一监二阁三院——
设置钦天监监正、太史阁太史令、文渊阁统领大学士、翰林院院正、格物院院正、都察院左都御史、右都御史。
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钦天监，掌观察天象，推算节气，制定历法。
天文科负责天文学研究。
历法科负责历法和节气的编纂、制定、推算。
日晷科负责精确的时间测量，目前采用原子钟。
风水科负责国家地理堪舆、寻龙点穴、藏风纳水，目前成为了国家玄学研究部门，负责超自然现象的调查与研究。
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太史阁，国家历史与档案馆，负责史学研究，修书撰史。
考古科负责国家的考古挖掘工作。
守藏科国家历史和档案馆。
古史科负责研究古代历史。
近史科负责研究近代历史。
现世科负责预测现代及未来的格局形势。
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文渊阁，文化艺术的研究机构，负责诸子百家、百科学术的修书定义、释义正典。
经藏楼国家藏书馆、图书馆。
百家坊精研百家学术（主要是哲学、思想、主义、政治、理论）。
正典处负责各种著作的官方解释权。
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翰林院，为中枢幕僚，或者说是智囊团、智库。
文苑经筵日讲、论撰文史、稽查史书等等，文苑长于学术研究。
玉堂探讨军政、协议国事、推演局势、以备咨询等等，玉堂长于谋划策略。
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都察院，主掌监察、弹劾及建议，负责纠察、弹劾官员、肃正纲纪。
左都察院监察百官，廉政反腐。
右都察院信访采风，百姓投诉。
监察司地方监察御史使司。
纪委司纪律检查委任使司。
暗行司暗行御史使司。
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格物院，中华联邦中央科学院，负责科学技术研究，经李丞相改制后分为探天阁和人文苑两部分。
探天阁——
算学部研究数学、算法和逻辑学。
物理学部研究物理学。
化学部研究化学和材料学。
生物医学部研究生物学、医学。（大多兼任太医院之职）
地学部研究地理学、地质学、地球环境学等。
信息学部研究电子信息学。
机关学部研究机械机器学。
工程技术学部研究工程学。
人文苑——
语言学部研究各类语言、文字、音律、符号、密码。
社会学部研究人类社会活动。
心理学部研究心理学。
政治学部研究政治学。
经济学部研究经济学。
律法学部研究律法学。