[生活中没有书籍，就好像没有阳光；智慧里没有书籍，就好像没有翅膀。]
3月9日，蒋介石在蒋经国、俞济时的陪同下，离开台北举行“复行视事”后的第一次出巡，至高雄左营海军基地检阅海军部队。海军总司令桂永清进行了精心安排，巡视的蒋介石被“总统万岁”和“誓灭共匪”的口号包围着。下午3时，蒋介石又到海军全代会致词。首先由代表会主席团全体代表向蒋宣誓效忠：
余等谨代表海军全体官兵，竭尽赤诚，誓死效忠总统蒋公，并在桂总司令领导下，集中意志，团结力量，达成**抗俄，救国救民之使命。如违誓言，人人得而诛之。
通篇誓词，特别是后几句，不禁使人想起昔日的封建会道门，可此类表现对蒋个人“效忠”的誓词，却常常出现在20世纪50年代台湾的军队里。蒋听完这誓词后非常感动地对士兵们说：“我接受你们的宣誓，我接受你们的决议，我要领导你们走到成功的路上去。”《中央日报》，1950年3月10日。↘↘
接着，桂永清代表海军将写有“民族救星”的旗帜献给蒋介石。随后蒋向参加大会的代表致训词：“海军要能确保**抗俄的基地，成为陆空军反攻大陆光复祖国的先锋，则必须本同舟共济的精神，先求本军各单位间精诚团结，协同一致。”在训词的最后，蒋介石表示：“我一定引导大家在一个主义、一个目标、一个历史、一个生命的前提之下，和我海军全体官兵同生死，共患难，坚强奋斗来完成我们**抗俄、复兴我们中华民族的历史使命。”《中央日报》，1950年3月10日。
结束左营之行后，蒋介石正式开始了军事改组工作。根据蒋介石的指令，“东南军政长官公署”被撤销，其业务归并“国防部”及其他相关单位，台湾防卫司令部和陆军训练司令部归并于陆军总司令部，东南区海军司令部、空军司令部和补给司令部归并于各该司令部。此前，溃不成军的陆军装甲兵司令部已经被缩减成装甲兵旅，由蒋介石的次子蒋纬国任少将旅长。《中央日报》，1950年3月4日。这对于简化指挥机构，提高行政效率是颇有益处的。
国民党军惨败的一个重要原因就是各单位之间职责不明，政出多门，互相扯皮，互相推诿，不能很好地配合协作，共同作战。特别是军令和军政两系统的权责不明，给部队造成了很大混乱。所以，对国民党军组织系统加以调整，是蒋介石整顿军事的中心之一。3月15日，蒋介石发布命令：
一、兹拟定国防机构组织系统表及国防职务互相关系对照表，着自39年7月16日起实施。