战，遣其子硕及其将匡孝分兵先击赵胤军，败之。
此前连战连捷，已使苏峻骄气rì甚。其将与赵胤军作战之时。苏峻正在犒劳将士，已经大醉。见胤败走，曰：
“孝能破贼，我更不如邪！”
舍其众，与数骑北下突入义军阵前，不得入，便yù回营。不料所乘坐骑，不知何故，停滞不前。义军将士见状，投之以矛，峻坠马；斩首，脔割之，焚其骨，三军皆称万岁。余众大溃。峻司马任让等共立峻弟逸为主，闭城自守。
温峤乃立行台，布告远近，凡故吏二千石以下，皆令赴台，于是至者云集。各地义军捷报频传。贼军每况愈下，帐下兵将降者rì多。
咸和四年正月，右卫将军齐超、侍中钟雅与建康令管旆等谋奉帝出赴西军。谋泄，苏逸使其将任让将兵入宫收超、雅。而刘超从容谓帝曰：
“皇上，臣等恐rì后无法再侍奉陛下。”三拜后，又言道，“皇上，刘屹，可否记得昨rì所教？”
皇上与刘屹哭泣着点头道：“天降大任于斯人也,必先苦其心志,劳其筋骨,饿其体肤,空乏其身,行拂乱其所为,所以动心忍xìng,曾益其所不能。”
“今rì之难，亦乃上天考验，望陛下rì后不论何时、处于何种危境，皆不忘复兴本朝之念，如此，朝等虽死亦含笑九泉矣。刘屹，汝亦非常之人，rì后必当竭力辅助皇上成就大业。”
小皇帝冲到刘超身边，抱住其大泣道：“还我侍中、右卫！”任让不奉诏，害之。
二月，诸义军共攻石头城，斩苏逸，贼众遂溃。一偏将抱帝奔温峤船，群臣见帝，顿首号泣请罪。其余各处苏峻余党，不久后皆被义军讨平，为时两年的苏峻之乱终被平定。